Analisi istochimica di genotipi di cotone resistenti e suscettibili
L'esame istochimico di sezioni trasversali di radici e fusti allo stadio di foglia vera ha rivelato differenze visibili tra genotipi resistenti e suscettibili, come mostrato in Figura 4, Figura 5 e Figura Supplementare 1 (sezioni trasversali del fusto). Ingrandimenti maggiori (100x–300x) hanno permesso di osservare in dettaglio queste differenze (Figura 4A–C e Figura 5A–C per i genotipi resistenti e Figura 4D–F e Figura 5D–F per i genotipi suscettibili). I modelli di colorazione della lignina variavano in base ai tipi di tessuto: i genotipi resistenti mostravano un'intensità di colorazione della lignina inferiore o simile nei fusti, mentre i genotipi suscettibili presentavano una lignificazione del fusto relativamente più accentuata all'osservazione visiva (Supplementary Figure 1A–D).
Analisi quantitativa delle immagini della colorazione della lignina
Deltapine 16, un cultivar suscettibile incluso in questo studio, ha mostrato una colorazione minore della lignina (Figura 6A–C) con valori percentuali di area colorata pari a 12, 17,8 e 16,3 (Figura 6D). Il genotipo suscettibile A2-40 ha presentato valori percentuali di area colorata di 25,2, 19,9 e 28,75, mentre il genotipo resistente, A2-995, ha mostrato valori percentuali di area colorata di 54,95, 58,71 e 69,85 (Figura 7). Tuttavia, A2-20 ha mostrato valori percentuali di area colorata di 16,6, 21,3 e 20,4, mentre A2-514 ha mostrato valori percentuali di area colorata di 49,8, 34,1 e 43,38 (Figura 8). Il confronto ha prodotto un valore p di 0,06. Poiché questi valori sono stati ottenuti utilizzando soglie diverse, è stata eseguita un'analisi uniforme delle soglie con ImageJ, utilizzando identici valori di tonalità, saturazione e luminosità per garantire la riproducibilità tra le repliche. Il genotipo resistente (A2-514) ha mostrato una colorazione relativamente maggiore rispetto al genotipo suscettibile (A2-20). La percentuale di area colorata è stata calcolata come rapporto tra i pixel positivi alla lignina e i pixel totali del tessuto nella sezione. Il confronto quantitativo con soglia uniforme tra il genotipo suscettibile A2-20 e il genotipo resistente A2-514 è mostrato nella Figura 9. Nel complesso, l'analisi con soglia uniforme dimostra che esistono differenze specifiche del genotipo nella lignificazione tra questi genotipi.
DISPONIBILITÀ DEI DATI:
I dati grezzi sono allegati come File Supplementare.

Figura 1: Vista microscopica di nematodi reniformi che si nutrono di radici di cotone. Nematodi reniformi che si nutrono di radici di cotone sono mostrati a un ingrandimento di 50x dopo colorazione con colorante alimentare rosso. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 2: Preparazione del materiale vegetale per l'analisi istochimica della lignina. Il flusso di lavoro comprende i seguenti passaggi: (1) immergere i semi di cotone in acqua; (2) posizionare i semi su tovaglioli di carta bagnati in una piastra di Petri sterile etichettata; (3) far germinare i semi per 2 giorni e trasferire le piantine in vasi etichettati contenenti terreno; (4) far crescere le piantine fino allo stadio di cotiledone; (5) continuare la crescita delle piante fino allo stadio di foglia vera e preparare sezioni trasversali di fusti e radici; e (6) colorare le sezioni di tessuto raccolte ed esaminarle al microscopio. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 3: Raccolta e colorazione di sezioni di radice e fusto del cotone mediante phloroglucinol-HCl. Il flusso di lavoro comprende i seguenti passaggi: (1) coltivare tre repliche biologiche fino allo stadio di foglia vera; (2) rimuovere delicatamente le piante dal terreno, lavarle con acqua e prepararle per la sezionatura; (3) utilizzare una lama sterile per preparare sezioni trasversali del fusto; (4) utilizzare una lama sterile per preparare sezioni trasversali della radice; (5) colorare le sezioni del fusto con phloroglucinol-HCl al 3%, risciacquare con acqua e osservare al microscopio; (6) colorare le sezioni della radice con phloroglucinol-HCl al 3%, risciacquare con acqua e osservare al microscopio; e (7) osservare le sezioni colorate al microscopio per visualizzare le differenze di colorazione con phloroglucinol e acquisire le immagini. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 4: Colorazione della lignina in sezioni trasversali di radici dei genotipi di cotone A2-514 e A2-20. Sezioni trasversali di radici colorate per la lignina del genotipo resistente A2-514 a un ingrandimento di (A) 100x, (B) 200x e (C) 300x. Sezioni trasversali di radici colorate per la lignina del genotipo suscettibile A2–20 a un ingrandimento di (D) 100x, (E) 200x e (F) 300x. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 5: Colorazione della lignina in sezioni trasversali di radici dei genotipi di cotone A2-995 e A2-40. Sezioni trasversali di radici colorate per la lignina del genotipo resistente A2-995 a ingrandimenti di (A) 100x, (B) 200x e (C) 300x. Sezioni trasversali di radici colorate per la lignina del genotipo suscettibile A2-40 a ingrandimenti di (D) 100x, (E) 200x e (F) 300x. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 6: Colorazione della lignina e analisi quantitativa di sezioni trasversali di radice di Deltapine 16. Sezioni trasversali di radice colorate per la lignina di tre repliche biologiche del cultivar suscettibile Deltapine 16 a un ingrandimento di 100x: (A) replica biologica 1, (B) replica biologica 2 e (C) replica biologica 3. (D) Percentuale di area colorata per le tre repliche biologiche determinata mediante analisi quantitativa con ImageJ. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 7: Analisi quantitativa della colorazione della lignina nei genotipi di cotone A2-40 e A2-995. Percentuale di area colorata determinata mediante analisi con ImageJ per tre repliche biologiche del genotipo suscettibile A2-40 e del genotipo resistente A2-995. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 8: Analisi quantitativa della colorazione della lignina nei genotipi di cotone A2-20 e A2-514. Percentuale di area colorata determinata mediante analisi con ImageJ per tre repliche biologiche del genotipo suscettibile A2-20 e del genotipo resistente A2-514. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 9: Quantificazione con soglia uniforme della colorazione della lignina nei genotipi di cotone A2-20 e A2-514. Percentuale di area colorata nel genotipo suscettibile A2-20 e nel genotipo resistente A2-514 dopo l'analisi dell'immagine con soglia uniforme. Il confronto statistico è stato effettuato mediante il test t di Welch (t = −1.52, p = 0.267). Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 10: Visualizzazione della colorazione della lignina in diverse regioni della radice. Immagini rappresentative che mostrano la colorazione della lignina nelle regioni di maturazione della radice, di allungamento della radice e dell'apice radicale. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.
Figura supplementare 1: Colorazione della lignina in sezioni trasversali del fusto di genotipi di cotone resistenti e suscettibili. Sezioni trasversali del fusto colorate per la lignina a 100x di ingrandimento di (A) A2-20 suscettibile, (B) A2-514 resistente, (C) A2-40 suscettibile e (D) A2-995 resistente. Cliccare qui per scaricare il file.