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Articolo metodologico
Questo protocollo utilizza come esempi la malattia polmonare interstiziale e l'ipertensione polmonare e integra la bibliometria con la bioinformatica per esplorare sistematicamente e preliminarmente le tendenze di ricerca, i punti caldi, i bersagli chiave e le vie correlate. Questo protocollo poteva essere replicato per analizzare eventuali coppie di malattie modificando i prompt.
La malattia polmonare interstiziale (ILD) e l'ipertensione polmonare (HP) coesistono frequentemente come comorbidità, portando a scarsi risultati clinici e opzioni terapeutiche limitate. Identificare importanti punti di riferimento della ricerca e scoprire i principali obiettivi di comorbidità è essenziale per migliorare la gestione delle malattie e sviluppare nuove strategie terapeutiche. Questo protocollo recupera le pubblicazioni rilevanti dai database Web of Science Core Collection e Scopus, e utilizza CiteSpace e VOSviewer per mappare punti caldi di ricerca e tendenze in evoluzione. Successivamente, dal database GeneCards vengono identificati bersagli genetici sovrapposti associati a entrambe le malattie. Le reti di interazione proteina-proteina sono costruite utilizzando STRING per identificare i geni hub, e l'analisi di arricchimento delle vie KEGG viene eseguita utilizzando il linguaggio R per chiarire le principali vie di segnalazione. I risultati mostrano che la bibliometria identifica la traiettoria evolutiva di questo campo interdisciplinare da una prospettiva macro; l'analisi bioinformatica rivela FN1, IL6 e TNF come potenziali obiettivi principali di comorbidità; e l'analisi di arricchimento KEGG indica che le vie immunitarie legate a PI3K-Akt e MAPK sono profondamente coinvolte nella patogenesi della comorbidità. Integrando i due approcci, questo protocollo delinea sistematicamente la traiettoria di sviluppo e i punti caldi di ricerca nella ricerca sulla comorbidità ILD-PH, selezionando preliminarmente potenziali obiettivi e vie di comorbidità. Fornisce una direzione e una base computazionale per future ricerche sperimentali e validazione clinica. Questo quadro integrato offre una metodologia riproducibile applicabile allo studio di altre complesse comorbidità di malattie.
La malinpatia polmonare interstiziale (ILD) si riferisce a un gruppo di malattie polmonari diffuse caratterizzate patologicamente da infiammazione e fibrosi dell'interstizio polmonare. Durante la sua evoluzione della malattia, spesso è complicata da molteplici comorbidità, tra cui l'ipertensione polmonare (HP) è una delle comorbidità più comuni che influisce significativamente sullaprognosi 1,2. I dati epidemiologici indicano che l'incidenza dell'HP nei pazienti con ILD varia a seconda del sottotipo e dello stadio della malattia, variando dal 13% all'86%
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Lo studio utilizzava database secondari pubblici disponibili, tra cui GeneCards, STRING e KEGG. Secondo l'Articolo 32 del Regolamento sulle Risorse Genetiche Umane della Cina, questi database non prevedono la raccolta diretta di risorse genetiche umane all'interno della Cina; Pertanto, non era richiesta alcuna approvazione etica o consenso informato per questo studio. Le informazioni dettagliate sulle versioni del software e delle piattaforme utilizzate in questa sezione sono fornite nella Tabella dei Materiali.
1. Raccolta e organizzazione della letteratura....
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Recupero e screening dei dati
In totale, sono stati raccolti 2.400 record dal database Scopus, mentre 696 sono stati identificati nel database WoSCC. Dopo la fusione dei due dataset e la rimozione di 533 record duplicati, un totale di 2.563 pubblicazioni uniche sono state infine incluse per un'analisi bibliometrica successiva (Figura 1).
Tendenze annuali della produzione delle p.......
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Questo studio rappresenta la prima applicazione integrata di bibliometria e bioinformatica per esplorare la comorbidità di ILD e PH. Esamina sistematicamente la traiettoria dello sviluppo, la struttura della conoscenza e le tendenze all'avanguardia in questo campo nell'ultimo decennio, e identifica i geni hub e le vie di segnalazione chiave alla base di questo stato comorbido a livello molecolare. Da una prospettiva macro-tendenza, il numero annuo di pubblicazioni in questo campo è aumen.......
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Gli autori riportano che non ci sono conflitti di interesse in quest'opera.
Gli autori ringrazionano con gratitudine il sostegno finanziario del Progetto Maggiore Non Trasmissibile per le Malattie Croniche - Nazionale di Scienza e Tecnologia (2024ZD0522300, 2024ZD0522301) e del Fondo Centrale di Ricerca Non-profit dell'Accademia Cinese di Scienze Mediche (01-ZHCH330-2022).
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| Nome | Azienda | Numero di catalogo | Commenti |
|---|---|---|---|
| Bibliometric Online Analysis Platform | K-Synth Srl (Bibliometric) | https://bibliometric.com | Piattaforma di analisi online; modulo: Relazioni tra Paesi; genera diagramma a corde della collaborazione tra Paesi; consultato il 10 marzo 2026 |
| CiteSpace | Drexel University | 6.4.R1 | Analisi bibliometrica; time slicing: 2016–2025; tipi di nodi: parole chiave, riferimenti; pruning: Pathfinder + Pruning sliced networks |
| clusterProfiler (pacchetto R) | Guangchuang Yu et al. | 4.13.2 | Analisi di arricchimento KEGG; soglie: p < 0.05, q < 0.2 |
| Cytoscape | Cytoscape Consortium | 3.10.3 | Visualizzazione e analisi di reti; plugin: CytoHubba; algoritmo: degree centrality; utilizzato per l'identificazione di geni hub |
| GeneCards | Weizmann Institute of Science | https://www.genecards.org | Database di informazioni sui geni; versione del database 5.22; consultato il 12 marzo 2026; criterio di filtraggio: Punteggio di rilevanza ≥ 1 |
| Journal Citation Reports (JCR) | Clarivate Analytics | https://jcr.clarivate.com | Fattore di impatto e quartili delle riviste; consultato il 9 marzo 2026 |
| KEGG | Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes | https://www.kegg.jp | Database di pathway; consultato tramite API di clusterProfiler il 13 marzo 2026; specie: hsa |
| MeSH Database | National Library of Medicine (NLM) | https://meshb.nlm.nih.gov | Database di termini MeSH; consultato il 9 marzo 2026; utilizzato per costruire la strategia di ricerca |
| Microsoft Excel | Microsoft Corporation | 16.88 (Microsoft 365) | Statistiche sui dati e generazione di grafici; utilizzato per il conteggio delle pubblicazioni, deduplicazione, tracciamento dei grafici |
| org.Hs.eg.db (pacchetto R) | Bioconductor Core Team | 3.20.0 | Database di annotazione del genoma umano; utilizzato per la conversione degli ID dei geni |
| R | R Core Team | 4.4.2 | Ambiente di calcolo statistico e di tracciamento; data di esecuzione: 13 marzo 2026 |
| Scimago Graphica | Scimago Lab | 2 | Strumento di visualizzazione; layout: proiezione di mappa; curvatura dei bordi: 0.5; mappatura dei colori: per cluster |
| Scopus | Elsevier | https://www.scopus.com | Database di recupero della letteratura; Elsevier Scopus 2026 complete edition; data di recupero: 9 marzo 2026 |
| STRING | EMBL | 12.0 / https://cn.string-db.org | Database di interazione proteina-proteina; consultato il 12 marzo 2026; soglia del punteggio di interazione: 0.7 (alta confidenza); tipo di rete: fisico + funzionale |
| VOSviewer | Leiden University | 1.6.20 | Analisi bibliometrica; co-autore come tipo di analisi; metodo di normalizzazione: forza di associazione |
| Web of Science Core Collection | Clarivate Analytics | https://www.webofscience.com | Database di recupero della letteratura; copre le sotto-banchedati SCIE e SSCI; data di recupero: 9 marzo 2026 |
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