Site-specific ricombinasi (SSR), la tecnologia consente la manipolazione della struttura dei geni per esplorare la funzione del gene ed è diventato uno strumento integrante della biologia molecolare. Site-specific ricombinasi sono proteine che si legano a sequenze diverse di DNA bersaglio. Il Cre / lox sistema è stato descritto nel batteriofagi durante il 1980. Cre ricombinasi è una topoisomerasi di tipo I che catalizza site-specific ricombinazione del DNA tra due loxP (locus di X-over P1) siti. Il Cre / lox sistema non richiede alcuna cofattori. Sequenze loxP contenere distinti siti di legame per ricombinasi Cre che circondano una sequenza direzionale centrale, in cui la ricombinazione e riassetto avviene. Quando le cellule contengono siti loxP ed esprimono la ricombinasi Cre, si verifica un evento di ricombinazione. DNA a doppia elica viene tagliata in entrambi i siti loxP dalla ricombinasi Cre, riordinati, e legato ("forbici e colla"). Prodotti della manifestazione ricombinazione dipendono dalla orientazione relativa delle sequenze asimmetriche.
La tecnologia SSR è spesso utilizzata come uno strumento per esplorare la funzione del gene. Ecco il gene di interesse è fiancheggiata da Cre bersaglio siti loxP ("floxed"). Gli animali vengono poi incrociate con gli animali che esprimono la ricombinasi Cre sotto il controllo di un promotore tessuto-specifica. Nei tessuti che esprimono la ricombinasi Cre si lega a sequenze target e accise il gene floxed. Delezione del gene controllato permette l'indagine della funzione del gene nei tessuti specifici e in momenti distinti. Analisi della funzione del gene che impiegano la tecnologia SSR --- mutagenesi condizionale - ha notevoli vantaggi rispetto ai tradizionali knock-out in cui delezione del gene è spesso letale.