L'elettroagopuntura migliora la funzione cardiaca e attenua il danno miocardico nei ratti con insufficienza cardiaca cronica
Per valutare gli effetti dell'EA sull'insufficienza cardiaca congestizia (CHF), è stato utilizzato un modello ratto mediante legatura dell'arteria coronaria discendente anteriore (LAD), seguita da specifici interventi di EA o di EA Sham. Sono state effettuate valutazioni sistematiche, inclusi esami ecocardiografici, saggi biochimici e colorazioni istologiche (Figura 2A). Dal punto di vista funzionale, il gruppo CHF ha mostrato dilatazione ventricolare e compromissione della contrattilità. Il trattamento con EA ha migliorato le riduzioni di FEVS e di FSVS osservate nei ratti con CHF, mentre il gruppo EA Sham ha presentato livelli di funzione cardiaca paragonabili a quelli del gruppo CHF (Figura 2B e Figura 2C).
Inoltre, l'EA ha ridotto i livelli sierici di NT-proBNP e cTnT, indicando una riduzione del carico cardiaco e un'attenuazione del danno miocardico. Al contrario, il gruppo Sham EA ha mostrato parametri biochimici simili a quelli del gruppo CHF (Figura 2E,F). L'analisi istologica ha mostrato che il gruppo CHF presentava danni strutturali miocardici e fibrosi. Il trattamento con EA ha migliorato l'architettura miocardica e ridotto la CVF, mentre il gruppo Sham EA ha mantenuto alterazioni patologiche e livelli di CVF simili a quelli del gruppo CHF (Figura 2D). Nel complesso, l'EA ha esercitato effetti cardioprotettivi contro la CHF, mentre l'intervento Sham EA non ha prodotto risultati terapeutici simili.
L'elettroagopuntura attiva i neuroni nel nucleo del tratto solitario di ratti con insufficienza cardiaca cronica
Per determinare se il NST media la risposta centrale al trattamento con EA, l'attivazione neuronale è stata valutata mediante colorazione per c-Fos, un marcatore dell'eccitazione neuronale. L'analisi mediante immunofluorescenza (Figura 3A) e il conteggio quantitativo delle cellule (Figura 3B) hanno rivelato che il numero di neuroni positivi per c-Fos nel NST era inferiore nel gruppo CHF rispetto al gruppo Sham. Tuttavia, il trattamento con EA ha aumentato l'espressione di c-Fos fino a livelli paragonabili alla condizione basale del gruppo Sham. Parallelamente ai risultati funzionali periferici, il gruppo Sham EA ha mostrato livelli di espressione di c-Fos simili a quelli del gruppo CHF.
Per valutare lo stato funzionale di questi neuroni del NST, sono stati registrati segnali elettrofisiologici in vivo. I tracciati del potenziale d'azione (Figura 3C) e la frequenza media quantitativa di scarica (Figura 3D) erano in accordo con i risultati istologici. La frequenza di scarica spontanea dei neuroni del NST risultava ridotta in condizioni di scompenso cardiaco congestizio (CHF). Al contrario, l'intervento con EA aumentava la frequenza di scarica neuronale, mentre la procedura Sham EA non induceva tali modifiche elettrofisiologiche.
Questo schema di attivazione neuronale è stato confermato dall'analisi del potenziale di campo locale. Come mostrato nei spettrogrammi a colori 2D del LFP e nelle mappe tridimensionali della densità spettrale di potenza (Figura 3E), l'energia oscillatoria neuronale all'interno del NTS è risultata attenuata durante lo stato di scompenso cardiaco congestizio (CHF). Dopo il trattamento con EA, si è osservato un aumento dell'intensità di potenza lungo lo spettro di frequenza neuronale, indicativo di un'attivazione della rete, assente invece nel gruppo Sham EA.
Per esaminare la rilevanza fisiologica di questa attivazione centrale, è stata effettuata un'analisi della correlazione di Pearson, integrando parametri cardiaci periferici con l'attività neuronale centrale del NTS (Figura 3F). L'analisi ha dimostrato che la frequenza media di scarica e l'espressione di c-Fos all'interno del NTS erano positivamente correlate con la frazione di eiezione del ventricolo sinistro (LVEF). Al contrario, questi indicatori di attività neurale centrale mostravano una correlazione negativa con il marcatore sierico di scompenso cardiaco NT-proBNP. Queste correlazioni indicano che l'attivazione neurale del NTS modulata dall'EA è associata alla sua efficacia cardioprotettiva periferica.
L'elettroagopuntura modifica il profilo proteomico globale nel nucleo del tratto solitario
A causa della mancanza di efficacia terapeutica osservata nel gruppo Sham EA durante le precedenti valutazioni funzionali, la fase di proteomica ha incluso solo i gruppi Sham, CHF ed EA. Prima del prelievo dei tessuti, 12 ratti per gruppo hanno subito una valutazione ecocardiografica per valutare gli effetti terapeutici dell'EA, i cui risultati sono presentati nella Figura supplementare 1A. A seguito di questa valutazione, 6 repliche biologiche per ciascun gruppo sono state sottoposte ad analisi proteomica quantitativa basata sulla spettrometria di massa.
Sono stati eseguiti controlli di qualità e analisi multivariate per valutare l'affidabilità e la distribuzione complessiva dei dati proteomici. Il numero totale di proteine identificate è stato di 5.914 nel gruppo Sham, 5.980 nel gruppo CHF e 5.836 nel gruppo EA, indicando un rilevamento proteico comparabile tra i tre gruppi sperimentali (Figura 4A e Tabella Supplementare 1). L'analisi discriminante parziale dei minimi quadrati ha mostrato una chiara separazione tra i gruppi Sham, CHF e EA, indicando profili proteomici globali distinti associati allo stato patologico e all'intervento con EA (Figura 4B).
L'analisi discriminante basata su minimi quadrati parziali a coppie ortogonali ha ulteriormente dimostrato una separazione tra i gruppi Sham e CHF (Figura 4C) e tra i gruppi CHF ed EA (Figura 4D). I corrispondenti test di permutazione hanno confermato l'affidabilità dei rispettivi modelli. Inoltre, la mappa termica delle correlazioni di Pearson ha mostrato elevate correlazioni all'interno dei gruppi e distinti schemi tra i gruppi nei campioni proteomici, sostenendo la riproducibilità dei replicati biologici (Figura 4E). Nel complesso, questi controlli di qualità e analisi multivariate hanno indicato che il set di dati proteomico era sufficientemente robusto per l'identificazione successiva e l'analisi bioinformatica delle proteine differenzialmente espresse.
L'elettroagopuntura modula le proteine differenzialmente espresse e le vie di segnalazione nel nucleo del tratto solitario
Per esplorare i bersagli molecolari dell'EA, sono state analizzate le alterazioni proteiche. I grafici a vulcano mostravano la distribuzione delle proteine upregolate e downregolate nei confronti Sham versus CHF e CHF versus EA (Figura 5A, Tabella Supplementare 2 e Tabella Supplementare 3). Per identificare i bersagli terapeutici, è stata effettuata un'analisi dell'intersezione. Come illustrato nei diagrammi di Venn, sono state identificate 58 proteine upregolate nel gruppo CHF ma downregolate dopo il trattamento con EA, insieme a 27 proteine downregolate nel gruppo CHF e upregolate a seguito dell'intervento con EA (Figura 5B e Tabella Supplementare 4). Questo screening ha prodotto un totale di 85 proteine differenzialmente espresse chiave. La mappa termica con clustering gerarchico ha dimostrato che l'intervento con EA modulava i profili di espressione anomala di queste 85 proteine, riportandoli verso il livello di base del gruppo Sham (Figura 5C).
Per determinare le funzioni biologiche di questi bersagli principali, sono state condotte analisi di arricchimento GO e KEGG separatamente per i due sottoinsiemi proteici distinti. Per il sottoinsieme di 58 proteine downregolate da EA, il grafico a bolle GO ha mostrato un arricchimento significativo in processi biologici, tra cui l'organizzazione della matrice extracellulare e l'organizzazione della struttura extracellulare, insieme a componenti cellulari come la struttura incapsulante esterna e il trimero di collagene, e funzioni molecolari, tra cui il legame con il collagene e il legame con il recettore del glutammato (Figura 5D e Tabella Supplementare 5). L'analisi successiva dei percorsi KEGG, visualizzata mediante diagrammi a corde e diagrammi di Sankey, ha rivelato che queste 58 proteine partecipano a cascami quali la digestione e l'assorbimento delle proteine, il citoscheletro nelle cellule muscolari e il percorso di segnalazione TGF-β (Figura 5E e Tabella Supplementare 6). Queste visualizzazioni topologiche hanno evidenziato proteine specifiche, tra cui COL3A1, COL14A1, MYH11, DCN e DPF2, come nodi prominenti che collegano diversi percorsi patologici.
Al contrario, è stata eseguita un'annotazione funzionale per il sottoinsieme di 27 proteine upregolate dall'intervento EA. L'analisi di arricchimento GO ha indicato il coinvolgimento in processi biologici come la regolazione della crescita cellulare e la regolazione positiva dell'allungamento della trascrizione templata sul DNA, nonché in funzioni molecolari quali il legame proteico dipendente dal calcio e il legame della tetrapirrolo (Figura 5F e Tabella Supplementare 7). I corrispondenti diagrammi a corde KEGG e diagrammi di Sankey hanno associato queste proteine a vie fondamentali, tra cui il rimodellamento della cromatina dipendente dall'ATP e il complesso repressivo polycomb (Figura 5G e Tabella Supplementare 8). In particolare, il mappaggio della rete ha identificato proteine chiave come YY1, E2F2 ed ENTPD5, collegando queste reti di segnalazione centrali. Questa stratificazione funzionale completa ha fornito la base strutturale per la successiva validazione dei target principali.
La topologia della rete e il profilo di espressione identificano YY1 come un bersaglio candidato associato agli effetti dell'intervento di elettroacupuntura
Per determinare il gene centrale tra le 85 proteine differenzialmente espresse, è stata costruita una rete di interazione proteina-proteina. L'analisi topologica ha identificato 18 nodi con elevati punteggi di connettività (Figura 6A e Tabella Supplementare 9). Successivamente, è stata effettuata un'analisi del percorso KEGG specificamente per queste 18 proteine centrali. I corrispondenti diagrammi a corde e diagrammi di Sankey hanno rappresentato le relazioni complesse tra questi hub e le cascate di segnalazione arricchite, inclusi il rimodellamento della cromatina dipendente dall'ATP, il complesso repressivo polycomb e il percorso di segnalazione del TGF-β (Figura 6A e Tabella Supplementare 10). Sulla base di questo profilo funzionale, le 10 proteine maggiormente arricchite sono state selezionate per un ulteriore screening. Poiché il bersaglio terapeutico dell'EA si trova nel sistema nervoso centrale, questi 10 candidati sono stati valutati utilizzando il database GTEx di espressione tessutale umana (Figura 6B e Figura Supplementare 1B–J). I risultati hanno indicato che solo YY1 (Figura 6B), DMAP1 (Figura Supplementare 1C) e DPF2 (Figura Supplementare 1D) erano espressi nei tessuti cerebrali.
Per isolare il candidato bersaglio altamente responsivo dell'EA, sono stati eseguiti esperimenti molecolari in vivo utilizzando tessuti del NST. La PCR quantitativa in tempo reale è stata impiegata per valutare la risposta trascrizionale dei 3 candidati prevalentemente espressi nel cervello. L'espressione dell'mRNA di YY1 risultò ridotta in condizioni di ICC e aumentata dopo il trattamento con EA, mentre i livelli di espressione dell'mRNA di DPF2 e DMAP1 non mostrarono variazioni statisticamente significative tra i gruppi sperimentali (Figura 6C). Questo screening trascrizionale escluse DPF2 e DMAP1 da ulteriori validazioni e indicò YY1 come il principale candidato responsivo. Un'analisi successiva mediante Western blot indicò che i livelli proteici di YY1 erano ridotti nel gruppo con ICC rispetto al valore basale del gruppo Sham, mentre l'intervento con EA contrastò questa tendenza, aumentando l'espressione proteica di YY1 (Figura 6D e Figura 6E). Questi risultati sperimentali indicano che l'EA regola positivamente l'espressione di YY1 all'interno del NST.
Per studiare i meccanismi regolatori a monte che controllano l'espressione di YY1, sono state analizzate le relative modifiche istoniche e i fattori di trascrizione associati. È importante sottolineare che questi risultati si basano esclusivamente su previsioni bioinformatiche computazionali derivate dal Cistrome Data Browser e non rappresentano una validazione sperimentale diretta mediante ChIP-seq. La previsione epigenetica ha evidenziato modifiche istoniche, tra cui H3K27ac, H3K27me3 e H3K4me3, con elevati punteggi di potenziale regolatorio per il locus YY1 (Figura 6F). Contestualmente, il punteggio di potenziale regolatorio ha identificato fattori di trascrizione come CDK9, PRDM1 ed ELL2 come regolatori a monte di YY1 (Figura 6G). Queste previsioni bioinformatiche delineano le potenziali reti epigenetiche e trascrizionali che controllano l'espressione di YY1 nel NTS.
In sintesi, i dati presentati dimostrano che l'intervento di EA migliora efficacemente la funzione cardiaca sistemica e attenua il danno miocardico nei ratti con scompenso cardiaco congestizio (CHF). Questi effetti cardioprotettivi periferici sono accompagnati a livello centrale dal ripristino dell'attività di scarica neuronale e dell'energia oscillatoria neurale all'interno del nucleo del tratto solitario (NTS). Inoltre, un'analisi proteomica quantitativa ha identificato 85 proteine differenzialmente espresse chiave, evidenziando il fattore di trascrizione YY1 come un probabile bersaglio altamente responsivo. Nel complesso, questi risultati suggeriscono che l'efficacia terapeutica dell'EA contro lo scompenso cardiaco congestizio è strettamente associata al ripristino della funzione neurale del NTS e che l'upregolazione di YY1 potrebbe essere coinvolta in questo processo neurobiologico centrale.
Disponibilità dei dati
Tutti i dati generati e analizzati per supportare i risultati di questo studio sono inclusi nel manoscritto e nel suo File Supplementare 1. Per rispettare il requisito di accessibilità pubblica dei dati, tutti i dati grezzi disponibili alla base di questa ricerca sono stati depositati nel repository pubblico Zenodo e sono liberamente accessibili tramite il seguente link: https://doi.org/10.5281/zenodo.22030720. Ulteriori dati di supporto sono disponibili presso gli autori corrispondenti su richiesta ragionevole.

Figura 1: Progettazione sperimentale, creazione del modello di ratto con insufficienza cardiaca cronica e intervento di elettroacupuntura. (A) Diagramma di flusso sperimentale complessivo, comprensivo della linea temporale e della suddivisione in gruppi per le due serie sperimentali indipendenti. (B) Registrazioni rappresentative dell'elettrocardiogramma prima e dopo la legatura dell'arteria coronaria discendente anteriore (LAD), con frecce che indicano l'elevazione del segmento ST a conferma dell'ischemia miocardica. (C) Analisi quantitativa della frazione di eiezione del ventricolo sinistro (LVEF) a 4 settimane dall'intervento chirurgico per confermare il successo della modellizzazione (replicati biologici n = 6, media ± DS). ***p < 0,001 rispetto al gruppo Sham. (D) Intervento di elettroacupuntura nei punti di agopuntura HT7 bilaterali. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 2: L’elettroacupuntura migliora la funzione cardiaca e attenua il danno miocardico nei ratti con insufficienza cardiaca cronica. (A) Esecografie M-mode rappresentative insieme a immagini di colorazione con ematossilina-eosina e tricromia di Masson dei tessuti miocardici nei 4 gruppi sperimentali (barra della scala = 50 µm). (B) Analisi quantitativa della FEVC nei diversi gruppi (replicati biologici n = 6, media ± DS). ***p < 0,001 rispetto al gruppo Sham; ###p < 0,001 rispetto al gruppo CHF; ns, non significativo rispetto al gruppo CHF. (C) Analisi quantitativa della FSVL nei diversi gruppi (replicati biologici n = 6, media ± DS). ***p < 0,001 rispetto al gruppo Sham; ###p < 0,001 rispetto al gruppo CHF; ns, non significativo rispetto al gruppo CHF. (D) Analisi quantitativa della CVF nei diversi gruppi (replicati biologici n = 3, media ± DS). ***p < 0,001 rispetto al gruppo Sham; ##p < 0,01 rispetto al gruppo CHF; ns, non significativo rispetto al gruppo CHF. (E) Analisi quantitativa dei livelli sierici di NT-proBNP nei diversi gruppi (replicati biologici n = 6, media ± DS). ***p < 0,001 rispetto al gruppo Sham; ###p < 0,001 rispetto al gruppo CHF; ns, non significativo rispetto al gruppo CHF. (F) Analisi quantitativa dei livelli sierici di cTnT nei diversi gruppi (replicati biologici n = 6, media ± DS). ***p < 0,001 rispetto al gruppo Sham; ###p < 0,001 rispetto al gruppo CHF; ns, non significativo rispetto al gruppo CHF. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 3: L’elettroacupuntura ripristina l’attività neuronale nel nucleo del tratto solitario in ratti con insufficienza cardiaca cronica. (A) Immagini rappresentative di immunofluorescenza dell’espressione di c-Fos nel NTS nei diversi gruppi. I nuclei sono colorati in controcolorazione con DAPI, e le cellule positive per c-Fos sono colorate in verde. Le linee tratteggiate delimitano la regione anatomica, e le frecce bianche indicano neuroni rappresentativi positivi per c-Fos (barra della scala = 30 µm). (B) Analisi quantitativa del numero di cellule positive per c-Fos nei diversi gruppi (replicati biologici n = 3, media ± DS). ***p < 0,001 rispetto al gruppo Sham; ###p < 0,001 rispetto al gruppo CHF; ns, non significativo rispetto al gruppo CHF. (C) Tracce rappresentative di scariche elettriche neuronali in vivo registrate nel NTS nei diversi gruppi. (D) Analisi quantitativa della frequenza media di scarica neuronale nei diversi gruppi (replicati biologici n = 3, media ± DS). ***p < 0,001 rispetto al gruppo Sham; ###p < 0,001 rispetto al gruppo CHF; ns, non significativo rispetto al gruppo CHF. (E) Spettrogrammi locali di potenziale in 2D e topografie tridimensionali della densità spettrale di potenza che illustrano l’energia oscillatoria neurale all’interno del NTS. (F) Matrice di correlazione che valuta le relazioni tra i fenotipi cardiovascolari periferici e i parametri di attività neurale centrale. I cerchi rossi e blu indicano rispettivamente correlazioni positive e negative. **p < 0,01; ***p < 0,001. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 4: Controllo di qualità e valutazione statistica multivariata dei profili proteomici nel nucleo del tratto solitario. (A) Panoramica quantitativa delle proteine identificate nei 3 gruppi sperimentali (replicati biologici n = 6). (B) Grafico dei punteggi dell'analisi discriminante a minimi quadrati parziali che illustra la distribuzione spaziale complessiva e la separazione tra i gruppi. (C) Grafico dei punteggi dell'analisi discriminante a minimi quadrati parziali ortogonali e relativo test di permutazione per la validazione dell'affidabilità del modello nel confronto Sham versus CHF (200 permutazioni). (D) Grafico dei punteggi dell'analisi discriminante a minimi quadrati parziali ortogonali e relativo test di permutazione per la validazione dell'affidabilità del modello nel confronto CHF versus EA (200 permutazioni). (E) Mappa termica gerarchica dei coefficienti di correlazione di Pearson per la valutazione della riproducibilità all'interno dei gruppi e della varianza tra i gruppi in tutti i campioni proteomici. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 5: Identificazione e analisi dell'arricchimento funzionale delle proteine differenzialmente espresse di base modulate dall'elettroacupuntura nel nucleo del tratto solitario. (A) Diagrammi a vulcano che illustrano la distribuzione delle proteine upregolate e downregolate nei confronti Sham versus CHF e CHF versus EA. (B) Diagrammi di Venn che mostrano l'analisi dell'intersezione per identificare le proteine di base downregolate e upregolate dopo l'intervento con EA. (C) Mappa termica di clustering gerarchico dei profili di espressione delle proteine differenzialmente espresse di base. (D) Diagrammi a bolle GO che dettagliano i processi biologici, le componenti cellulari e le funzioni molecolari arricchiti nel sottoinsieme di proteine downregolate. (E) Diagrammi a corde e diagrammi di Sankey di KEGG che mostrano i percorsi di segnalazione arricchiti dalle proteine downregolate. (F) Diagrammi a bolle GO che dettagliano i processi biologici, le componenti cellulari e le funzioni molecolari arricchiti nel sottoinsieme di proteine upregolate. (G) Diagrammi a corde e diagrammi di Sankey di KEGG che mostrano i percorsi di segnalazione arricchiti dalle proteine upregolate. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 6: La topologia della rete, il profilo di espressione tissutale e la validazione molecolare identificano YY1 come un bersaglio candidato associato all'elettroacupuntura. (A) Rete di interazione proteina-proteina, diagramma a corde e diagramma di Sankey delle proteine centrali identificate. (B) Profilo di espressione tissutale umana di YY1 derivato dal database GTEx, con il riquadro rosso che evidenzia i tessuti cerebrali. (C) Analisi quantitativa dell'espressione di mRNA di YY1, DPF2 e DMAP1 nel NTS nei diversi gruppi (replicati biologici n = 6, media ± DS). **p < 0,01, ***p < 0,001 rispetto al gruppo Sham; ###p < 0,001 rispetto al gruppo CHF; ns, non significativo rispetto al gruppo CHF. (D) Esempi rappresentativi di bande di Western blot di YY1 e β-actina nel NTS nei diversi gruppi. (E) Analisi quantitativa dell'espressione proteica di YY1 nei diversi gruppi (replicati biologici n = 3, media ± DS). ***p < 0,001 rispetto al gruppo Sham; #p < 0,05 rispetto al gruppo CHF. (F) Predizione bioinformatica di modifiche epigenetiche istoniche che regolano il locus di YY1 basata sui punteggi di potenziale regolatorio. (G) Predizione bioinformatica di fattori trascrizionali upstream che regolano il locus di YY1 basata sui punteggi di potenziale regolatorio. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.

Figura 7: Modello proposto dell'associazione tra elettroacupuntura in HT7, aumento dell'espressione di YY1, ripristino dell'attività neuronale nel nucleo del tratto solitario e miglioramento dell'insufficienza cardiaca cronica. (Sinistra) Stato patologico: nel modello di scompenso cardiaco indotto dalla legatura dell'arteria coronaria discendente anteriore (LAD), l'attività neuronale all'interno del NTS è ridotta, accompagnata dalla soppressione del fattore di trascrizione YY1. Questa inibizione neurale centrale è associata a un rimodellamento cardiaco patologico, manifestato da una riduzione della frazione di eiezione del ventricolo sinistro (LVEF), aumento della fibrosi miocardica e innalzamento dei marcatori sierici dello scompenso cardiaco. (Destra) Trattamento con elettroacupuntura: l'intervento con elettroacupuntura nel punto di agopuntura HT7 aumenta l'espressione di YY1 nel NTS e ripristina la scarica neuronale. Questa neuromodulazione centrale esercita effetti cardioprotettivi, attenuando il rimodellamento patologico e migliorando la funzione cardiaca sistemica. Cliccare qui per visualizzare una versione ingrandita di questa figura.
Figura supplementare 1: Valutazione della funzione cardiaca della coorte proteomica e profili di espressione tissutale umana dei geni centrali candidati. (A) Analisi quantitativa della FEVS e della FSVS tra i gruppi (replicati biologici n = 12, media ± DS). ***p < 0,001 rispetto al gruppo Sham; ###p < 0,001 rispetto al gruppo CHF. (B-J) Profili di espressione tissutale umana dei geni centrali candidati derivati dal database GTEx, inclusi COL3A1 (B), DMAP1 (C), DPF2 (D), FMOD (E), MYH11 (F), E2F2 (G), LUM (H), DCN (I) e COL14A1 (J).Cliccare qui per scaricare il file.
Tabella supplementare 1: Matrice completa di identificazione e quantificazione del proteoma globale nel nucleo del tratto solitario. Questa tabella presenta il set completo di dati di proteomica quantitativa ottenuto da tutti i gruppi sperimentali. Le colonne importanti includono ID della proteina (numero di accesso UniProt), Gene (simbolo del gene), First.Protein.Description (annotazione funzionale) e i valori di intensità proteica normalizzati per ogni replica biologica nei gruppi Sham, CHF ed EA (n = 6 per gruppo).Cliccare qui per scaricare il file.
Tabella supplementare 2: Punteggi di importanza delle variabili in proiezione (OPLS-DA) per le proteine nel confronto tra Sham e CHF. Questa tabella elenca le caratteristiche che distinguono i gruppi Sham e CHF secondo il modello OPLS-DA. Le colonne principali includono caratteristica (rappresentante l'identificatore della proteina/gen specifica) e il valore VIP (Importanza della Variabile in Proiezione), che indica il contributo di ciascuna caratteristica alla separazione dei gruppi (soglia VIP > 1,0).Cliccare qui per scaricare il file.
Tabella supplementare 3: Punteggi di importanza delle variabili in proiezione (VIP) dell'OPLS-DA per le proteine nel confronto CHF vs EA. Questa tabella elenca le caratteristiche che distinguono i gruppi CHF ed EA in base al modello OPLS-DA. Analogamente alla Tabella S2, include la colonna delle caratteristiche e i corrispondenti valori VIP, evidenziando le caratteristiche più sensibili all'intervento EA.Cliccare qui per scaricare il file.
Tabella supplementare 4: Elenco dettagliato delle 85 proteine differenzialmente espresse, modulate dall'elettroacupuntura. Questa tabella riporta l'intersezione delle proteine significativamente alterate dalla CHF e successivamente ripristinate dall'intervento di EA. Le colonne importanti includono Protein_ID, Gene, log2FC (variazione del fold change in log2, che indica la variazione di espressione), P_value per la significatività statistica (soglia p < 0,05) e VIP_value, che valuta il contributo al modello.Cliccare qui per scaricare il file.
Tabella supplementare 5: Analisi dell'arricchimento dell'ontologia genica del sottoinsieme di proteine core downregolate. Questa tabella mostra l'annotazione funzionale dell'ontologia genica (GO) per le 58 proteine downregolate da EA. Le colonne importanti includono ONTOLOGY (categorizzata in Processo Biologico [BP], Componente Cellulare [CC] e Funzione Molecolare [MF]), Descrizione funzionale, p.adjust (valore p corretto per test multipli) e geneID, che corrisponde ai geni specifici arricchiti in ciascun termine.Cliccare qui per scaricare il file.
Tabella supplementare 6: Analisi di arricchimento dei percorsi della Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes per il sottoinsieme di proteine core downregolate. Questa tabella illustra i cascami di segnalazione arricchiti per le 58 proteine downregolate. Le colonne principali includono il Termine del percorso, il valore di p aggiustato che indica la significatività statistica dell'arricchimento e i Geni specifici coinvolti in ciascun percorso.Cliccare qui per scaricare il file.
Tabella supplementare 7: Analisi dell'arricchimento dell'ontologia genica del sottoinsieme di proteine core sovraespresso. Questa tabella mostra l'annotazione funzionale dell'ontologia genica (GO) per le 27 proteine sovraespresse da EA. Il formato e le definizioni delle colonne (ONTOLOGY [BP, CC, MF], Description, p.adjust, geneID) sono identici a quelli descritti nella Tabella S5.Cliccare qui per scaricare il file.
Tabella supplementare 8: Analisi di arricchimento dei percorsi della Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes per il sottoinsieme di proteine core sovraespresso. Questa tabella illustra i cascami di segnalazione arricchiti per le 27 proteine sovraespresso. Il formato e le definizioni delle colonne (Termine, valore p aggiustato, Geni) sono identici a quelli descritti nella Tabella S6.Cliccare qui per scaricare il file.
Tabella Supplettiva 9: Punteggi di connettività topologica delle 18 proteine hub ottenute dalla rete di interazione proteina-proteina. Questa tabella riassume i parametri topologici della rete utilizzati per identificare i geni hub principali. Le colonne principali includono il nome del gene e metriche centrali della rete come Grado, Centralità di Intermediarietà e Centralità di Vicinanza, che quantificano l'importanza relativa e la connettività di ciascun nodo all'interno della rete biologica.Cliccare qui per scaricare il file.
Tabella supplementare 10: Analisi di arricchimento dei percorsi metabolici della Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes per le 18 proteine centrali della rete. Questa tabella presenta i percorsi di segnalazione specifici arricchiti esclusivamente dalle 18 proteine centrali identificate. Le colonne principali includono il Termine del percorso, il valore p aggiustato per la significatività e i rispettivi Geni responsabili dell'arricchimento funzionale.Cliccare qui per scaricare il file.
File supplementare 1: Script R utilizzati per l'analisi e la visualizzazione dei dati e immagini non ritagliate di Western blot. Il file supplementare contiene gli script R utilizzati per l'analisi della correlazione di Pearson, la generazione di grafici a doppio vulcano e l'identificazione di proteine invertite dall'EA, l'analisi di arricchimento dell'ontologia genica (GO), la generazione di mappe termiche con clustering gerarchico, la visualizzazione dell'arricchimento nell'Enciclopedia di Kyoto dei Geni e dei Genomi (KEGG), l'analisi discriminante ortogonale delle minime differenze parziali (OPLS-DA) e i test di permutazione, l'analisi discriminante delle minime differenze parziali (PLS-DA), la generazione di mappe termiche di correlazione tra campioni proteomici e l'analisi con diagramma di Venn.Cliccare qui per scaricare questo file.