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Articolo metodologico

Isolamento e screening dalla biodiversità del suolo per i funghi coinvolti nella degradazione dei materiali recalcitranti

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DOI:

10.3791/63445

16 maggio 2022

In questo articolo

Sommario

Qui, presentiamo un protocollo per lo screening della biodiversità del suolo per cercare ceppi fungini coinvolti nella degradazione di materiali recalcitranti. In primo luogo, i ceppi fungini in grado di crescere su acidi umici o lignocellulosa sono isolati. La loro attività viene poi testata sia in saggi enzimatici che su inquinanti come idrocarburi e plastiche.

Abstract

L'inquinamento ambientale è un problema crescente e l'identificazione dei funghi coinvolti nel processo di biorisanamento è un compito essenziale. Il suolo ospita un'incredibile diversità di vita microbica e può essere una buona fonte di questi funghi biorisanativi. Questo lavoro mira a cercare funghi del suolo con potenziale di biorisanamento utilizzando diversi test di screening. I terreni di coltura minerale integrati con sostanze recalcitranti come unica fonte di carbonio sono stati utilizzati come test di crescita. In primo luogo, le diluizioni del suolo sono state placcate su piastre di Petri con mezzo minerale modificato con acidi umici o lignocellulosa. Le colonie fungine in crescita sono state isolate e testate su diversi substrati, come miscele complesse di idrocarburi (petrolato e olio motore usato) e polveri di diversi polimeri plastici (PET, PP, PS, PUR, PVC). Test enzimatici qualitativi sono stati associati ai test di crescita per studiare la produzione di esterasi, laccasi, perossidasi e proteasi. Questi enzimi sono coinvolti nei principali processi di degradazione del materiale recalcitrante e la loro secrezione costitutiva da parte dei ceppi fungini esaminati potrebbe avere il potenziale per essere sfruttata per il biorisanamento. Più di 100 ceppi sono stati isolati e testati e sono stati trovati diversi isolati con un buon potenziale di biorisanamento. In conclusione, i test di screening descritti sono un metodo semplice e a basso costo per identificare ceppi fungini con potenziale di biorisanamento dal suolo. Inoltre, è possibile personalizzare i test di screening per diversi inquinanti, in base alle esigenze, aggiungendo altre sostanze recalcitranti a terreni di coltura minimi.

Introduzione

Il suolo è una componente fondamentale della vita sulla Terra ed è alla base di molti ecosistemi. I minerali, la materia organica e i microrganismi nel suolo possono essere considerati come un unico sistema, con strette associazioni e interazioni che si verificano tra di loro. Le interazioni di questi composti hanno un impatto importante sui processi terrestri, sulla qualità ambientale e sulla salute dell'ecosistema1. L'inquinamento del suolo pone seri problemi ambientali in tutto il mondo. L'applicazione indiscriminata, a lungo termine ed eccessiva di sostanze recalcitranti e tossiche, come pesticidi, prodotti petroliferi, plastica e altre sos....

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Protocollo

1. Selezione di ceppi fungini in grado di degradare materiali recalcitranti dal suolo

  1. Preparazione della soluzione antibiotica.
    1. Mettere penicillina (50 mg / L), streptomicina (40 mg / L), clorttraciclina (40 mg / L), neomicina (100 mg / L) e cloramfenicolo (100 mg / L) in 250 ml di acqua sterile deionizzata.
    2. Prima di aggiungere cloramfenicolo alla soluzione antibiotica, scioglierlo in 3 ml di etanolo ≥99%.
    3. Posizionare la soluzione antibiotica su un agitatore magnetico (senza calore) con una barra di agitazione magnetica all'interno della soluzione per 10 minuti. Conservare a 4 °C.
  2. Preparazi....

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Risultati

I metodi di media selettivi (Sezione 1 del protocollo) hanno permesso di vagliare la ricca biodiversità del suolo e di selezionare i funghi con un elevato potenziale di biorisanamento. Con l'acido umico e la lignocellulosa, sono stati isolati più di 100 ceppi fungini. Questi funghi hanno prodotto enzimi coinvolti nella biodegradazione di materiali recalcitranti naturali, che hanno una struttura chimica simile a molti inquinanti. Tuttavia, i ceppi fungini isolati con i mezzi selettivi necessitavano di un ulteriore screeni.......

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Discussione

La ricca biodiversità del suolo è una fonte abbondante di funghi che possiedono numerose capacità metaboliche, alcune delle quali potrebbero essere potenziali candidati per il biorisanamento. I test selettivi sui fluidi (Sezione 1 del protocollo) sono metodi facili da eseguire ed efficaci per isolare funghi in grado di crescere su polimeri complessi naturali come unica fonte di carbonio. I funghi possono produrre idrolasi extracellulari, non specifiche e ossidoreduttasi30 come gli enzimi ligninoli.......

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Dichiarazioni

Gli autori non hanno nulla da rivelare.

Ringraziamenti

Riconosciamo la Scuola di Alta Formazione Dottorale (SAFD) dell'Università di Pavia e il professor Solveig Tosi per aver fornito l'opportunità di questo lavoro.

....

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Materiali

Elenco dei materiali utilizzati in questo articolo
NomeAziendaNumero di catalogoCommenti
Piastra a 96 micropozzettiGreiner bio-one650185
AgarVWR84609.05
Brodo Bushnell-HaasFlukaB5051
CaCl2Sigma-AldrichC5670
CloroamfenicoloEurobioGABCRL006Z
ClortetraciclinaSigma-Aldrich
CoCl2· 6H2OSigma-AldrichC8661
CuCl2· 2H2OSigma-AldrichC3279
EtanoloVWR Chemicals20821.296
FeCl3· 6H2O Filtro236489Sigma-Aldrich
0,2 µ mWhatman10462200
acido gallicoSigma-AldrichG7384
Vetrini coprioggettoBiosigmaVBS634
Fiale di vetro 15 mLSciLabwareP35467
guaiacoloSigma-AldrichG5502
Polietilene ad alta densità (HDPE)Sigma-Aldrich434272
Acidi umiciAldrich Chemistry53680
K2HPO4Sigma-AldrichP8281
KH2PO4Sigma-AldrichP5655
Lignocellulosa//Scarto di produzione di bioetanolo sterilizzato
Spandiconcime cellulare a forma di LLaboindustria S.p.a21133
agitatore magneticoA.C.E.F8235
Brodo di estratto di maltoSigma-Aldrich70146
MgSO4· 7H2OSigma-AldrichM2643
Micropipetta 1000 μ LGilsonFA10006M
Micropipetta 200  μ LGilsonFA10005M
MnCl2· 4H2OSigma-AldrichM5005
Na2MoO4· 2H2OSigma-AldrichM1651
NaClSigma-AldrichS5886
NeomicinaSigma-AldrichN0401000
PenicillinaSigma-Aldrich1504489
peptoneSigma-Aldrich83059
Polietilene tereftalato (PET)GoodfellowES306031
Piastre PetriLaboindustria S.p.a21050
Petrolato (Paraffina liquida)A.C.E.F
Brodo di Destrosio di PatateSigma-AldrichP6685
Polistirene (PS)Sigma-Aldrich331651
Poliuretano (PUR)Sigma-AldrichGF20677923
Cloruro di polivinile ( PVC)Sigma-Aldrich81388
Provetta sterile per falcoGreiner bio-one227 261
Fiale sterili in vetro 20 mLSigma-AldrichSU860051
Punto sterile 1000  μ LGilsonF172511
Punto sterile 200  μ LGilsonF172311
Sacchetti sterili in polietileneWHIRL-PAKB01018
siringa sterileRaggi5523CM25
StreptomicinaSigma-AldrichS-6501
Tween 80Sigma-AldrichP1754
Olio motore usato//miscela complessa di idrocarburi, additivi per motori e metalli, fornita da una società privata italiana
Fiale 50 mLSigma-Aldrich33108-U
ZnCl2Sigma-AldrichZ0152
Y0001451 009661

Riferimenti

  1. Mohammadi, K., Heidari, G., Khalesro, S., Sohrabi, Y. Soil management, microorganisms and organic matter interactions: A review. African Journal of Biotechnology. 10 (86), 19840-19849 (2011).
  2. Daccò, C., Girometta, C., Asemoloye, M. D., Carpani, G., Picco, A. M., Tosi, S.

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Ristampe e permessi

Tag

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