I meccanismi precisi alla base della patogenesi della malattia di Parkinson (PD) rimangono incompleti e non sono ancora stati compresi, in particolare per quanto riguarda il ruolo dell'infiammazione microgliale e la sopravvivenza dei neuroni della serotonina. Questo protocollo delinea un quadro completo per chiarire come la metiltransferasi-simile 3 (Mettl3) modula il fattore nucleare eritroide-correlato 2 (Nrf2) attraverso la modifica N6-metiladenosina (m6A), attenuando così la piroptosi microgliale e preservando i neuroni della serotonina sia in vitro che in vivo . L'obiettivo principale è quello di fornire ai ricercatori metodologie riproducibili per la dissezione della regolazione epitrascrittomica delle vie neuroinfiammatorie, a partire dall'attivazione microgliale indotta da lipopolisaccaridi (LPS) nelle cellule BV2 per simulare le cascate infiammatorie, seguita dalla PCR quantitativa di immunoprecipitazione dell'RNA metilato (MeRIP-qPCR) per l'analisi m6A. In vivo, descriviamo in dettaglio la creazione di un modello murino di PD indotto da MPTP, integrato dalla somministrazione stereotassica di vettori adeno-associati del virus sierotipo 9 (AAV9) per la modulazione mirata di Nrf2 nello striato. Le valutazioni comportamentali comprendono il posizionamento degli arti anteriori, l'accelerazione del rotarod e i test in campo aperto per quantificare i deficit motori, mentre i saggi molecolari includono il Western blotting per i marcatori della piroptosi (ad esempio, NLRP3, cleaved-caspase-1), il test di immunoassorbimento enzimatico (ELISA) per le citochine e la colorazione con diidroetidio (DHE) per il rilevamento delle specie reattive dell'ossigeno (ROS) nei neuroni della serotonina. Tecniche avanzate di microscopia, come l'immunoistochimica per Iba1 e TPH2, consentono la visualizzazione della dinamica microgliale e dell'integrità serotoninergica. I risultati confermano che il deficit di Mettl3 aggrava la sottoregolazione di Nrf2, l'iperattivazione dell'inflammasoma NLRP3, la morte cellulare piroptotica e la conseguente degenerazione dei neuroni della serotonina. Questo metodo non solo fornisce una robusta impalcatura sperimentale per sondare la neuroprotezione mediata da m6A, ma evidenzia anche potenziali vie terapeutiche per mitigare la progressione del PD attraverso la modulazione mirata dell'asse Mettl3/Nrf2 in contesti neurodegenerativi.