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Il muco svolge un ruolo fondamentale nel mantenimento dell'omeostasi intestinale facilitando la digestione, formando una barriera contro i microbi e regolando le risposte immunitarie all'interno dell'intestino. La sua secrezione è modulata da vari fattori intrinseci ed estrinseci, tra cui infezioni microbiche e infiammazioni. Mentre i metodi tradizionali per l'analisi del muco si basano sulla quantificazione relativa, come la misurazione dello spessore del muco nelle sezioni istologiche, questi approcci forniscono una visione limitata del volume effettivo e della distribuzione spaziale del muco secreto all'interno del lume intestinale. Qui, presentiamo una metodologia dettagliata per la quantificazione tridimensionale assoluta del muco utilizzando tessuti intestinali a montaggio intero e microscopia multifotonica. Questo protocollo include la preparazione di anse intestinali legate, il trattamento con carbamilcolina cloruro come stimolo per l'attivazione delle cellule caliciformi, la fissazione dei tessuti e la colorazione per l'imaging. Utilizzando la microscopia multifotone, acquisiamo immagini Z-stacked della superficie luminale. Questi vengono elaborati nel software Imaris per quantificare il volume e la distribuzione spaziale del muco secreto. Dimostriamo che il cloruro di carbamilcolina induce in modo robusto la secrezione di muco sia nei tessuti ileali che in quelli del colon entro 30 minuti. Il muco secreto appare in modo sporadico e discontinuo in tutto il lume, sottolineando l'importanza dell'analisi volumetrica rispetto ai tradizionali approcci bidimensionali. Questo protocollo consente ai ricercatori di ottenere dati quantitativi assoluti e visualizzare la distribuzione del muco in situ, offrendo un potente strumento per studiare la dinamica del muco intestinale in condizioni fisiologiche e patologiche.