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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
DetectSyn è un saggio fluorescente rapido e imparziale che misura i cambiamenti nel numero relativo di sinapsi (impegno pre e postsinaptico) tra trattamenti o stati patologici. Questa tecnica utilizza una tecnica di legatura di prossimità che può essere utilizzata sia nei neuroni in coltura che nei tessuti fissi.
Le sinapsi sono il sito di comunicazione tra i neuroni. La forza del circuito neuronale è correlata alla densità sinaptica e la rottura delle sinapsi è caratteristica di stati patologici come il disturbo depressivo maggiore (MDD) e il morbo di Alzheimer. Le tecniche tradizionali per studiare il numero di sinapsi includono l'espressione genetica di marcatori fluorescenti (ad esempio, proteina fluorescente verde (GFP)), coloranti che riempiono un neurone (ad esempio, colorante carbocianine, DiI) e rilevamento immunofluorescente di marcatori spinali (ad esempio, densità postsinaptica 95 (PSD95)). Un avvertimento importante a queste tecniche proxy è che identificano solo i cambiamenti postsinaptici. Tuttavia, una sinapsi è una connessione tra un terminale presinaptico e una colonna vertebrale postsinaptica. Il gold standard per misurare la formazione / eliminazione delle sinapsi richiede tecniche di microscopia elettronica o tomografia array che richiedono tempo. Queste tecniche richiedono una formazione specializzata e attrezzature costose. Inoltre, solo un numero limitato di neuroni può essere valutato e viene utilizzato per rappresentare i cambiamenti in un'intera regione del cervello. DetectSyn è una tecnica fluorescente rapida che identifica i cambiamenti nella formazione o nell'eliminazione delle sinapsi a causa di uno stato di malattia o di un'attività farmacologica. DetectSyn utilizza un test di legatura di prossimità rapida per rilevare proteine pre e postsinaptiche giustapposte e microscopia fluorescente standard, una tecnica prontamente disponibile per la maggior parte dei laboratori. Il rilevamento fluorescente del puncta risultante consente un'analisi rapida e imparziale degli esperimenti. DetectSyn fornisce risultati più rappresentativi rispetto alla microscopia elettronica perché è possibile analizzare aree più grandi rispetto a un numero limitato di neuroni fluorescenti. Inoltre, DetectSyn funziona per neuroni in coltura in vitro e fette di tessuto fisse. Infine, viene fornito un metodo per analizzare i dati raccolti da questa tecnica. Nel complesso, DetectSyn offre una procedura per rilevare i cambiamenti relativi nella densità delle sinapsi tra trattamenti o stati patologici ed è più accessibile rispetto alle tecniche tradizionali.
Le sinapsi sono l'unità fondamentale della comunicazione tra i neuroni1. Molte sinapsi tra neuroni all'interno delle stesse regioni danno origine a circuiti che mediano il comportamento2. Le sinapsi sono costituite da un terminale presinaptico di un neurone che rilascia neurotrasmettitori o neuropeptidi che trasmettono informazioni ai recettori postsinaptici di un altro neurone. La somma dei segnali presinaptici determina se il neurone postsinaptico attiverà un potenziale d'azione e propagherà il messaggio ad altri neuroni.
La sinaptopatologia, la rottura delle sinapsi, si manifesta in malattie e disturbi caratterizzati da diminuzione del volume neurale, come il morbo di Alzheimer e il disturbo depressivo maggiore, con conseguente circuiti che non funzionano più in modo ottimale 3,4,5. Il ripristino della densità delle sinapsi probabilmente è alla base dell'efficacia dei potenziali trattamenti per questi disturbi. Ad esempio, è stato recentemente dimostrato che l'aumento delle sinapsi è alla base dell'efficacia comportamentale degli antidepressivi rapidi6. Per esaminare rapidamente possibili trattamenti sinaptopatologici, i ricercatori richiedono tecniche che identifichino rapidamente i cambiamenti nei numeri delle sinapsi.
Le metodologie attuali sono lunghe e costose (microscopia elettronica, tomografia ad array), oppure esaminano solo i cambiamenti postsinaptici senza incorporare l'impegno presinaptico (analisi della colonna vertebrale, immunofluorescenza / colocalizzazione). Coloranti come DiI o proteine fluorescenti come GFP aiutano a visualizzare i neuroni e caratterizzano le spine postsinaptiche. Tuttavia, l'analisi della colonna vertebrale utilizza rapporti definiti dal ricercatore per determinare la morfologia, che può ridurre la riproducibilità7. Inoltre, il modo in cui le diverse classi della colonna vertebrale si riferiscono alle sinapsi funzionali è ancora in fase di scoperta8. La formazione della colonna vertebrale può essere transitoria e può riflettere la plasticità postsinaptica, ma queste spine potrebbero essere eliminate prima di stabilizzarsi in una sinapsi con un neurone presinaptico9.
La colocalizzazione fornisce un proxy migliore per le sinapsi rispetto all'analisi della colonna vertebrale perché si può immunostain per le proteine presinaptiche e postsinaptiche. Tuttavia, le proteine sinaptiche possono produrre bassi valori di colocalizzazione perché le proteine sono giustapposte e potrebbero non sovrapporsi in modo coerente. Pertanto, poiché le proteine non sono completamente sovrapposte, le tecniche di colocalizzazione potrebbero non misurare con precisione i cambiamenti nella formazione delle sinapsi a causa di queste informazioni mancanti. Infine, sebbene sia la microscopia elettronica (EM) che la tomografia array forniscano immagini ad alta risoluzione delle sinapsi, richiedono molto tempo. EM richiede inoltre attrezzature specializzate e i ricercatori sono limitati a piccoli volumi di tessuto per ogni dato esperimento. Mentre la tomografia ad array fornisce elegantemente la possibilità di selezionare molte proteine su sezioni ultrasottili e può essere combinata con EM10, questa tecnica può essere troppo laboriosa e al di là dello scopo degli esperimenti che devono eseguire rapidamente la scansione per i cambiamenti nella formazione delle sinapsi.
DetectSyn è un'applicazione specifica del Duolink Proximity Ligation Assay. Il test PLA consente la rilevazione generale delle interazioni proteina-proteina. DetectSyn collega le misure postsinaptiche proxy amplificando un segnale fluorescente emesso da proteine pre- e postsinaptiche taggate entro 40 nm l'una dall'altra. Se le proteine sinaptiche sono entro 40 nm, come all'interno di una fessura sinaptica, allora gli anticorpi secondari, che contengono sonde di DNA, si ibridano in DNA circolare. Questo DNA circolare ibridato esprime una sonda fluorescente, che viene poi amplificata e rilevata con tecniche standard di microscopia fluorescente (vedi Figura 1). Fondamentalmente, a differenza della tomografia EM e array, questa tecnica non richiede attrezzature specializzate e richiede circa la stessa quantità di tempo dell'immunoistochimica standard. L'accessibilità di questa tecnica, quindi, consente ai ricercatori al di fuori delle istituzioni ad alta intensità di ricerca di partecipare alla ricerca sinaptopatologica. Inoltre, questa tecnica può esaminare i cambiamenti della densità sinaptica in più regioni del cervello all'interno di un singolo esperimento, offrendo una rappresentazione più olistica dei cambiamenti sinaptici dovuti a malattie o trattamenti.
L'isolamento di cellule e tessuti dagli animali è stato conforme alla Guida del National Institutes of Health per la cura e l'uso degli animali da laboratorio e approvato dal Comitato istituzionale per la cura e l'uso degli animali di Wake Forest
NOTA: Questo protocollo viene utilizzato su campioni già trattati e fissati secondo specifici paradigmi e requisiti sperimentali. A scopo dimostrativo, la formazione di sinapsi dovuta al rapido trattamento antidepressivo viene utilizzata per evidenziare questa tecnica di rilevamento delle sinapsi6. I neuroni precedentemente coltivati su coverslip, trattati, fissati in paraformaldeide al 4% (PFA) e conservati in 1x soluzione salina tamponata con fosfato (PBS) saranno utilizzati per evidenziare le procedure in vitro. Il tessuto ippocampale precedentemente affettato (spesso 25 μm) da topi trattati, perfuso transcardialmente con PBS ghiacciato e PFA al 4% e quindi conservato in crioprotettore sarà utilizzato per evidenziare le procedure della fetta. Si prega di vedere 11,12 per ulteriori informazioni su come coltivare neuroni o perfondere transcardialmente i roditori. Vedere la Figura 1 per una rappresentazione grafica di questa procedura.

Figura 1: Rappresentazione grafica del test DetectSyn. Dopo aver permeabilizzato le membrane cellulari, gli anticorpi primari per Synapsin1 e PSD95 si legano a queste proteine sinaptiche. I secondari con tag oligonucleotidici si legano quindi agli anticorpi primari. Se Synapsin1 e PSD95 sono entro 40 nm, come in una sinapsi, allora gli oligonucleotidi interagiscono e un tag fluorescente viene amplificato. Questo segnale fluorescente può quindi essere ripreso tramite microscopia standard e analizzato. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
1. Risciacquare i campioni
2. Blocca e permeabilizza i campioni
3. Incubare campioni in anticorpi primari
4. Lavare i campioni, quindi incubare in anticorpi secondari
5. Legatura
6. Amplificazione
7. Montaggio
8. Ottenere immagini digitali con un microscopio confocale
9. Analisi
I dati modificati da Heaney et al.6 sono presentati per dimostrare un esperimento in cui è previsto un aumento della formazione di sinapsi (vedere6 per ulteriori informazioni e una discussione più approfondita del meccanismo). In precedenza, è stato dimostrato che gli antidepressivi rapidi richiedono l'attivazione del recettore metabotropico inibitorio, GABAB (sottotipo di acido gamma-aminobutirrico B), per essere efficace13. Inoltre, i dati precedenti hanno indicato che gli antidepressivi rapidi aumentano i marcatori postsinaptici14; pertanto, DetectSyn è stato utilizzato per testare l'ipotesi che gli antidepressivi rapidi aumentino il numero di sinapsi per essere efficaci.
Nei neuroni in coltura, vengono testate quattro condizioni. In primo luogo, nel pannello superiore della Figura 2A, i neuroni in coltura sono stati trattati con il veicolo nelle stesse condizioni del controllo sperimentale. Tuttavia, l'anticorpo primario PSD95 viene omesso per fornire un controllo tecnico per il test DetectSyn (vedere la Figura 1 per il modo in cui ciascun componente contribuisce al segnale). Successivamente, nel pannello di controllo, i neuroni vengono nuovamente trattati con il veicolo ma ricevono sia PSD95 che Synapsin1 primari. Successivamente, i neuroni coltivati vengono trattati solo con l'antidepressivo rapido Ro-25-6981 (Ro) o Ro più l'agonista GABAB, baclofen (Bac). Come precedentemente dimostrato13, sia l'antidepressivo rapido Ro-25-6981 che il baclofene agonista GABAB sono necessari per l'efficacia in vitro di Ro-25-6981. Pertanto, un aumento della formazione di sinapsi è dimostrato da un aumento della puncta bianca (Figura 2A). Senza baclofene, non si osserva alcun aumento della formazione di sinapsi in vitro .
In vivo, i livelli basali di GABA sono sufficienti affinché l'antidepressivo rapido funzioni13, quindi solo l'antidepressivo rapido Ro-25-6981 viene somministrato tramite iniezione intraperitoneale ai topi (Figura 2B). Il pannello di sinistra della Fig. 2B rappresenta un altro controllo tecnico per il test DetectSyn. Il tessuto ippocampale di un topo trattato con soluzione salina è stato sondato con entrambi i primari per PSD95 e Synapsin1, ma uno dei secondari è stato omesso. Un aumento della formazione di sinapsi dovuto al trattamento con l'antidepressivo rapido Ro-25-6981 rispetto ai topi trattati con soluzione salina è dimostrato nei pannelli centrale e destro della Figura 2B.
Vengono mostrate immagini rappresentative per controlli tecnici in vitro ed ex vivo. Nella Figura 2A, una delle primarie per le coppie sinaptiche è omessa (cioè PSD95) e nella Figura 2B viene omessa una delle secondarie. Mentre alcuni puncta appaiono nelle immagini di controllo tecnico, generalmente non hanno le stesse dimensioni, come dimostrato dal puntino bianco nel pannello superiore della Figura 2A rispetto al grande puncta negli altri pannelli. Inoltre, questi puncta non si trovano nella stessa posizione del puncta quantificato, come dimostrato da alcuni puncta che appaiono all'interno del soma del controllo tecnico nella Figura 2B. Tipicamente, i puncta non specifici si verificano all'interno dei nuclei, forse a causa della presenza di DNA.
Per analizzare i risultati rappresentativi nella Figura 2A, i dendriti (visualizzati dalla colorazione MAP2 e rappresentati qui in un contorno grigio) sono stati tracciati utilizzando uno strumento di disegno a mano libera per creare regioni di interesse (ROI). In primo luogo, l'area dei ROI MAP2 è stata ottenuta utilizzando la funzione Elementi NIS, Dati ROI nella scheda Risultati di misurazione automatizzati . Successivamente, i puncta sono stati rilevati utilizzando la funzione Thresholding in NIS Elements. Questa funzione crea una maschera binaria di oggetti che rientrano in una soglia di intensità definita. Quindi, il numero di oggetti binari all'interno dei ROI MAP2 è stato rilevato utilizzando la funzione Elementi NIS, Binario nel ROI, nella scheda Risultati misurazione automatizzati . I dati presentati nel grafico a destra della Figura 2A sono i valori normalizzati del puncta divisi per l'area del ROI.
Per analizzare i risultati rappresentativi nella Figura 2B, lo strato radiato del CA1 è stato tracciato utilizzando uno strumento di disegno a mano libera per creare un ROI. In primo luogo, l'area del ROI è stata ottenuta utilizzando la funzione di dati ROI, come descritto nel paragrafo precedente. Successivamente, i puncta sono stati rilevati utilizzando la funzione Spot Detection - Bright Spots , situata nel menu Binario . Successivamente, i valori di diametro e contrasto sono stati scelti in base all'ispezione visiva di più fette di tutti i trattamenti. Una volta decisi questi valori, sono stati applicati in modo uniforme su tutte le immagini analizzate. La funzione Spot Detection crea maschere binarie di oggetti all'interno del diametro definito e dei parametri di contrasto impostati. Quindi, il numero di oggetti binari all'interno dei ROI MAP2 è stato rilevato utilizzando la funzione Elementi NIS, Binario nel ROI, nella scheda Risultati misurazione automatizzati . I dati presentati nel grafico a destra della Figura 2B sono i valori normalizzati del puncta divisi per l'area del ROI.

Figura 2: Rilevamento delle sinapsi mediante il test DetectSyn. I puncta bianchi rappresentano le sinapsi rilevate con il test di legatura di prossimità DetectSyn PSD95-Synapsin1 (punte di freccia gialle) in (A) neuroni primari ippocampali in coltura in vitro e (B) esc vivo CA1 strato radiato. In (A), il contorno grigio rappresenta la colorazione MAP2. In (A), il pannello superiore etichettato come controllo PLA rappresenta campioni trattati con il solo veicolo, come il controllo. Tuttavia, la PSD95 primaria non è stata inclusa nella reazione. Negli ultimi due pannelli, i neuroni sono stati trattati con l'antidepressivo rapido Ro-25-6981 (Ro, 10 μM) o Ro più il baclofene agonista GABAB (Bac, 50 μM) per 90 min. L'aumento del numero di puncta (identificate con punte di freccia gialle) indica che in vitro, la formazione di sinapsi aumenta solo quando l'antidepressivo rapido Ro-25-6981 viene somministrato con l'agonista GABAB. In (B), il verde rappresenta i dendriti colorati con MAP2 e il blu rappresenta i nuclei colorati con DAPI. I singoli dendriti, delineati in rettangoli gialli nelle immagini unite, sono isolati sotto immagini rappresentative per dimostrare che i puncta si localizzano in dendriti. Gli animali sono stati trattati con Ro-25-6981 (10 mg/kg) e il tessuto è stato raccolto 45 minuti dopo il trattamento. L'aumento del numero di puncta (identificato da punte di freccia gialle) indica che in vivo, il numero di sinapsi aumenta con la segnalazione gaba basale e l'antidepressivo rapido Ro-25-6981. La quantificazione dei risultati rappresentativi è rappresentata dai grafici a barre e indica il numero medio di punti DetectSyn divisi per l'area MAP2. I risultati sono normalizzati al controllo sperimentale. Le immagini sono state ottenute utilizzando un microscopio confocale Nikon A1plus. Barre di scala = (A) 10 μm; (B, superiore) 50 μm; (B, in basso) 5 μm. Le barre rappresentano l'errore standard medio +/- della media. Risultati analizzati da ANOVA unidirezionale: * p < 0,05, ** p < 0,01, *** p < 0,001, **** p < 0,0001 mediante analisi post-hoc. La figura è stata modificata da Heaney et al.6. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Gli autori non segnalano alcun conflitto di interessi.
DetectSyn è un saggio fluorescente rapido e imparziale che misura i cambiamenti nel numero relativo di sinapsi (impegno pre e postsinaptico) tra trattamenti o stati patologici. Questa tecnica utilizza una tecnica di legatura di prossimità che può essere utilizzata sia nei neuroni in coltura che nei tessuti fissi.
Questo lavoro è stato supportato da National Institutes of Health NINDS R01 NS105005 (KRG) e NS105005-03S1 (KRG), Department of Defense USAMRMC W81XWH-14-1-0061 (KRG), NIAAA R01AA016852, NIAAA T32AA007565 (CFH), e una sovvenzione da FRAXA Research (CFH) e Alzheimer's Association, AARG-NTF-21-852843 (KRG), AARF-19-614794-RAPID (KRG).
| 10x PBS | Fisher Scientific | BP39920 | PBS made in house funziona, pure. |
| Piastre a 24 pozzetti | Fisher Scientific | FB012929 | Per le fette di tessuto, le piastre pre-sterilizzate potrebbero non essere necessarie. |
| Provette coniche da 50 mL | Fisher Scientific | 14-432-22 | |
| Foglio di alluminio | Fisher Scientific | 15-078-290 | |
| Anticorpo anti-MAP2 del pollo | Abcam | ab5392 | |
| Smalto trasparente | Fisher Scientific | NC1849418 | Anche altri smalti trasparenti funzionano. |
| Blocco freddo | Fisher Scientific | 13131012 | |
| Postazione di lavoro Computer | HP | ||
| Microscopio confocale o fluorescente | Nikon | A1R HD25 | |
| Asino anti-pollo FITC | Fisher Scientific | SA1-72000 | |
| Duolink asino anti-Topo PLUS | Sigma | DUO92001 | |
| Duolink asino anti-Coniglio MINUS | Reagenti per | il rilevamento in situ SigmaDUO92005 | |
| Duolink Far Red | Sigma | DUO92013 | Contiene materiale di legatura, materiale di amplificazione, ligasi e polimerasi. |
| Mezzo di montaggio in situ Duolink con DAPI | Sigma | DUO82040 | |
| Tampone di lavaggio in situ Duolink, DUO82049 a fluorescenza | Sigma | contiene | il tampone di lavaggio A e il tampone di lavaggio B; diluire il tampone di lavaggio B all'1% in diH20 per l'1% di tampone di lavaggio B. |
| Pennello a punta fine | Fisher Scientific | NC9691026 | Capelli di zibellino, misura 00 o 000, si possono trovare anche nei negozi di artigianato |
| Fisherbrand Occhiali di copertura: Rettangoli | Fisher Scientific | 12545MP | Il vetro di copertura non è necessario per i neuroni coltivati già sui vetrini di vetro. |
| Fisherbrand Vetrini per microscopio Superfrost Plus Fisher | Scientific | 1255015 | Per i neuroni in coltura già presenti sui vetrini coprioggetti, i vetrini Superfrost potrebbero non essere necessari. |
| Congelatore, -20 gradi C | VWR | 76449-108 | |
| Vetrini coprioggetti | Fisher Scientific | 125480 | |
| Glycine | Fisher Scientific | BP381-1 | |
| Software di elaborazione delle immagini | , ad es. NIS Elements, ImageJ | ||
| Incubator | Fisher Scientific | 15-015-2633 | |
| Capsula di Petri grande, 100 mm | Fisher Scientific | FB0875712 | |
| Acqua di grado molecolare | Fisher Scientific | BP24701 | |
| Anticorpo anti-sinapsina 1 del topo | Sistemi sinaptici | 106-011 | |
| Siero d'asino normale | Jackson ImmunoResearch | 017-000-121 | |
| Agitatore orbitale | Fisher Scientific | 02-106-1013 | |
| Parafilm | Fisher Scientific | 13-374-10 | |
| Puntali per pipette | Fisher Scientific | 02-707-025 | |
| Pipette | Fisher Scientific | 14-388-100 | Ivolumi di lavoro vanno da 3 & micro; L fino a 500 µ L |
| Pipetta pasteur in plastica | Fisher Scientific | 02-708-006 | |
| Pinzette/precepi di precisione | Fisher Scientific | 12-000-122 | |
| Anticorpo anti-PSD95 di coniglio | Abcam | ab18258 | Anche altre coppie di anticorpi possono funzionare con l'ottimizzazione. |
| Frigorifero | VWR | 76470-402 | |
| Capsula di Petri piccola, 60 mm | Fisher Scientific | FB0875713A | |
| Timer | Fisher Scientific | 14-649-17 | |
| Tween 20 | Fisher Scientific | BP337-100 |