1. Raccolta delle aliquote di coltura batterica
2. Diluizione seriale

| Coltura di E. coli | Diluizioni necessarie e tubo # | ||||||
| Un | B | C | D | E | F | G | |
| T0 | 10-1 | 10-2 | |||||
| T1 | 10-1 | 10-2 | |||||
| T2 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | ||||
| T3 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | |||
| T4 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | ||
| T5 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | 10-6 | |
| T6 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | 10-6 | 10-7 |
| T7 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | 10-6 | |
| T8 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | 10-6 | |
Tabella 2. Serie di diluizione richieste per ogni coltura di E. coli.
3. Placcatura
| Coltura di E.coli | Diluizioni da placcare | ||
| T0 | 10-1 | 10-2 | 10-3 |
| T1 | 10-1 | 10-2 | 10-3 |
| T2 | 10-2 | 10-3 | 10-4 |
| T3 | 10-3 | 10-4 | 10-5 |
| T4 | 10-4 | 10-5 | 10-6 |
| T5 | 10-5 | 10-6 | 10-7 |
| T6 | 10-6 | 10-7 | 10-8 |
| T7* | 10-5 | 10-6 | 10-7 |
| T8* | 10-4 | 10-5 | 10-6 |
* Le diluizioni più basse tengono conto delle popolazioni più basse a causa della fase di morte.
Tabella 3. Protocollo di placcatura per colture di E. coli.
4. Conteggio delle colonie e calcolo del tempo medio di generazione
Fonte: Laboratori del Dr. Ian Pepper e del Dr. Charles Gerba - Università dell'Arizona
Autore dimostrativo: Luisa Ikner
I batteri sono tra le forme di…
1. Raccolta delle aliquote di coltura batterica
2. Diluizione seriale

| Coltura di E. coli | Diluizioni necessarie e tubo # | ||||||
| Un | B | C | D | E | F | G | |
| T0 | 10-1 | 10-2 | |||||
| T1 | 10-1 | 10-2 | |||||
| T2 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | ||||
| T3 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | |||
| T4 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | ||
| T5 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | 10-6 | |
| T6 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | 10-6 | 10-7 |
| T7 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | 10-6 | |
| T8 | 10-1 | 10-2 | 10-3 | 10-4 | 10-5 | 10-6 | |
Tabella 2. Serie di diluizione richieste per ogni coltura di E. coli.
3. Placcatura
| Coltura di E.coli | Diluizioni da placcare | ||
| T0 | 10-1 | 10-2 | 10-3 |
| T1 | 10-1 | 10-2 | 10-3 |
| T2 | 10-2 | 10-3 | 10-4 |
| T3 | 10-3 | 10-4 | 10-5 |
| T4 | 10-4 | 10-5 | 10-6 |
| T5 | 10-5 | 10-6 | 10-7 |
| T6 | 10-6 | 10-7 | 10-8 |
| T7* | 10-5 | 10-6 | 10-7 |
| T8* | 10-4 | 10-5 | 10-6 |
* Le diluizioni più basse tengono conto delle popolazioni più basse a causa della fase di morte.
Tabella 3. Protocollo di placcatura per colture di E. coli.
4. Conteggio delle colonie e calcolo del tempo medio di generazione
La misurazione del tasso di crescita dei batteri è una tecnica microbiologica fondamentale e ha un ampio utilizzo nella ricerca di base e nelle applicazioni agricole e industriali.
I batteri sono tra le forme di vita più abbondanti sulla Terra, essendo presenti in ogni ecosistema, compreso il corpo umano. Alcune specie batteriche sono anche geneticamente altamente trattabili e sono state sfruttate come modelli di ricerca o per produrre prodotti naturali o sintetici su scala industriale. Tuttavia, non tutte le specie batteriche possono essere coltivate in laboratorio. Per coloro che possono, una caratteristica importante è il tasso di moltiplicazione, o "cinetica di crescita".
La misurazione del tasso di crescita di una coltura batterica può informare gli scienziati sulle loro funzioni fisiologiche e metaboliche ed è anche utile per ottenere un numero accurato di cellule dei batteri per le applicazioni a valle.
Questo video introdurrà i principi alla base dell'analisi del tasso di crescita batterica, dimostrerà un protocollo per caratterizzare il tasso di crescita con una "curva di crescita" e, infine, esplorerà diverse applicazioni delle scienze ambientali per misurare la cinetica di crescita batterica.
I batteri generalmente si riproducono asessualmente, moltiplicandosi per semplice fissione binaria in cui una cellula parentale si divide in due cellule figlie identiche. In condizioni di crescita favorevoli, dove i nutrienti sono disponibili in abbondanza e i parametri ambientali come la temperatura sono tutti favorevoli alla crescita, il tasso di moltiplicazione supera di gran lunga il tasso di mortalità. Ciò si traduce in una crescita esponenziale.
Misurando la quantità di batteri in una coltura in funzione del tempo, è possibile ottenere una curva di crescita. La crescita di batteri in una coltura liquida in condizioni ottimali produce una curva di crescita con una forma caratteristica che può essere suddivisa in varie fasi. La curva inizia con una "fase di ritardo", quando la crescita è lenta mentre i batteri si acclimatano alle condizioni di coltura. La prossima è la "fase logaritmica" o "esponenziale", quando i batteri sperimentano una crescita esponenziale. La crescita alla fine si blocca una volta che i nutrienti si esauriscono e i prodotti di scarto si accumulano, provocando una "fase stazionaria". Infine, una volta che il tasso di moltiplicazione è superato dal tasso di morte cellulare, la coltura entra nella "fase di morte".
Per costruire una curva di crescita, i numeri batterici in un pallone di coltura liquida vengono contati in diversi punti temporali durante un certo periodo di coltura. La conta batterica può essere ottenuta con diversi metodi. Un approccio comune consiste nel misurare la densità ottica - o "OD" - 600, che è l'assorbanza della luce della soluzione batterica a una lunghezza d'onda di 600 nm.
Un altro metodo consiste nel determinare le "CFU", o unità formanti colonie, per millilitro di coltura. A causa della natura clonale della crescita batterica, un batterio in una coltura può teoricamente espandersi in una colonia osservabile su una piastra di agar. Mediante la piastratura di una serie di diluizioni di una coltura batterica per raggiungere una concentrazione batterica in cui si possono osservare singole colonie discrete, un metodo chiamato "diluizione seriale", la conta delle colonie può essere utilizzata per calcolare a ritroso la concentrazione batterica in termini di CFU per mL.
Ora che hai capito come si può analizzare la crescita batterica, esaminiamo un protocollo per condurre l'analisi della curva di crescita su colture pure di un modello batterico ben consolidato, l'Escherichia coli, utilizzando il metodo della diluizione seriale.
Un giorno prima della raccolta del punto temporale, inoculare 20 ml di brodo di soia tripticasi pre-sterilizzato, o TSB, in un pallone da 50 ml con una singola colonia di E. coli.
Incubare la coltura durante la notte a 37 ? C con agitazione. Per E. coli, ciò si tradurrebbe in una popolazione in fase stazionaria di circa 109 CFU/mL.
Il giorno seguente, inoculare 100 ? L della coltura notturna in 250 mL di TSB in un matraccio da 500 mL. Mescolare accuratamente. Questo produce una coltura diluita di circa 4 x 105 CFU/mL. Conservare 5 ml di questa coltura diluita in una provetta di coltura. Questa è l'aliquota dal punto di tempo 0 o T0. Conservare immediatamente in frigorifero a 4 ?C.
Incubare il volume rimanente della coltura a 37 ? C con agitazione. Ogni ora successiva per un massimo di 8 ore, raccogliere 5 ml di aliquote dalla coltura. Designare questi campioni da T1 a T8 e conservarli tutti a 4 ? C fino all'uso.
Il giorno dell'esperimento, rimuovere le aliquote del punto temporale di E. coli dal frigorifero e conservarle in ghiaccio. Utilizzare provette sterili per microfuge, ciascuna con 900 ? L di soluzione fisiologica sterile, per impostare una serie di diluizioni per ogni aliquota secondo la tabella seguente.
Mescolare bene la coltura T0 agitando delicatamente, quindi aggiungere 100 ? L alla provetta A della sua serie di diluizione, con una diluizione 1 su 10 o 10-1. Vortex Tube A per mescolare e, utilizzando un puntale per pipetta fresco, aggiungere 100 ? L del tubo A al tubo B, effettuando la diluizione 1 su 100 o 10-2.
Ripetere il processo per ogni aliquota di coltura e creare la serie di diluizione appropriata secondo la Tabella 2. Una volta effettuata la serie di diluizioni per tutti i campioni del punto temporale, preparare il numero appropriato di piastre sterili di agar di soia tripticasi per la placcatura batterica.
3 diluizioni di ogni cultura del punto temporale saranno placcate in triplicato secondo la seguente tabella. Etichettare le piastre di conseguenza. Quindi, pipetta 100 ? L di ciascuna coltura opportunamente diluita al centro della rispettiva piastra di agar. Sterilizzare a fiamma una bacchetta di vetro a forma di "L", raffreddare toccando l'asta con l'agar lontano dall'inoculo e distribuire immediatamente il liquido sulla superficie dell'agar. Si prega di notare che un ritardo nella diffusione potrebbe provocare una proliferazione batterica nel punto dell'inoculazione.
Continuare a impiattare ogni serie di diluizione per tutte e 9 le colture temporali, sterilizzando a fiamma l'asta di diffusione del vetro tra ogni serie di diluizione.
Una volta che le piastre sono state lasciate asciugare per qualche minuto, capovolgerle e posizionarle nella vasca da 37 ? C incubatrice durante la notte. Dopo questo periodo di crescita, le piastre possono essere conservate a 4 °C.
Dopo l'incubazione notturna delle piastre di diluizione, esaminarle per verificare la contaminazione e l'uniformità delle colonie. Per ogni coltura del punto temporale, scegli una diluizione per la quale ci sono tra 30-300 colonie per piastra. Conta il numero di colonie su ciascuna delle piastre triplicate per quella diluizione.
Utilizzando il numero medio di colonie per ciascuna diluizione e il fattore di diluizione, calcolare la concentrazione di batteri nella coltura originale in ogni punto temporale in CFU/mL. Ad esempio, se ci sono in media 30 colonie dal set di piastre triplicate ottenute da 0,1 mL della diluizione 10-4, o 1 su 10.000, allora ci sarebbero 30 diviso per 0,1 mL moltiplicato per 10.000, o 3 milioni di UFC/mL.
Utilizzando la concentrazione batterica calcolata per ogni punto temporale, tracciare un grafico del log in base 10 delle concentrazioni batteriche, in UFC/mL, rispetto al tempo in ore. Dal grafico, identificare la fase logaritmica di crescita della coltura batterica originale e scegliere due dei punti temporali all'interno della fase logaritmica, designando il primo di questi punti temporali come t = 0. Calcola il tempo medio di generazione usando l'equazione X uguale a 2 alla potenza di n moltiplicata per X0 dove X è la concentrazione batterica al tempo t, X0 è la concentrazione iniziale a t = 0 e n è il numero di generazioni trascorse tra i due punti temporali.
Ad esempio, supponiamo che X0 sia 1.000 CFU/mL e che a t = 6 h, la concentrazione sia 16.000 CFU/mL. Usando l'equazione, otteniamo che si sono verificate 4 generazioni entro 6 ore, il che dà un tempo di generazione di 6 diviso per 4 o 1,5 ore per generazione.
La misurazione della cinetica di crescita batterica è fondamentale per molte applicazioni per scopi di ricerca, agricoltura o bioingegneria.
Un uso per conoscere il tasso di crescita batterica è quello di consentire di ottenere una quantità accurata di una coltura batterica per inoculare un'altra coltura o terreno. Ad esempio, alcune colture, come i legumi, devono essere coltivate con batteri simbiotici noti come rizobi che colonizzano le radici delle piante per formare noduli e "fissare" l'azoto, convertendo l'azoto atmosferico in ammoniaca che può essere utilizzata dalla pianta. Per le applicazioni agricole, una quantità nota di rizobi viene aggiunta a un mezzo di carbonio a base di torba, che viene poi utilizzato per inoculare i semi di leguminose per stabilire la simbiosi pianta-batterica.
L'analisi della crescita può essere utilizzata anche per identificare le specie batteriche che possono degradare i rifiuti industriali e possibilmente generare preziosi sottoprodotti. In questo esempio, i ricercatori hanno studiato come i terreni di crescita integrati con liquor nero, un prodotto di scarto della pasta di legno e della produzione di carta, abbiano influenzato la crescita di un isolato microbico ambientale.
I batteri non solo hanno dimostrato una maggiore crescita con il liquor nero, ma hanno anche mostrato un modello di crescita "difasico", indicando la presenza di più di una fonte di carbonio nel liquor nero che i batteri possono metabolizzare. I singoli componenti del black liquor potrebbero quindi essere estratti per un'analisi più dettagliata della crescita.
Infine, le misure del tasso di crescita sono utili anche per caratterizzare i batteri che sono stati ingegnerizzati per particolari scopi industriali, ad esempio per la bonifica dell'inquinamento da petrolio. Qui, gli scienziati hanno creato ceppi batterici geneticamente modificati che contengono enzimi per degradare i componenti idrocarburici del petrolio. L'analisi della crescita è stata eseguita, ad esempio, per verificare che i batteri ingegnerizzati abbiano un tasso di crescita maggiore rispetto ai batteri normali in presenza di idrocarburi tossici, indicando una migliore tolleranza che consentirà ai batteri ingegnerizzati di svolgere la loro funzione di pulizia dell'inquinamento.
Hai appena visto il video di JoVE sull'analisi dei tassi di crescita batterica con le curve di crescita. A questo punto è necessario comprendere le diverse fasi di crescita delle colture batteriche, come eseguire un esperimento per ottenere una curva di crescita utilizzando la raccolta di punti temporali e la diluizione seriale e come l'analisi della crescita può essere applicata alla ricerca e agli scopi industriali. Come sempre, grazie per la visione!
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Q1: What are the four main phases of a bacterial growth curve?
A bacterial growth curve has four distinct phases. The lag phase occurs when bacteria acclimate to culture conditions and growth is slow. The exponential or log phase follows, with rapid bacterial multiplication. The stationary phase begins when nutrients deplete and waste accumulates, halting growth. Finally, the death phase occurs when cell death exceeds multiplication.
Q2: How does serial dilution plating help determine bacterial concentration?
Serial dilution plating involves creating successive 10-fold dilutions of a bacterial culture and plating each on agar. Individual colonies that grow represent colony forming units, or CFUs. By counting colonies on plates with 30-300 colonies and applying the dilution factor, researchers back-calculate the original bacterial concentration in CFU per milliliter. This method is fundamental to culturing and enumerating bacteria from soil samples and other environmental sources.
Q3: What is optical density 600 and why is it used to measure bacterial growth?
Optical density at 600 nanometers, or OD600, measures a bacterial solution's absorbance of light at that wavelength. This method provides a quick, non-destructive way to estimate bacterial cell density in liquid culture. OD600 is commonly used alongside other counting methods to track population changes during growth curve analysis.
Q4: How can bacterial growth rate analysis improve agricultural applications?
Growth rate analysis enables precise inoculation of known bacterial quantities for agricultural use. For example, legume crops require symbiotic rhizobia bacteria that fix nitrogen from the atmosphere. By measuring rhizobia growth kinetics, researchers can add exact bacterial amounts to peat-based media used to inoculate legume seeds, establishing optimal plant-bacterial symbiosis.
Q5: How is bacterial growth analysis used to identify waste-degrading microorganisms?
Researchers measure how environmental bacteria grow when exposed to industrial waste products like black liquor from paper production. Enhanced growth indicates the bacteria can metabolize waste components. Diphasic growth patterns reveal multiple carbon sources present. This analysis helps identify candidate organisms for bioremediation and guides extraction of individual waste components for further study.
Q6: What does mean generation time tell us about bacterial growth?
Mean generation time is the duration required for a bacterial population to double. Calculated from growth curve data using the equation X equals 2 to the power of n multiplied by X0, it quantifies how rapidly bacteria reproduce under specific conditions. For example, if a population doubles every 1.5 hours, the mean generation time is 1.5 hours per generation.
Q7: How does growth analysis support development of engineered bacteria for environmental remediation?
Scientists measure growth rates of genetically engineered bacterial strains designed to degrade pollutants like hydrocarbons from oil spills. Growth analysis verifies that engineered bacteria exhibit increased growth rates compared to normal bacteria when exposed to toxic compounds. This improved tolerance indicates the engineered organisms can survive and perform their pollution cleanup function effectively in contaminated environments.
Capitoli in questo video
0:00
Overview
1:15
Principles of Bacterial Growth Curve Analysis
3:46
Collection of Bacterial Culture Aliquots
5:09
Serial Dilution Plating to Quantify Bacteria
7:19
Counting Colonies and Calculating Mean Generation Time
9:31
Applications
11:50
Summary