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I saggi qui descritti sono preziosi per studiare l'entità dell'internalizzazione e la sopravvivenza intracellulare di S. aureus nelle NPPC, nonché l'efficacia intracellulare dei composti antimicrobici6,15,16. Alcuni passaggi in entrambi i protocolli di analisi possono essere critici. Le condizioni di salute e la densità delle cellule devono essere perfettamente controllate e coerenti tra esperimenti indipendenti. L'inoculo batterico deve essere accuratamente standardizzato per ottenere un MOI reale vicino al MOI teorico mirato. In generale, bisogna fare attenzione a non staccare nessuna delle cellule durante il pipettaggio. I lavaggi per rimuovere la lisostafina e gli antibiotici sono passi critici nell'EPA. L'uso della proteinasi K è stato trovato per migliorare questo passaggio quando non viene utilizzato alcun antibiotico (vedi sotto). Ultimo ma non meno importante, le cellule dovrebbero essere completamente staccate in ogni pozzetto e completamente omogeneizzate dopo l'incubazione con il tampone di lisi per quantificare in modo affidabile il carico intracellulare di S. aureus.
In alcuni casi, possono verificarsi problemi e diversi punti devono essere controllati prima. In caso di mancanza di riproducibilità, si deve tenere presente che S. aureus può formare grumi, rendendo imprecisa la quantificazione per assorbanza. L'aggregazione dei batteri può essere aumentata mediante centrifugazione e fasi di lavaggio se il terreno di coltura deve essere sostituito (ad esempio, per eliminare una proteina secreta). La sospensione batterica deve essere utilizzata rapidamente perché i batteri continuano a crescere a temperatura ambiente. L'efficacia della lisostafina potrebbe diminuire a causa di condizioni di conservazione errate, pH subottimale per l'attività enzimatica nei terreni di coltura, variabilità nell'attività enzimatica tra lotti e fornitori e mancanza di sensibilità alla lisostafina di alcuni ceppi in specifiche condizioni di crescita. Il rosso fenolo potrebbe avere un leggero effetto batteriostatico, soprattutto quando il terreno di coltura è relativamente povero di sostanze nutritive rispetto ai tipici brodi utilizzati per la crescita dei batteri. Pertanto, è consigliabile utilizzare un terreno di coltura cellulare senza rosso fenolo, che migliora anche le osservazioni microscopiche a fluorescenza riducendo il rumore di fondo.
Sebbene questo metodo sia uno strumento prezioso per studiare il destino intracellulare di diversi ceppi, alcuni limiti del metodo dovrebbero essere considerati. L'uso di un MOI molto elevato può sovraccaricare la capacità di internalizzazione da parte delle NPPC e livellare le differenze tra i diversi ceppi testati. L'entità dell'internalizzazione dei ceppi più citotossici può essere sottovalutata perché la lisostafina (o antibiotici) distrugge rapidamente S. aureus che viene rilasciato dalle cellule danneggiate. Pertanto, gli esperimenti con durate estese (cioè per studiare la sopravvivenza intracellulare o l'attività intracellulare degli antibiotici) sono più facili da impostare con ceppi con bassa citotossicità. Pertanto, il tempo di incubazione e il MOI devono essere regolati accuratamente in base alla virulenza del ceppo, al tipo di cellula e allo scopo sperimentale.
Il metodo qui descritto con l'uso della lisostafina è più affidabile di quelli a base di gentamicina perché, a differenza della lisostafina, la gentamicina tende ad essere internalizzata dalle cellule ospiti13. L'altro vantaggio è la possibilità di inattivare la lisostafina. L'inibizione dell'attività della lisostafina è stata riportata da Kim et al.13 con l'uso di EDTA per chelare ioni di zinco o 1,10-fenantrolina; tuttavia, sono ancora necessari lavaggi intensivi per rimuovere l'enzima prima della placcatura dei batteri. Qui, la proteinasi K consente una rapida inattivazione della lisostafina. Abbiamo osservato che le cellule tendono a staccarsi dalla piastra di coltura quando diventano pesantemente infettate a causa della moltiplicazione di S. aureus intracellulare. Saltando la fase finale di lavaggio, il metodo iEPA ha notevolmente semplificato la gestione tecnica e ha permesso il recupero dei batteri interiorizzati in cellule vagamente aderenti o già staccate.
I reagenti e i tamponi più concentrati utilizzati in iEPA hanno anche contribuito a ridurre lo sforzo di pipettaggio e minimizzare la perdita di cellule. Inoltre, iEPA può essere utilizzato con celle in sospensione, nonché con organoidi difficili da lavare. In conclusione, i saggi di protezione enzimatica consentono lo studio dell'entità dell'internalizzazione e del destino intracellulare di S. aureus, nonché dell'attività intracellulare di farmaci antimicrobici con diversi modelli in vitro . Dovrebbero essere apportati miglioramenti per caratterizzare meglio la relazione tra internalizzazione e citotossicità per apprezzare meglio l'importanza di sviluppare farmaci in grado di raggiungere S. aureus all'interno della cellula.