Qui, descriviamo la struttura e le procedure operative, comprese le misure di contenimento microbico di una struttura per "topi selvatici" utilizzando come esempio il campionamento del sangue per l'immunofenotipizzazione.
Articolo metodologico
* These authors contributed equally
Qui, descriviamo la struttura e le procedure operative, comprese le misure di contenimento microbico di una struttura per "topi selvatici" utilizzando come esempio il campionamento del sangue per l'immunofenotipizzazione.
L'uso di topi da laboratorio con un microbioma naturale, come i "topi bruti", offre uno strumento di ricerca promettente sia per la scienza di base che per quella applicata grazie alla loro stretta somiglianza con il superorganismo umano. Tuttavia, l'allevamento e il mantenimento di questi topi, che ospitano un microbioma diversificato che include batteri, virus e parassiti, pongono sfide significative per le strutture di allevamento degli animali presso gli istituti di ricerca. Per affrontare queste sfide, è stato sviluppato un concetto di struttura specializzata per l'alloggiamento dei "topi bruti" presso la Charité - Universitätsmedizin Berlin. Questo approccio ha comportato la progettazione di una struttura con specifiche caratteristiche strutturali e protocolli operativi per contenere efficacemente il microbioma naturale, proteggendo così aree con standard igienici più elevati.
Viene dimostrata una metodologia per il campionamento di sangue sia da patogeni specifici privi di patogeni (SPF) che da "topi bruti" per l'immunofenotipizzazione, evidenziando il flusso di lavoro e le misure di biocontenimento implementate nella struttura. Risultati notevoli rivelano che i "topi bruti" esposti a un microbioma naturale sviluppano popolazioni di cellule immunitarie distinte, che sono significativamente ridotte nei topi allevati e mantenuti in condizioni igieniche rigorose.
L'importanza di questo studio risiede nel suo potenziale di fornire ai ricercatori l'accesso a topi che possiedono un microbioma naturale e un sistema immunitario maturo simile a quello degli adulti umani. Questo approccio potrebbe migliorare la traducibilità dei risultati preclinici nella pratica clinica, facendo così progredire il campo della ricerca biomedica.
La sperimentazione sui topi è ancora indispensabile nelle scienze di base e applicate, come la ricerca preclinica e tossicologica. Tuttavia, la standardizzazione dell'igiene negli ambienti di laboratorio, volta a ridurre il rumore biologico e minimizzare la variabilità dei risultati sperimentali, ha portato all'esclusione del microbiota naturale in larga misura. Pertanto, le condizioni in cui nascono e vengono allevati topi da laboratorio igienicamente standardizzati e privi di patogeni specifici (SPF) differiscono dalle condizioni del mondo reale a cui gli esseri umani e gli animali sono normalmente esposti. Questa discrepanza tra le condizioni di laboratorio e gli ambienti naturali in cui si verificano le malattie umane dà origine alla "fallacia della standardizzazione": assumere che minimizzare la variazione nelle condizioni sperimentali migliori i risultati traslazionali. Tuttavia, in realtà, limita la rilevanza biologica dei risultati 1,2. Ad esempio, la ricerca ha dimostrato che l'assenza di diversità microbica e ambientale nei topi SPF può portare a un sistema immunitario sottosviluppato, minando la validità degli studi immunologici e preclinici3.
Sono stati proposti diversi approcci per affrontare la variazione biologica nei modelli murini, ognuno con i propri vantaggi e limiti, tra cui la co-housing con topi selvatici e pet shop 3,4,5,6,7,8, l'esposizione sequenziale ai commensali 9, il mantenimento degli animali in recinti all'aperto10 o su lettiere di animali di grossa taglia11 e i trapianti fecali da topi selvatici12. Un nuovo promettente modello murino per la ricerca preclinica e tossicologica è il modello "Wildling mice", che consiste in ceppi standard di topi da laboratorio che ospitano un microbioma naturale13. Questi "topi bruti" sono generati trapiantando embrioni da ceppi di topi da laboratorio in topi catturati in natura. Durante la nascita, i ceppi di topo da laboratorio acquisiscono il microbioma naturale delle loro madri surrogate, imitando l'inoculazione naturale che avviene durante il parto umano13. I "topi bruti" possono essere allevati come qualsiasi altro ceppo di topo da laboratorio, con il loro microbioma naturale preservato attraverso le generazioni.
I "topi bruti" ospitano un microbiota diversificato, tra cui batteri, virus e parassiti, che sono tipicamente esclusi dalle strutture per topi SPF. Di conseguenza, il mantenimento di un microbioma naturale nelle strutture di ricerca presenta delle sfide, poiché questi microbi devono essere contenuti senza compromettere gli standard igienici generali dell'SPF.
Alla Charité - Universitätsmedizin Berlin, è stata istituita una struttura dedicata ai "topi selvatici", separata dalle aree SPF da rigorose misure di biocontenimento. La struttura comprende sale di riproduzione e sperimentazione, garantendo il mantenimento del microbioma naturale dei "topi bruti" e la protezione delle aree SPF (Figura 1).
Le coppie fondatrici della colonia di Charité sono state importate dalla colonia di "topi selvatici" istituita presso il Dipartimento di Ricerca sul Microbioma, Ospedale Universitario di Erlangen, Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg (FAU), Germania. Vengono forniti con un certificato sanitario e monitorati con un pannello esteso per i patogeni zoonotici prima dell'importazione dei fondatori della colonia. Le sentinelle saranno utilizzate per monitorare il microbioma nel tempo. Sia SPF che "topi bruti" sono alloggiati nelle stesse condizioni. I topi sono allevati e tenuti preferenzialmente in gabbie ventilate individualmente (IVC) di tipo II lunghe in gruppi di cinque topi. La temperatura all'interno della struttura è di 22 °C e il ciclo luce/buio è di 12 ore. I topi ricevono cibo standard a base di cereali e acqua del rubinetto. La sterilizzazione della lettiera e degli articoli di arricchimento non è necessaria per i "topi bruti". Tuttavia, la sterilizzazione in autoclave di questi articoli impedisce la confusione dei materiali nelle aree in cui sono alloggiati i topi SPF.
In questo protocollo, vengono dimostrate le procedure di immunofenotipizzazione sia per SPF che per "Topi bruti", evidenziando i rigorosi protocolli di contenimento microbico presso la struttura "Topo bruto". Queste misure garantiscono l'integrità degli ambienti SPF, fornendo al contempo i vantaggi di lavorare con topi portatori di un microbioma naturale.

Figura 1: Layout della struttura per i topi bruti. E1 = accesso alla struttura. Le frecce indicano il percorso di ingresso nella struttura. E2 = accesso alla cabina del flusso d'aria laminare dall'esterno della struttura. PA = camera stagna per il personale con doccia d'aria. AS = doccia d'aria. R1, R2 = stanze per l'allevamento di topi bruti. R3 = spazio per tenere i topi selvatici. R4 = spazio per conservare i topi SPF. PR1 = sala operatoria per topi SPF. PR2 = sala operatoria per topi Bruti. SB = banco di lavoro sterile. EE = uscite di emergenza. CR = spogliatoio davanti alla cabina LAF. LAF = cabina a flusso d'aria laminare per interventi sotto flusso d'aria protettivo. A = autoclave. ER = locale tecnico. Le frecce verdi rappresentano i percorsi accessibili quando si lavora con animali SPF e le frecce gialle indicano i percorsi disponibili per lavorare con i topi bruti dopo la doccia d'aria. Le frecce blu indicano l'accesso solo per il personale dell'allevamento. La linea rossa segna la parete di vetro all'interno della cabina LAF, che divide lo spazio in due sezioni a cui si può accedere da E1 tramite PR2 o da E2 tramite CR. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
La struttura per i "Topi selvatici" e le procedure che coinvolgono animali vivi sono state approvate dall'ufficio statale responsabile per la sperimentazione animale, "Landesamt für Gesundheit und Soziales Berlin" (LAGeSo). I passaggi più importanti del protocollo sono riassunti nella Figura 2.
1. Ottenere l'accesso alla struttura Wilding
2. Ingresso nella struttura per "Topi bruti"
3. Campionamento del sangue da topi SPF nell'area SPF
4. Entrare nell'area per "Topi bruti"
5. Campionamento del sangue da "topi selvatici"
6. Esportazione di campioni di sangue dall'area "Topi bruti" tramite l'armadio a flusso d'aria laminare (LAF)
NOTA: La sala operatoria (PR2) contiene un armadio LAF, che funge da serratura del materiale e sala di intervento sterile. I campioni vengono trasferiti all'esterno attraverso la cabina LAF. L'interno è accessibile sia dall'interno (via E1 e PR2) che dall'esterno (via E2 e CR) dell'area dei Bruti ed è diviso al centro da una parete vetrata con porta scorrevole (Figura 1). Per esportare i materiali sono necessarie due persone: la persona 1 (all'interno dell'area dei Bruti [via PR2]) eseguirà i passaggi 6.1 e 6.2. La persona 2 (al di fuori dell'area dei Bruti [via E2]) eseguirà i passaggi 6.3-6.5.
7. Uscita dalla struttura per "Topi bruti"
8. Elaborazione e analisi di campioni di sangue
I "topi selvatici" ospitano potenzialmente microrganismi tipicamente esclusi dalle strutture SPF, il che rappresenta una sfida per le pratiche di allevamento degli animali all'interno degli istituti di ricerca che rispettano rigorosi standard igienici. Negli ultimi 4 anni, gli scienziati e i veterinari della Charité - Universitätsmedizin Berlin e del Centro tedesco per la protezione degli animali da laboratorio (Bf3R) hanno sviluppato una struttura dedicata ai topi con un microbioma naturale, che incorpora rigorose misure di biocontenimento attraverso uno sforzo collaborativo (Figura 1). Per realizzare questo progetto, una struttura per topi esistente è stata sottoposta a un'ampia ricostruzione, compresa l'installazione di una doccia d'aria e di una cabina a flusso d'aria laminare. Le aree in cui vengono allevati e tenuti i "topi bruti" e i topi SPF sono separate dalla doccia d'aria ed entrambe le aree sono dotate di sale operatorie designate. Il materiale termostabile lascia l'area per i "topi bruti" solo attraverso l'autoclave, mentre i materiali termolabili, come i campioni, possono essere esportati tramite l'armadio LAF per ulteriori lavorazioni nelle aree di laboratorio (Figura 2). Il rigoroso rispetto di tutte le misure di biocontenimento è essenziale per prevenire la contaminazione delle aree in cui vengono mantenute le condizioni igieniche SPF (Figura 3). Nel complesso, la progettazione e le misure di biocontenimento della struttura per "topi selvatici" presso la Charité - Universitätsmedizin Berlin offrono agli scienziati l'opportunità di condurre ricerche con topi che ospitano un microbioma naturale, prevenendo efficacemente la diffusione di microrganismi in aree della struttura per animali con livelli di igiene più elevati.
La citometria a flusso è il metodo gold standard nell'immunologia cellulare e viene utilizzata per interrogare le popolazioni di cellule immunitarie nel sangue e nei tessuti in risposta a condizioni ambientali alterate. Ad esempio, gli esseri umani adulti hanno un numero considerevole di cellule T di memoria che circolano nel sangue, che si sviluppano in seguito all'esposizione a microrganismi provenienti dall'ambiente3. Qui, la citometria a flusso è stata utilizzata per sondare le cellule T di memoria nel sangue di topi allevati e mantenuti in condizioni SPF e nel sangue di "topi bruti" (Figura 4). I "topi bruti" colonizzati con un microbioma naturale, presentano una popolazione distinta di cellule T di memoria. Al contrario, i topi allevati e mantenuti in condizioni SPF hanno notevolmente ridotto le cellule T di memoria nella circolazione sanguigna. Pertanto, la citometria a flusso può caratterizzare l'impatto di diversi ambienti microbici sul compartimento immunitario. La granulazione dei dati può essere aumentata includendo ulteriori marcatori di cellule immunitarie. Gli approcci recentemente sviluppati nell'ambito della citometria a flusso, come la citometria a tempo di volo (CyTOF) e la citometria a flusso spettrale, consentono l'acquisizione di informazioni su una moltitudine di parametri e, quindi, l'espansione del numero di (sotto)popolazioni di cellule immunitarie che possono essere quantificate nello stesso campione di sangue e tessuto. Inoltre, la produzione cellulare di citochine può essere valutata anche mediante citometria a flusso, fornendo informazioni sulla funzione delle cellule in risposta a un microbioma naturale.

Figura 2: Flusso di lavoro nell'impianto di Wildling. Il prelievo di sangue e l'elaborazione dei campioni sono esempi, ma possono essere sostituiti da altre procedure, come gli interventi chirurgici con prelievo di tessuti e l'istologia. Per le abbreviazioni, vedere la legenda della Figura 1 . Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 3: Confronto tra i requisiti dei dispositivi di protezione individuale (DPI) per le aree SPF e Wildling. Nell'area SPF (a sinistra), i DPI standard sono costituiti da un unico strato di indumenti protettivi. Al contrario, l'area dei bruti (a destra) richiede un processo DPI in tre fasi prima di entrare nella doccia d'aria: un kasac (indumento intimo protettivo = passaggio 1) viene indossato sotto la tuta (passaggio 2). Questo strato aggiuntivo aiuta a mantenere l'igiene e a prevenire la contaminazione incrociata tra le aree. Dopo la doccia d'aria, è necessario indossare le scarpe designate per l'area dei bruti (passaggio 3). Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 4: Immunofenotipo dei "topi bruti". Campioni di sangue di topi maschi SPF (n = 5 topi e "topi selvatici" (n = 5 topi), di età 14 settimane, sono stati colorati con un cocktail di anticorpi coniugati con fluorofori contro CD45, catena TCR-β, CD4, CD8, CD44 e CD62L. I numeri sono la proporzione tra la deviazione parentale ± standard. La strategia di gating è mostrata per i topi SPF, ad eccezione degli ultimi due blot da SPF e "Topi bruti". Nei "topi bruti" le cellule T della memoria centrale ed effettrice sono aumentate rispetto ai topi allevati e mantenuti in condizioni di SPF. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
I topi con un microbioma naturale sono uno strumento di ricerca promettente per la scienza di base e applicata a causa della loro maggiore somiglianza con il superorganismo umano 3,9,10,11,12. I tentativi di incorporare la complessità biologica nei modelli murini hanno portato allo sviluppo di vari approcci, ciascuno con i propri vantaggi e limiti 3,7,8,9,10,11,12. I "topi bruti" combinano i vantaggi di un ambiente di laboratorio controllato con un microbioma naturale. Questo approccio mantiene la stabilità in condizioni sperimentali preservando la naturale diversità microbica necessaria per lo studio di interazioni biologiche complesse. Di conseguenza, le terapie biomediche sviluppate e testate nei "topi bruti" hanno un grande potenziale per una traduzione di successo in applicazioni cliniche.
Tuttavia, deve ancora essere determinato in quali modelli di malattia preclinica, i "topi bruti", siano superiori ai topi SPF. Inoltre, i topi con un microbioma naturale ospitano microrganismi come vermi altamente trasmissibili che sono tipicamente esclusi dalle strutture istituzionali. Pertanto, l'allevamento e il lavoro con questi topi presentano sfide per le pratiche di allevamento degli animali all'interno degli istituti di ricerca.
La creazione di una struttura per "topi bruti" ha comportato uno sforzo collaborativo di scienziati, veterinari e funzionari istituzionali della Charité - Universitätsmedizin, del Centro tedesco per la protezione degli animali da laboratorio (Bf3R) e della Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg (FAU). Dopo aver sviluppato il concetto di struttura, una struttura per topi esistente è stata sottoposta a un'ampia ricostruzione per incorporare rigorose misure di biocontenimento. La struttura è certificata per le operazioni di biosicurezza di livello 2 (BSL-2) relative alla ricerca con agenti patogeni umani.
Qui, le procedure operative e di biocontenimento nella struttura per i "topi bruti" sono descritte utilizzando come esempio il campionamento del sangue per l'immunofenotipizzazione mediante citometria a flusso. Il rigoroso rispetto delle misure di biocontenimento durante il lavoro nella struttura per "topi bruti" è obbligatorio per prevenire la diffusione di microrganismi in altre aree della struttura per animali. Ciò include la limitazione dell'accesso alla struttura al minor numero possibile di persone per il gruppo di ricerca. Inoltre, è necessaria una sessione introduttiva obbligatoria condotta dall'ufficiale istituzionale per il benessere degli animali prima di ottenere l'accesso iniziale alla struttura. Informazioni generali e procedure operative standard (SOP) per lavorare all'interno dell'impianto di Wildling sono disponibili anche su un sito web interno ("Wildling wiki")14,15.
Durante il lavoro all'interno della struttura, i DPI devono essere indossati correttamente. Ad esempio, è essenziale assicurarsi che nessun capello sia esposto al di fuori della retina per capelli, poiché le uova dei parassiti potrebbero potenzialmente attaccarsi ad essa. Se l'esperimento coinvolge sia "topi bruti" che topi SPF, i topi SPF devono essere maneggiati per primi. Le aree per i "topi bruti" e i topi SPF all'interno della struttura sono separate da una doccia d'aria e ogni area è dotata di sale operatorie designate. Queste sale possono essere prenotate attraverso un sistema di prenotazione online, garantendo processi di lavoro fluidi e un numero limitato di persone all'interno della struttura. Un massimo di due persone per area per sala operatoria (PR1, PR2, LAF) possono lavorare contemporaneamente in ciascuna barriera. Le eccezioni si applicano agli esperimenti che richiedono personale aggiuntivo per garantire un'esecuzione etica e competente delle procedure. I topi vengono trasferiti da una stanza all'altra all'interno delle rispettive aree in gabbie IVC chiuse, che possono essere aperte solo sotto un banco a flusso laminare per garantire il contenimento microbico e la sicurezza sul lavoro. La sala operatoria nell'area "Topi selvatici" contiene anche una cabina a flusso d'aria laminare (LAF). Questa cabina LAF deve essere utilizzata per la dissezione e la chirurgia dei "topi bruti", compreso il trasferimento di embrioni. Il trasferimento di embrioni è una procedura critica nel contesto dei "topi selvatici", in quanto viene utilizzato per generare nuovi modelli di "topo bruto". Ad esempio, il trasferimento di embrioni da ceppi di topi geneticamente modificati (OGM) in "topi selvatici" di tipo selvatico viene utilizzato per creare ceppi OGM selvaggi. La cabina LAF viene utilizzata anche per l'esportazione di campioni, che richiede il coordinamento con una persona al di fuori dell'area "Topi bruti". Un'ulteriore elaborazione dei campioni può essere eseguita nello spazio di laboratorio adiacente, consentendo ai ricercatori di maneggiare materiali sensibili al tempo in loco, limitando al contempo i luoghi in cui vengono elaborati i campioni di "topi bruti".
Tutti gli altri materiali devono rimanere all'interno dell'impianto Wildling o devono essere sterilizzati in autoclave prima di lasciare l'impianto. Dopo il lavoro, tutti i materiali e le superfici vengono disinfettati con disinfettanti appropriati per le condizioni BSL2. Alle persone che sono entrate nella struttura per "topi bruti" è vietato entrare in qualsiasi altra struttura per animali lo stesso giorno.
La ricerca nella struttura è condotta nell'ambito del consorzio scientifico "The Wildling Mouse Model in Health and Disease (Wildling HeaD)", facilitando la comunicazione tra gli scienziati che lavorano con i "topi bruti", nonché lo scambio di metodi e competenze. Il consorzio è supportato da Responsible PrecliniX presso il QUEST Center for Responsible Research dell'Istituto di Salute di Berlino (BIH), che aiuta nelle procedure di preregistrazione degli studi sugli animali, nella solida progettazione sperimentale e nella gestione della qualità (www.bihealth.org/en/quest/service/service/responsible-preclinix).
In sintesi, è stata creata una struttura all'avanguardia, dotata di rigorose misure di biocontenimento, per supportare la ricerca preclinica sicura ed etica. Questa struttura facilita lo studio dei "topi bruti", che ospitano un microbioma naturale, colmando efficacemente il divario tra le condizioni di laboratorio controllate e gli ambienti microbici del mondo reale. Per la costruzione di una struttura come quella descritta, è essenziale dare priorità alla scienza di squadra e alla collaborazione interdisciplinare, incorporando le competenze di scienziati, veterinari e funzionari istituzionali per garantire una progettazione e un funzionamento efficaci di ambienti ad alto biocontenimento. Inoltre, l'attuazione di rigorose misure di biocontenimento, la fornitura di una formazione completa e lo sviluppo di chiare procedure operative standard (SOP) sono fondamentali. La creazione di una struttura di comunicazione efficiente, come un wiki interno, e il monitoraggio e la convalida continui delle condizioni sperimentali miglioreranno ulteriormente l'efficacia e la sicurezza della struttura nella gestione di modelli complessi come i "topi bruti".
Gli autori non hanno conflitti di interesse da rivelare.
Questo lavoro è stato sostenuto da Charité 3R| Sostituisci - Riduci - Perfeziona. S.P.R. è stato sostenuto dalla Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, Fondazione tedesca per la ricerca) Emmy Noether-Programm RO 6247/1-1 (ID progetto 446316360), DFG SFB1160 IMPATH (ID progetto 256073931) e TRR 359 PILOT (ID progetto 491676693). S.J. è stato sostenuto dalla Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, Fondazione tedesca per la ricerca) JO 1216/2-1 e dalla Società tedesca per la sclerosi multipla (DMSG e.V.).
| Nome | Azienda | Numero di catalogo | Commenti |
|---|---|---|---|
| Alexa Fluor 700 anti-topo CD45 anticorpo | BioLegend | 103127 | Clone 30F-11 |
| Animal Chow | Altromin | 1324 | |
| APC anti-topo CD4 anticorpo | BioLegend | 100515 | Clone RM4-5 |
| Provetta per prelievo di sangue | Greiner | 450475 | MiniCollect K3E, K3EDTA |
| Albumina sierica bovina | Sigma-Aldrich | A9647-100G | |
| Brilliant Violet 605 anti-topo anti-topo anticorpo a catena TCR-beta | BioLegend | 109241 Clone H57-597 | |
| Brilliant Violet 785 anti-topo CD8 anticorpo | BioLegend | 100749 | Clone 53-6.7 |
| Capillary | 9000210 | mann minicaps, Na-hep | |
| EDTA | Corning | 46-034-CI | |
| FITC anti-topo CD44 anticorpo | BioLegend | 103021 | Clone IM7 |
| PerCP/Cyanine5.5 anti-topo CD62L Anticorpo | BioLegend | 104431 | Clone MEL-14 |
| Soluzione salina tamponata con fosfato (10x) | Gibco | 12579099 | |
| Soluzione salina tamponata con fosfato (1x) | Gibco | 14190094 | |
| Tampone di lisi con globuli rossi | BioLegend | 420302 | |
| Provetta in polistirene a fondo tondo | Sarstedt | 55.476.005 | |
| SYTOX Blue Dead Cell Stain | Invitrogen | S34852 | |
| Tyvek overall (DuPont) | Fisher Scientific | 11371633 |
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