Le analisi Mendelian Randomization (MR) hanno utilizzato dati da un GWAS (https://gwas.mrcieu.ac.uk/) accessibile al pubblico, che aveva già ottenuto le necessarie approvazioni etiche e di consenso informato durante la raccolta iniziale dei dati. Di conseguenza, non era richiesto alcun ulteriore consenso etico o informato per lo studio. Il software e i database utilizzati sono elencati nella Tabella dei Materiali.
1. Dati di esposizione
Le informazioni riassuntive GWAS sull'apporto relativo di macronutrienti dietetici come grassi, proteine, carboidrati e zucchero sono state ottenute da oltre 235.000 individui di ascendenza europea23. L'apporto dietetico del giorno precedente (UKB) o abituale (tutte le altre coorti) è stato raccolto utilizzando questionari alimentari completi. L'apporto relativo di ogni macronutriente è stato corretto dall'apporto energetico totale, consentendo effetti non lineari. Seguendo rigorose procedure di controllo qualità, la dimensione aggregata finale del campione è 235.391 per lo zucchero e 268.922 per grassi, proteine ecarboidrati 23. Le caratteristiche di base dei partecipanti inclusi nel GWAS relativo all'apporto relativo di macronutrienti dietetici sono riassunte nella Tabella 1.
I dati di associazione genetica per i micronutrienti sono stati raccolti da una revisione completa della letteratura esistente e dalla disponibilità di GWAS robusti nelle popolazioni europee. In breve, sono state incluse statistiche riassuntive GWAS per sette minerali essenziali: calcio sierico, rame, ferro, magnesio, fosforo, selenio (misurato in campioni di sangue o unghie dei piedi) ezinco 24,25,26,27,28,29,30,31 , oltre a sette vitamine, tra cui 25-idrossivitamina D, vitamina A1 (retinolo), vitamina B6, vitamina B9 (acido folico), vitamina B12, vitamina C e vitaminaE 32,33,34,35,36,37. Le caratteristiche di base dei partecipanti inclusi nel GWAS dei micronutrienti sono riassunte nella Tabella 1.
2. Dati sugli esiti
I dati di esame sono stati ottenuti dal progetto IEU GWAS (https://gwas.mrcieu.ac.uk/), sviluppato presso l'Unità di Epidemiologia Integrativa del MRC presso l'Università di Bristol. In particolare, la miopia è stata esaminata come risultato utilizzando dati dalla fonte: ukb-b-6353 (n = 460.536), cataratte dalla fonte: ebi-a-GCST90018814 (n = 491.877), glaucoma dalla fonte: ebi-a-GCST90013865 (n = 406.927) e degenerazione maculare precoce legata all'età dalla fonte: ebi-a-GCST010723 (n = 105.248). Le caratteristiche di base dei partecipanti inclusi nel GWAS per la miopia e altri disturbi oculari maggiori sono riassunte nella Tabella 2. Le definizioni dei fenotipi delle malattie oculari si basavano sui dataset originali GWAS. La miopia (ukb-b-6353) è stata derivata dalla Biobanca del Regno Unito e definita sulla base dell'uso auto-dichiarato di occhiali o lenti a contatto, principalmente per la visione a distanza (miopia). Gli esiti di cataratta e glaucoma sono stati ottenuti da grandi meta-analisi GWAS basate su casi clinicamente diagnosticati individuati tramite cartelle cliniche o statistiche sugli episodi ospedalieri. La degenerazione maculare precoce legata all'età (AMD) è stata definita secondo criteri diagnostici standardizzati utilizzati negli studi originali del consorzio GWAS. Le differenze nelle definizioni di fenotipi tra gli studi possono introdurre una certa eterogeneità e dovrebbero essere considerate nell'interpretazione dei risultati.
3. Selezione delle variabili strumentali
Sono stati selezionati come variabili strumentali polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) associati a esposizioni di significatività genomica (P < 5 × 10⁻8). Gli SNP indipendenti sono stati selezionati come variabili strumentali con una soglia r2 di < 0,001, basata sulla loro distanza entro 10.000 kb nei dati europei 1000G, utilizzando il pacchetto "TwoSampleMR" R. La forza degli strumenti selezionati è stata valutata utilizzando la statisticaF 38. Una statistica F superiore a 10 è generalmente considerata indicativa di variabili strumentaliforti 39. Tutte le analisi sono state armonizzate per garantire l'allineamento degli alleli d'effetto tra i dataset di esposizione e di esame.
4. Stime di randomizzazione mendeliana
Per stimare la relazione causale tra macronutrienti e micronutrienti alimentari e miopia e altri disturbi oculari importanti, è stato applicato il pacchetto R "TwoSampleMR" per l'analisi RM. Varianti genetiche associate a ciascuno dei macronutrienti e micronutrienti dietetici sono state utilizzate come variabili strumentali per esaminare la loro relazione causale con la miopia e altri importanti disturbi oculari. L'analisi della RM si basa su tre assunzioni chiave: (1) l'assunzione di rilevanza, secondo cui le varianti genetiche sono fortemente associate all'esposizione; (2) l'assunzione di indipendenza, secondo cui le varianti sono indipendenti dai confondenti; e (3) l'assunzione di restrizione di esclusione, secondo cui le varianti influenzano il risultato solo attraverso l'esposizione dell'interesse. Sono stati implementati diversi metodi di risonanza magnetica, tra cui IVW, mediana ponderata, modalità ponderata e MR-Egger, con la IVW come approccio principale e gli altri metodi utilizzati per valutare la robustezza dei risultati. Il metodo IVW fornisce la stima causale più precisa quando tutte le variabili strumentali sono valide o quando la pleiotropia orizzontale è bilanciata tra varianti. Lo stimatore mediano ponderato può generare stime coerenti anche se fino al 50% degli strumenti genetici sono invalidi. Il metodo di regressione MR-Egger consente la rilevazione della pleiotropia direzionale stimando un termine di intercetta che riflette l'effetto pleiotropo medio tra varianti genetiche. Inizialmente, le stime causali sono state calcolate utilizzando modelli IVW a effetti fissi, e sono stati impiegati modelli IVW con effetti casuali quando è stata rilevata eterogeneità significativa (p < 0,05). Per tenere conto dei confronti multipli tra esposizioni e esiti multipli, è stata applicata la correzione del tasso di false discovery (FDR) utilizzando il metodo di Benjamini–Hochberg. La significanza statistica è stata definita come P < FDR aggiustata da 0,05, mentre P < 0,05 è stata considerata nominalmente significativa. Tutte le analisi sono state effettuate in R (versione 4.1.2). Per chiarire il quadro analitico, una rappresentazione schematica del progetto e delle assunzioni della MR è mostrata nella Figura 1.
5. Analisi di eterogeneità e sensibilità
Per valutare la robustezza dei risultati della risonanza magnetica, sono stati condotti test di eterogeneità per rilevare potenziali incongruenze tra le variabili strumentali. L'eterogeneità è stata valutata utilizzando la statistica Cochran Q, dove un valore P di < 0,05 indicava eterogeneità significativa40. Sono state inoltre effettuate analisi di sensibilità per valutare la potenziale pleiotropia, in cui varianti genetiche possono influenzare l'esito attraverso vie biologiche diverse dall'esposizione di interesse. La pleiotropia direzionale è stata valutata utilizzando il test di regressioneMR-Egger 41. Inoltre, è stato applicato il metodo Mendelian Randomization Pleiotropy RESidual Sum and Outlier (MR-PRESSO) per identificare ed eliminare potenziali outlier pleiotropi (p < 0,05) e per fornire stime causali corrette quandonecessario 41.