Questo studio fornisce una procedura sistematicamente ottimizzata di costruzione basata sulla ribonucleasi CRISPR / Cas9 di mutanti di locuste omozigoti, nonché un metodo dettagliato per la crioconservazione e la rianimazione delle uova di locuste.
Articolo metodologico
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Questo studio fornisce una procedura sistematicamente ottimizzata di costruzione basata sulla ribonucleasi CRISPR / Cas9 di mutanti di locuste omozigoti, nonché un metodo dettagliato per la crioconservazione e la rianimazione delle uova di locuste.
La locusta migratrice, Locusta migratoria, non è solo una delle locuste della peste in tutto il mondo che ha causato enormi perdite economiche agli esseri umani, ma anche un importante modello di ricerca per la metamorfosi degli insetti. Il sistema CRISPR / Cas9 può localizzare con precisione un locus specifico del DNA e fendere all'interno del sito bersaglio, introducendo in modo efficiente rotture a doppio filamento per indurre il knockout del gene bersaglio o integrare nuovi frammenti di geni nel locus specifico. L'editing del genoma mediato da CRISPR / Cas9 è un potente strumento per affrontare le domande incontrate nella ricerca sulle locuste e una tecnologia promettente per il controllo delle locuste. Questo studio fornisce un protocollo sistematico per il knockout genico mediato da CRISPR / Cas9 con il complesso della proteina Cas9 e RNA guida singola (sgRNA) nelle locuste migratorie. La selezione dei siti target e la progettazione degli sgRNA sono descritte in dettaglio, seguite dalla sintesi in vitro e dalla verifica degli sgRNA. Le procedure successive includono la raccolta della zattera delle uova e la separazione delle uova conciate per ottenere una microiniezione di successo con basso tasso di mortalità, coltura delle uova, stima preliminare del tasso di mutazione, allevamento delle locuste, nonché rilevamento, conservazione e passaggio dei mutanti per garantire la stabilità della popolazione delle locuste modificate. Questo metodo può essere utilizzato come riferimento per applicazioni di editing genetico basate su CRISPR / Cas9 nelle locuste migratorie e in altri insetti.
Le tecnologie di modifica genetica potrebbero essere utilizzate per introdurre inserzioni o delezioni in uno specifico locus del genoma per modificare artificialmente il gene bersaglio sullo scopo1. Negli ultimi anni, la tecnologia CRISPR / Cas9 si è sviluppata rapidamente e ha un crescente ambito di applicazioni in vari campi delle scienze della vita 2,3,4,5,6. Il sistema CRISPR / Cas9 è stato scoperto nel 19877 e ampiamente trovato in batteri e archei. Ulteriori ricerche hanno indicato che si trattava di un sistema immunitario adattativo procariotico che dipende dalla nucleasi guidata dall'RNA Cas9 per combattere i fagi8. Il sistema CRISPR/Cas9 modificato artificialmente consiste principalmente di due componenti, un singolo RNA guida (sgRNA) e la proteina Cas9. Lo sgRNA è costituito da un RNA CRISPR (crRNA) complementare alla sequenza bersaglio e da un crRNA transattivante ausiliario (tracrRNA), che è relativamente conservato. Quando il sistema CRISPR/Cas9 viene attivato, l'sgRNA forma una ribonucleoproteina (RNP) con la proteina Cas9 e guida Cas9 al suo sito bersaglio attraverso l'accoppiamento di basi delle interazioni RNA-DNA. Quindi, il DNA a doppio filamento può essere scisso dalla proteina Cas9 e, di conseguenza, la rottura del doppio filamento (DSB) emerge vicino al motivo adiacente del protospaziatore (PAM) del sito bersaglio 9,10,11,12. Per mitigare il danno causato dalle DSB, le cellule attiverebbero risposte complete al danno del DNA per rilevare in modo efficiente i danni genomici e avviare la procedura di riparazione. Ci sono due distinti meccanismi di riparazione nella cellula: non-homologous end joining (NHEJ) e homology-directed repair (HDR). NHEJ è la via di riparazione più comune che può riparare rapidamente le rotture del doppio filamento del DNA e prevenire l'apoptosi cellulare. Tuttavia, è soggetto a errori a causa del fatto che lascia piccoli frammenti di inserzioni e delezioni (indel) vicino ai DSB, che di solito si traduce in uno spostamento del frame di lettura aperto e quindi può portare al knock-out genico. Al contrario, la riparazione omologa è un evento piuttosto raro. A condizione che ci sia un modello di riparazione con sequenze omologhe al contesto del DSB, le cellule occasionalmente riparano la rottura genomica secondo il modello vicino. Il risultato dell'HDR è che il DSB viene riparato con precisione. In particolare, se c'è una sequenza aggiuntiva tra le sequenze omologhe nel modello, verrebbero integrate nel genoma tramite HDR, e in questo modo, le inserzioni geniche specifiche potrebbero essere realizzate13.
Con l'ottimizzazione e lo sviluppo delle strutture sgRNA e delle varianti proteiche Cas9, il sistema di editing genetico basato su CRISPR / Cas9 è stato applicato con successo anche nella ricerca di insetti, inclusi ma non limitati a Drosophila melanogaster, Aedes aegypti, Bombyx mori, Helicoverpa Armigera, Plutella xylostella e Locusta migratoria 14,15,16,17,18 ,19. Per quanto a conoscenza degli autori, sebbene RNP costituiti dalla proteina Cas9 e sgRNA trascritti in vitro siano stati utilizzati per l'editing del genoma delle locuste20,21,22, manca ancora un protocollo sistematico e dettagliato per la costruzione mediata dalla ribonucleasi CRISPR / Cas9 di mutanti omozigoti della locusta migratoria.
La locusta migratrice è un importante parassita agricolo che ha una distribuzione globale e pone minacce sostanziali alla produzione alimentare, essendo particolarmente dannoso per le piante graminose, come grano, mais, riso e miglio23. L'analisi della funzione genica basata su tecnologie di modifica del genoma può fornire nuovi obiettivi e nuove strategie per il controllo delle locuste migratorie. Questo studio propone un metodo dettagliato per eliminare i geni delle locuste migratorie attraverso il sistema CRISPR / Cas9, compresa la selezione dei siti bersaglio e la progettazione di sgRNA, la sintesi in vitro e la verifica degli sgRNA, la microiniezione e la coltura di uova, la stima del tasso di mutazione allo stadio embrionale, l'individuazione dei mutanti e il passaggio e la conservazione dei mutanti. Questo protocollo potrebbe essere usato come riferimento basale per la manipolazione della stragrande maggioranza dei geni delle locuste e può fornire preziosi riferimenti per l'editing del genoma di altri insetti.
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1. Selezione del sito target e progettazione degli sgRNA
2. Sintesi e verifica dello sgRNA in vitro
3. Microiniezione e coltura delle uova
4. Stima del tasso di mutazione e screening dei mutanti
5. Istituzione e passaggio delle linee mutanti
6. Crioconservazione e rianimazione degli ovociti
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Questo protocollo contiene i passaggi dettagliati per generare mutanti omozigoti delle locuste migratorie con l'RNP costituito dalla proteina Cas9 e sgRNA sintetizzato in vitro . I seguenti sono alcuni risultati rappresentativi del knockout del gene bersaglio mediato da CRISPR / Cas9 nelle locuste, tra cui selezione del bersaglio, sintesi e verifica dell'sgRNA (Figura 1A), raccolta e iniezione di ovociti, screening mutante e passaggio, crioconservazione e rianimazione delle uova omo...
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Le locuste sono state tra i parassiti più devastanti per l'agricoltura dalla civiltà degli esseri umani23. La tecnologia di modifica del genoma basata su CRISPR / Cas9 è un potente strumento per fornire una migliore conoscenza dei meccanismi biologici nelle locuste e una promettente strategia di controllo dei parassiti. Pertanto, è di grande beneficio sviluppare un metodo efficiente e facile da usare per la costruzione mediata da CRISPR / Cas9 di mutanti di locuste omozigoti. Sebbene alcuni grandi...
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Gli autori dichiarano di non avere conflitti di interesse.
Questo lavoro è stato sostenuto dalla National Natural Science Foundation of China (32070502, 31601697, 32072419 e dalla China Postdoctoral Science Foundation (2020M672205).
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| Nome | Azienda | Numero di catalogo | Commenti |
|---|---|---|---|
| 10&volte; NEBuffer r3.1 | New England Biolabs | B7030S | Il tampone di in vitro Saggi di scissione Cas9 |
| 2xEs Taq MasterMix (Dye) | Cwbio | CW0690 | Per l'amplificazione genica |
| 2xPfu MasterMix (Dye) | Cwbio | CW0686 | Per l'amplificazione genica |
| CHOPCHOP | Sito web online per la progettazione di sgRNA, http://chopchop.cbu.uib.no/. | ||
| Sito web CRISPOR | Online per la progettazione di sgRNA, http://crispor.org. | ||
| Sito web online CRISPRdirect | per la progettazione di sgRNA, http://crispr.dbcls.jp/. | ||
| Alimentatore per elettroforesi | LIUYI BIOLOGY | DYY-6D | Separazione di molecole di acido nucleico di diverse dimensioni |
| Eppendorf Tube | Eppendorf | 30125177 | Per la raccolta di campioni, ecc. |
| Spazzole fini | Annigoni | 1235 | Per la pulizia e l'isolamento delle uova. Acquistato online. |
| Estrattore per micropipette fiammeggiante/marrone | Strumento Sutter | P97 | Per realizzare gli aghi per microiniezione |
| Kit di estrazione del gel | Cwbio | CW2302 | Recupero e purificazione del DNA |
| Sistema di analisi dell'imaging su gel | OLYMPUS | Gel Doc XR | Osservare i risultati dell'elettroforesi |
| GeneTouch Plus | Bioer | B-48DA | Per l'amplificazione genica |
| Vetro elettrodo capillare | Gairdner | GD-102 | Per la fabbricazione aghi per iniezione con a micropipetta Puller |
| Incubatore | MEMMERT | INplus55 | Per la coltura di embrioni di locuste migratorie |
| Bagno metallico | TIANGEN | AJ-800 | Per il riscaldamento del campione |
| Micro autoiniettore | Eppendorf | 5253000068 | Microiniezione di embrioni all'inizio dello sviluppo |
| Microcentrifuga | Allsheng | MTV-1 | Utilizzato per miscelare i reagenti |
| Microgrinder | NARISHIGE | EG-401 | Per mettere a terra la punta dell'ago per iniezione |
| Microloader | Eppendorf 5242956003 | Per caricare le soluzioni negli aghi per iniezione. | |
| Sistema di micromanipolazione | Eppendorf | TransferMan 4r | Un sistema di manipolazione altinativa per microiniezione |
| Microscopio | cnoptec | SZ780 | Per microiniezione |
| Manipolatore a motore | NARISHIGE | MM-94 | Per il controllo della posizione della micropipetta durante la procedura di microiniezione |
| Macinatore di tessuti multicampione | jingxin | Tissuelyser-64 | Macinare e omogeneizzare la |
| pentola per l'ovipisizione | delle uova ChangShengYuanYi | CS-11 | Riempito con sabbia sterile bagnata per la deposizione delle locuste in esso. Le oocisti vengono raccolte da questo contenitore. Acquistato online. |
| Parafilm | ParafilmM | PM996 | Per avvolgere le piastre di Petri. |
| Kit di clonazione pEASY-T3 | TransGen Biotech | CT301-01 | Per la clonazione TA |
| Piastra di Petri | NEST | 752001 | Per la coltura e la conservazione degli ovuli. |
| Pipettor, | Eppendorf | Research plus | Per il caricamento del campione |
| , bicchiere | in plastica Per l'allevamento separato delle locuste e qualsiasi bicchiere di plastica abbastanza grande (non meno di 1000 ml di volume) andrà bene. Acquistato online. | ||
| Kit di sintesi di gRNA di precisione | Thermo | A29377 | Per la sintesi di sgRNA |
| Primer Premier | PREMIER Biosoft | Primer Premier 5.00 | Per la progettazione di primer |
| SnapGene | Scienza perspicace | SnapGene® 4.2.4 | Per l'analisi delle sequenze Sfere d'acciaio |
| HuaXinGangQiu | HXGQ60 | Per la macinazione dei campioni. Acquistato online. | |
| Punte | bioleaf | D781349 | Per il caricamento dei campioni |
| Trans DNA Marker II | TransGen Biotech | BM411-01 | Utilizzato per determinare la dimensione del gene |
| TrueCut Cas9 Protein v2 | Thermo | A36496 | Cas9 protein |
| UniversalGen DNA Kit | Cwbio | CWY004 | Per l'estrazione del DNA genomico |
| VANNAS Forbici | Microscopia elettronica Scienze | 72932-01 | Per tagliare le antenne |
| Grano | Per generare piantine di grano come cibo per le locuste. Acquistato da agricoltori locali. | ||
| Sito web ZiFiT | Online per la progettazione di sgRNA, http://zifit.partners.org/ZiFiT/ChoiceMenu.aspx. |
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