Sebbene le molecole completamente sintetiche siano diventate più importanti nella scoperta di farmaci negli ultimi decenni, quasi due terzi di tutti i farmaci approvati negli ultimi 39 anni sono prodotti naturali o ispirati a prodotti naturali,1,2 sottolineando la continua importanza della ricerca sui prodotti naturali. Gli alcaloidi, alcuni prodotti naturali contenenti azoto, sono particolarmente apprezzati per le loro proprietà medicinali. Alcaloidi tropanici (TA) contenenti il [3.2.1.]-sistema biciclico contenente azoto, sono prodotti principalmente da piante delle famiglie delle Solanaceae (belladonna), Erythroxylaceae e Convolvulaceae. Gli esempi includono atropina, scopolamina e cocaina; Più tropani semisintetici o sintetici sono utilizzati anche clinicamente3. Gli AT e i loro derivati sono usati per trattare molte condizioni 3,4 e molti di questi farmaci compaiono nell'elenco dei medicinali essenziali 2023 dell'OMS5. A causa delle loro potenti attività, gli TA sono anche usati a scopo ricreativo (come stimolanti o deliranti) e possono causare avvelenamento in caso di ingestione di piante (o preparati) che li contengono 6,7. Gli TA sono indesiderabili nell'alimentazione umana e animale8 e possono contaminare tè, spezie, cereali, miele e integratori a base di erbe 9,10. A causa sia della loro promessa medicinale che della capacità di avvelenare, sono utili metodi analitici che possono aiutare nella scoperta di nuovi TA (e nell'identificazione di TA noti).
Nella spettrometria di massa tandem (MS/MS), i "filtri di massa" (ad esempio, quadrupoli, tubi a tempo di volo) sono accoppiati insieme fisicamente ("nello spazio"), oppure uno strumento impiega ulteriori fasi di reazione/separazione "in tempo". La MS/MS nello spazio utilizza diverse modalità per selezionare e frammentare diversi ioni ai diversi filtri di massa (ad esempio, i quadrupoli di uno strumento a triplo quadrupolo o QQQ). Queste diverse modalità possono essere utilizzate per determinare quali frammenti specifici sono prodotti da un dato ione (scansione ionica del prodotto), quali ioni in un campione producono determinati frammenti (scansione ionica precursore o PrIS) o subiscono perdite di una massa caratteristica (scansione a perdita neutra o NLS) o quali composti specifici possiedono quali frammenti specifici (monitoraggio a reazione multipla). MS/MS, quindi, fornisce frammenti utili per proporre strutture per nuovi composti o confermare la presenza di un composto esistente. La MS/MS è sempre più utilizzata nei campi della scoperta di farmaci, della chimica dei prodotti naturali e della metabolomica11,12 ed è stata utilizzata per profilare specie contenenti alcaloidi (per la caratterizzazione fitochimica o l'analisi chemiotassonomica) e per rilevare e quantificare alcaloidi specifici in alimenti o piante medicinali 10,13,14,15,16.
Nonostante le numerose tecniche di spettrometria di massa disponibili, ci sono sfide nella ricerca di nuovi alcaloidi. Oltre a trovare un organismo candidato da selezionare, una conferma strutturale completa di un alcaloide è un processo arduo che può includere molte tecniche analitiche diverse. Inoltre, i ricercatori potrebbero isolare un composto già noto, sprecando lavoro, tempo e risorse. Ciò è particolarmente difficile per gli AT, dove vengono segnalati centinaia, se non migliaia, di TA, molti dei quali sono isomerici tra loro. Il processo di "identificare i noti e distinguerli dagli sconosciuti" è noto come dereplicazione. I database dei tempi di ritenzione (r.t.s) e i frammenti di massa di diversi TA e altri composti sono pubblicati per aiutare in questo processo 17,18. Ciononostante, la dereplicazione è laboriosa; La semplice annotazione (cioè l'assegnazione di strutture putative a) gli alcaloidi nell'intero cromatogramma LC-MS/MS di un campione richiede molto tempo. Recentemente, sia la rete molecolare1 9,20 che la dereplicazione manuale 18,21,22 sono state utilizzate per la benzilisochinolina, l'indolo monoterpenico e gli alcaloidi tropanici, e i Pris sono stati utilizzati per il "filtraggio strutturale" degli spettri per identificare alcaloidi di tipo pirrolizidina e solanina23,24. Tuttavia, non sono disponibili metodi o flussi di lavoro specifici per la dereplicazione rapida basata su LC-MS/MS di campioni contenenti TA, anche se gli AT possiedono frammenti comuni e facilmente identificabili (Figura 1). Il metodo qui descritto utilizza una combinazione di scansioni ioniche del prodotto dipendenti dai dati (DD), PrIS e NLS per annotare e classificare le strutture TA nelle piante in base sia ai distinti modelli di frammentazione per tropani mono-, di- e trisostituiti (Figura 1A) sia alle perdite di gruppi estere comuni presenti in questi alcaloidi (Figura 1B). Gli organismi oggetto dello studio sono diverse specie del genere Datura. Una ricca fonte di diversi TA, la Datura è stata utilizzata nel corso della storia del mondo per scopi medicinali e culturali17- ed è una matrice difficile da dereplicare a causa dei suoi numerosi TA strutturalmente simili, fornendoci campioni interessanti su cui testare il nostro metodo.