Estrazione tramite sonicazione di biomarcatori lipidici dal sedimento

1. Raccogli i materiali necessari

1. Campioni (foglie, sporco, funghi, corteccia, tessuto), solitamente congelati, liofilizzati, frantumati e omogeneizzati prima dell'estrazione, estratti in gruppi per massimizzare l'efficienza. Estrarre tre campioni.
2. A seconda delle dimensioni del campione, possono essere utilizzati flaconcini con volumi compresi tra 4 e 60 ml. Per questo esperimento vengono utilizzate fiale di vetro borosilicato (40 ml) e tappi sicuri con solvente. Flaconcini, pipette di vetro borosilicato e barattoli di pesatura devono essere bruciati a 550 °C per 6 ore prima di garantire la rimozione di eventuali contaminanti organici.
3. Il diclorometano e il metanolo sono comuni nella maggior parte dei laboratori di geochimica organica. Sono usati singolarmente per risciacquare strumenti di laboratorio e vetreria prima dell'uso. Una miscela di diclorometano (DCM) a metanolo (MeOH; 9:1) viene utilizzata in molti laboratori per estrarre in modo efficiente biomarcatori con una vasta gamma di polarità. I solventi devono essere privi di contaminanti organici.
4. Utilizzare un bagno d'acqua sonicante a temperatura ambiente. Una gamma di dimensioni di sonicatori e sonicazione con o senza calore sono disponibili presso i principali rivenditori di apparecchiature scientifiche.
5. I rack delle fiale, che dovrebbero essere impermeabili, saranno collocati nel bagno di sonicazione.
6. Cappuccio chimico approvato con solvente.

2. Preparazione del campione

1. Posizionare una teglia bruciata sulla bilancia da laboratorio e quindi tarare.
2. Risciacquare la spatola da laboratorio con solvente, quindi utilizzarla per trasferire una massa appropriata di campione nella scatola di pesatura e registrare la massa.
   1. La massa del campione varia a seconda del suo contenuto di materia organica. Il materiale magro relativamente organico (fango marino) può richiedere diversi grammi, mentre il materiale ricco di materia organica (tessuto fogliare) può richiedere molto meno.
3. Trasferire tutto il materiale nella scatola di pesatura in un flaconcino bruciato, prepesato ed etichettato. Chiudere il flaconcino, quindi scartare la teglia pesata.
4. Eseguire i passaggi da 2.1 a 2.3 per ogni campione da estrarre.

3. Estrazione

1. Utilizzando una pipetta e una lampadina pre-bruciate, trasferire ~20 mL della miscela DCM:MeOH (9:1) in ciascun flaconcino (il flaconcino deve essere circa mezzo pieno). Ricapitolare i flaconcini prima di passare al campione successivo, in modo che i solventi volatili non evaporino.
   1. Le volatilità di DCM e MeOH sono diverse. L'evaporazione del solvente di estrazione a causa di fiale di campioni non tappate ha la capacità di cambiare la sua polarità e quindi l'estrazione.
2. Posizionare i flaconcini campione in un rack per flaconcini impermeabile.
3. Verificare che il livello dell'acqua nel bagno di sonicazione sia sufficientemente profondo da immergere le fiale del campione fino alla parte superiore del solvente di estrazione. Troppa acqua può far galleggiare le fiale; troppo poca acqua può impedire ai campioni di essere adeguatamente agitati.
4. Posizionare il rack del flaconcino con i campioni in esso direttamente nel bagno di sonicazione.
5. Sonicare per 30 minuti a temperatura ambiente.
6. Rimuovere il rack campione dal sonicatore. Se si estraggono sedimenti, lasciare impostare per 30 minuti per consentire l'assestamento. Se si estrae un altro set di campioni, inserire il sonicatore in questo momento.
7. Rimuovere la miscela DCM:MeOH dal flaconcino di estrazione, utilizzando una pipetta e un bulbo pre-bruciati, e inserirla in un altro flaconcino da 40 mL pre-pesato, pre-bruciato ed etichettato.
8. Ripetere 3.1 - 3.7 3x per tutti i campioni.
9. Lasciare asciugare i campioni estratti nei loro flaconcini, tappi e nel cappuccio, coperti liberamente con un pezzo di lamina. Etichettare come "residuo estratto" e conservare.
10. Etichettare gli estratti combinati per ciascun campione come 'TLE'.