Le malattie cardiovascolari (CVD) sono la principale causa di morte negli Stati Uniti. I danni al sistema cardiovascolare possono essere dovuti all'esposizione ambientale, ai traumi, alla tossicità dei farmaci o a numerosi altri fattori. Di conseguenza, il tessuto cardiaco e il sistema vascolare subiscono cambiamenti strutturali e mostrano una funzione ridotta. Il danno e il conseguente rimodellamento possono essere rilevati e quantificati con l'imaging ecografico (US) a livello d'organo e con la spettrometria di massa (MSI) a livello molecolare. Questo manoscritto descrive una metodologia innovativa per lo studio della fisiopatologia cardiaca murina, l'accoppiamento dell'imaging e dell'analisi ecografica quadridimensionale (4D) in vivo con l'MSI del cuore di desorbimento/ionizzazione laser assistita da matrice ( MADLI) ex vivo. Gli ultrasuoni 4D possono fornire misurazioni volumetriche dinamiche, tra cui lo spostamento radiale, la deformazione superficiale e la deformazione longitudinale durante un intero ciclo cardiaco. Nel sistema vascolare, l'MSI e gli ultrasuoni vengono utilizzati per valutare la composizione della parete dei vasi, l'emodinamica e la dinamica delle pareti dei vasi. La metodologia può essere personalizzata per studiare una miriade di malattie cardiovascolari regolando le metriche funzionali di interesse e/o variando il protocollo MALDI MSI per mirare a molecole specifiche. MALDI MSI può essere utilizzato per studiare lipidi, piccoli metaboliti, peptidi e glicani. Questo protocollo delinea l'uso di MALDI MSI per l'analisi lipidomica non mirata e l'uso dell'imaging ecografico per l'emodinamica e la biomeccanica cardiovascolare.