Name: Carcinoma del colon-retto Profilo delle proteine di superficie Lutilizzo di un anticorpo Microarray e Multiplexing fluorescenza (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-09-25T14:00:00.000+00:00
Duration: 15 min 17 s
Description: Scopri il profilo degli antigeni di superficie nel carcinoma del colon-retto utilizzando il microarray di anticorpi DOT scan e la multiplexing fluorescente. Questo metodo consente di identificare biomarcatori prognostici e distinguere sottopopolazioni cellulari eterogenee.

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Ringraziamo il personale presso i Laboratori Anatomia Patologica del Principe Reale Alfred e Ospedali rimpatrio Concord per la raccolta di campioni freschi di CRC e normale mucosa intestinale. Il lavoro è stato finanziato da un Istituto di Grant Cancro New South Wales Programma traslazionale.

<img src="/files/ftp_upload/3322/3322fig1.jpg" alt="Figura 1" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 1"> Figura 1. Flusso di lavoro per la preparazione di una sospensione di cellule vive da un campione chirurgico di CRC. 1. Disaggregazione del campione clinico Tutti i campioni sono stati raccolti dal Principe Reale Alfred Hospital (Camperdown, NSW, Australia) e l'Ospedale rimpatrio Concord (Concord West, NSW, Australia) con il consenso informato ai sensi del protocollo n. X08-164. <ol><li> Raccogliere fresca cancro del colon-retto (CRC) o campioni adenoma, e normale mucosa intestinale di almeno 10 cm dal tumore. Conservare i campioni a pH salina bilanciata di Hank soluzione 7.3 (HBSS) a 4 ° C per un massimo di 12 ore dopo la resezione. </li><li> Seguire le norme di sicurezza per gli agenti patogeni umani, processo di tutti i campioni clinici in un armadio di sicurezza biologica di classe II. Sezionare i campioni in 2 cubi mm in una capsula di Petri con due lame di bisturi. </li><li> Incubare tumore e tessuto normale in separato tubi Eppendorf con occasionali miscelazione dolce per 60 minuti a 37 ° C con un uguale volume di RPMI 1640 medium contenente il 2% (v / v) collagenasi tipo 4 (Worthington, Lakewood, NJ, USA) e 0,1 % (w / v) deossiribonucleasi ho da pancrease bovina (DNAsi I; Sigma-Aldrich). </li><li> Forza semi-digerito tessuto attraverso un colino fine rete metallica con un pistone di una siringa da 10 ml; lavare le cellule attraverso con HBSS. </li><li> Passare con conseguente sospensione cellulare attraverso 200 micron e 50 filtri Filcon micron (BD Biosciences) per rimuovere aggregati cellulari. La maggior parte degli aggregati di DNA, muco e cellule vengono rimosse in questa serie di filtrazioni. </li><li> Centrifugare sospensioni cellulari a 400 xg a 20 ° per 5 minuti. </li><li> Pellet cellulari risospendere in FCS inattivato al calore contenente il 10% dimetilsolfossido (DMSO), congelare lentamente in cryovials e conservare a -80 °. Il processo di congelamento tende a ridurre il muco nel campione e lisa i globuli rossi. </li></ol> 2. Preparazione del campione per la cattura delle cellule <ol><li> Scongelare i campioni rapidamente in un bagno d'acqua a 37 ° e risospendere le cellule in 10 ml di HBSS per lavare il DMSO. </li><li> Centrifugare sospensioni cellulari a 410 xg a 20 ° per 5 minuti. </li><li> Decantare il supernatante e risospendere il pellet cellulare in 500 ml di HBSS. </li><li> Trattare il campione con 0,1% (w / v) DNAsi I per 20 minuti a temperatura ambiente. </li><li> Miscelare 10 ml di ciascuna sospensione cellulare con un uguale volume di trypan blu e carico 10 microlitri della miscela in un emocitometro. Utilizzando un microscopio ottico a 100 volte ingrandimento, conta cellule vitali, che appaiono chiari a causa dell'esclusione trypan blu, mentre le cellule morte raccogliere la tintura. Un minimo di 4 x 10 6 cellule vitali è necessario per catturare cella del microarray. </li><li> Dopo il trattamento DNAsi, risospendere la sospensione cellulare in 10 ml HBSS e centrifugare a 410 xg a 20 ° per 5 minuti. </li><li> Decantare il sopranatante e risospendere pellet cellulare in RPMI 1640 ad un volume finale di 200 ul. </li></ol> 3. Anticorpo microarray di cattura delle cellule <ol><li> Inumidire il microarray DotScan anticorpi immergendo la sezione nitrocellulosa in tampone fosfato (PBS) per circa 20 s. Asciugare con cura i bordi di vetro del microarray con Kimwipes piegato, evitando di toccare la sezione nitrocellulosa. </li><li> Aggiungere acqua al vassoio di incubazione microarray di fornire una camera umida. Posizionare il microarray nella camera e pipetta sospensione di cellule in RPMI 1640 sulla sezione nitrocellulosa umido. Pipetta gocce su ogni angolo della nitrocellulosa per assicurare un'equilibrata ripartizione delle cellule. </li><li> Incubare il microarray a 37 ° C per 1 h. L'incubazione permette alle cellule di stabilirsi e di entrare in contatto con gli anticorpi sul microarray. Cellule che esprimono antigeni di superficie corrispondente agli anticorpi atterrano sul verrà catturata. </li><li> Dopo l'incubazione, immergere il microarray delicatamente e verticalmente in tre vasche contenenti almeno 15 ml di PBS per lavare le cellule non legato (20 s per ogni lavaggio). </li><li> Preparare 3,7% (w / v) di formaldeide in PBS per fissare le cellule e di anticorpi cross-linking. Delicatamente pipetta circa 1 ml per coprire la sezione nitrocellulosa del microarray. Incubare per 20 minuti a temperatura ambiente. </li><li> Prossimo tuffo microarray in 3 cambi di PBS (15 ml, 30 s ciascuno) per lavare formaldeide in eccesso. </li><li> Pulire i bordi e il retro del vetrino con Kimwipes e la scansione del microarray utilizzando il tempo DotScan scanner, la sezione di nitrocellulosa è umida. La scansione ottica fornisce il pattern di espressione dell'antigene di una popolazione di cellule miste ad esempio cellule di CRC, leucociti ed altre cellule stromali del tumore. </li></ol> 4. Fluorescenza multiplexing <ol><li> Rimuovere il microarray dallo scanner e applicare 200 l di tampone di bloccaggio (2% w / v BSA, 2% di siero umano AB siero, PBS, pH 7,3). Incubare nel vassoio microarray a temperatura ambiente per 20 min. </li><li> Preparare il multiplexing soluzione in una provetta Eppendorf coperto con un foglio di alluminio: 20 l ficoeritrina-anti-CD3 (Beckman Coulter, Gladesville, NSW, Australia, # IM12824; 1/7.5 diluizione finale), 10 L Alexa Fluor 647-anti-EpCAM (Biolegend, San Diego, CA, USA; 1 / 15 di diluizione), 2 ml di inattivato al calore umano siero AB (Sigma-Aldrich, Castle Hill, NSW, Australia) e 118 ml di tampone di bloccaggio. </li><li> Drenare l'eccesso tampone di bloccaggio dal microarray e pipetta la soluzione multiplexing sulla sezione nitrocellulosa, diffondendo uniformemente. Incubare per 30 minuti al buio a temperatura ambiente. </li><li> Immergere il microarray verticalmente in tre depressioni di 15 ml PBS fresco; (30 s ciascuno). </li><li> Lasciate che i microarray asciugare al buio e conservare a 4 ° C in una scatola di diapositive. I microarray possono essere conservati al buio per un massimo di 3 mesi senza perdita di fluorescenza. </li><li> Eseguire la scansione del microarray a secco utilizzando un tifone FLA 9000 scanner (GE Healthcare, Rydalmere, NSW, Australia) con risoluzione impostata a 50 (532 nm laser, 580 BP30 emissione filtro per PE. Laser 633 nm e 670 BP30 emissione filtro per Alexa 647). I microarray sono acquisiti con il lato nitrocellulosa rivolto verso il basso sul vassoio di vetro dello scanner. </li><li> Salvare le immagini come file TIFF fluorescente e utilizzando dimensioni di Photoshop l'immagine a 17 x 25 cm e la risoluzione a 72 pixel / cm. Importa l'immagine nel software di analisi DotScan per analizzare l'intensità di punti. </li><li> Il DotReader cattura una immagine digitale del modello di punti vincolanti e quantifica la densità di cellule vincolanti su ogni punto di anticorpi a livello grigiore 8 bit (1-256 U). Occasionali legame non specifico controllo isotipico è stato sottratto dai valori vincolanti per gli anticorpi di isotipi di immunoglobuline corrispondente. Intensità di fluorescenza punto per ogni microarray sono stati normalizzati contro i più brillanti punto fissato a 100% di intensità. Segnale / punto di forza è stato registrato in un file. Xml (dati grezzi) o rappresentato come un grafico a barre in un file. Pdf (relazione finale) </li><li> Microarray heatsmaps e clustering gerarchico sono stati condotti utilizzando MultiExperiment Viewer (MeV) versione 4.4 dal Microarray TM4 Software Suite ( <a href="http://www.tm4.org/mev.html">http://www.tm4.org/mev.html</a> ). Clustering gerarchico è stata effettuata su dati di base-impostato con MeV con l'analisi di linkage completo. Distanza euclidea è stata utilizzata per la misura di similarità. Il 2-code di Student t-test con varianza pari è stato utilizzato per determinare la significatività statistica dei risultati. </li></ol> 5. Rappresentante dei risultati: I risultati del microarray DotScan dovrebbe mostrare modelli di cellulare coerente legame tra gli array duplicato. Forte allineamento punti vincolanti (CD44/CD29) consente una griglia da posizionare sopra l'area vasta. La Figura 2 mostra un esempio di cattura delle cellule ottimale e multiplexing. La figura 3 mostra alcuni problemi comuni riscontrati durante la cattura delle cellule e le possibili soluzioni. I risultati delle cellule microarray vincolante può essere quantificata misurando intensità puntino espresso su una scala di grigio che vanno da 1 a 256. Figura 4 mostra i dati numerici da 58 campioni chirurgici CRC, colorati con carcinomi Alexa 647 anticorpi, come heatmap con il clustering gerarchico. Anche se il numero di campioni è limitato, CRC della stessa fase tendono a raggrupparsi nello stesso gruppo. <img src="/files/ftp_upload/3322/3322fig2.jpg" alt="Figura 2" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 2"> Figura 2. Modello cellulare vincolante del clinico tumore del colon-retto (Australian Clinic-patologico di sosta, ACP stadio B1). (A) DotScan chiave anticorpi che mostrano le posizioni di anticorpi per la metà sinistra del microarray duplicato (descritto). La parte superiore contiene l'originale 82 anticorpi del microarray leucemia DotScan. Un ulteriore 40 anticorpi, corrispondenti a specifici antigeni di superficie trovato per essere up-regolata in letteratura, sono stati aggiunti come microarray un CRC 'satellite'. La sezione inferiore è costituito da anticorpi isotipo di controllo (b) immagine ottico di cellule CRC legame alla microarray. (C) CD3 immagine a fluorescenza che mostra T-cellule. (D) EpCAM fluorescenza immagine che mostra cellule CRC. <img src="/files/ftp_upload/3322/3322fig3.jpg" alt="Figura 3" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 3"> Figura 3. Esempi di poveri risultati DotScan e le possibili soluzioni. (A) cella di bassa vincolante; soluzione: assicurarsi che almeno 4x106 cellule vitali sono sulla matrice (b) cellule di controllo Isotipo vincolanti e non vincolanti specifici; soluzione: aggiungere inattivato al calore umano siero AB a campione prima di incubazione su microarray per minimizzare isotipo di controllo vincolanti. Occasionalmente, una piccola quantità di legame non specifico di cellule per la nitrocellulosa si verifica con i campioni CRC e non influenzano significativamente i risultati. (C) nitrocellulosa essiccazione durante l'incubazione; soluzione: garantire campione copre l'intera sezione nitrocellulosa e microarray è incubata su una superficie piana. (D) manufatti ad alta priorità bassa; soluzione: garantire lamicroarray è accuratamente lavata dopo l'incubazione. <img src="/files/ftp_upload/3322/3322fig4.jpg" alt="Figura 4" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 4"> Figura 4. Software di analisi DotScan generato grafici a barre che rappresentano le densità di cellule vincolante per grigiore una scala da 1 a 256. Numeri sull'asse riferiscono agli antigeni CD. Altre abbreviazioni sono TCR, delle cellule T del recettore; κ, λ, catene leggere delle immunoglobuline, sig, immunoglobuline di superficie, DCC, cancellati nella proteina del cancro del colon-retto; EGFR, epidermal growth factor receptor, FAP, l'attivazione delle proteine ​​dei fibroblasti; HLA-A, B, C HLA-DR, leucocitario umano antigeni DR e A, B, C rispettivamente, MICA, MHC di classe I della catena proteina correlata A; MMP-14, metallopeptidase matrice 14; PIGR, recettore delle immunoglobuline polimeriche; TSP-1, trombospondina-1; MabThera, umanizzato anti-CD20. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3322/3322fig4large.jpg">Clicca qui per vedere l'immagine ingrandita</a> .

<ol><li>Steinert, R., Buschmann, T., vander Linden, M., Fels, L. M., Lippert, H., Reymond, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+proteomics+in+the+diagnosis+and+outcome+prediction+in+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Technol.+Cancer.+Res.+Treat%22%5BJournal%5D)">The role of proteomics in the diagnosis and outcome prediction in colorectal cancer.</a> Technol. Cancer. Res. Treat. 1, 297(2002).</li>
<li>Eifel, P., Axelson, J. A., Costa, J., Crowley, J., Curran, W. J., Deshler, A., Fulton, S., Hendricks, C. B., Kemeny, M., Kornblith, A. B., Louis, T. A., Markman, M., Mayer, R., Roter, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((National+Institutes+of+Health+Consensus+Development+Conference+Statement%3A+adjuvant+therapy+for+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Natl.+Canc.+Inst%22%5BJournal%5D)">National Institutes of Health Consensus Development Conference Statement: adjuvant therapy for breast cancer.</a> J. Natl. Canc. Inst. 93, 979(2001).</li>
<li>Swerdlow, S. H., Campo, E., Harris, H. L., Jaffe, E. S., Pileri, S. A., Stein, H., Thiele, J., Vardiman, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((WHO+classification+of+tumour+of+haematopoietic+and+lymphoid+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22IARC+WHO+Classification+of+Tumours%22%5BJournal%5D)">WHO classification of tumour of haematopoietic and lymphoid tissues.</a> IARC WHO Classification of Tumours. 2, Fourth, (2008).</li>
<li>Xiao, G. G., Recker, R. R., Deng, H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advances+in+proteomics+and+cancer+biomarker+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Med.+Oncol%22%5BJournal%5D)">Recent advances in proteomics and cancer biomarker discovery.</a> Clin. Med. Oncol. , (2008).</li>
<li>Belov, L., Mulligan, S. P., Barber, N., Woolfson, A., Scott, M., Stoner, K., Chrisp, J. S., Sewell, W. A., Bradstock, K. F., Bandall, L., Pascovici, D. S., Thomas, M., Erber, W., Huang, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+human+leukaemias+and+lymphomas+using+extensive+immunophenotypes+from+an+antibody+microarray%5BTitle%5D)+AND+%22Br.+J.+Haematol%22%5BJournal%5D)">Analysis of human leukaemias and lymphomas using extensive immunophenotypes from an antibody microarray.</a> Br. J. Haematol. 135, 184(2006).</li>
<li>Belov, L., Huang, P., Barber, N., Mulligan, S. P., Christopherson, R. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+repertories+of+surface+antigens+on+leukemias+using+an+antibody+microarray%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Identification of repertories of surface antigens on leukemias using an antibody microarray.</a> Proteomics. 3, 2147(2003).</li>
<li>Zhou, J., Belov, L., Huang, P. Y., Shin, J., Solomon, M. J., Chapuis, P. H., Bokey, L., Chan, C., Clarke, C., Clarke, S. J., Christopherson, R. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Surface+antigen+profiling+of+colorectal+cancer+using+antibody+microarrays+with+fluorescence+multiplexing%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Immunol.+Methods%22%5BJournal%5D)">Surface antigen profiling of colorectal cancer using antibody microarrays with fluorescence multiplexing.</a> J. Immunol. Methods. 355 (1-2), 40-51 (2010).</li>
<li>Ellmark, P., Belov, L., Huang, P., Lee, C. S., Solomon, M. J., Morgan, D. K., Christopherson, R. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+detection+of+surface+molecules+on+colorectal+cancers%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Multiplex detection of surface molecules on colorectal cancers.</a> Proteomics. 6, 1791(2006).</li>
<li>Pearson, J. P., Allen, A., Hutton, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rheology+of+mucin%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Rheology of mucin.</a> Methods Mol. Biol. 125, 99(2000).</li>
<li>Yang, Y. H., Dudoit, S., Luu, P., Lin, D. M., Peng, V., Ngai, J., Speed, T. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Normalization+for+cDNA+microarray+data%3A+a+robust+composite+method+addressing+single+and+multiple+slide+systematic+variation%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Normalization for cDNA microarray data: a robust composite method addressing single and multiple slide systematic variation.</a> Nucleic Acids Res. 30, 15(2002).</li>
<li>Al Saeed,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TMA%3A+A+free%2C+open-source+system+for+microarray+data+management+and+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22BioTechniques%22%5BJournal%5D)">TMA: A free, open-source system for microarray data management and analysis.</a> BioTechniques. 34, 374-378 (2003).</li>
</ol>

Nessun conflitto di interessi dichiarati.

In questo video ci dimostra come il microarray anticorpi DotScan può essere utilizzato in modo semplice, semi-quantitativa modo per studiare i profili antigene di superficie per le popolazioni di cellule dal tessuto CRC. Ottenere una sospensione vitale singola cellula da tessuto è fondamentale per il successo dell&#39;esperimento, perché l&#39;energia-dipendente dei processi (ad esempio, l&#39;antigene tappatura e / o formazione di pseudopodi) sembrano essere necessari per il legame ditta di...

The author's email has been corrected in the publication of <a href="http://www.jove.com/video/3322">Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing</a>. There was an error with the author, Jerry Zhou's, email. The author's email has been updated to:
j.zhou@uws.edu.au
from:
jzho7551@mail.usyd.edu.au

Erratum: Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing

<table border="1"><tbody><tr><th> Nome del reagente o attrezzature </th><th> Azienda </th><th> Numero di catalogo </th><th> Commenti </th></tr><tr><td> Sale Hanks &#39;soluzione equilibrata </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> H6136-10X1L </td><td> Tamponata con 25 mM Hepes (Sigma # H3375) </td></tr><tr><td> Airpure gabinetto di sicurezza biologica di classe II </td><td> Westinghouse </td><td> 1687-2340/612 </td><td></td></tr><tr><td> Lame chirurgiche </td><td> Livingstone </td><td> 090609 </td><td> Confezione da 100 </td></tr><tr><td> RPMI 1640 con 2 mM Hepes </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> R4130-10X1L </td><td></td></tr><tr><td> Collagenasi tipo 4 </td><td> Worthington </td><td> 4188 </td><td></td></tr><tr><td> Deossiribonucleasi 1 </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> DN25-1G </td><td></td></tr><tr><td> Siringa Terumo (10 ml) </td><td> Terumo </td><td> SS 10 L </td><td> Scatola da 100 </td></tr><tr><td> Filcon Filtro (200 micron) </td><td> BD Biosciences </td><td> 340615 </td><td></td></tr><tr><td> Filcon filtro (50 micron) </td><td> Filcon filtro (50 micron) </td><td> Filcon filtro (50 micron) Filcon filtro (50 micron) 340603 </td><td></td></tr><tr><td> Siero di vitello fetale </td><td> Gibco / Invitrogen </td><td> 10099-141 </td><td></td></tr><tr><td> Centrifuga 5810 R </td><td> Eppendorf </td><td> 7017 </td><td></td></tr><tr><td> Dimetilsolfossido </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> D2650 </td><td></td></tr><tr><td> Blu tripano </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> T8154 </td><td></td></tr><tr><td> Hemocymeter Technocolor Neubar </td><td> Hirschmann </td><td> non disponibile </td><td></td></tr><tr><td> Microscopio ottico </td><td> Nikon </td><td> Nikon TMS </td><td></td></tr><tr><td> Tubi Cyrovial </td><td> Greiner Bio-One </td><td> 121278 </td><td></td></tr><tr><td> Cryo congelamento contrainer </td><td> Nalgene </td><td> 5100-0001 </td><td></td></tr><tr><td> DotScan anticorpi microarray kit </td><td> Medsaic </td><td> non disponibile </td><td></td></tr><tr><td> DotScan microarray lavare vassoio </td><td> Medsaic </td><td> non disponibile </td><td></td></tr><tr><td> Kimwipes </td><td> Kimberly-Clark </td><td> 4103 </td><td></td></tr><tr><td> Formaldeide 37% </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> F1635-500ML </td><td></td></tr><tr><td> DotReaderTM </td><td> Medsaic </td><td> non disponibile </td><td></td></tr><tr><td> Albumina di siero bovino </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A9418-10G </td><td></td></tr><tr><td> Inattivati ​​al calore siero AB 2% </td><td> Invitrogen </td><td> 34005100 </td><td></td></tr><tr><td> Ficoeritrina coniugati CD3 </td><td> Beckman Coulter </td><td> ET386 </td><td></td></tr><tr><td> AlexaFluor647 coniugato EpCAM </td><td> BioLegend </td><td> 324212 </td><td></td></tr><tr><td> Typhoon FLA 9000 </td><td> GE Healthcare </td><td> 28-9558-08 </td><td> Laser 532 nm, 580 BP30 emissione filtro per PE. 633 e 670 nm laser BP30 emissione filtro per Alexa647 </td></tr><tr><td> MultiExperiment Viewer v4.4 </td><td> TM4 Microarray Software Suite </td><td> Software open - source (Rif. 11) </td><td></td></tr></tbody></table>

carcinoma del colon-retto profilo delle proteine ​​di superficie l&#39;utilizzo di un anticorpo microarray e multiplexing fluorescenza

Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing

La prognosi attuale e classificazione dei CRC si basa sulla messa in scena di sistemi che integrano i risultati istopatologici e clinici. Tuttavia, nella maggior parte dei casi CRC, la disfunzione delle cellule è il risultato di numerose mutazioni che modificano l&#39;espressione di proteine ​​e modificazioni post-traduzionali 1. Un certo numero di antigeni di superficie cellulare, tra cui cluster di differenziazione (CD) antigeni, sono stati identificati come potenziali o biomarker prognostico nel CRC metastatico. Questi antigeni rendono ideale come biomarcatori spesso la loro espressione cambia con la progressione del tumore o interazioni con altri tipi di cellule, come i linfociti infiltranti il ​​tumore (TILS) e macrofagi associati al tumore (TAM). L&#39;uso di immunoistochimica (IHC) per il tumore sub-classificazione e la prognosi è ben consolidata per alcuni tipi di tumore 2,3. Tuttavia, nessun singolo &#39;marker&#39; ha mostrato un significato prognostico maggiore clinico-patologici di sosta o guadagnato un largo consenso per l&#39;uso in routine patologia segnalazione di tutti i casi CRC. Un approccio più recente stratificazione prognostica dei fenotipi malattia si basa su profili di proteina di superficie utilizzando più &#39;marker&#39;. Mentre profili di espressione dei tumori con tecniche di proteomica, come iTRAQ è un potente strumento per la scoperta di biomarkers4, non è ottimale per l&#39;uso di routine nei laboratori diagnostici e non può distinguere i diversi tipi di cellule in una popolazione mista. Inoltre, grandi quantità di tessuto tumorale sono necessari per il profiling delle glicoproteine ​​membrana plasmatica purificati da questi metodi. In questo video abbiamo descritto un metodo semplice per la profilatura proteoma superficie delle cellule vitali da disaggregati campioni CRC utilizzando un anticorpo DotScan CRC microarray. Il 122-anticorpo microarray è costituito da un normale 82-anticorpi regione riconoscere una serie di marcatori lignaggio leucociti-specifici, molecole di adesione, recettori e marcatori di infiammazione e la risposta immunitaria 5, insieme ad una regione satellitare per l&#39;individuazione di 40 potenziali marcatori prognostici per la CRC . Le cellule vengono catturati solo gli anticorpi per i quali essi esprimono l&#39;antigene corrispondente. La densità delle cellule per punto, determinato attraverso la scansione ottica, riflette la proporzione di cellule che esprimono l&#39;antigene, il livello di espressione dell&#39;antigene e l&#39;affinità degli anticorpi 6. Per il tessuto CRC o normale mucosa intestinale, scansioni ottiche riflettono l&#39;immunofenotipo delle popolazioni miste di cellule. Multiplexing fluorescenza può quindi essere utilizzato per il profilo selezionato sotto-popolazioni di cellule di interesse catturato l&#39;array. Per esempio, Alexa 647-anti-molecola di adesione delle cellule epiteliali (carcinomi, CD326), è un pan-antigene epiteliale di differenziazione che è stato utilizzato per rilevare le cellule CRC e anche le cellule epiteliali della mucosa intestinale normale, mentre ficoeritrina-anti-CD3, è stato utilizzato per rilevare infiltrazione delle cellule T 7. Il DotScan CRC microarray dovrebbe essere il prototipo di una diagnosi alternativa al anatomicamente basato su sistema di stadiazione CRC.

Abbiamo descritto una procedura per la disaggregazione del tumore del colon-retto (CRC) per la produzione di singole cellule vitali, che vengono poi catturate su microarray anticorpi personalizzato riconoscere gli antigeni di superficie (DotScan CRC microarray). Sotto-popolazioni di cellule legato al microarray può essere profilato con multiplazione a fluorescenza utilizzando anticorpi monoclonali taggati con coloranti fluorescenti.

Carcinoma del colon-retto Profilo delle proteine ​​di superficie L&#39;utilizzo di un anticorpo Microarray e Multiplexing fluorescenza

L'attuale prognosi e classificazione del CRC si basano su sistemi di stadiazione che integrano reperti istopatologici e clinici. Tuttavia, nella maggior parte...

L'obiettivo generale del seguente esperimento è utilizzare il microarray di anticorpi DOT scan per definire profili molecolari di antigeni di superficie nel tessuto del cancro del colon-retto. Inoltre, viene impiegata la moltiplicazione fluorescente per distinguere i tipi cellulari con profili specifici all'interno della popolazione mista. I cluster di differenziazione, o antigeni CD, sono stati identificati come possibili biomarcatori prognostici o metastatici nel cancro del colon-retto.Questi antigeni rappresentano biomarcatori ideali poiché la loro espressione cambia spesso durante la progressione tumorale o l'interazione con altri tipi cellulari. In questo video, utilizziamo il microarray di anticorpi DOT scan per catturare cellule vive attraverso gli antigeni di superficie espressi. Il microarray di anticorpi DOT scan è costituito da un vetrino con uno strato di nitrocellulosa.Il pannello di microray di anticorpi DOT scan è delimitato da punti di allineamento costituiti da CD29 e CD44. Su ciascun lato dell'array sono presenti anche array duplicati. Il primo pannello comprende i 40 anticorpi originali dell'array microarray per leucemia DOT scan e ulteriori 40 anticorpi selezion

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Immunologia e Infezioni

In questo studio, si descrive un protocollo migliorato per un multiplato ad alta resa microarray anticorpo con metodo di rilevazione lectina che può essere utilizzato in profili glicosilazione di proteine ​​specifiche. Questo protocollo offre nuovi reagenti affidabili e riduce sensibilmente i tempi, i costi e alle attrezzature di laboratorio rispetto alla procedura precedente.

Anticorpo Microarray chimicamente bloccato per Multiplexed high-throughput Profiling di glicosilazione delle proteine ​​specifico in campioni complessi

Questo video descrive la tecnica per studiare l'espressione proteica nelle cellule di cancro del polmone trasfettate con miRNA utilizzando microarray di anticorpi per misurare l'espressione genica specifica. Nel protocollo presentato, eseguiamo microarray di anticorpi per l'identificazione dell'attività di un trattamento combinatorio con miRNA nell'arresto del ciclo cellulare e dell'angiogenesi.

Microarray di anticorpi: una tecnica per studiare l'espressione proteica delle cellule di cancro del polmone trattate con miRNA

Questo protocollo descrive la fabbricazione di una grande scala, DNA o anticorpi array bidimensionale multiplato, con potenziali applicazioni in studi di segnalazione cellulare e rilevazione biomarker.

Flow-modello Fabrication guidata della alta densità di codici a barre anticorpo Microarray

Un protocollo dettagliato per un pannello indicatore di sei multiplex immunofluorescenza è ottimizzato ed eseguito, utilizzando un coloratore automatico per risultati più coerenti e un tempo di procedura più breve. Questo approccio può essere adattato direttamente da qualsiasi laboratorio per studi di immuno-oncologia.

Pannello di immunofluorescenza Multiplex automatizzato per gli studi di Immuno-oncologia su campioni di tessuto in formalina Carcinoma

L'immunohistochimica fluorescente multiplex è una tecnologia emergente che consente la visualizzazione di più tipi di cellule all'interno del tessuto incorporato in parina (FFPE) intatto. Le linee guida presentate sono linee guida per garantire un multiplex a 7 colori di successo con istruzioni per ottimizzare anticorpi e reagenti, preparare diapositive, progettare e suggerimenti per evitare problemi comuni.

Ottimizzazione, progettazione ed evitare le falle nella immunostiera fluorescente manuale

L'analisi delle immagini con codici a barre multiplexed ha recentemente migliorato la caratterizzazione del microambiente tumorale, consentendo studi completi sulla composizione cellulare, sullo stato funzionale e sulle interazioni cellula-cellula. Qui, descriviamo un protocollo di colorazione e imaging che utilizza il codice a barre di anticorpi coniugati con oligonucleotidi e l'imaging ciclico, che consente l'uso di una tecnica di analisi delle immagini ad alta dimensionalità.

Analisi di immagini di codici a barre multiplexed per l'immunoprofilazione e la caratterizzazione della mappatura spaziale nell'analisi a singola cellula di campioni di tessuto di paraffina

In questo articolo viene descritto un protocollo per l'immunofluorescenza multipla (mIF) manuale di amplificazione del segnale di tiramido (TSA) combinato con l'analisi delle immagini e l'analisi spaziale. Questo protocollo può essere utilizzato con sezioni FFPE (paraffina-embedded fissate in formalina) per la colorazione di due o sei antigeni per vetrino a seconda dello scanner di vetrini disponibile in laboratorio.

Immunofluorescenza multipla combinata con analisi di immagini spaziali per la valutazione clinica e biologica del microambiente tumorale

Questo protocollo descrive in dettaglio il metodo di glicoproteomica guidato dai glifumetti, una tecnologia omica integrata che offre informazioni complete sul glicoproteoma eterogeneo in microambienti tumorali complessi necessari per comprendere meglio la glicobiologia dei tumori.

La glicoproteomica guidata dai glifumetti facilita la profilazione completa del glicoproteoma in microambienti tumorali complessi 

Questo rapporto descrive un protocollo automatizzato per saggi di immunofluorescenza multiplex (mIF) su un coloratore automatico per vetrini. Dimostra l'elevata riproducibilità della proteomica spaziale su autocoloratori tissutali standard ad alto rendimento e imager a fluorescenza su vetrini interi, ideale per saggi mIF personalizzati su un gran numero di vetrini tissutali nella ricerca traslazionale.

Saggi automatizzati di immunofluorescenza multiplex ad alto rendimento per la ricerca traslazionale

Questo protocollo fornisce una guida passo passo per la progettazione di un pannello di anticorpi in immunofluorescenza multiplex per l'imaging basato su codici a barre del DNA di tessuti murini di melanoma FFPE. Descriviamo anche una pipeline di analisi delle immagini utilizzando strumenti open-source per generare approfondimenti di proteomica spaziale nel microambiente immunitario del tumore del melanoma murino.

Imaging multiplex a immunofluorescenza basato su codice a barre del DNA per analizzare campioni FFPE da melanoma murino geneticamente riprogrammato

Questo protocollo descrive in dettaglio una metodologia per la rilevazione multiplex dell'mRNA con citometria di massa per imaging proteico in sezioni di tessuto incluse in formalina fissate con paraffina.

Cartografia molecolare a doppia modalità: integrazione del rilevamento multiplex dell'mRNA con la citometria di massa per imaging proteico

Scopri il profilo degli antigeni di superficie nel carcinoma del colon-retto utilizzando il microarray di anticorpi DOT scan e la multiplexing fluorescente. Questo metodo consente di identificare biomarcatori prognostici e distinguere sottopopolazioni cellulari eterogenee.

Carcinoma del colon-retto Profilo delle proteine ​​di superficie Lutilizzo di un anticorpo Microarray e Multiplexing fluorescenza (Video) | JoVE Journal

Carcinoma del colon-retto Profilo delle proteine di superficie L'utilizzo di un anticorpo Microarray e Multiplexing fluorescenza

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