Viene presentato un apparecchio semplice, economico e innovativo per l'esecuzione di sintesi di peptidi in fase solida in un reattore a microonde commerciale.
Articolo metodologico
Viene presentato un apparecchio semplice, economico e innovativo per l'esecuzione di sintesi di peptidi in fase solida in un reattore a microonde commerciale.
Viene presentato un apparato autocostruito per eseguire la sintesi di peptidi in fase solida (SPPS), assistita da irradiazione e riscaldamento a microonde. A differenza dei recipienti di reazione SPPS convenzionali, che drenano il solvente e i sottoprodotti attraverso una fritta situata sul fondo del recipiente, l'apparato presentato impiega un tubo di dispersione del gas sotto vuoto per rimuovere il solvente, i sottoprodotti e i reagenti in eccesso. Lo stesso tubo di dispersione del gas fornisce l'agitazione del gas azoto delle perle SPPS durante le fasi di reazione di accoppiamento e deprotezione. Il riscaldamento a microonde è utile per gli accoppiamenti SPPS di residui stericamente ostacolati, come l'acido alfa-aminoisobutirrico (Aib), un residuo di amminoacidi alfa,alfa-dialchilati. Questo apparecchio autocostruito è stato utilizzato per preparare, con metodi manuali Fmoc SPPS, peptidi eptamerici e ottamerici dominati dal residuo Aib, che è notoriamente difficile da accoppiare in condizioni standard di temperatura ambiente e reagenti. Inoltre, i tipici reattori SPPS a microonde commerciali sono dedicati esclusivamente alla sintesi SPPS, rendendoli inaccessibili agli utenti non SPPS. Al contrario, l'apparato presentato preserva la versatilità del reattore a microonde per l'accelerazione convenzionale delle reazioni chimiche a microonde, poiché l'apparato è banalmente rimosso dal reattore a microonde commerciale.
L'introduzione da parte di Merrifield della sintesi peptidica in fase solida SPPS negli anni '60 ha rivoluzionato le sintesi peptidiche e chimiche ed è stata giustamente premiata con un premio Nobel per la chimica 1,2. Nei decenni successivi, molti ricercatori hanno perfezionato le tecniche originali di Merrifield, portando a due alternative che dominano le pratiche SPPS: a base di fluorenilmetossicarbonile (FMOC) e a base di terz-butil ossicarbonile (BOC)3. La scissione finale del peptide dalla resina solida in FMOC richiede un cocktail contenente acido trifluoracetico, rispetto all'HF per le tecniche BOC, rendendo i metodi basati su FMOC la scelta preferita di molti laboratori.
I metodi SPPS all'avanguardia sono occasionalmente messi alla prova dalle sequenze desiderate. Negli ultimi anni, ci sono stati progressi che hanno superato alcune preoccupazioni idiosincratiche dell'aggregazione4, della formazione di dichetopiperazina5 e dei residui di amminoacidi N-metilati 6. Nel tentativo di ottimizzare la resa dell'accoppiamento, sono stati esplorati migliaia di reagenti e additivi di accoppiamento7. In particolare, l'attivazione dell'acido carbossilico tramite COMU 8,9 o fluoruri acidi 10,11,12, insieme ad additivi come l'ossima13 e l'idrossibenzotriazolo (HOBt), sono stati sviluppati per accoppiamenti particolarmente impegnativi come quelli che coinvolgono residui α,α-dialchilati.
Altri metodi non basati su reagenti sono stati impiegati per aumentare le rese per accoppiamenti difficili, tra cui tempi di reazione prolungati, "doppio accoppiamento" e riscaldamento, in particolare riscaldamento a microonde 14,15,16. In effetti, i sintetizzatori peptidici automatizzati disponibili in commercio che impiegano il riscaldamento a microonde sono tra le unità di maggior successo commerciale sul mercato in quanto accelerano le velocità di reazione, sembrano migliorare la purezza finale dei peptidi e ridurre al minimo lo spreco di solventi. Sfortunatamente, queste unità possono essere costose, costando in alcuni casi oltre $ 100.000.
Il nostro laboratorio è interessato alla preparazione di varianti di peptidi contenenti il residuo fortemente elicogenico dell'acido alfa-aminoisobutririco (Aib)17,18,19. A causa dell'ostacolo sterico derivante dalla dialchilazione del suo alfa-carbonio, l'Aib è notoriamente difficile da accoppiare. I metodi sopra menzionati (fluoruri acidi, riscaldamento a microonde20), così come l'intelligente chimica SPPS "dipeptide"21, sono stati utilizzati per adattare SPPS alle sfide di accoppiamento di Aib. La preparazione non resinosa dei dimeri Aib, migliorando al contempo la resa complessiva, richiede una chimica umida aggiuntiva e temperature elevate (50 °C)21. Inoltre, abbiamo evitato l'impiego di fluoruri acidi di Aib a causa della natura tossica degli agenti fluoruranti. Purtroppo, il nostro laboratorio non dispone di un sintetizzatore SPPS automatizzato dedicato basato su microonde, con recipienti di reazione dedicati per il necessario drenaggio dei sottoprodotti SPPS. Tuttavia, un recente rapporto del gruppo di Clayden che mostra un successo spettacolare nella preparazione di oligomeri basati su AIB utilizzando SPPS e irradiazione a microonde22 ci ha stimolato ad adattare l'unità a microonde CEM Discover SP del nostro laboratorio per le sintesi SPPS.
Per prima cosa abbiamo studiato l'accessorio disponibile in commercio di CEM per convertire il reattore a microonde in un'unità SPPS/microonde manuale23. A parte il costo, questo accessorio richiederebbe l'impegno della nostra unità a microonde per il solo SPPS manuale. Gli altri utenti del laboratorio non avrebbero più accesso alle eccellenti capacità dell'unità a microonde. Pertanto, nel nostro caso, l'implementazione dell'accessorio commerciale è stata ritenuta inaccettabile.
Invece, abbiamo assemblato, attraverso componenti relativamente economici, un apparato per eseguire SPPS assistita da microonde su scala millimolare. Il protocollo seguente descrive l'utilizzo di componenti semplici e relativamente economici per eseguire SPPS manuale assistito da microonde.
1. Assemblare l'apparecchio (Figura 1)
NOTA: Tutti i componenti per il montaggio dell'apparecchio si trovano nella Tabella dei Materiali.
2. Preparare i reagenti
3. Preparazione della resina peptidica
4. Rimozione FMOC
NOTA: Le resine sono disponibili precaricate con una varietà di amminoacidi protetti da FMOC precaricati come residui C-terminali. Pertanto, la rimozione dell'FMOC è solitamente il primo passo dopo il rigonfiamento della resina.
5. Accoppiamento di amminoacidi FMOC
6. Ripetere i cicli peptidici SPPS
7. Scissione peptidica
Esempi di sequenze peptidiche preparate con il nostro apparato sono mostrati in Figura 2 e Figura 3. La tabella 1 riassume le soluzioni, i parametri delle microonde e i lavaggi che abbiamo impiegato. La conferma della spettrometria di massa MALDI-TOF è mostrata nelle figure. Il recupero di massa di questi peptidi è stato superiore all'80%. Significativamente, tutte queste sequenze hanno accoppiamenti multipli tra amminoacidi alfa alfa dialchilati adiacenti. Questi sono tra i residui più difficili da accoppiare attraverso la formazione di legami peptidici.

Figura 1: L'apparecchio SPPS manuale costruito in casa, assistito da microonde. (A) Schema che mostra 1) ETFE "tee"; 2) valvola in ETFE per il vuoto; 3) valvola ETFE per azoto gassoso; 4) tubo di dispersione del gas, all'interno di 5) recipiente di reazione in provetta Pyrex; 6) Setto di tipo NMR per unire il tubo in teflon da 1/8" al tubo di dispersione del gas; 7) valvola a spillo per il controllo del flusso di azoto gassoso; 8) Pallone a braccio laterale per la raccolta degli scarti di reazione. Vedere la tabella dei materiali per i produttori e i numeri di catalogo dei componenti. (B) Fotografia dell'immagine assemblata. La numerazione è identica a quella della Figura 1A. Abbreviazioni: SPSS = sintesi peptidica in fase solida; ETFE = etilene tetrafluoroetilene; NMR = risonanza magnetica nucleare. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 2: Struttura del peptide 1, sintetizzato tramite metodi SPPS a microonde e conferma MALDI-TOF. (A) CHCA è stato utilizzato come matrice. Il picco a m/z = 880,18 è l'addotto di potassio, [MK+], calcolato m/z=880,45. (B) Traccia HPLC del peptide grezzo 1. Il gradiente del solvente è MeCN dal 20% all'80% su TFA acquoso allo 0,1%, 20 min. Lunghezza d'onda dell'osservazione = 222 nm. Abbreviazioni: SPSS = sintesi peptidica in fase solida; MALDI-TOF = ionizzazione per desorbimento laser assistito da matrice-tempo di volo; CHCA = acido alfa-ciano-4-idrossicinnamico, HPLC = cromatografia liquida ad alta prestazione; MeCN = acetonitrile; TFA = acido trifluoroacetico. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 3: Struttura del peptide 2, sintetizzato tramite metodi SPPS a microonde e conferma MALDI-TOF. (A) CHCA è stato utilizzato come matrice. Il picco a m/z = 1022,7 è assegnato all'addotto di potassio, [MK+], calcolato m/z=1023,5. Il picco a m/z = 966,5 è stato provvisoriamente assegnato a un ossazolone C-terminale tramite perdita d'acqua24, calcolata m/z = 967,5. (B) Traccia HPLC del peptide grezzo 2. Il gradiente del solvente è MeCN dal 20% all'80% per 20 minuti su TFA acquoso allo 0,1%. Lunghezza d'onda dell'osservazione = 222 nm. Abbreviazioni: SPSS = sintesi peptidica in fase solida; MALDI-TOF = ionizzazione per desorbimento laser assistito da matrice-tempo di volo; CHCA = acido alfa-ciano-4-idrossicinnamico, HPLC = cromatografia liquida ad alta prestazione; MeCN = acetonitrile; TFA = acido trifluoroacetico, Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
| Passo | Soluzione/solvente | Volume (mL) | Tempo (min) | Temperatura (°C) | |
| 1 | Deprotezione | 20% Morfolina | 7 | 2 | 90 |
| 2 | Lava | DMF | 4, 4, 4 | - | RT |
| 3 | Deprotezione | 20% Morfolina | 7 | 2 | 90 |
| 4 | Lava | DMF | 4, 4, 4 | - | RT |
| 5 | Accoppiamento | Fmoc-AA-OH, OXYMA, DIC | 5, 2, 2 | 10 | 100 |
| 6 | Lava | DMF | 4, 4, 4 | - | RT |
| 7 | Ripetere | ||||
| Fine | Clivaggio | TFA/TIPS/H2O | 1 | >120 |
Tabella 1: Passaggi per un ciclo di SPPS assistita da microonde su scala da 0,1 mmol: deprotezione FMOC, lavaggi e accoppiamento FMOC-amminoacido. 0,2 M FMOC-AA-OH, 0,5 M OSSIMA, 1,0 M DIC. Soluzioni aggiunte manualmente dal micropipettatore direttamente nella provetta per ogni passaggio. Abbreviazioni: SPSS = sintesi peptidica in fase solida; FMOC = fluorenilmetossicarbonile; DIC = diisopropilcarbodiimmide.
File supplementare 1: CEM Discover SP Microwave Reactor Report per la rimozione del gruppo di protezione Fmoc e CEM Discover SP Microwave Reactor Report per l'accoppiamento di un amminoacido protetto da Fmoc. Clicca qui per scaricare questo file.
L'apparato qui presentato invoca un metodo semplice, innovativo ed economico per rimuovere il solvente, i reagenti in eccesso e i prodotti di scarto, nonché per aggiungere l'agitazione del gas azoto, durante la SPPS assistita da microonde. A differenza dei recipienti SPPS convenzionali, che invocano una fritta sul fondo del recipiente, l'apparato presentato invoca un tubo di dispersione del gas sotto vuoto per aspirare il recipiente. Il recipiente di reazione è quindi una normale provetta, che viene riscaldata nella posizione consigliata dal produttore del reattore a microonde all'interno dell'"attenuatore a recipiente aperto".
La nostra innovazione principale consiste nel rimuovere i solventi e i sottoprodotti di reazione dalla provetta tramite un "tubo di dispersione di gas" sotto vuoto. Durante le trasformazioni chimiche sotto irradiazione a microonde, così come durante i lavaggi con solvente (N,N-dimetilformammide (DMF) o N-metilpirrolidinone, NMP), le perle SPPS vengono agitate dall'azoto gassoso disperso attraverso il tubo. Il vuoto e l'azoto gassoso sono controllati da valvole in ETFE per ottimizzare la resistenza al solvente. I rifiuti SPPS vengono raccolti in un pallone Erlenmeyer a braccio laterale. Tutti i componenti sono collegati tramite tubi in teflon da 1/8". Mentre usiamo il vuoto "domestico", servirebbe anche una pompa a vuoto meccanica. La Figura 1, sopra, è uno schema del nostro apparato.
Il successo della SPPS richiede non solo un apparato, ma anche protocolli chimici di temperatura, tempo e reagenti chimici. Utilizzando il protocollo di Clayden et al.22, abbiamo preparato diversi peptidi che sarebbero difficili, se non impossibili, da preparare con i metodi convenzionali SPPS a temperatura ambiente. Per l'accoppiamento degli amminoacidi, utilizziamo la diisopropilcarbodiimmide (DIC) e l'ossima come cocktail di accoppiamento e irradiamo a 100 °C per 10 minuti. Si ritiene che l'ossima sopprima la racemizzazione dei residui durante il processo di accoppiamento13. Per la deprotezione FMOC, utilizziamo il 20% di morfolina in DMF, irradiata a 90 °C per 2 minuti, e ripetiamo ancora una volta. Tra una reazione e l'altra, usiamo il DMF per risciacquare ripetutamente (3 volte) le perle SPPS (resina Wang).
Utilizzando questo apparato manuale, abbiamo preparato peptidi difficili da sintetizzare alla velocità di circa 40 minuti per residuo. Non abbiamo ancora studiato possibili ottimizzazioni di questo tasso. Ad esempio, riteniamo che il tempo all'interno del reattore a microonde potrebbe probabilmente essere limitato al "tempo di reazione totale", anziché al "tempo alla temperatura target", senza diminuire i risultati. Ciò è dovuto alla quantità di tempo trascorso ad avvicinarsi asintoticamente alla temperatura target (vedere il file supplementare 1 per i dettagli.). Inoltre, in linea di principio, si potrebbero aggiungere tutti i reagenti e i solventi senza rimuovere il recipiente di reazione dal microonde. Tuttavia, preferiamo essere in grado di ispezionare la resina in tutte le fasi.
Sebbene il nostro caso d'uso sia nella SPPS, va notato che i metodi in fase solida vengono sempre più applicati a una varietà di sintesi, come il dendrimero25, l'RNA26 e le sintesi elettrochimiche27. Una varietà di casi d'uso potrebbe trarre vantaggio dall'assistenza a microonde, per la quale questo apparecchio sarebbe adatto. Infine, mentre l'apparecchio è stato costruito per eseguire SPPS assistita da microonde, il suo recipiente di reazione fondamentale è una provetta. Pertanto, l'apparecchio può essere impiegato in SPPS convenzionali a temperatura ambiente, nonché in SPPS condotti a temperature elevate, ad esempio in un bagno d'olio.
Gli autori non hanno conflitti di interesse da rivelare.
Gli autori sono grati per il sostegno delle sovvenzioni INSPIRE della Fairfield University, il supporto del Dipartimento di Chimica e Biochimica della Fairfield University e l'assistenza della dottoressa Dorothy Szobcynski per la sua esperienza nella gestione del laboratorio. Inoltre, gli autori sono grati ai professori Jillian Smith-Carpenter e Aaron Van Dyke per le discussioni riguardanti i peptidi e la sintesi organica. Gli autori apprezzano il sostegno del Publication Fund del College of Arts & Sciences della Fairfield University.
| Nome | Azienda | Numero di catalogo | Commenti |
|---|---|---|---|
| CEM Discover SP Reattore a Microonde | CEM | Fuori produzione. Recentemente sostituito nella linea di prodotti dalla Discover 2.0 | |
| Diisopropilcarbodiimide (DCC) | TCI America | ||
| Dimetilformamide (DMF) | Chimici Termoscientifici | ||
| Tubo a dispersione gassosa, micro, | Chemglass | CG-207-02 | Porosità media |
| Microscopio setto | ChemGlass | CG-3022-20 | Settum tipo "tubo NMR" |
| Morfolina | Chimici Termoscientifici | ||
| Amminoacidi protetti da N-Fmoc | |||
| Oyxma Pure | TCI America | ||
| Fiaschetta Ehrlenmeyer da arma secondaria | Fornitori assortiti | Raccolta dei rifiuti | |
| "Tee" | Idex | P-713 | ETFE |
| Tubo in teflon 1/8", | Restek | 25306 | OD x 0,063" diametro diametrale, 3 m |
| provetta (supporto per il contenitore di reazione esterno al microonde) & nbsp; | Fornitori assortiti | (30 x 175) | |
| Provetta (recipiente a reazione) | Corning Glass | 9820-25X | Pyrex 25 x 200 mm, senza bordo |
| Valvola | Idex | P-721 | ETFE (2x) |
| Wang SPPS Resin, divinilbenzene reticolato all'1%, mesh 100-200 | Tecnologia Chimica Avanzata |