1. Tassonomia e caratteristiche del genere Nocardia
- Sistema di classificazione della Nocardia
Secondo il sistema di classificazione più recente, le specie di Nocardia comprendono attualmente 109 specie con nome valido, di cui circa la metà è considerata clinicamenterilevante. La tassonomia di Nocardia è in continua evoluzione, e l'applicazione del sequenziamento genico del 16S rRNA, dell'analisi della sequenza multilocus (MLSA) e del sequenziamento dell'intero genoma (WGS) ha affinato significativamente la classificazione e l'identificazione di questo genere1˒10.
La prevalenza di specifiche specie di Nocardia varia sostanzialmente a seconda della metodologia di identificazione, della presentazione clinica e della regionegeografica 1. Quando vengono applicate tecniche molecolari come MLSA, Nocardia cyriacigeorgica e Nocardia farcinica emergono come specie più diffusein assoluto 1˒3˒4. In particolare, molti isolati precedentemente segnalati come asteroidi di Nocardia sono stati riclassificati come N. cyriacigeorgica sulla base della caratterizzazionemolecolare 1. Al contrario, Nocardia brasiliensis è l'agente predominante della nocardiosi cutanea primaria e dell'actinomicetoma nocardico, piuttosto che una specie universalmente prevalente in tutte le sindromicliniche. Altre specie clinicamente rilevanti comunemente incontrate includono Nocardia nova, Nocardia otitidiscaviarum, Nocardia veterana e membri del complesso Nocardia transvalensis 1˒3.
I fattori geografici e lo stato immunitario dell'ospite influenzano inoltre in modo significativo la distribuzione delle specie. Ad esempio, N. brasiliensis è più frequentemente segnalata in regioni tropicali e subtropicali, mentre N. farcinica e N. cyriacigeorgica sono comunemente identificate nei climitemperati 1˒3. Nei pazienti immunodepressi, alcune specie come N. farcinica e N. cyriacigeorgica sono associate a infezioni più gravi ediffuse 2˒6.
Un'identificazione accurata delle specie è fondamentale per sviluppare strategie di trattamento efficaci, poiché diverse specie di Nocardia presentano profili di suscettibilità antimicrobica distinti. Ad esempio, N. farcinica è intrinsecamente resistente a moltiβ-lattamici 11, mentre N. brasiliensis spesso mostra una minore suscettibilità ai carbapenemi. Pertanto, un'identificazione precisa delle specie guida direttamente la terapia antimicrobica appropriata e migliora i risultati clinici.
- Caratteristiche biologiche di Nocardia
Nocardia spp. sono batteri filamentosi ramificati Gram-positivi con una forte capacità di adattarsi a varie nicchie, permettendo loro di sopravvivere in condizioni ambientali diverse12. Questi batteri formano tipicamente colonie filamentose e producono colonie caratteristiche "gessusee" o "rugose" su substrati agarici (Figura 1). Nocardia cresce lentamente, richiedendo solitamente da alcuni giorni a settimane di incubazione per una crescita visibile. Inoltre, le specie di Nocardia possono utilizzare varie fonti di carbonio, dimostrando una forte diversità metabolica, il che consente la sopravvivenza in una vasta gamma di ambientinaturali 13.
- Caratteristiche infettive di Nocardia
Le infezioni da nocardia si presentano tipicamente come infezioni polmonari, infezioni cutanee o malattie sistemiche e sono più comuni nei pazientiimmunodepressi 2˒14. Clinicamente, le manifestazioni sono diverse e possono includere tosse, febbre e difficoltà respiratorie. Le infezioni possono progredire rapidamente verso gravi malattie polmonari o sepsi. In alcuni casi, le infezioni da Nocardia possono anche causare ascessi cerebrali o altre infezioni del sistema nervoso centrale, in particolare nei pazientiimmunodepressi 15. Pertanto, l'identificazione precoce e il trattamento tempestivo sono fondamentali per migliorare la prognosi del paziente.
- Caratteristiche epidemiologiche delle infezioni da Nocardia
Gli studi epidemiologici mostrano una significativa variazione geografica nelle infezioni da Nocardia . L'incidenza globale è relativamente bassa ma aumenta notevolmente nelle popolazioni ad alto rischio, come gli individui infetti da HIV e i riceventi di trapianto d'organo. Ad esempio, l'incidenza delle infezioni da Nocardia nei riceventi di trapianto di rene è di circa lo 0,4%–1,3%, mentre nei riceventi di trapianto polmonare può arrivare fino al 9%16˒17.
Le analisi di suscettibilità in diverse popolazioni indicano che i pazienti che ricevono terapia immunosoppressiva a lungo termine sono più soggetti a infezioni da Nocardia , strettamente associate a una funzione immunitariacompromessa 2. Inoltre, i fattori di esposizione ambientale, come il contatto con il suolo e l'inalazione di polvere, sono considerati aumentare il rischio di infezione da Nocardia , in particolare tra le persone che vivono o lavorano in ambienti ad altorischio 18.
2. Progressi nelle tecniche di identificazione molecolare per le specie di Nocardia .
- Sequenziamento del gene rRNA 16S
A causa del processo complesso e dispendioso di coltivazione e isolamento di Nocardia, l'introduzione della tecnologia PCR ha migliorato significativamente la velocità e la precisione diagnostica. Laurent et al. hanno dimostrato che l'amplificazione del gene 16S rRNA utilizzando specifici primer poteva identificare rapidamente Nocardia da isolati in coltura, ponendo le basi per la sua applicazione in microbiologiaclinica 19. Successivamente, è stata segnalata una rilevazione diretta di Nocardia da campioni clinici tramite PCR con rRNA 16S, anche se la sua sensibilità rimane variabile e richiede un sospetto clinicopreventivo 20˒21.
Studi comparativi diretti hanno dimostrato che la qPCR specifica per Nocardia, che mira al gene 16S rRNA, offre una sensibilità maggiore e tempi di risposta più brevi rispetto alla coltura convenzionale in campioni clinici, inclusi liquido di lavaggio broncoalveolare, spettoro, pus e campioni di tessuto. Couble et al. hanno riportato una sensibilità dell'88% e una specificità del 98% per la qPCR diretta di Nocardia , con risultati disponibili entro poche ore, mentre la coltura può richiedere giorni o settimane diincubazione 22. Ding et al. hanno inoltre confermato che la PCR del gene rRNA 16S può essere applicata direttamente a campioni clinici per la rilevazione di Nocardia , permettendo un'identificazione rapida anche nei casi di coltura negativa e compensando efficacemente i limiti della colturatradizionale 21.
Questo metodo conferma efficacemente l'infezione nocardica ma, come approccio mirato, richiede un preavviso di sospetto clinico. Nonostante la sua elevata precisione nell'identificazione a livello di genere, l'elevata conservazione del gene 16S rRNA pone difficoltà nel distinguere specie strettamente correlate, come quelle all'interno del complesso Nocardia asteroides 10,21. Questa limitazione riflette una risoluzione a livello di specie ridotta piuttosto che una bassa accuratezza complessiva. Pertanto, i risultati del sequenziamento spesso richiedono la validazione incrociata con altri metodi, come l'analisi multilocus della sequenza (MLSA) o il sequenziamento dell'intero genoma (WGS), per raggiungere una risoluzione definitiva a livello di specie23˒24.
- Analisi delle sequenze multilocus (MLSA)
MLSA è una tecnica molecolare con un significativo valore applicativo nell'identificazione e tipizzazione delle speciebatteriche 23. Per generi complessi come Nocardia, MLSA consente un'identificazione più accurata delle specie analizzando le informazioni di sequenza provenienti da più geni conservati. Gli studi hanno dimostrato che l'MLSA può differenziare efficacemente tra varie specie di Nocardia , in particolare quelle morfologicamente e fisiologicamente simili25. Ad esempio, uno studio ha identificato 14 diverse specie di Nocardia sequenziando quattro geni (ad esempio, gyrB, hsp65, secA1 e 16S rRNA), evidenziando l'efficienza e la precisione di MLSA25. Inoltre, la MLSA può rivelare la diversità genetica e supportare indagini epidemiologiche. Facilita inoltre il monitoraggio della trasmissione e della variazione dei ceppi, fornendo dati importanti per il monitoraggio e il controllo delle infezioni.
Tuttavia, l'MLSA è molto laborioso, costoso e manca di soglie di soglia universali, limitandone l'applicazione clinica di routine. Come osservato da Traxler et al., MLSA non è adatto per un uso di routine a causa di questivincoli 1. Pertanto, il ruolo principale della MLSA nella pratica attuale è limitato a contesti di ricerca, inclusi indagini epidemiologiche, tipizzazione di ceppi e studi tassonomici. Per l'identificazione clinica di routine, la MALDI-TOF MS è preferita per la sua rapidità, basso costo e facilità d'uso. Quando è richiesta una risoluzione più elevata—ad esempio per l'identificazione definitiva della specie, il rilevamento dei geni di resistenza o l'analisi filogenetica—il sequenziamento dell'intero genoma (WGS) offre capacità superiori. Studi recenti che utilizzano WGS non solo hanno distinto specie note di Nocardia con alta risoluzione, ma hanno anche permesso l'identificazione di potenziali specie nuove, superando le capacità di MLSAda sola 24. WGS si è quindi affermato come un'alternativa più potente, offrendo una risoluzione più elevata e una capacità analiticamigliorata 9.
- Applicazione e sfide del MS MALDI-TOF
La spettrometria di massa a tempo di volo (MALDI-TOF MS) assistita da disorbimento laser assistita da matrice (MALDI-TOF MS) è diventata sempre più diffusa in microbiologia, in particolare per l'identificazione rapida di patogeni, dimostrando un valore clinicosignificativo 26. Questa tecnologia analizza gli spettri proteici microbici per fornire un'identificazione accurata a livello di specie o complesso in un breve periodo di tempo. Ad esempio, studi hanno riportato un'accuratezza identificativa del 97,3% per le specie di Nocardia in campioni clinici inGiappone 27.
Nonostante le sue prestazioni solide, le sfide restano. L'accuratezza dell'identificazione a livello di specie può variare a seconda della versione del database e della specietestata 23. È stato dimostrato che i database aggiornati migliorano la proporzione di isolati che raggiungono un'identificazione affidabile a livello di genere (punteggio >1,7) dal 77,6% al 94,7%, evidenziando l'importanza di aggiornamenti regolari del database. L'identificazione a livello di specie richiede tipicamente soglie di punteggio più elevate (ad esempio, >2,0).
MALDI-TOF MS offre un'identificazione rapida (tipicamente <10 minuti per isolato dopo la crescita della colonia), un costo per test basso (1–5$ per campione) e una complessità tecnica minima, rendendolo particolarmente adatto ai laboratori di microbiologia clinica di prima linea. Tuttavia, le limitazioni includono l'elevato costo iniziale dello strumento e la necessità di database spettrali completi e regolarmente aggiornati per mantenere l'accuratezza a livello di specie.
- Scoperte nel sequenziamento dell'intero genoma (WGS)
Il sequenziamento dell'intero genoma (WGS) sta dimostrando sempre più vantaggi significativi nell'identificazione microbica, fornendo informazioni genomiche complete e permettendo analisi filogenetiche, offrendo così intuizioni sulle relazioni evolutivebatteriche 28. Studi hanno dimostrato che WGS consente una caratterizzazione dettagliata della diversità genetica e della struttura della popolazione di Nocardia24.
La fattibilità di implementare WGS nei laboratori clinici sta migliorando. Ad esempio, WGS può identificare varianti emergenti e fornire dati per il monitoraggio della resistenza agliantimicrobici 29. Tuttavia, nonostante la sua elevata accuratezza e la produzione completa, l'adozione diffusa rimane limitata dagli elevati costi e dalla complessità dell'analisi dei dati.
Sebbene il WGS stia diventando un metodo di riferimento, barriere come costi, complessità operativa e requisiti infrastrutturali persistono. Nella maggior parte dei laboratori clinici, il WGS è poco pratico per la diagnostica di routine a causa dei costi (100–300 dollari per isolato), dei tempi di risposta (3–7 giorni), della necessità di infrastrutture bioinformatiche avanzate e delle competenze specializzate. Attualmente, il suo utilizzo è in gran parte limitato a laboratori di riferimento e indagini su focolai.
- Sequenziamento metagenomico di nuova generazione (mNGS)
Il sequenziamento metagenomico di nuova generazione (mNGS) ha introdotto nuove possibilità per rilevare Nocardia30. I metodi tradizionali di coltura spesso incontrano sfide a causa della lenta crescita e dei requisiti ambientali specifici della Nocardia, che portano a un ritardo della diagnosi. In questo contesto, la mNGS è emersa come un'alternativa preziosa.
Diversi casi clinici e studi su piccola scala hanno dimostrato il potenziale della mNGS per la rilevazione di Nocardia 31. Ad esempio, la mNGS è stata utilizzata per diagnosticare infezioni cutanee da Nocardia , identificando rapidamente il patogeno nei pazientiimmunocompetenti 32. Analogamente, nelle infezioni di orecchio, naso e gola, la mNGS ha identificato N. farcinica, permettendo un trattamentomirato 33. Nei pazienti con broncopneumopatia cronica ostruttiva, l'analisi mNGS dei campioni respiratori ha identificato con successo N. otitidiscaviarum, migliorando la tempestività diagnostica e laprecisione 34. Inoltre, la mNGS può rilevare infezioni miste, come dimostrato nei casi in cui sia N. farcinica che altri patogeni sono statiidentificati 30.
Tuttavia, questi risultati si basano in gran parte su casi clinici o piccole coorti e richiedono validazione in studi prospettici più grandi. Pertanto, le conclusioni riguardanti la performance diagnostica della mNGS per Nocardia devono essere interpretate con cautela, e la tecnologia rimane uno strumento complementare piuttosto che un metodo diagnostico di prima linea.
Nonostante le sue promesse, mNGS presenta diverse limitazioni importanti. L'elevato costo (500–1.500 dollari per campione) e la disponibilità limitata ne limitano l'uso a centri specializzati o casi complessi7˒31. La mancanza di protocolli standardizzati contribuisce alla variabilità delle prestazioni7˒30. L'interpretazione è difficile a causa della difficoltà di distinguere una vera infezione da una colonizzazione o contaminazione, in particolare nei campionirespiratori 30˒31˒35. Inoltre, la mNGS non fornisce dati sulla suscettibilità agli antimicrobici, che sono fondamentali per guidare la terapia1˒4. Infine, il significato clinico delle sequenze a bassa abbondanza rimane incerto e mancano soglie standardizzatedi segnalazione 7˒31.
Nel complesso, la mNGS rappresenta uno strumento diagnostico aggiuntivo prezioso, in particolare nei pazienti complessi o criticamente malati quando i metodi convenzionali non sono concludenti. Tuttavia, non dovrebbe essere considerata una soluzione diagnostica universale e i risultati devono essere interpretati insieme a risultati clinici, radiografici e microbiologici.
- Esplorazione di metodi diagnostici molecolari emergenti
Con i progressi nella biologia molecolare, vengono esplorati approcci diagnostici emergenti per la rilevazione della Nocardia . Le tecnologie di rilevamento basate su CRISPR permettono l'identificazione rapida di sequenze geniche specifiche con altasensibilità 36. Inoltre, gli approcci di machine learning e intelligenza artificiale (IA) hanno introdotto nuove possibilità per lo screening rapido di Nocardia37.
Tuttavia, questi risultati derivano da studi su piccola scala a prova di concetto e devono essere interpretati con cautela. Attualmente, nessuno di questi approcci è stato clinicamente convalidato per la rilevazione di routine della Nocardia . I saggi basati su CRISPR potrebbero eventualmente evolversi in strumenti rapidi e a basso costo nel punto di cura, ma ciò richiederà una validazione clinica estesa. Analogamente, l'analisi delle immagini assistita dall'IA ha mostrato un potenziale preliminare per lo screening ma manca di protocolli standardizzati e valutazione prospettica. Entrambi gli approcci sono ancora in fase di sviluppo iniziale e non sono ancora raccomandati per l'uso clinico. Gli studi futuri dovrebbero concentrarsi sulla validazione multicentrica, sulla standardizzazione e sulla dimostrazione dell'utilità clinica prima che questi metodi possano essere adottati nella pratica ordinaria.
Per facilitare il confronto, le caratteristiche chiave delle prestazioni, i vincoli pratici e i ruoli clinici raccomandati di questi metodi sono riassunti nella Tabella 1.
3. Test di suscettibilità antimicrobica (AST) delle specie di Nocardia .
- Meccanismi di resistenza della Nocardia
I meccanismi di resistenza delle specie di Nocardia includono principalmente mutazioni geniche, produzione enzimatica e formazione dibiofilm 1. Molte specie di Nocardia, in particolare N. farcinica e N. cyriacigeorgica, hanno dimostrato resistenza a piùantibiotici 38. Ad esempio, la resistenza ai sulfonamidi nelle specie di Nocardia è associata a mutazioni nel gene diidrofolato reduttasi, con conseguente diminuzione della suscettibilità al trimetoprim–sulfametosazolo (TMP-SMX)39,40,41.
Inoltre, le specie di Nocardia possono produrre β-lattamasi e altri enzimi che degradano gli antibiotici, portando a una resistenza alle penicilline e alle cefalosporine42. Questi meccanismi di resistenza complicano il trattamento delle infezioni da Nocardia , in particolare nelle popolazioni ad alto rischio, dove l'emergere di ceppi resistenti aggrava ulteriormente le sfide terapeutiche. I principali meccanismi di resistenza identificati nelle specie di Nocardia sono riassunti nella Tabella 2, inclusi geni specifici di resistenza, tipi di mutazione e dati quantitativi sulla suscettibilità numerica.
- Test tradizionali di suscettibilità agli antimicrobici
I metodi tradizionali di test di suscettibilità agli antimicrobici includono principalmente tecniche di microdiluizione e diffusione dell'agar. Il metodo della microdiluizione è considerato il più affidabile per determinare la suscettibilità antimicrobica di Nocardia, fornendo valori accurati di concentrazione inibitoria minima (CMI) 43.
Nonostante sia il metodo di riferimento, la microdiluizione del brodo per Nocardia è soggetta a una significativa variabilità inter- e intra-laboratorio. Fattori come la preparazione dell'inoculo, la scelta del mezzo di coltura, il tempo di incubazione e le difficoltà nell'interpretazione degli endpoint dovute a una crescita in scena o scarsa torbidità possono influenzare la riproducibilità35˒43. Queste sfide tecniche sono particolarmente rilevanti per organismi a crescita lenta ed eterogenei come Nocardia e sottolineano l'importanza dei protocollistandardizzati 1.
In uno studio, 146 ceppi di Nocardia sono stati testati tramite microdiluizione, mostrando un'elevata suscettibilità a linezolide, amikacina e TMP-SMX, con tassi rispettivamente del 100%, 96% e 94%, rispettivamente4˒44. Tuttavia, questi dati provengono da una singola regione geografica (Giappone) e non devono essere generalizzati senza cautela. I profili di resistenza agli antimicrobici di Nocardia variano sostanzialmente a seconda della regione geografica, influenzati dai modelli locali di utilizzo degli antibiotici e dalla speciecircolante 1˒3. Il metodo della diffusione dell'agar è ampiamente utilizzato anche per i test di suscettibilità in Nocardia. Tuttavia, la sua accuratezza è influenzata da fattori come il mezzo di coltura, la densità di inoculi e il lento tasso di crescita di Nocardia, che può portare a zone inibitorie pocodefinite 1˒43. A differenza della microdiluizione del brodo, la diffusione dell'agar non è stata standardizzata per la Nocardia dal Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) e dovrebbe essere considerata un metodo di screening piuttosto che una tecnica di riferimento.
Sebbene i metodi tradizionali rimangano efficaci nella pratica clinica, l'aumento della diversità e della resistenza tra le specie di Nocardia ha portato a un crescente interesse nell'integrare metodi di rilevamento molecolare per fornire una valutazione più completa. Il metodo di microdiluizione rimane lo standard d'oro per i test di suscettibilità agli antimicrobici; tuttavia, dipende dal tasso di crescita batterica, che può essere problematico per specie a crescita lenta come Nocardia. Il metodo della diffusione su disco è più comodo ma meno sensibile per tali organismi. Le tecniche molecolari, inclusa la rilevazione dei geni di resistenza basata su PCR, offrono alternative rapide ma rimangono supplementari e non possono sostituire i test fenotipici.
- Applicazione dei metodi di rilevamento molecolare
Con i progressi nella biologia molecolare, i metodi di rilevamento molecolare sono sempre più utilizzati per integrare gli approcci fenotipici tradizionali per l'identificazione, mentre il loro ruolo nei test di suscettibilità agli antimicrobici rimane un'area di ricerca attiva, principalmente focalizzata sul rilevamento di specifici genidi resistenza 35.
Ad esempio, il sequenziamento del gene 16S rRNA e l'MLSA possono differenziare le specie di Nocardia e fornire informazioni sui geni di resistenzaassociati 21. Il sequenziamento dell'intero genoma (WGS) consente un'analisi genomica completa, offrendo approfondimenti sulla composizione genetica e sui meccanismi di resistenza24˒28. Alcuni studi hanno identificato vari geni β-lattamasi in N. farcinica11, strettamente associati alla resistenza agliantibiotici 38.
Il sequenziamento metagenomico di nuova generazione (mNGS) dimostra anche vantaggi nell'identificare ceppi resistenti. In alcuni casi, la mNGS può identificare specie di Nocardia e fornire informazioni relative alla resistenza, supportando la selezione degli antibiotici e riducendo trattamenti inadeguati dovuti a una diagnosierrata 30.
Tuttavia, la comprensione attuale delle correlazioni genotipo–fenotipo in Nocardia rimane incompleta e molti determinanti della resistenza rimangono poco caratterizzati. Pertanto, attualmente gli approcci molecolari non possono sostituire i test fenotipici di suscettibilità artificiale. Essi fungono da strumenti aggiuntivi per supportare l'interpretazione dei risultati basati sulla coltura e possono guidare la terapia mirata quando vengono rilevati geni di resistenza ben caratterizzati. Le decisioni cliniche dovrebbero continuare a basarsi principalmente sui risultati fenotipici dell'AST, soprattutto data la variabilità geografica dei modelli di resistenza e la mancanza di criteri interpretativi standardizzati per i metodi molecolari.
4. Sfide cliniche nell'identificazione di Nocardia e nei test di suscettibilità agli antimicrobici
Le specie di Nocardia sono patogeni opportunisti che possono causare infezioni gravi, in particolare nei pazientiimmunodepressi 1˒46. Sebbene queste infezioni siano relativamente rare, la loro elevata morbilità e mortalità rappresentano sfide significative per la diagnosi e il trattamento clinico. La diagnosi accurata della nocardiosi inizia prima dei test di laboratorio, con fattori pre-analitici che giocano un ruolo cruciale nel successo sia dei metodi basati sulla coltura che quelli molecolari. La qualità del campione influenza direttamente i tassi di rilevamento; i campioni di respirazione profonda come il lavaggio broncoalveolare (BAL), l'expectorato indotto o i campioni di biopsia producono tassi di recupero più elevati rispetto allo expectorato espettorato. Le condizioni di trasporto sono altrettanto importanti, poiché le specie di Nocardia sono metigliose e possono essere invase dalla flora commensale se gli esemplari sono ritardati o impropriamente conservati. Tempi di trasporto prolungati (>2 h) senza un supporto adeguato possono compromettere la vitalità e ridurre la resa dicoltura a 45.
Le procedure di decontaminazione utilizzate per campioni respiratori (ad esempio, N-acetil-L-cisteina–NaOH) possono involontariamente ridurre il recupero da Nocardia a causa della sua lenta crescita e suscettibilità agli agenti chimici. Pertanto, i laboratori dovrebbero considerare mezzi selettivi (ad esempio, estratto di lievito di carbone tamponato) e periodi di incubazione prolungati (fino a 2–4 settimane) per migliorareil recupero 46. Una delle principali sfide cliniche è distinguere la colonizzazione da una vera infezione. La nocardia può essere isolata da campioni respiratori in pazienti con malattia polmonare cronica (ad esempio, bronchiectasia, bronchiectasia, bronchiectasi polmonare ostruttiva cronica) senza evidenza di malattia invasiva. In tali casi, la rilevazione può rappresentare colonizzazione piuttosto che infezione. Questa distinzione è fondamentale, poiché un trattamento non necessario può aumentare tossicità e resistenza, mentre il mancato trattamento della vera infezione può portare a una malattia diffusa con alta mortalità. Il giudizio clinico, supportato da risultati radiografici, istopatologia e sintomi sistemici, èessenziale 2.
I fattori dell'ospite influenzano in modo significativo sia la suscettibilità che i risultati. Il tipo e il grado di immunosoppressione sono fattori chiave che determinano. Tra i riceventi di trapianto di organi solidi, l'incidenza varia a seconda del tipo di organo: i riceventi di trapianto polmonare hanno il rischio più alto (fino al 9%), seguiti da quelli di cuore e fegato, mentre quelli che ricevono trapianto di rene hanno un'incidenza più bassa ma comunque significativa (0,4%–1,3%)16˒17. Queste differenze riflettono variazioni nei regimi immunosoppressivi e nell'esposizione ambientale. L'uso di agenti che impoveriscono le cellule T e corticosteroidi ad alte dosi aumenta ulteriormente il rischio, soprattutto nel primo anno dopo iltrapianto.
Le tecnologie basate sulla spettrometria di massa, come la MALDI-TOF MS, hanno dimostrato un'elevata accuratezza nell'identificazione della Nocardia , anche se rimangonolimitazioni 26˒27. L'accuratezza dell'identificazione a livello di specie dipende fortemente dalla completezza e dalla validità del database di riferimento, e le prestazioni variano tra le diverse versioni del database. Questi fattori, piuttosto che fallimenti specifici di identificazione per specie, rappresentano le principali sfide per i laboratori clinici di routine23.
Per quanto riguarda i test di suscettibilità agli antimicrobici, esiste una variabilità significativa tra le specie di Nocardia . Sebbene molti ceppi rimangono suscettibili a linezolide e amikacina, la resistenza ad altri antibiotici varia a seconda della specie e può influenzare gli esiti del trattamento3. Pertanto, il test di suscettibilità rimane fondamentale per guidare la terapia, come discusso nella Sezione 3.