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La cartilagine craniofacciale nei vertebrati emerge da una popolazione cellulare multipotente chiamata cellule della cresta neurale cranica1. Queste cellule vengono prima specificate nei margini dorsali della placca neurale negli embrioni precoci, che poi migrano a grandi distanze per raggiungere la regione craniofacciale e gli archi faringei prima di differenziarsi 2,3. I meccanismi di segnalazione che guidano questa migrazione e differenziazione sono in gran parte conservati tra i vertebrati 4,5. Nonostante ciò, l'organizzazione, le dimensioni e la forma dei singoli elementi della cartilagine sono distinti tra le specie, dando origine a diverse morfologie craniofacciali6. Il pesce zebra, in particolare, è emerso come un potente sistema modello per studiare la morfogenesi craniofacciale, data la natura trasparente degli embrioni fino agli stadi larvali. Utilizzando semplici procedure di colorazione per marcare la cartilagine, la morfologia di molte strutture craniofacciali nel pesce zebra è stata caratterizzata sotto diverse perturbazioni delle vie di segnalazione 7,8,9 e quando embrioni o larve sono esposti a inquinanti comuni presenti nell'ambiente10. La colorazione blu di Alcian qui descritta per marcare la cartilagine comporta l'uso di condizioni non acide standardizzate da Walker e Kimmel11, che sono state successivamente utilizzate da molti laboratori di zebrafish che lavorano sullo sviluppo craniofacciale 5,12,13,14,15,16,17,18,19 , compresa la descrizione dell'uso nelle scuole superiori20. La colorazione priva di acidi preserva intatte le strutture ossee, consentendo di colorare la cartilagine e le ossa utilizzando rispettivamente il blu di Alcian e il rosso di alizarina. Tuttavia, manca un protocollo dettagliato per la colorazione e per l'esecuzione di una dissezione precisa delle cartilagini craniofacciali, in particolare per aiutare tali studi da intraprendere in contesti con risorse limitate.
Anche se la struttura scheletrica facciale nel pesce zebra adulto è piuttosto complessa, costituita da 43 ossa derivate dalla cartilagine21, la cartilagine craniofacciale in una larva a 5 giorni dalla fecondazione (dpf), che ha appena acquisito la capacità di nutrirsi, è relativamente semplice e può essere suddivisa in un neurocranio dorsale e un viscerocranio ventrale4. Queste strutture sostengono il cervello, contribuiscono all'apparato alimentare e danno origine alle cartilagini di supporto per i tessuti branchiali. Il protocollo qui descritto consentirà di colorare le cartilagini di zebrafish con il blu di Alcian, seguito da una procedura dettagliata per sezionare il neuro e il viscerocranio in strutture separate, che alla fine consentirà un'attenta caratterizzazione della forma e delle dimensioni delle varie cartilagini in queste strutture. Ad esempio, misuriamo le dimensioni della regione anteriore del palato (tetto della bocca) chiamata placca etmoidale, che è una parte del neurocranio.