Elettroforesi su gel di agarosio semi-denaturante bidimensionale: una tecnica per separare le fibre di amiloide polimorfiche in base all'eterogeneità dimensionale

Le fibre amiloidi sono aggregati di proteine mal ripiegate, che mostrano eterogeneità dimensionale. Queste fibre, essendo resistenti ai detergenti anionici come l'SDS, possono essere analizzate utilizzando l'elettroforesi su gel di agarosio semi-denaturante bidimensionale.

Per iniziare, prendi un gel di agarosio preassemblato di grandi dimensioni che contenga SDS. L'elevata porosità permette la separazione delle fibre intatte durante la corsa. Sovrapporre il gel con un tampone di corsa contenente SDS.

Caricare nel gel un lisato cellulare contenente fibre amiloidi. La presenza di SDS e l'assenza di una fase di riscaldamento del campione crea condizioni semi-denaturanti in cui il detergente si lega ad amiloidi altamente resistenti impartendo una carica negativa uniforme alle fibre intatte.

Far funzionare il gel nella prima dimensione alla tensione appropriata. Il campo elettrico provoca la migrazione di amiloidi caricati negativamente verso l'anodo caricato positivamente.

Durante la corsa, le fibre più piccole migrano rapidamente rispetto a quelle più grandi, formando un modello a bande simile a una macchia che indica l'eterogeneità delle dimensioni.

Al termine, ruotare il gel perpen