Name: Analisi di espressione genica da comunità microbiche marine utilizzando Trascrittomica Ambientale (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-02-18T00:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 51 s
Description: Esplora la trascrittomica ambientale per analizzare l'espressione genica nelle comunità microbiche marine. Questo metodo computazionale consente di sintetizzare cDNA da mRNA ambientale per il sequenziamento.

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Il finanziamento è stato fornito dalla Gordon and Betty Moore sovvenzioni della Fondazione e la National Science Foundation concedere MCB-0702125.

<ol><li>Liang, P., Pardee, A. B. Science. 257 (5072), 967-967 (1992).</li>
<li>Belasco, J. G. Control of messenger RNA stability. Belasco, J. G., Brawerman, G. , Academic Press. San Diego. 3-11 (1993).</li>
<li>Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. 71 (7), 4121-4121 (2005).</li>
<li>Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).</li>
<li>Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).</li>
<li>Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).</li>
<li>Poretsky, R. S., Hewson, I., Sun, S., Allen, A. E., Zehr, J. P., Moran, M. A. Environ Microbiol. 11 (6), 1358-1375 (2009).</li>
</ol>

L&#39;indagine di espressione genica da parte delle comunità microbiche naturali è diventato comune negli ultimi anni come un mezzo per esplorare il ruolo ecologico e le funzioni dei microrganismi. Usato in combinazione con l&#39;individuazione, quantificazione e caratterizzazione di microrganismi marini, analisi di espressione genica può essere usata per collegare filogenesi di funzionare in comunità microbiche naturali. Molte tecniche per il targeting espressione funzionale del gene contare su sonde specifiche o impos...

<table><tbody><tr><td>Tubi PowerSoil con perline</td><td>kit</td><td>MoBio</td><td>12866-25-PBT</td><td></td></tr><tr><td>Kit RNeasy Mini</td><td>kit</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td></td></tr><tr><td>TURBO DNA-&lt;em&gt;free&lt;/em&gt;</td><td>kit</td><td>Ambion</td><td>AM1907</td><td></td></tr><tr><td>Kit di isolamento mRNA mRNA-ONLY per procarioti</td><td>kit</td><td>Epicentre Biotechnologies</td><td>MOP51010/MOP51024</td><td></td></tr><tr><td>Kit di arricchimento mRNA batterico MICROB&lt;em&gt;Express&lt;/em&gt;</td><td>kit</td><td>Ambion</td><td>AM1905</td><td></td></tr><tr><td>Kit MICROB&lt;em&gt;Enrich&lt;/em&gt;</td><td>kit</td><td>Ambion</td><td>AM1901</td><td></td></tr><tr><td>Kit MessageAmp II-Bacteria per l'amplificazione dell'RNA</td><td>kit</td><td>Ambion</td><td>AM1790</td><td></td></tr><tr><td>Sistema universale di sintesi del cDNA RiboClone</td><td>kit</td><td>Promega Corp.</td><td>C4360</td><td></td></tr><tr><td>Sistema Wizard per la purificazione del DNA</td><td>kit</td><td>Promega Corp.</td><td>A7280</td><td></td></tr></tbody></table>

analisi di espressione genica da comunità microbiche marine utilizzando trascrittomica ambientale

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Analogamente al metagenomica, trascrittomica ambientale (metatranscriptomics) recupera e sequenze mRNA ambientali da un assemblaggio microbica senza una preventiva conoscenza di ciò che i geni della comunità potrebbe essere espresso. Così fornisce la prospettiva più imparziale sul espressione comunitaria gene<em&gt; In situ</em&gt;. Ambientale protocolli trascrittomica sono tecnicamente difficili da quando mRNA procariotici generalmente non hanno la poli (A) code che rendono l&#39;isolamento di messaggi eucarioti relativamente semplice<sup&gt; 1</sup&gt; Ea causa del dimezzamento relativamente breve di mRNA<sup&gt; 2</sup&gt;. Inoltre, mRNA sono molto meno abbondanti rispetto rRNA in totale estratti di RNA, quindi un fondo rRNA spesso travolge i segnali mRNA. Tuttavia, le tecniche per superare alcune di queste difficoltà sono stati recentemente sviluppati. Una procedura per l&#39;analisi trascrittomi ambientale con la creazione di librerie di cloni con primer random per invertire-trascrivere e amplificare mRNA ambientale è stato recentemente descritto ha avuto successo in due diversi ambienti naturali, ma i risultati erano influenzate dalla selezione del primer casuali utilizzato per avviare la sintesi di cDNA<sup&gt; 3</sup&gt;. I progressi nella amplificazione lineare dell&#39;mRNA ovviare alla necessità di primer casuali nella fase di amplificazione e permettono di utilizzare meno materiale di partenza diminuire il tempo di elaborazione e raccolta di campioni e minimizzando così la degradazione dell&#39;RNA<sup&gt; 4</sup&gt;.<em&gt; In vitro</emMetodi di trascrizione&gt; per amplificare mRNA coinvolgere polyadenylating l&#39;mRNA e incorporando un promotore T7 sull&#39;estremità 3 della trascrizione. Amplificato RNA (ARNA) possono poi essere convertiti in cDNA doppio filamento usando esameri casuali e direttamente sequenziati da pirosequenziamento<sup&gt; 5</sup&gt;. Un primo utilizzo di questo metodo alla stazione ALOHA dimostrato la sua utilità per la caratterizzazione di comunità microbiche espressione genica<sup&gt; 6</sup&gt;.

Vi presentiamo un metodo per la generazione di cDNA da mRNA ambientale. In generale, l&#39;RNA totale viene prima raccolto dall&#39;ambiente, è selettivamente rimosso rRNA, mRNA è selettivamente amplificato, e cDNA sintetizzato dalla piscina mRNA arricchito è sequenziato. Sequenze recuperato può essere annotati utilizzando le normali tecniche di bioinformatica per identificare i geni espressi.

Analisi di espressione genica da comunità microbiche marine utilizzando Trascrittomica Ambientale

Analogamente alla metagenomica, la transcriptomica ambientale (metatrascriptomica) recupera e sequenzia gli mRNA ambientali da un assemblaggio microbico ...

Questa procedura inizia con l'acquisizione di biomassa microbica marina da campioni d'acqua mediante pre-filtrazione attraverso filtri da cinque e tre micrometri, seguita dalla raccolta su un filtro da 0,22 micrometri. L'RNA totale viene quindi estratto dagli organismi trattenuti sul filtro da 0,22 micrometri. Il nostro RNA viene rimosso dall'RNA totale mediante degradazione enzimatica selettiva e l'mr.N arricchito per ibridazione sottrattiva viene amplificato linearmente mediante aggiunta di coda poliA e trascrizione in vitro.L'RNA antisenso amplificato viene quindi convertito in DNA a doppio filamento utilizzando esameri casuali. Il DNA risultante può essere clonato e sequenziato oppure sottoposto direttamente a pirosequenziamento. Ciao, sono Rachel Persky del laboratorio della dottoressa Marianne Moran presso il Dipartimento di Scienze Marine dell'Università della Georgia.Oggi vi mostreremo un procedimento per analizzare l'espressione genica da campioni ambientali, utilizzando la metatranscrittomica ambientale. Scott Gifford vi mostrerà come processare campioni ambientali per il recupero dell'RNA.Vi mostrerò come estrarre l'RNA dai campioni e dai RIN di Johanna. AON dimostrerà l

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Batterica analisi di espressione genica mediante microarray

Costruzione di una biblioteca con fosmid ambientale DNA genomico isolato dal continuum profondità verticale di un fiordo stagionalmente ipossia è descritto. La biblioteca clone risultante è raccolto in 384 pozzetti e archiviati per il sequenziamento a valle e screening funzionale con l'applicazione di un sistema automatizzato di raccolta colonia.

Inserire grande Ambientale Genomic Produzione Biblioteca

Un metodo per l'estrazione metabolita da parte delle comunità microbiche planctonici è presentato. Campionamento intera comunità si realizza mediante filtrazione su filtri appositamente preparati. Dopo liofilizzazione, acquoso-solubili metaboliti vengono estratti. Questo approccio consente per l'applicazione della metabolomica ambientali trans-omiche indagini di comunità microbiche naturali o sperimentali.

Concentrazione dei metaboliti a bassa densità Comunità planctoniche per Metabolomica ambientali utilizzando la spettroscopia a risonanza magnetica nucleare

Caratterizzare la comunità microbica è stato un obiettivo di lunga data nella microbiologia ambientale. I metodi di sequenziamento di nuova generazione consentono ora la caratterizzazione delle comunità microbiche a una profondità senza precedenti, con costi e manodopera minimi. Descriviamo qui il nostro approccio al sequenziamento dei geni dell'RNA ribosomiale batterico 16S utilizzando un sequenziatore da banco.

Sequenziamento di prossima generazione del 16S RNA ribosomiale Gene ampliconi

Qui, presentiamo un protocollo completo per valutare la disponibilità di nutrienti organici e inorganici e l'abbondanza e la struttura delle comunità microbiche e virali in ambienti marini remoti.

Svelare i giocatori invisibili del Mare - Una guida del campo di Acqua Chimica e microbiologia marina

Questo manoscritto descrive l'uso della tecnologia all'avanguardia fornita dai DNA-microarrays. I microarray forniscono una panoramica dei cambiamenti trascrittomici nei batteri che si verificano in una condizione specifica. Inoltre, sottolineiamo la facilità con cui è possibile analizzare grandi quantità di dati utilizzando comodi pacchetti software sviluppati internamente.

A Pipeline veloce e affidabile per lo studio batterica trascrittoma un&#39;analisi caso: serina-dipendente regolazione genica in<em&gt; Streptococcus pneumoniae</em

Questo protocollo è per l'estrazione e la concentrazione di proteine e DNA da biomassa microbica raccolta dall'acqua di mare, seguita dalla generazione di peptidi triptici adatti per l'analisi proteomica basata sulla spettrometria di massa tandem.

Un flusso di lavoro metaproteomica Aquatic microbica: dalle celle ai Trittico Peptidi per l&#39;analisi basata su spettrometria di massa tandem

Abbiamo sviluppato un protocollo veloce, sensibile e riproducibile per la profilazione dell'espressione genica dei patogeni durante un'infezione.

Profili di espressione genica di microbi che infettano utilizzare una piattaforma digitale di codificazione

Viene fornito un protocollo per quantificare i geni rRNA 16S batterici e i trascritti dai sedimenti costieri tramite PCR in tempo reale. La metodologia comprende la co-estrazione di DNA e RNA; preparazione di RNA privo di DNA; e quantificazione del gene e della trascrizione dell'rRNA 16S tramite RT-q-PCR, inclusa la costruzione di curve standard.

DNA-RNA simultanea Estrazione da sedimenti costieri e la quantificazione dei geni 16S rRNA e trascrizioni da Real-time PCR

Qui, presentiamo un protocollo per studiare gli impatti della fratturazione idraulica sui corsi d'acqua vicini analizzando le loro comunità microbiche di acqua e sedimenti.

Valutazione dell'impatto della fratturazione idraulica sui flussi utilizzando le firme molecolari microbiche

Il protocollo rileva i geni chiave del ciclo del metano nelle zone umide costiere del Texas meridionale e visualizza la loro distribuzione spaziale per migliorare la comprensione della regolazione del metano e dei suoi impatti ambientali in questi ecosistemi dinamici.

Visualizzazione delle dinamiche microbiche del ciclo del metano nelle zone umide costiere

Esplora la trascrittomica ambientale per analizzare l'espressione genica nelle comunità microbiche marine. Questo metodo computazionale consente di sintetizzare cDNA da mRNA ambientale per il sequenziamento.

Analisi di espressione genica da comunità microbiche marine utilizzando Trascrittomica Ambientale

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