Articolo metodologico

Famiglia Sirtuin nella ricerca sulle cellule staminali mesenchimali del midollo osseo: un'analisi bibliometrica con Web of Science e R

DOI:

10.3791/68913

⸱

30 dicembre 2025

 ,  , 
1Department of Prosthodontics, Tianjin Stomatological Hospital, School of Medicine, Nankai University, 2Tianjin Key Laboratory of Oral and Maxillofacial Function Reconstruction, 3Department of Periodontics, Tianjin Stomatological Hospital, School of Medicine, Nankai University

In questo articolo

Sommario

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Questo studio fornisce un protocollo bibliometrico per identificare le tendenze di ricerca della famiglia Sirtuin negli studi sulle cellule staminali mesenchimali del midollo osseo utilizzando Web of Science e R.

Abstract

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Questo studio presenta un protocollo bibliometrico completo per mappare sistematicamente le tendenze di ricerca e le strutture di conoscenza della famiglia Sirtuin (SIRT) nella ricerca sulle cellule staminali mesenchimali del midollo osseo. Il protocollo prevede il recupero strutturato della letteratura dalla Web of Science Core Collection utilizzando termini di ricerca predefiniti, l'applicazione di criteri espliciti di inclusione ed esclusione per selezionare articoli e recensioni in lingua inglese e un'analisi bibliometrica approfondita tramite il pacchetto bibliometrix in R. I principali passaggi metodologici includono il recupero e la pulizia dei dati, l'analisi statistica descrittiva, la valutazione della co-incidenza delle parole chiave, la mappatura della rete collaborativa e la generazione di tematici Mappe di evoluzione e struttura concettuale. La nostra analisi di 496 articoli idonei (2009-2024) ha rivelato un netto aumento delle pubblicazioni annuali, con la Cina che emerge come principale contributore. L'Università di Soochow e l'autore LI Y sono stati identificati rispettivamente come l'istituzione e l'autore più produttivi. Le parole chiave ad alta frequenza includevano 'cellule staminali mesenchimali', 'stress ossidativo' e 'SIRT1', con la mappatura tematica che evidenzia temi motori come la senescenza e lo stress ossidativo. Questo quadro metodologico riproducibile e trasparente non solo delinea i punti caldi della ricerca attuali, ma fornisce anche un approccio rigoroso e scalabile per la sintesi su larga scala della letteratura, supportando con maggiore chiarezza e riproducibilità future le future valutazioni scientifiche e di tendenze nel campo.

Introduzione

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Le cellule staminali sono cellule indifferenziate capaci di auto-rinnovamento e differenziazione, offrendo un notevole potenziale terapeutico. Le cellule staminali adulte, come le cellule staminali mesenchimali del midollo osseo (BMSC), sono ampiamente utilizzate nella rigenerazione dei tessuti grazie alla loro accessibilità e alla mancanza di problemi etici rispetto alle cellule staminaliembrionali 1. Sono cellule non ematopoietiche provenienti dal midollo osseo capaci di differenziarsi in vari tipi cellulari e sono coinvolte nella riparazione dei tessuti e nel trattamentodelle malattie 2,3.

Le cellule staminali adulte sono presenti in vari tessuti, tra cui midollo osseo, grasso e pelle, e evitano le preoccupazioni etiche associate alle cellule staminaliembrionali 4. Queste cellule mantengono il pool delle cellule staminali e supportano la rigenerazione tissutale tramitedifferenziazione 5,6. Il midollo osseo in particolare contiene cellule staminali mesenchimi che migrano ai tessuti danneggiati e contribuiscono allarigenerazione 7,8. Le applicazioni includono il trattamento del cancro, della degenerazione del disco intervertebrale e dei disturbiimmunitari 9,10.

La famiglia Sirtuin (SIRT) è composta da sette enzimi dipendenti da NAD+ (SIRT1-SIRT7) che regolano diverse funzioni cellulari, tra cui l'espressione genica e la riparazione del DNA e ilmetabolismo 11. È importante sottolineare che la loro attività è modulata da vari attivatori specifici (ad esempio, resveratrolo per SIRT1, precursori di NAD⁺) e inibitori (ad esempio, nicotinamide, EX-527 per SIRT1), che sono strumenti di ricerca cruciali e potenziali agentiterapeutici 12. Queste proteine sono localizzate in diversi compartimenti subcellulari e sono state implicate in processi biologici critici. Diversi studi hanno evidenziato l'importanza delle SIRT nella regolazione della risposta allo stress ossidativo, dell'invecchiamento e della differenziazione osteogenica neiBMSC 12,13. Le cellule staminali mesenchimali del midollo osseo sono cellule non ematopoietiche derivate dal midollo osseo capaci di differenziarsi in vari tipi cellulari come osteoblasti, condrociti e adipociti, svolgendo ruoli vitali nella riparazione dei tessuti e nel trattamento di varie malattie, tra cui la degenerazione del disco intervertebrale, il cancro e i disturbiimmunitari 2,9,10.

Nonostante il crescente corpo di letteratura su IRT e BMSC, manca una sintesi completa delle tendenze della ricerca e delle strutture della conoscenza. Sebbene le revisioni narrative e sistematiche tradizionali offrano discussioni approfondite e valutazioni critiche, possono essere soggettive e richiedere molto tempo, specialmente per campi grandi e in rapida evoluzione. Al contrario, l'analisi bibliometrica fornisce un approccio oggettivo quantitativo all'analisi di grandi volumi di dati di pubblicazione, consentendo l'identificazione delle tendenze della ricerca, dei principali contributori e dei punti caldi emergenti attraverso analisi statistica e di rete14. La mappatura della conoscenza migliora ulteriormente questo aspetto rappresentando visivamente la struttura intellettuale e gli sviluppi dinamici all'interno di un campo di ricerca, offrendo un vantaggio unico nel mappare il paesaggio concettuale e nel rivelare schemi nascosti che potrebbero essere trascurati nelle revisioni qualitative 15,16,17.

Questo studio utilizza un approccio bibliometrico per mappare la struttura della conoscenza degli SIRT nella ricerca BMSC. È importante notare che l'analisi si basa esclusivamente su articoli e recensioni in lingua inglese recuperati dalla Web of Science (WOS) Core Collection, che, pur garantendo qualità e coerenza dei dati, può escludere studi rilevanti pubblicati in altre lingue o indicizzati in altre banche dati. Tuttavia, utilizzando il pacchetto bibliometrix in R, questo studio mira ad analizzare oggettivamente lo sviluppo, le reti di collaborazione e i focus tematici in questo campo, fornendo così preziose intuizioni e guidando le future direzioni di ricerca.

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Protocollo

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Questo studio utilizzava solo dati bibliografici pubblici e non coinvolgeva né esseri umani né animali. Pertanto, non era richiesta l'approvazione del comitato etico.

1. Progettazione dello studio

  1. Effettuare un'analisi bibliometrica retrospettiva della letteratura pubblicata sulla famiglia SIRT nella ricerca sulle cellule staminali mesenchimali del midollo osseo.
  2. Raccogliere letteratura dal WOS Core e eseguire recupero strutturato, screening, analisi quantitativa e visualizzazione dei dati bibliografici.

2. Recupero della letteratura

  1. Apri il WOS Core e seleziona il database SCI-Expanded (tutti i codici operativi e i punti di ispezione sono mostrati in (Supplemental File 1)).
  2. Usa la seguente strategia di ricerca: TS=('Cellula staminale mesenchimale*' O 'Cellula stromale mesenchimale*' O 'Cellula stromale del midollo osseo*' O 'Cellula stromale mesenchimale multipotente' O 'Cellula staminale mesenchimale del midollo osseo*') E TS=('SIRT*' O 'Sirtuin' O 'Sirtuins' O 'SIRT1' O 'SIRT2' O 'SIRT3' O 'SIRT6')
  3. Filtra i risultati includendo solo articoli di riviste in lingua inglese e articoli di revisione.
  4. Limitare la data di pubblicazione al 1° novembre 2024.
  5. Esporta i riferimenti selezionati come file di testo semplice con record completi e riferimenti citati.

3. Selezione della letteratura

  1. Utilizzare i seguenti criteri di inclusione:
    1. Tipo di studio: articoli di ricerca originali e articoli di revisione
    2. Lingua: articoli pubblicati in inglese
  2. Utilizzare i seguenti criteri di esclusione:
    1. Rimuovi le pubblicazioni duplicate.
    2. Escludere studi non principalmente relativi a SIRT e BMSC (ad esempio, studi focalizzati su altri bersagli SIRT, altri tipi cellulari o malattie non correlate).
    3. Escludere i tipi di articoli come abstract delle riunioni, atti di conferenze, editoriali, lettere, errate, capitoli di libri e brevetti.
    4. Escludere gli studi per i quali il testo completo non è accessibile.

4. Pulizia dei dati

  1. Apri il file di testo esportato in R usando il pacchetto bibliometrix.
  2. Converti il file di testo in un frame dati usando la funzione convert2df().
  3. Escludere articoli duplicati.
  4. Seleziona titoli e abstract per rimuovere letteratura irrilevante.

5. Analisi dei dati

  1. Installa i pacchetti R, bibliometrix, ggplot2, igraph, factoextra e wordcloud, dalla Comprehensive R Archive Network utilizzando la funzione install.packages( ).
  2. Analizza il numero di pubblicazioni annuali, la produttività degli autori, i contributi nazionali, i risultati istituzionali e le metriche di citazione.
  3. Identifica la frequenza delle parole chiave e le tendenze di crescita utilizzando la parola chiaveGrowth().
  4. Costruire reti di collaborazione tra paesi e istituzioni utilizzando networkPlot().
  5. Valutare la distribuzione e l'impatto delle riviste utilizzando funzioni di analisi delle sorgenti.

6. Visualizzazione

  1. Usa le funzioni thematicMap() e conceptualStructure() per generare mappe di evoluzione tematica e struttura concettuale.
  2. Esporta grafici in formati ad alta risoluzione (Portable Document Format [PDF] o Tagged Image File Format [TIFF]) per la presentazione delle figure.

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Risultati

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Dati generali di pubblicazione

Un totale di 580 articoli sono stati recuperati dalla WOS Core Collection utilizzando la strategia di ricerca dettagliata. Dopo aver applicato i criteri predefiniti di inclusione ed esclusione per rimuovere 84 record non correlati (ad esempio, studi non focalizzati principalmente sui TIRT nei BMSC o su tipi di pubblicazioni irrilevanti come abstract degli incontri) o duplicati, sono stati inclusi 496 articoli ido...

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Discussione

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Attualmente esistono molti studi sulla famiglia SIRT e sui BMSC, ma manca una sintesi completa delle tendenze della ricerca. La Sirtuin 6 è un membro unico della famiglia nota delle RIT e ha una varietà di funzioni in diversi percorsi molecolari legati alla riparazione del DNA, alla glicolisi, alla gluconeogenesi, alla tumorigenesi, alla neurodegenerazione e all'ipertrofiacardiaca 18,19. I suoi ampi ruoli regolatori evidenziano i...

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Dichiarazioni

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Gli autori non hanno conflitti di interesse da divulgare.

Ringraziamenti

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Ringraziamo tutti i membri del nostro gruppo di ricerca per i loro contributi e i feedback durante la preparazione dei manoscritti.

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Materiali

Elenco dei materiali utilizzati in questo articolo
NomeAziendaNumero di catalogoCommenti
computer che esegue il sistema operativo Windows 11Microsoft Corporation, Redmond, WA, USA)
Rversione 4.4.1, R Foundation for Statistical Computing, Vienna, AustriaBibliometrix (versione 4.3.1), ggplot2, igraph, factoextra e Wordcloud

Riferimenti

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