In questo metodo, vengono eseguite simulazioni specifiche per soggetto per prevedere e valutare i possibili effetti termici e meccanici derivanti dall'applicazione della TUS al cervello. I set di dati tra i partecipanti devono rimanere separati e accuratamente documentati, poiché l'utilizzo di una scansione o di un file di dati errati porterà a simulazioni imprecise. Quando vengono raccolte numerose scansioni dei partecipanti e la pianificazione viene eseguita insieme, è importante garantire un'etichettatura corretta di immagini e cartelle e procedere con cautela durante l'ordinamento e il salvataggio dei file.
Per eseguire accuratamente le simulazioni, il cranio deve essere modellato correttamente per ottenere una comprensione specifica del soggetto delle proprietà acustiche e geometriche. BabelBrain, quindi, richiede il completamento di una TAC o ZTE; se nessuna delle due è disponibile, BabelBrain può utilizzare una maschera semplificata dell'osso del cranio ottenuta con lo strumento di incantesimo. Le scansioni TC forniscono le informazioni più accurate sulle caratteristiche del cranio per prevedere come gli ultrasuoni si propagheranno nel cervello una volta che entrano in contatto con il cranio. Ciò si ottiene utilizzando le informazioni voxelizzate dell'osso del cranio, sebbene la stima del volume osseo sia ancora difficile da prevedere a causa della sua natura eterogenea51. Tuttavia, più recentemente, le sequenze di risonanza magnetica TE ultra-brevi, come la scansione ZTE, sono state utilizzate per determinare le proprietà acustiche del cranio ed eseguire simulazioni TUS. La risoluzione e il contrasto dei pixel ossei non sono così elevati in un'immagine ZTE come lo sono nella TC; tuttavia, rispetto alle maschere semplificate derivate dalla sola risonanza magnetica T1-w e T2-w, le immagini ZTE forniscono ancora una stima migliore del riscaldamento con le simulazioni TUS52 che hanno previsioni simili a quelle effettuate con le scansioni TC53. L'utilizzo delle scansioni ZTE nelle simulazioni elimina qualsiasi esposizione non necessaria alle radiazioni e il tempo aggiuntivo necessario per ottenere immagini TC a raggi X, poiché le sequenze ZTE possono essere aggiunte alla sessione di scansione MRI originale. Tuttavia, i protocolli ZTE non sono un prodotto standard sulla maggior parte degli scanner MRI e sono necessarie ulteriori ricerche per migliorare la post-elaborazione basata su ZTE per l'uso nella modellazione TUS. Se non sono disponibili né immagini CT né ZTE, lo strumento di incantesimo utilizzato con BabelBrain crea una maschera semplificata da immagini T1 e T2-w per prevedere le caratteristiche del cranio. Un confronto tra le simulazioni eseguite con una TC rispetto a una maschera semplificata ha evidenziato differenze minime nello sterzo (1,00 mm ± 1,3 mm) e nel riposizionamento meccanico (direzione x 0,2 mm ± 0,4 mm; direzione y 0,1 mm ± 0,5 mm) necessarie per raggiungere il bersaglio, tuttavia una distribuzione dell'intensità leggermente diversa (lunghezza di messa a fuoco 6% ± 8%; larghezza di messa a fuoco 2,7% ± 2%; volume di messa a fuoco 10,4% ± 16%; pressione di picco -0,5% ± 15% per maschera semplificata rispetto alla TC)36. Ciò rivela che la TC fornisce simulazioni più accurate; tuttavia, se non è possibile utilizzare una scansione TC o ZTE, la maschera semplificata è adeguata per completare le simulazioni per la sperimentazione TUS nell'uomo.
I metodi di mappatura delle proprietà acustiche rimangono un'area di ricerca necessaria, poiché la previsione della velocità del suono e l'attenuazione delle immagini TC e RM richiedono ancora una migliore comprensione e un flusso di lavoro semplificato. Pertanto, rimane un avvertimento sulla potenziale deviazione degli effetti termici o meccanici da quanto previsto nella simulazione. La modellazione degli effetti acustici in BabelBrain è ottenuta utilizzando una libreria open source BabelViscoFDTD54,55, che consente la modellazione sia della trasmissione lineare di compressione che di onde di taglio. Questo modello è stato convalidato rispetto a molti altri modelli per posizione, dimensioni e ampiezza della messa a fuoco, differendo meno del 10% nella pressione focale e meno di 1 mm nel posizionamento focale56. Le simulazioni acustiche sono, quindi, in accordo con altri modelli di simulazione. Le previsioni termiche sono più difficili e non sono state convalidate sperimentalmente poiché la termometria RM non può essere eseguita nel cranio e si prevede che le variazioni di temperatura siano molto piccole, il che crea una fonte di incertezza. La modellazione termica utilizzata in BabelBrain è coerente tra gli articoli, risolvendo l'equazione di trasferimento del biocalore (BHTE) per simulare il riscaldamento del cranio attraverso la modellazione della diffusione termica, degli effetti della perfusione e della potenza acustica36,51. Le stime dell'aumento termico da modelli di attenuazione e assorbimento sono utilizzate per prevedere gli effetti nel cranio con TUS sulla base di altra letteratura pubblicata57, fungendo da migliore alternativa fino ad oggi per simulare il riscaldamento del cranio. Come si vede nei metodi descritti, l'utente specifica la durata dell'ecografia, il tempo di spegnimento dopo l'ecografia, il ciclo di lavoro e l'intensità media del polso di picco spaziale desiderata in condizioni cerebrali, di cui i parametri di sicurezza sono calcolati in funzione della selezione dei parametri. L'utente deve, quindi, ispezionare tutti i parametri da utilizzare per assicurarsi che rientrino nei requisiti di sicurezza. È stato anche riscontrato che vari sistemi di neuronavigazione utilizzati per posizionare il trasduttore sulla regione di interesse hanno un errore di registrazione del bersaglio di circa 3 mm 38,58,59. Tuttavia, a seconda della frequenza impiegata e delle dimensioni del bersaglio, la macchia focale può essere ancora abbastanza grande da coprire il bersaglio, anche con 3 mm di errore. Sebbene questo possa essere un limite, offre comunque un vantaggio maggiore rispetto ai sistemi di navigazione alternativi a causa dell'invasività dei metodi di localizzazione stereotassica.
BabelBrain semplifica le fasi di pianificazione necessarie per completare gli esperimenti TUS sugli esseri umani in quanto è efficiente, facile da usare ed è l'unico strumento di pianificazione accessibile open source fino ad oggi. Ciò consente la trasparenza dei metodi sperimentali nella letteratura pubblicata, poiché gli script utilizzati sono apertamente accessibili. Il metodo descritto completa le fasi di preparazione dei dati e di elaborazione delle immagini, eliminando la necessità di script personalizzati o di qualsiasi collaborazione esterna per eseguire le simulazioni. Pertanto, rimuove un importante ostacolo per gli sperimentatori, consentendo loro di completare direttamente la pianificazione e le simulazioni e consentendo a più laboratori di completare con successo la sperimentazione TUS. Oltre alla pianificazione prospettica degli esperimenti, questo metodo ha anche potenziali applicazioni nella pianificazione della terapia FUS mediata dalla cavitazione36, come l'apertura della barriera emato-encefalica59. Nel complesso, questo metodo fornisce un approccio efficace e semplificato per la pianificazione e l'implementazione della sperimentazione TUS nell'uomo e lo sviluppo di TUS per l'uso in contesti clinici.