Name: Realizzazione e utilizzo di microarrays microambiente (MEArrays) (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-10-11T12:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 57 s
Description: Impara a realizzare microarrays microambiente per studiare gli effetti dei microambienti sulle funzioni cellulari usando linee cellulari aderenti. Questo metodo combinatoriale permette di analizzare differenziazione e proliferazione in modo sistematico.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

ML è sostenuto dalla NIA (R00AG033176 e R01AG040081) e dal Laboratorio di ricerca e sviluppo Diretto, US Department of Energy # contratto DE-AC02-05CH11231.

<ol><li>Bissell, M. J., Labarge, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Context%2C+tissue+plasticity%2C+and+cancer%3A+are+tumor+stem+cells+also+regulated+by+the+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Context, tissue plasticity, and cancer: are tumor stem cells also regulated by the microenvironment.</a> Cancer Cell. 7, 17-23 (2005).</li>
<li>Engler, A. J., Sen, S., Sweeney, H. L., Discher, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Matrix+elasticity+directs+stem+cell+lineage+specification%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Matrix elasticity directs stem cell lineage specification.</a> Cell. 126, 677-689 (2006).</li>
<li>McBeath, R., Pirone, D. M., Nelson, C. M., Bhadriraju, K., Chen, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+shape%2C+cytoskeletal+tension%2C+and+RhoA+regulate+stem+cell+lineage+commitment%5BTitle%5D)+AND+%22Dev.+Cell%22%5BJournal%5D)">Cell shape, cytoskeletal tension, and RhoA regulate stem cell lineage commitment.</a> Dev. Cell. 6, 483-495 (2004).</li>
<li>LaBarge, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+mammary+progenitor+cell+fate+decsions+are+products+of+interactions+with+combinatorial+microenvironments%5BTitle%5D)+AND+%22Integrative+Biology%22%5BJournal%5D)">Human mammary progenitor cell fate decsions are products of interactions with combinatorial microenvironments.</a> Integrative Biology. 1, 70-79 (2009).</li>
<li>Kim, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Patterning+Methods+for+Polymers+in+Cell+and+Tissue+Engineering%5BTitle%5D)+AND+%22Annals+of+biomedical+engineering%22%5BJournal%5D)">Patterning Methods for Polymers in Cell and Tissue Engineering.</a> Annals of biomedical engineering. , (2012).</li>
<li>Boudou, T., Ohayon, J., Picart, C., Pettigrew, R. I., Tracqui, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nonlinear+elastic+properties+of+polyacrylamide+gels%3A+implications+for+quantification+of+cellular+forces%5BTitle%5D)+AND+%22Biorheology%22%5BJournal%5D)">Nonlinear elastic properties of polyacrylamide gels: implications for quantification of cellular forces.</a> Biorheology. 46, 191-205 (2009).</li>
<li>Tse, J. R., Engler, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation+of+hydrogel+substrates+with+tunable+mechanical+properties%5BTitle%5D)+AND+%22Current+protocols+in+cell+biology%22%5BJournal%5D)">Preparation of hydrogel substrates with tunable mechanical properties.</a> Current protocols in cell biology. Chapter 10, Unit 10(2010).</li>
<li>Flaim, C. J., Chien, S., Bhatia, S. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+extracellular+matrix+microarray+for+probing+cellular+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">An extracellular matrix microarray for probing cellular differentiation.</a> Nat. Methods. 2, 119-125 (2005).</li>
<li>Soen, Y., Mori, A., Palmer, T. D., Brown, P. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+regulation+of+human+neural+precursor+cell+differentiation+using+arrays+of+signaling+microenvironments%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Syst.+Biol%22%5BJournal%5D)">Exploring the regulation of human neural precursor cell differentiation using arrays of signaling microenvironments.</a> Mol. Syst. Biol. 2, 37(2006).</li>
</ol>

Nessun conflitto di interessi dichiarati.

Il metodo qui presentato MEArray consente analisi funzionali della cellula e interazioni microambiente combinatori 4. Analisi MEArray combina l&#39;uso di tecnologie di micropatterning di base, biologia cellulare, e robot di stampa microarray e dispositivi di analisi che sono disponibili in molti impianti multiutente. MEArray schermi sono compatibili con più tipi di cellule aderenti, sebbene senza siero formulazioni supporti possono essere necessario regolare in alcuni casi per includere BSA o siero &lt;1%, c...

<table border="1"><tbody><tr><td> Nome del reagente </td><td> Azienda </td><td> Numero di catalogo </td><td> Commenti (opzionale) </td></tr><tr><td> Vetrini 25 mm x 75 millimetri </td><td> VWR </td><td> 48311-600 </td><td></td></tr><tr><td> Vetro coprioggetti (n ° 1) 24 mm x 50 mm </td><td> VWR </td><td> 48393-241 </td><td></td></tr><tr><td> Colorazione piatto (o vaso Coplan) </td><td> VWR </td><td> 25461-003 </td><td></td></tr><tr><td> Piastre di Petri (15 cm) </td><td> BD Falcon </td><td> 351058 </td><td></td></tr><tr><td> NaOH (1.0N) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> S2567 </td><td></td></tr><tr><td> APES (&gt; 98% (3-Aminopropyl) trietossisilano) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A3648 </td><td></td></tr><tr><td> Glutaraldeide </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> G7651 </td><td> 50% in acqua </td></tr><tr><td> APS (&gt; persolfato di ammonio 98%) </td><td> SIGMA-Aldrich </td><td> A3678 </td><td> Preparare soluzione al 10% di lavoro con DDH 2 O </td></tr><tr><td> TEMED (N, N, N &#39;, N&#39;-tetrametiletilendiammina) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> T9281 </td><td></td></tr><tr><td> Acrilamide (40%) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A4058 </td><td></td></tr><tr><td> Bis-acrilamide (2% w / v) </td><td> Fisher BioReagents </td><td> BP1404-250 </td><td></td></tr><tr><td> 0,45 micron filtro siringa da 4 mm nylon </td><td> Nalgene </td><td> 176-0045 </td><td></td></tr><tr><td> FITC </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> F4274 </td><td></td></tr><tr><td> PDMS (polidimetilsilossano) </td><td> Dow Corning </td><td> 3097358-1004 </td><td> Sylgard 184 kit elastomero via Adesivi Ellsworth </td></tr><tr><td> 2-camera di diapositive </td><td> NUNC </td><td> 177380 </td><td></td></tr><tr><td> Pluronic F108 </td><td> BASF </td><td> 30089186 </td><td></td></tr><tr><td> Aquarium sigillante </td><td> Dow Corning </td><td> DAP 00688 </td><td></td></tr><tr><td> Fluormount-G </td><td> Southern Biotech </td><td> 0100-01 </td><td></td></tr><tr><td> Bicchieri di plastica usa e getta </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Abbassalingua </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Guanti in nitrile </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Vetrino da microscopio scatole di plastica </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Spin verniciatore </td><td> WS-400B-6NPP/LITE </td><td> Laurell Technologies Corporation </td><td></td></tr><tr><td> Forno </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Piastra digitale </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> 384 pozzetti </td><td></td><td></td><td> Un marchio appropriato per il robot microarray </td></tr><tr><td> Microarray stampa robot </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Inversione di fase e microscopio a fluorescenza </td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Axon microarray scanner </td><td> Molecular Devices </td><td></td><td> Configurazioni multiple esistono </td></tr></tbody></table>

realizzazione e utilizzo di microarrays microambiente (mearrays)

Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays (MEArrays)

Le interazioni tra le cellule e il loro micro circostante avere conseguenze funzionali per comportamento cellulare. A livello di singola cellula, microambienti distinti possono imporre differenziazione, migrazione e proliferazione fenotipi, e sul livello dei tessuti del microambiente processi complessi come morfogenesi e tumorigenesi 1. Non solo la cella e il contenuto molecolare di impatto microambienti delle cellule all&#39;interno, ma lo fanno anche l&#39;elasticità 2 e geometria 3 del tessuto. Definito come la somma totale di cellula-cellula,-ECM, e-solubili interazioni di fattori, oltre alle caratteristiche fisiche, il microambiente è complessa. I fenotipi di cellule all&#39;interno di un tessuto sono in parte a causa del loro contenuto di genomica e in parte a causa delle interazioni con il microambiente combinatorie. Una delle maggiori sfide è quello di collegare specifiche combinazioni di componenti microambientali con comportamenti distintivi. ent &quot;&gt; Qui, vi presentiamo il microambiente microarray (MEArray) piattaforma per il cell-based screening funzionale di interazioni con microambienti combinatorie 4. Il metodo consente il controllo simultaneo della composizione molecolare e il modulo elastico, e combina l&#39;uso di microarray ampiamente disponibili e tecnologie micropatterning. schermi MEArray richiedono da un minimo di 10.000 cellule per matrice, che facilita gli studi funzionali di tipi di cellule rare, come le cellule progenitrici adulte. Un limite di questa tecnologia è che microambienti tessuto intere che non può essere completamente ricapitolato su MEArrays. Tuttavia, il confronto di risposte nel tipo di cellula stessa a numerosi microambienti correlati, ad esempio le combinazioni a coppie delle proteine ​​ECM che caratterizzano un determinato tessuto, fornirà approfondimenti come i componenti microambientali suscitare fenotipi funzionali tessuto-specifiche. MEArrays può essere stampato usando una varietà di ricombinante GROfattori wth, citochine e proteine ​​purificate ECM, e loro combinazioni. La piattaforma è limitato solo dalla disponibilità di reagenti specifici. MEArrays sono suscettibili di analisi e ritardi, ma più spesso vengono utilizzati per l&#39;analisi del punto finale di funzioni cellulari che sono misurabili con sonde fluorescenti. Per esempio, la sintesi del DNA, apoptosi, acquisizione di stati differenziati, o di prodotti genici specifici sono comunemente misurata. Brevemente, il flusso di base di un esperimento MEArray è preparare vetrini rivestiti con substrati di stampa e di preparare la piastra master di proteine ​​che devono essere stampati. Quindi gli array sono stampati con un robot microarray, le cellule sono fatte attaccare, crescere in coltura, e quindi sono chimicamente fissato al raggiungimento del punto finale sperimentale. Saggi fluorescenti o colorimetrico, ripreso con microscopi tradizionali o scanner microarray, sono utilizzati per rivelare importanti fenotipi molecolari e cellulari (Figura 1).

Un metodo combinatorio screening funzionale per ottenere approfondimenti sugli impatti della composizione molecolare di microambienti su funzioni cellulari è descritto. Il metodo si avvale di microarray esistenti basate su tecnologie per generare matrici di microambienti definite combinatorie che supportano l&#39;adesione cellulare e analisi funzionale.

Realizzazione e utilizzo di microarrays microambiente (MEArrays)

Le interazioni tra le cellule e il loro microambiente circostante hanno conseguenze funzionali sul comportamento cellulare. A livello di singola cellula, ...

L'obiettivo generale del seguente esperimento è misurare gli effetti di diversi microambienti sulle funzioni cellulari di tipi cellulari aderenti, esponendoli in parallelo a una varia gamma di microambienti Combinator. Questo risultato si ottiene innanzitutto fabbricando substrati per la stampa in grado di assorbire miscele di proteine microambientali. Successivamente vengono preparate piastre madri contenenti proteine microambientali, che vengono utilizzate per stampare array di ME mediante un robot per la stampa a microarray a penna o a pinza capillare.Successivamente vengono preparate le piastre madri di proteine microambientali. Quindi le cellule aderenti vengono coltivate sull'array ME con la possibilità di limitare il numero di cellule. I risultati ottenuti mostrano l'impatto dei diversi microambienti sulle funzioni cellulari come differenziazione o proliferazione, in base all'analisi di immunofluorescenza.L'idea iniziale di questo metodo è nata quando abbiamo voluto quantificare gli effetti dei microambienti tissutali sulle decisioni di destino delle cellule staminali della memoria umana, ma abbiamo capito che lavorare in vivo è impossibile. Ora che è stato sviluppato, quest

fabrication-and-use-of-microenvironment-microarrays-mearrays

Research

Ricerca

JoVE Journal

Biology

Biologia

Una semplice procedura di eseguire esperimenti microarray su ordinazione microRNA è descritto. I passaggi includono isolare RNA, l'etichettatura RNA e DNA di riferimento, ibridando i campioni di microarray, la scansione del microarray, quantificare e analizzare segnali di ibridazione.

Esecuzione personalizzati Esperimenti di Microarray MicroRNA

Una descrizione della formazione di un polimero microarray utilizzando un chip tecnica di fotopolimerizzazione. La caratterizzazione superficiale elevata velocità usando la microscopia a forza atomica, misure di angolo di contatto acqua, raggi X e spettroscopia di fotoelettroni tempo di spettrometria di massa di ioni secondari volo e un saggio di adesione cellulare è anche descritto.

Microarrays polimerici per Discovery High Throughput di Biomateriali

Questo video mostra una tecnica che applica la tecnologia dei microarray di peptidi per profilare la specificità degli anticorpi che riconoscono le modifiche post-traduzionali (PTM) sui peptidi istonici. Un vetrino di microarray contenente peptidi istonici immobilizzati coniugati con fluorofori con combinazioni note di PTM viene trattato con anticorpi specifici per PTM target. Questo processo aiuta a identificare la specificità dell'anticorpo per il bersaglio e la sua potenziale reattività...

Una tecnologia di microarray peptidici per la profilazione della specificità degli anticorpi

Un microarray amplificazione combina asimmetrica amplificazione PCR e ibridazione microarray in una sola camera, che semplifica significativamente workflow microarray per l'utente finale. La semplificazione del flusso di lavoro microarray è un primo passo necessario per la creazione di sistemi diagnostici basati su microarray, che possono essere utilizzati di routine in ambienti inferiore di risorse.

Dimostrazione di un multi-resistente ai farmaci<em&gt; Mycobacterium tuberculosis</em&gt; Amplificazione Microarray

Descritti sono i protocolli per quantificare le interazioni meccaniche tra cellule aderenti e substrati microstrutturati. Queste interazioni sono strettamente legate a comportamenti cellulari essenziali tra cui la migrazione, la proliferazione, la differenziazione e l'apoptosi. I protocolli presentano un software di analisi delle immagini open source chiamato MechProfiler, che consente di determinare le forze coinvolte per ogni micropalo.

Facile e preciso meccano-profiling su micropost Array

differenziazione delle cellule è regolata da una serie di fattori microambientali, tra cui entrambe le proprietà composizione della matrice e materiale del substrato. Descriviamo qui una tecnica che utilizza microarrays di cellule in combinazione con una forza di trazione microscopio per valutare sia la differenziazione cellulare e biomeccaniche interazioni cellula-substrato in funzione del contesto microambientali.

Una piattaforma cellulare microarray high-throughput per l&#39;analisi correlativa cellulare Differenziazione e forze di trazione

Lo sviluppo delle comunità microbiche dipende da una combinazione di fattori, tra cui l'architettura ambientale, l'abbondanza dei membri, i tratti e le interazioni. Questo protocollo descrive un ambiente sintetico e microfabbricato per il monitoraggio simultaneo di migliaia di comunità contenute nei pozzetti di femtoliter, in cui si possono approssimare fattori chiave come la dimensione e il confinamento di nicchia.

Assemblea e monitoraggio dello sviluppo microbico della comunità all&#39;interno di una piattaforma di array Microwell

Questo articolo descrive la metodologia dettagliata per preparare una matrice Multiplexed artificiale microambiente cellulare (MACME) per manipolazione di alto-rendimento di fisica e chimica di stecche che imita in vivo cellulare microambienti e a identificare l'ambiente cellulare ottima per le cellule staminali pluripotenti umane (hPSCs) con l'analisi di singole cellule.

Fabbricazione di una matrice di multiplex artificiale microambiente cellulare

Lo scopo del metodo qui presentato è quello di mostrare come i microarray di microambiente (MEMA) possono essere fabbricati e utilizzati per interrogare l'impatto di migliaia di semplici microambienti combinatori sul fenotipo delle cellule coltivate.

Utilizzo di microarray per interrogare l'impatto microambientale sui fenotipi cellulari nel cancro

Batterica analisi di espressione genica mediante microarray

Impara a realizzare microarrays microambiente per studiare gli effetti dei microambienti sulle funzioni cellulari usando linee cellulari aderenti. Questo metodo combinatoriale permette di analizzare differenziazione e proliferazione in modo sistematico.

Realizzazione e utilizzo di microarrays microambiente (MEArrays)

Esplora altri video