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Articolo di ricerca

L'RNA circolare ZBTB46 attenua l'apoptosi e lo stress ossidativo nelle cellule endoteliali umane danneggiate da lipopolisaccaridi modulando la segnalazione ERBB2-AKT

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DOI:

10.3791/69765

13 febbraio 2026

In questo articolo

Sommario

La lesione renale acuta associata alla sepsi (SA-AKI) è associata a tassi di mortalità considerevoli. Questo studio rileva che circZBTB46 è ridimensionato negli HUVEC indotti da LPS ( SA-AKI in vitro). La sua sovraespressione aumenta la vitalità di HUVEC, riduce apoptosi, infiammazione e stress ossidativo in associazione con la segnalazione ERBB2/AKT, suggerendo un potenziale bersaglio terapeutico rilevante per SA-AKI.

Abstract

Gli RNA circolari sono regolatori emergenti delle risposte allo stress, eppure i loro ruoli nella lesione endoteliale che porta a lesioni renali acute correlate alla sepsi restano incompletamente definite. Abbiamo ipotizzato che l'RNA circolare ZBTB46 (circZBTB46) conferisca protezione endoteliale coinvolgendo la segnalazione ERBB2-AKT. Utilizzando un modello cellulare in cui le cellule endoteliali della vena ombelicale umana sono state sfidate con lipopolisaccaridi, abbiamo quantificato l'espressione di circZBTB46 e testato gli effetti della sua espressione forzata sulla sopravvivenza, l'apoptosi, i mediatori infiammatori e l'omeostasi redox. Saggi di vitalità cellulare e citometria di flusso valutarono la sopravvivenza e l'apoptosi. Saggi immunosorbenti legati a enzimi hanno misurato interleucina-6, fattore di necrosi tumorale α e interleuchina-1β, mentre specie reattive di ossigeno, malondialdeide, superossido dismutasi e catalasi sono stati valutati come indici di danno ossidativo e capacità antiossidante. Per definire il meccanismo, abbiamo eseguito il profiling trascritomico con analisi di arricchimento del set genico, confermato le proteine delle vie tramite Western blotting e valutato la necessità utilizzando l'inibitore ERBB2 AG-825. Lipopolisaccaridi soppressi circZBTB46. La sovraespressione di CircZBTB46 ha aumentato la vitalità, ridotto l'apoptosi, ridotto le citochine pro-infiammatorie e le specie reattive dell'ossigeno, diminuito il malondialdeide e aumentato le attività di superossido dismutasi e catalasi. Le analisi trascrittomiche e proteiche hanno supportato l'attivazione dell'asse ERBB2-AKT, mentre il blocco farmacologico ERBB2 ha attenuato la citoprotezione e invertito i progressi nell'equilibrio redox. Questi risultati identificano circZBTB46 come un freno endogeno sul danno endoteliale indotto da lipopolisaccaridi tramite segnalazione ERBB2-AKT e indicano circZBTB46 come nodo meccanicistico e potenziale bersaglio terapeutico per la lesione renale acuta correlata alla sepsi.

Introduzione

La sepsi, una cascata infiammatoria sistemica potenzialmente letale innescata da invasione patogena, culmina frequentemente in insufficienzamultiorganica 1. In questo contesto critico, la SA-AKI emerge come una complicanza predominante e clinicamente significativa nelle unità di terapiaintensiva 2. Caratterizzata da un improvviso deterioramento della capacità di filtrazione renale concomitante a un'infezione sistemica, questa condizione mostra tassi di mortalità superiori a quelli dell'AKI non settica del 38%-42% nelle coorticliniche 2. Si prevede che circa il 60% delle persone diagnosticate con sepsi o shock settico svilupperàSA-AKI 3. Pertanto, la SA-AKI è diventata una sfida importante in terapia intensiva, contribuendo in modo significativo alla morbilità e allamortalità 4. Attualmente, il meccanismo di SA-AKI rimane incompletamente compreso. Sebbene studi preclinici abbiano coinvolto disfunzioni microcircolatorie, alterazioni nel metabolismo cellulare e squilibri all'interno del sistema renina-angiotensina-aldosterone (RAAS), disfunzioni mitocondriali e disregolazione infiammatoria, il meccanismo fisiopatologico della SA-AKI rimane sfuggente e attualmente mancano misure ottimali a supporto della diagnosi precoce e della gestionecontinua 5,6,7,8 . La SA-AKI presenta apoptosi aumentata, stress ossidativo eccessivo einfiammazione 9. All'interno di questo quadro di ricerca, il lipopolisaccaride (LPS) è stato impiegato in un sistema in vitro per imitare le manifestazioni dell'AKI associata alla sepsi nelle cellule endoteliali della vena ombelicale umana (HUVEC) per l'esplorazione preliminare delbersaglio 5.

Negli ultimi anni, gli RNA circolari (circRNA), una categoria recentemente identificata di molecole di RNA non codificante, hanno attirato una crescente attenzione per il loro ruolo in varie malattie10. I circRNA possiedono una struttura circolare stabile e partecipano ai processi fisiologici e patologici cellulari fungendo da spugne molecolari per i microRNA (miRNA), regolando la trascrizione genica o partecipando a interazioniproteiche 11. Le indagini hanno indicato che i circRNA sono coinvolti in modo critico nel modulare l'infiammazione, lo stress ossidativo e le vie apoptotiche, generando così un maggiore focus sulla ricerca sulle possibili implicazioni nella sepsi e nelle condizioni correlate, inclusa la lesione renaleacuta 12. Ad esempio, hsa_circ_0072463 è stato identificato come un promettente marcatore diagnostico e bersaglio terapeutico perSA-AKI 13. Circ_001653 fu riportato come un attenuatore di SA-AKI tramite il reclutamento di BUD13-14. Tuttavia, il significato funzionale dei circRNA in SA-AKI rimane in gran parte inesplorato.

Questo studio è stato progettato per esaminare l'influenza di circZBTB46 sulla funzione delle cellule endoteliali, sullo stress ossidativo e sulle risposte infiammatorie utilizzando un sistema SA-AKI in vitro . Costruendo un modello HUVEC indotto da LPS, abbiamo indagato la lesione endoteliale sotto stimolazione endotossica. Va notato che gli HUVEC sfidati con LPS rappresentano un modello di stress endoteliale riduzionista/guidato da TLR4, rilevante ma non equivalente alla fisiopatologia multifattoriale della lesione renale acuta associata alla sepsi. Questo modello cattura principalmente l'attivazione infiammatoria mediata da TLR4, lo stress ossidativo e le risposte endoteliali correlate all'apoptosi, omettendo però componenti chiave in vivo come alterazioni emodinamiche, cascate di complemento e coagulazione, pattern molecolari associati al danno e stimoli microbici eterogenei. All'interno di questo quadro sperimentale, abbiamo indagato se circZBTB46 allevia lo stress ossidativo e l'apoptosi indotti da LPS modulando la via di segnalazione ERBB2, proteggendo così la funzione delle cellule endoteliali. Per quanto ne sappiamo, questo studio fornisce la prima evidenza che collega circZBTB46 alle risposte allo stress endoteliale nel contesto della lesione renale acuta associata alla sepsi. Elucidando i meccanismi molecolari alla base della protezione endoteliale mediata dal circZBTB46, questa ricerca potrebbe approfondire la comprensione dei meccanismi patogeni di SA-AKI e aprire la strada ad approcci terapeutici innovativi basati sul circRNA.

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Protocollo

Questo protocollo descrive le procedure sperimentali utilizzate per indagare gli effetti della modulazione circZBTB46 sulla segnalazione infiammatoria, lo stress ossidativo e l'attivazione della via ERBB2-AKT negli HUVEC.

Coltura cellulare
Le cellule HUVEC utilizzate in questo studio sono state ottenute da una fonte commerciale. Gli HUVEC sono stati utilizzati come modello rappresentativo delle cellule endoteliali grazie alla loro ampia disponibilità, alle condizioni di coltura riproducibile e all'elevata efficienza di trasfezione, che facilitano la manipolazione genetica e l'indagine meccanicistica delle vie di segnalazione endoteliale in caso di stressinfiammatorio 15,16. Gli HUVEC sono stati coltivati in DMEM integrato con siero fetale bovino al 10% (v/v) e cocktail antibiotico-antimicotico a concentrazione dell'1%. Tutte le colture cellulari sono state mantenute in condizioni fisiologiche standard in una camera umidificata (37 °C, 5%CO2), che ha promosso una proliferazione cellulare sostenuta preservando al contempo il >95% di vitalità, come confermato dal test di esclusione del blu di tripano. Sebbene i mezzi specifici endoteliali (ad esempio, EGM-2 o M199 integrati con integratori di crescita endoteliale) siano comunemente raccomandati per il mantenimento a lungo termine di HUVEC, in questo studio il DMEM è stato utilizzato per garantire coerenza tra trattamenti sperimentali e compatibilità con la stimolazione LPS e i saggi su inibitori farmacologici. Per gli saggi sugli inibitori dell'AG-825, incubare HUVEC con DMEM fresco contenente 10 μM di AG-825 per 1 ora. Successivamente, si aggiunge la soluzione LPS ai pozzi per ottenere una concentrazione finale di 10 μg/mL e si continua la coltura per 24 ore. Per minimizzare la potenziale deriva fenotipica, gli HUVEC sono stati utilizzati a bassi numeri di passaggio ed esposti a condizioni sperimentali basate su DMEM solo per saghi a breve termine. Tutti gli esperimenti funzionali sono stati condotti entro finestre di trattamento definite piuttosto che durante una coltura prolungata.

Transfezione cellulare
Per chiarire il ruolo biologico di circZBTB46, plasmidi di sovraespressione (oe-circZBTB46) e costrutti di controllo negativi abbinati (oe-NC) sono stati sintetizzati e validati da GenScript. Gli HUVEC sono stati seminati in piastre a 6 pozzi con una densità di 1 x 10⁵ cellule/pozzo e coltivati durante la notte fino a raggiungere il ~70%-80% di confluenza al momento della trasfezione. Per ogni pozzo, 2,5 μg di DNA plasmidico (oe-circZBTB46 o oe-NC) venivano diluiti in 125 μL di mezzo sirico ridotto e mescolati con 2,5 μL di reagente P3000 (tubo A). In parallelo, 3,75 μL di Lipofectamina 3000 sono stati diluiti in 125 μL di mezzo sirico ridotto (Tubo B). Il tubo A e il tubo B sono stati poi combinati, miscelati delicatamente e incubati a temperatura ambiente per 15-20 minuti per permettere la formazione complessiva (volume complesso finale: 250 μL/pozzo). I complessi sono stati aggiunti goccia a goccia alle cellule in un mezzo completo privo di antibiotici. Dopo 6 ore di incubazione a 37 °C, 5% diCO2, il mezzo di trasfezione è stato sostituito con un mezzo di crescita fresco e completo. Le cellule sono state coltivate per 48 ore prima dei test successivi. Tutte le procedure hanno seguito le istruzioni del produttore.

Modello indotto da LPS
Per generare un modello in vitro SA-AKI, gli HUVEC (5 x 105 cellule/pozzo) trasfettati con oe-circZBTB46 o NC sono stati seminati in piastre da 96 pozzi e mantenuti per 24 ore fino al raggiungimento dell'80% di confluenza. Successivamente, queste cellule sono state trattate con LPS a 10 μg/mL per 24 ore. Gli HUVEC senza trattamento LPS sono stati il gruppo di controllo.

qRT-PCR
L'estrazione totale di RNA dagli HUVEC ha utilizzato un reagente commerciale. La trascrizione inversa per la sintesi del cDNA è stata eseguita con il kit commerciale di reagenti. La PCR quantitativa (qPCR) veniva eseguita in triplicata utilizzando un sistema PCR in tempo reale insieme a un master mix. Le quantità di espressione dei geni target sono state calibrate rispetto a U6, con analisi condotta tramite il metodo 2−ΔΔCT 17,18. Per l'analisi dell'espressione dei circRNA, è stato utilizzato il piccolo RNA nucleare di U6 come riferimento interno per la normalizzazione, poiché è comunemente impiegato per la quantificazione di piccoli RNA non codificanti ed è stato riportato che mostra un'espressione relativamente stabile in condizioni sperimentali in vitro a breve termine. Le sequenze di primer applicate in questo studio sono elencate come segue:

circZBTB46-Avanti: 5'-CGGCGCTCATGAGTAAGAAC-3'

circZBTB46-Retro: 5'-CGCCTCTTCTACAGACTGGG-3'

U6-Attaccante: 5'-TGCTATCACTTCAGCAGCA-3'

U6-Retro: 5'-GAGGTCATGCTAATCTTCTCTCTG-3'.

Test CCK-8
La fattibilità degli HUVEC è stata valutata utilizzando CCK-8 acquistati commercialmente. In breve, le cellule venivano seminate in una piastra a 96 pozzi e le cellule venivano sottoposte a colture di adesione per 24 ore. Dopo ciò, sono stati aggiunti 10 μL di soluzione di CCK-8 a ciascun pozzo e le cellule sono state ulteriormente incubate a 37 °C per 2 ore. Un lettore di microplacche è stato utilizzato per misurare la densità ottica (OD) a una lunghezza d'onda di 450 nm. Le osservazioni preliminari hanno dimostrato che 10 μg/mL di LPS riducevano significativamente la vitalità degli HUVEC, portando alla selezione di questa concentrazione per processi sperimentali successivi.

Citometria a flusso
Inizialmente, gli HUVEC venivano staccati con tripsina priva di EDTA secondo le procedure standard. In conformità con le linee guida del produttore per il kit di analisi sull'apoptosi Annexin V-APC/PI, le sospensioni a celle sono state centrifugate a 1.000 x g per 5 minuti a 4 °C, dopo dissociazione enzimatica. Le celle a pellet sono state poi lavate 2 volte con PBS gelato in condizioni identiche e risospese in 100 μL di tampone di legame 1x. Ogni campione è stato trattato con 5 μL di coniugato Annexin V-FITC e 5 μL di soluzione di colorazione con iodio propidio (PI), seguita da un'incubazione di 10 minuti al buio a temperatura ambiente (20-25 °C). Infine, sono stati aggiunti 400 μL di tampone di legame 1x a tutti i campioni e l'apoptosi è stata analizzata entro 1 ora utilizzando un citometro a flusso. Gli eventi sono stati inizialmente bloccati da FSC/SSC per escludere i detriti. Per l'analisi dell'apoptosi, sono state poi applicate porte quadrantiche sul grafico Annexin V-FITC vs PI utilizzando controlli appropriati (non colorati e controlli a colorazione singola/compensazione) per definire popolazioni vive (Annexin V-/PI-), apoptotiche precoce (Annexin V+/PI-), apoptotiche tarde (Annexin V+/PI+) e necrotiche (Annexin V-/PI+). Lo stesso modello di accesso e le stesse soglie sono stati applicati su tutti i campioni.

Saggio ELISA
Le concentrazioni di fattori infiammatori - fattore di necrosi tumorale α (TNF-α), interleucina-6 (IL-6) e interleucina-1β (IL-1β) - nel sovrantante di HUVEC coltivati sono state misurate utilizzando kit ELISA disponibili in commercio. In particolare, secondo le istruzioni del produttore, sono stati utilizzati il kit ELISA TNF-α umano, il kit ELISA IL-6 umano e il kit ELISA IL-1β umano. Per ogni saggio, 50 μL di soprantantante di coltura cellulare non diluita venivano caricati per pozzo. Le curve standard venivano generate utilizzando le diluizioni seriali fornite (TNF-α: 0-1000 pg/mL; IL-6: 0-500 pg/mL; IL-1β: 0-200 pg/mL). Dopo il campione e l'aggiunta standard, le piastre sono state incubate a 37 °C per 90 minuti, seguite da cinque lavaggi con tampone di lavaggio. È stato poi aggiunto un anticorpo di rilevamento coniugato con biotina e incubato a 37 °C per 60 minuti. Dopo un altro passaggio di lavaggio, è stata aggiunta la streptavidina-HRP e incubata a 37 °C per 30 minuti. Dopo un lavaggio finale, è stato aggiunto substrato di 3,3',5,5'-tetrametilbenzidina (TMB) e incubato a 37 °C al buio per 15 minuti. La reazione è stata terminata con soluzione di stop e l'assorbanza è stata immediatamente misurata a 450 nm con una lunghezza d'onda di riferimento di 630 nm. Ogni campione e standard veniva analizzato in duplicato, e tutti gli esperimenti includevano tre repliche biologiche indipendenti. I livelli di marcatori di stress ossidativo—malondialdeide (MDA), dismutasi superossido (SOD) e catalasi (CAT)—nel soprantantante sono stati valutati utilizzando rispettivamente il MDA ELISA Kit, SOD ELISA Kit e CAT ELISA Kit, seguendo i protocolliforniti 19, 20, 21. Per gli saggi MDA e SOD, sono stati utilizzati 40 μL di soprantantante per pozzo senza diluizione; per il CAT, i campioni sono stati diluiti 1:10 con tampone per il test prima del caricamento. Le curve standard furono preparate secondo le specifiche del kit (MDA: 0-60 nmol/mL; SOD: 0-100 U/mL; TAC: 0-100 U/mL). I passaggi di incubazione sono stati eseguiti come segue: MDA - 60 min a 37 °C; SOD - 60 min a 37 °C; CAT: 30 min a 37 °C. Le piastre sono state lavate 4 volte tra una fase chiave di incubazione. Lo sviluppo del colore è stato ottenuto aggiungendo i rispettivi substrati e incubando a 37 °C (MDA: 15 min; SOD: 20 min; CAT: 15 min). L'assorbanza è stata rilevata a 450 nm per SOD e CAT, e a 532 nm per MDA. Tutte le misurazioni sono state effettuate in pozzi duplicati e ripetute su tre repliche biologiche indipendenti.

Sequenziamento dell'RNA
L'RNA totale veniva estratto dagli HUVEC utilizzando reagenti commerciali secondo le istruzioni del produttore. La purezza e la concentrazione dell'RNA sono state valutate utilizzando uno spettrofotometro misurando l'assorbanza a 260 nm e 280 nm (A260/A280), e l'integrità dell'RNA è stata verificata con un bioanalizzatrice. Solo campioni di RNA con un RNA Integrity Number (RIN) ≥ 7 sono stati utilizzati per la successiva preparazione della libreria. L'RNA ribosomico è stato rimosso durante la preparazione della biblioteca utilizzando una procedura standard di deplezione dell'rRNA eseguita da una società commerciale. Dove necessario, il trattamento RNase R è stato applicato prima della costruzione della libreria per digerire selettivamente gli RNA lineari e arricchire le specie di RNA circolari. La frammentazione dell'RNA è stata poi eseguita a temperature elevate seguendo il protocollo standard del manuale del Kit di Preparazione della Biblioteca di RNA per generare frammenti di RNA di dimensioni adeguate. Le librerie di sequenziamento venivano preparate utilizzando il RNA Library Preparation Kit secondo le istruzioni del produttore e sequenziate su una piattaforma Illumina utilizzando una strategia di sequenziamento a estremità abbinata con una lunghezza di lettura di 150 bp (PE150). La profondità di sequenziamento era sufficiente a supportare l'analisi a livello di trascritoma. Le letture di sequenziamento grezzo venivano processate utilizzando procedure standard di controllo qualità per rimuovere sequenze di adattatori e letture di bassa qualità. Le letture pulite sono state allineate al genoma di riferimento umano e i livelli di espressione genica sono stati quantificati diconseguenza 22,23. I geni differenzialmente espressi (DEG) tra gli HUVEC circZBTB46 sovraespressivi e quelli trattati con NC sotto stimolazione LPS sono stati identificati utilizzando metodi statistici consolidati. L'analisi dell'arricchimento dei set genici (GSEA) è stata effettuata per identificare le vie di segnalazione associate alla sovraespressione di circZBTB46. I geni sono stati classificati in base all'espressione differenziale tra i gruppi sperimentali. Per l'analisi di arricchimento sono stati utilizzati set genici selezionati dal Molecular Signatures Database (MSigDB). La significatività dell'arricchimento è stata valutata sulla base del punteggio di arricchimento normalizzato (NES) e del tasso di false scoperte (FDR), con FDR < 0,25 considerato statisticamente significativo. Il sequenziamento del circRNA e tutte le relative analisi bioinformatiche sono stati esternalizzati.

Identificazione dei DEG
Per selezionare i DEG, i livelli di espressione tra due gruppi distinti venivano messi a confronto tramite il pacchetto software DESeq (2012) R. Le soglie per la significatività statistica sono state definite come p < 0,05 con un |log2FC| valore superiore a 0,58. La heatmap è stata generata dal pacchetto pheatmap R, e il grafico del vulcano ha utilizzato il pacchetto Goplot2 R per il disegno.

Analisi dell'arricchimento funzionale
Le analisi di arricchimento GO e KEGG derivate da trascrizioni lineari sono state condotte utilizzando la piattaforma online EnrichR, e il Bubble Chart è stato disegnato basandosi sul pacchetto GOplot R. Il software GSEA è stato utilizzato, basato sulla matrice di espressione e sui file del set genico forniti dal database MSigDB, con parametri di analisi impostati (ad esempio, numero di permutazioni e metodi statistici). L'arricchimento dei set genici è stato valutato utilizzando il punteggio di arricchimento normalizzato (NES), il valore P e il valore FDR, fornendo un'esplorazione approfondita delle funzioni e dei potenziali meccanismi biologici dei geni espressi differenzialmente.

Tachia occidentale
La proteina totale è stata estratta dagli HUVEC (circa 1 x 10⁶ cellule) utilizzando il tampone di lisi RIPA integrato con inibitori di proteasi e fosfatasi. La concentrazione proteica è stata determinata con un BCA Protein Quantification Kit. Quantità uguali di proteine (20 μg per corsia) sono state risolte tramite elettroforesi su gel di dodecil-poliacrilammide al 10% (SDS-PAGE) a 80 V per 30 minuti, seguiti da 120 V per 60 minuti. Successivamente, le proteine sono state trasferite alle membrane di polivinilidene fluoruro (PVDF) utilizzando un sistema di trasferimento a umido a 100 V per 90 minuti a 4 °C. Le membrane sono state bloccate con il 5% di latte scremo in soluzione salina Tris-buffer con 0,1% Tween-20 (TBST) per 1 ora a temperatura ambiente, seguita da incubazione con anticorpi primari diluiti nello stesso tampone bloccante (tipicamente 1:1000 per le proteine target e 1:5000 per GAPDH) a 4 °C durante la notte. Gli anticorpi principali utilizzati erano i seguenti: ERBB2, p-AKT, AKT e GAPDH. Dopo l'incubazione, le membrane sono state lavate 3 volte (10 min per lavaggio) con TBST e poi incubate con un anticorpo secondario anti-coniglio IgG coniugato con perossidasi di rafano (HRP) (1:5000 in buffer bloccante) per 1 ora a temperatura ambiente. Dopo tre ulteriori lavaggi TBST (10 min ciascuno), le bande proteiche sono state visualizzate utilizzando un kit di substrato Western Blotting a Chemiluminescence Enhanced (ECL) e fotografiate con un sistema di imaging. Le intensità delle bande sono state quantificate tramite software.

Analisi statistica
Le valutazioni statistiche sono state effettuate utilizzando GraphPad Prism 10. I dati sono visualizzati come mezzi ± errore standard delle medie (SEM). È stato definito un p-valore < 0,05 per indicare la significanza statistica.

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Risultati

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Discussione

Durante la sepsi, i pattern molecolari associati al patogeno (PAMP), come il LPS rilasciato dai patogeni, attivano recettori simili al Toll (ad esempio, TLR4), avviando una risposta infiammatoriasistemica 26. Questo processo innesca la secrezione di molteplici mediatori pro-infiammatori, come TNF-α, IL-6 e IL-1β, dando origine a una tempesta dicitochine 27. Contemporaneamente, la LPS danneggia direttamente le cellule endoteliali vascolare, ...

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Dichiarazioni

Gli autori dichiarano di non avere interessi in conflitto. Gli autori dichiarano che i principali risultati presentati in questo manoscritto non sono stati pubblicati in precedenza e non sono in considerazione per la pubblicazione altrove.

Materiali

Elenco dei materiali utilizzati in questo articolo
NomeAziendaNumero di catalogoCommenti
AG-825 (inibitore di ErbB2)MedChemExpressHY-1019710 & mu; M per blocco del percorso
Bioanalizzatore Agilent 2100AgilentG2939BAIntegrità dell'RNA (RIN≥ 7)
Anticorpo AKTProteintech60203-2-IGWB (1:15000)
Kit di apoptosi Annexin V-APC/PIElabscienceE-CK-A327Rilevamento dell'apoptosi
Antibiotico-AntimicoticiGibco15240062Concentrazione dell'1%
Kit di quantificazione delle proteine BCABeyotimeP0012Concentrazione proteica
CAT ELISA KitMEIMIANAMM-0897H2Enzima antiossidante
CCK-8 KitDojindoCK04Saggio di viabilità cellulare
CircRNA seqFuzhou Huarong Kehui Biotechnology Co., Ltd.PE150Sequenziamento del circRNA e tutte le analisi bioinformatiche associate
Citometro a flusso CytoFLEXBeckman CoulterB53000Analisi dell'apoptosi
DMEMGibco (Invitrogen)11965092Mezzo di coltura cellulare
Kit di substrato ECLMilliporeWBKLS0100Rilevamento delle proteine
Anticorpo ERBB2Sino Biologico100271-T32WB (1:10000)
Siero Fetale Bovino (FBS)Industrie biologiche04-001-1ACSIntegratore al 10% (v/v)
Anticorpi GAPDHProteintech60004-1-IGWB (1:50000)
HUVECSistema ProcellCP-H082Origine della linea cellulare
IL-1 e beta; ELISA KitMEIMIANAMM-0181H2Fattore infiammatorio
IL-6 ELISA KitMEIMIANAMM-0049H2Fattore infiammatorio
Illumina NovaSeq 6000Illumina20012850Sequenziamento dell'RNA
Lipofectamina 3000InvitrogenL3000008Reagente di trasfezione
LPS (E. coli O111:B4)Sigma-AldrichL263010 & mu; g/mL per il modello SA-AKI
MDA ELISA KitMEIMIANAMM-2037H2Marcatore di stress ossidativo
NanoDrop 2000Thermo FisherND-2000Quantificazione dell'RNA
Kit NEBNext Ultra II per la Libreria RNANEBE7770SPreparazione della libreria RNA-seq
plasmide oe-circZBTB46GenScriptSintesi personalizzataVettore di sovraespressione circZBTB46
Plasmide OE-NCGenScriptSintesi personalizzataVettore di controllo negativo
Anticorpo p-AKT (Ser473)Proteintech66444-1-IGWB (1:1200)
Kit di reagenti PrimeScript RTTakaraRR047ASintesi del cDNA
Membrane PVDFMilliporeIPVH00010Trasferimento di Western Blot
Sistema QuantStudio 5Thermo FisherA28137PCR in tempo reale
Ribonucleasi RLucigenRNR07250Rimozione dell'rRNA
Buffer di lisi RIPABeyotimeP0013BEstrazione proteica
RNAiso PlusTakara9109Estrazione totale di RNA
SOD ELISA KitMEIMIANAMM-25469H2Enzima antiossidante
TB Green Premix Ex TaqTakaraRR420AReagente qPCR
TNF-α ELISA KitMEIMIANAMM-0122H2Fattore infiammatorio

Riferimenti

  1. Vincent, J. L. Current sepsis therapeutics. EBioMedicine. 86, 104318(2022).
  2. White, K. C., et al. Sepsis-associated acute kidney injury in the intensive care unit: incidence, patient characteristics, timing, trajectory, treatment, and associated outcomes. Intensive Care Med. 49 (9), 1079-1079 (2023).
  3. Poston, J. T., Koyner, J. L. Sepsis-associated acute kidney injury. BMJ. 364, k4891(2019).
  4. Bora, E. S., Arda, D. B., Erbas, O. The renoprotective effect of tibolone in sepsis-induced acute kidney injury. Biomed Pap Med Fac Univ Palacky Olomouc Czech Repub. 168 (4), 311-318 (2024).
  5. van der Slikke, E. C., et al. Sepsis is associated with mitochondrial DNA damage and a reduced mitochondrial mass in the kidney of patients with sepsis-AKI. Crit. Care. 25 (1), 36(2021).
  6. Kuwabara, S., Goggins, E., Okusa, M. D. The pathophysiology of sepsis-associated AKI. Clin J Am Soc Nephrol. 17 (7), 1050-1069 (2022).
  7. Pais, T., Jorge, S., Lopes, J. A. Acute kidney injury in sepsis. Int J Mol Sci. 25 (11), 5924(2024).
  8. Sun, J., et al. Mitochondria in sepsis-induced AKI. J Am Soc Nephrol. 30 (7), 1151-1161 (2019).
  9. Zheng, Q., et al. PRDM16 suppresses ferroptosis to protect against sepsis-associated acute kidney injury by targeting the NRF2/GPX4 axis. Redox Biol. 78, 103417(2024).
  10. Beltrán-García, J., et al. Circular RNAs in sepsis: biogenesis, function, and clinical significance. Cells. 9 (6), 1544(2020).
  11. Xu, X., et al. CircRNA inhibits DNA damage repair by interacting with host gene. Mol Cancer. 19 (1), 128(2020).
  12. Chen, Y., et al. Non-coding RNAs in sepsis-associated acute kidney injury. Front Physiol. 13, 830924(2022).
  13. Peng, X., et al. Discovery and verification of mmu_Circ_26986/hsa_Circ_0072463 as a potential biomarker and intervention target for sepsis-associated acute kidney injury. Cell Mol Life Sci. 81 (1), 154(2024).
  14. Li, X., et al. Circ_001653 alleviates sepsis-associated acute kidney injury by recruiting BUD13 to regulate KEAP1/NRF2/HO-1 signaling pathway. J Inflamm (Lond). 21 (1), 37(2024).
  15. Hunt, M. A., Currie, M. J., Robinson, B. A., Dachs, G. U. Optimizing transfection of primary human umbilical vein endothelial cells using commercially available chemical transfection reagents. J Biomol Tech. 21 (2), 66-72 (2010).
  16. Kocherova, I., et al. Human umbilical vein endothelial cells (HUVECs) co-culture with osteogenic cells: from molecular communication to engineering prevascularised bone grafts. J Cell Mol Med. 23 (8), 5253-5267 (2019).
  17. Duan, Z. Y., et al. U6 can be used as a housekeeping gene for urinary sediment miRNA studies of IgA nephropathy. Sci Rep. 8 (1), 10875(2018).
  18. Veryaskina, Y. A., Titov, S. E., Zhimulev, I. F. Reference genes for qPCR-based miRNA expression profiling in 14 human tissues. Med Princ Pract. 31 (4), 322-332 (2022).
  19. Demirci-Çekiç, S., et al. Biomarkers of oxidative stress and antioxidant defense. Arch Biochem Biophys. 724, 109077(2022).
  20. Ighodaro, O. M., Akinloye, O. A. First line defence antioxidants—superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT) and glutathione peroxidase (GPx): their fundamental role in the entire antioxidant defence grid. Alexandria J Med. 54 (4), 287-293 (2018).
  21. Del Rio, D., Stewart, A. J., Pellegrini, N. A review of recent studies on malondialdehyde as toxic molecule and biological marker of oxidative stress. Nutr Metab Cardiovasc Dis. 15 (4), 316-328 (2005).
  22. Li, H., Durbin, R. Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform. Bioinformatics. 25 (14), 1754-1760 (2009).
  23. FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data. , https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ (2026).
  24. Dauphinee, S. M., Karsan, A. Lipopolysaccharide signaling in endothelial cells. Lab Invest. 86 (1), 9-22 (2006).
  25. Li, F., et al. Qiliqiangxin alleviates Ang II-induced CMEC apoptosis by downregulating autophagy via the ErbB2–AKT–FoxO3a axis. Life Sci. 273, 119239(2021).
  26. Cicchinelli, S., et al. PAMPs and DAMPs in sepsis: a review of their molecular features and potential clinical implications. Int J Mol Sci. 25 (2), 962(2024).
  27. Das, U. N. Infection, inflammation, and immunity in sepsis. Biomolecules. 13 (9), 1322(2023).
  28. Zhou, W. Y., et al. Circular RNA: metabolism, functions and interactions with proteins. Mol Cancer. 19 (1), 172(2020).
  29. Li, S., et al. CircZBTB46 predicts poor prognosis and promotes disease progression of myelodysplastic syndromes and acute myeloid leukemia. Clin Exp Med. 23 (8), 4649-4664 (2023).
  30. Fu, Y., et al. Circular RNA ZBTB46 depletion alleviates the progression of atherosclerosis by regulating the ubiquitination and degradation of hnRNPA2B1 via the AKT/mTOR pathway. Immun. Ageing. 20 (1), 66(2023).
  31. Long, F., et al. CircZBTB46 protects acute myeloid leukemia cells from ferroptotic cell death by upregulating SCD. Cancers (Basel). 15 (2), 459(2023).
  32. Uckun, F. M., Qazi, S. Upregulated expression of ERBB2/HER2 in multiple myeloma as a predictor of poor survival outcomes. Int J Mol Sci. 24 (12), 9943(2023).
  33. Moutafi, M., et al. Quantitative measurement of HER2 expression to subclassify ERBB2-unamplified breast cancer. Lab Invest. 102 (10), 1101(2022).
  34. Wei, D., et al. KIF11 promotes cell proliferation via ERBB2/PI3K/AKT signaling pathway in gallbladder cancer. Int J Biol Sci. 17 (2), 514-526 (2021).
  35. Fan, K., et al. ERBB2 S310F mutation independently activates PI3K/AKT and MAPK pathways through homodimers to contribute to gallbladder carcinoma growth. Med Oncol. 39 (5), 64(2022).
  36. Zhu, W., et al. Macrophage migration inhibitory factor facilitates the therapeutic efficacy of mesenchymal stem cell-derived exosomes in acute myocardial infarction through upregulating miR-133a-3p. J Nanobiotechnol. 19 (1), 61(2021).
  37. Du, H., et al. Anti-leukemia activity of polysaccharide from Sargassum fusiforme via the PI3K/AKT/BAD pathway in vivo and in vitro. Mar Drugs. 21 (5), 289(2023).
  38. Wang, W., et al. Hydroxysafflor yellow A ameliorates alcohol-induced liver injury through PI3K/Akt and STAT3/NF-κB signaling pathways. Phytomedicine. 132, 155814(2024).
  39. Yao, L., et al. Finerenone ameliorates mitochondrial dysfunction via PI3K/Akt/eNOS signaling pathway in diabetic tubulopathy. Redox Biol. 68, 102946(2023).

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