Name: Raccolta, isolamento e di arricchimento di batteri naturalmente presenti magnetotactic dallambiente (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-11-15T11:55:00.000+00:00
Duration: 5 min 57 s
Description: Scopri come isolare e arricchire batteri magnetotattici da campioni di sedimento d'acqua dolce utilizzando calamite e microscopia ottica. Questo metodo semplice facilita lo studio dei ruoli ecologici di questi microrganismi.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Questo lavoro è stato sostenuto dalle concessioni dal US National Science Foundation (EAR-0920299 e EAR-0745808); US National Science Foundation dell&#39;Asia orientale e del Pacifico Estate Istituti, Geological Society of America del Programma di Ricerca Grant e le sovvenzioni per la ricerca Alumni Laurea e borse di studio da The Ohio State University. Vorremmo ringraziare l&#39;editore e due revisori anonimi per i loro commenti penetranti.

1. MTB Collezione <ol><li> Al momento di decidere su un sito per la raccolta d&#39;acqua dolce batteri magnetotactic (MTB), spesso è meglio cominciare con un laghetto o lento flusso che è uno strato morbido sedimento fangoso. In questa dimostrazione abbiamo raccolto un campione sul bordo del fiume Olentangy nel campus della Ohio State University (OSU) a Columbus, Ohio (USA). Mentre questo era una posizione comoda per la nostra dimostrazione, il protocollo qui descritto è applicabile a qualsiasi posizione acquatico. I materiali utilizzati in questo protocollo può essere trovata nella tabella 1. Trovare una posizione dove la profondità dell&#39;acqua è tra 10 e 100 cm. In tale posizione, si dovrebbe raccogliere più in alto strato di sedimento con una chiara, con tappo a vite contenitore. Raccogliere il sedimento e acqua nel contenitore fino a quando non è riempito con un terzo alla metà sedimenti e il restante volume con acqua. Mantenere il contenitore sommerso fino a riempirlo con acqua e poi ermeticamente tappare il contenitore with il suo tappo a vite del coperchio. Non è necessario mescolare il sedimento. Pulire l&#39;esterno del contenitore con un asciugamano e poi prendere il campione al laboratorio. Non è necessario correre il campione di nuovo al vostro laboratorio. Abbiamo lasciato i campioni MTB in contenitori di plastica nel campo per diversi giorni prima di portare di nuovo al nostro laboratorio. La MTB deve essere valida per diverse settimane o mesi, a condizione che si memorizzano i campioni in un luogo fresco e ombreggiato in campo. </li><li> Una volta che il campione è in laboratorio, allentare il tappo e lasciare che copre il contenitore per ridurre la quantità di evaporazione. Conservare il contenitore a temperatura ambiente in una stanza buia, cassetto o coprire completamente il contenitore con un foglio di alluminio. Permettono il sedimento e particelle fini di risolvere completamente il fondo del contenitore lasciando il campione indisturbato per diverse ore a diversi giorni. Non è necessario mescolare il sedimento, MTB preferiscono un ambiente indisturbato. Le pareti trasparenti del contenitore di plasticavi permetterà di confermare che le particelle hanno depositata sul fondo. A seconda del campione, MTB può rimanere in vita nel campione per molti mesi. </li></ol> 2. MTB isolamento <ol><li> Quando si è pronti per isolare i magneti, posto MTB sui lati del contenitore di plastica di circa 1 cm sopra il sedimento-acqua (Figura 1A). Attenzione a non disturbare il sedimento nel fondo del contenitore. Posizionare il polo sud di un magnete su un lato del contenitore e il lato nord di un altro magnete di barra sul lato opposto (Figura 1A). Quasi qualsiasi magnete può essere usato, ad esempio una barra di agitazione magnetica o magnete grande frigorifero. Tutto può essere usato per supportare i magneti alla giusta altezza sopra del sedimento-acqua. Abbiamo trovato che i magneti appoggiata sulla parte superiore di una scatola di cartone o plastica è meglio, tuttavia, i magneti possono anche essere incollata al di fuori del contenitore di plastica. Attendere 30 minuti a diverseore per i batteri a nuotare al magnete. </li><li> Utilizzare una pipetta sterile per raccogliere accuratamente l&#39;acqua all&#39;interno del contenitore (Figura 1A) vicino alla posizione del polo magnetico sud-bar (per campioni raccolti nell&#39;emisfero Nord). L&#39;acqua deve contenere la MTB che sono stati attratti dal polo sud-barra magnetica. Successivamente, una pista capillare deve essere utilizzato per arricchire ulteriormente la MTB. </li></ol> 3. MTB Racetrack <ol><li> Al fine di arricchire il vostro campione con batteri magnetotactic, una pista capillare è necessario (1B e 1C figure). Questi devono essere fatte prima di isolare le cellule dalla chiara del contenitore plastico. </li><li> Utilizzare un 5,75 pollici (146 mm) in vetro pipetta Pasteur per fare una pista. Utilizzare una penna diamante o file per tagliare la parte superiore della pipetta, la lunghezza della pipetta non è determinante, ma dovrebbe essere in grado di contenere circa 1-2 ml di acqua. Quindi, utilizzare un becco Bunsen per fondere la punta in modo chediventa sigillato (Figura 1C). La pipetta risultante dovrebbe avere una estremità aperta ed una estremità chiusa. </li><li> Fare alcuni di questi circuiti e poi autoclave. Inoltre, è necessario sterilizzare in autoclave cotone e molti aghi metallici lunghi. </li><li> Aggiungere acqua campione filtrato, raccolti dal vicino all&#39;interfaccia acqua sedimento mostrato in Figura 1A, ad una pista sterilizzato utilizzando un lungo ago di metallo attaccato ad una siringa filtrato. La dimensione dei pori del filtro dovrebbe essere 0,22 millimetri per eliminare i residui e contaminanti dall&#39;acqua. E &#39;importante essere assolutamente certi che non ci siano bolle d&#39;aria nel vetro capillare. </li><li> Inserire il fondo della pista con cotone sterile (Figura 1B). Utilizzare l&#39;ago metallico per spingere il cotone verso l&#39;estremità sigillata del circuito così è 0,5-1 cm dalla punta chiusa (Figura 1C). </li><li> Usando una pipetta sterile, aggiungere l&#39;acqua contenente MTB (dalla sezione 2.2) al campione reservoir (estremità aperta) di una pista preparata MTB (Figura 1B). </li></ol> 4. MTB Arricchimento <ol><li> Una volta che la pista è piena di fluido campione, si trovava su un lato su una superficie orizzontale (ad esempio, un banco) e posizionare il polo sud di un magnete (nell&#39;emisfero settentrionale) accanto alla punta sigillata della pista (Figure 1B e 1C). </li><li> Attendere 5 a 30 minuti per la MTB a migrare attraverso il cotone. Poi si dovrebbe raccogliere il fluido vicino alla punta della pista. Attendere troppo a lungo possibile introdurre contaminanti, come altri batteri motili, alla punta del capillare. Facoltativamente, è possibile utilizzare un microscopio ottico per vedere la punta del circuito e guardare la MTB raccogliere sulla punta del circuito di. Questo vi permetterà di determinare quanto tempo ci vuole la MTB a migrare attraverso il tappo di cotone. </li><li> Delicatamente usare il coltello di diamante per fare un piccolo graffio vicino tappo di cotone e far scattare la fine della pista. </li> &lt;li&gt; Utilizzare una siringa da 1 ml con ago sottile (25 o 27 gauge) per rimuovere il liquido dalla punta della pista. Questo campione di liquido dovrebbe ora contenere la MTB arricchito. </li></ol> 5. MTB osservazione al microscopio ottico <ol><li> Mettere una goccia (10-20 pl) del campione arricchito MTB su un vetrino coprioggetti. </li><li> Rapidamente capovolgere il coprioggetto sopra in modo che il calo è ora rivolta verso il basso e appeso alla coprioggetto. </li><li> Posizionare il vetrino su un o-ring che si riposa su un vetrino. L&#39;o-ring deve avere un diametro leggermente più piccolo allora il coprioggetto (circa 1 cm; Figura 2). </li><li> Posizionare questa goccia su un palco microscopio ottico e concentrarsi su un bordo della goccia. Un obiettivo 60X secco funziona molto bene perché hanno una più elevata apertura numerica (NA, ad esempio, 0,93) ma non richiedono l&#39;olio, che è difficile da usare per il metodo della goccia pendente (Figura 2). </li><li> Posizionare l&#39;estremità sud di un magnete vicino bar per l&#39;impiccagione dPOR e MTB inizierà a migrare verso il bordo della goccia più vicino al magnete (Figura 3). In pochi minuti MTB molti dovrebbe essere al bordo della goccia (Figura 3). Dimostra a te stesso che i batteri sono magnetici invertendo il polo del magnete e poi osservare i batteri nuotano nella direzione opposta. </li></ol> 6. Osservazione MTB da microscopia elettronica a trasmissione (TEM) <ol><li> Posizionare una goccia (~ 20 pl) della MTB arricchito su una griglia di rame e consentire ai batteri di depositarsi per 10 min. </li><li> Wick l&#39;acqua in eccesso con un foglio di carta filtro. </li><li> Facoltativamente, la griglia può essere negativamente colorate con acetato di uranile 2%, 2% pH acido fosfotungstico 7,2, o 2,5% di sodio molibdato 7, 8, 9. Questo viene fatto mettendo il reticolo di rame su una goccia di colorante immediatamente dopo incubazione della griglia con la MTB arricchito. Incubare la griglia con la macchia negativa, i tempi variano a seconda del stain utilizzato, e quindi favorire il liquido con un foglio di carta filtro. </li><li> Osservare la MTB con microscopia elettronica a trasmissione (TEM, Figura 4). Per il lavoro qui descritto MTB sono stati adsorbiti a formvar stabilizzato e di carbonio rivestiti 200 reti in rame maglia (Ted Pella # 01800). Le griglie sono stati collocati con il lato di carbonio su una goccia di sospensione cellulare per fino a 10 minuti, poi subito lavato una volta disponendo la griglia in una goccia di acqua per 30 sec. Per la colorazione, le griglie sono stati posti su una goccia di acetato di uranile 2% (Ted Pella # 19.481) per 30 sec per 5 minuti e poi asciugati completamente con un pezzo di carta da filtro. Le griglie sono state analizzate mediante TEM utilizzando uno Spirito FEI Tecnai a 80kV o FEI Tecnai F20 con alta STEM anulare angolo di campo scuro a 200kV. </li></ol>

<ol><li>Blakemore, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Magnetotactic bacteria.</a> Science. 190, 377-379 (1975).</li>
<li>Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Reviews+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Magnetotactic bacteria.</a> Annual Reviews in Microbiology. 36, 217-238 (1982).</li>
<li>Bazylinski, D. A., Frankel, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Controlled+Biomineralization+of+Magnetite+%28Fe3O4%29+and+Greigite+%28Fe3S4%29+in+a+Magnetotactic+Bacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Controlled Biomineralization of Magnetite (Fe3O4) and Greigite (Fe3S4) in a Magnetotactic Bacterium.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61, 3232-3239 (1995).</li>
<li>Lefevre, C. T., Menguy, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Cultured+Greigite-Producing+Magnetotactic+Bacterium+in+a+Novel+Group+of+Sulfate-Reducing+Bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A Cultured Greigite-Producing Magnetotactic Bacterium in a Novel Group of Sulfate-Reducing Bacteria.</a> Science. 334, 1720-1723 (2011).</li>
<li>Simmons, S. L., Bazylinski, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((South-seeking+magnetotactic+bacteria+in+the+Northern+Hemisphere%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">South-seeking magnetotactic bacteria in the Northern Hemisphere.</a> Science. 311, 371-374 (2006).</li>
<li>Wolfe, R., Thauer, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+%27capillary+racetrack%27+method+for+isolation+of+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiology+Letters%22%5BJournal%5D)">A 'capillary racetrack' method for isolation of magnetotactic bacteria.</a> FEMS Microbiology Letters. 45, 31-35 (1987).</li>
<li>Rodgers, F. G., Blakemore, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intercellular+structure+in+a+many-celled+magnetotactic+prokaryote%5BTitle%5D)+AND+%22Archives+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Intercellular structure in a many-celled magnetotactic prokaryote.</a> Archives of Microbiology. 154, 18-22 (1990).</li>
<li>Moench, T. T., Konetzka, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+method+for+the+isolation+and+study+of+a+magnetotactic+bacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Archives+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">A novel method for the isolation and study of a magnetotactic bacterium.</a> Archives of Microbiology. 119, 203-212 (1978).</li>
<li>Balkwill, D., Maratea, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrastructure+of+a+magnetotactic+spirillum%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Ultrastructure of a magnetotactic spirillum.</a> Journal of Bacteriology. 141, 1399-1408 (1980).</li>
<li>Lins, U., Freitas, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+homemade+apparatus+for+harvesting+uncultured+magnetotactic+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Brazilian+Journal+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Simple homemade apparatus for harvesting uncultured magnetotactic microorganisms.</a> Brazilian Journal of Microbiology. 34, 111-116 (2003).</li>
<li>Jogler, C., Lin, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+Cloning+of+the+Magnetotactic+Metagenome%3A+Identification+of+Magnetosome+Island+Gene+Clusters+in+Uncultivated+Magnetotactic+Bacteria+from+Different+Aquatic+Sediments%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Toward Cloning of the Magnetotactic Metagenome: Identification of Magnetosome Island Gene Clusters in Uncultivated Magnetotactic Bacteria from Different Aquatic Sediments.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75, 3972-3979 (2009).</li>
<li>Lin, W., Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Newly+Isolated+but+Uncultivated+Magnetotactic+Bacterium+of+the+Phylum+Nitrospirae+from+Beijing%2C+China%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Newly Isolated but Uncultivated Magnetotactic Bacterium of the Phylum Nitrospirae from Beijing, China.</a> Applied and Environmental Microbiology. 78, 668-675 (2012).</li>
<li>Li, J., Pan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomineralization%2C+crystallography+and+magnetic+properties+of+bullet-shaped+magnetite+magnetosomes+in+giant+rod+magnetotactic+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Earth+and+Planetary+Science+Letters%22%5BJournal%5D)">Biomineralization, crystallography and magnetic properties of bullet-shaped magnetite magnetosomes in giant rod magnetotactic bacteria.</a> Earth and Planetary Science Letters. 293, 368-376 (2010).</li>
<li>Oestreicher, Z., Valerde-Tercedor, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Magnetosomes+and+magnetite+crystals+produced+by+magnetotactic+bacteria+as+resolved+by+atomic+force+microscopy+and+transmission+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Micron%22%5BJournal%5D)">Magnetosomes and magnetite crystals produced by magnetotactic bacteria as resolved by atomic force microscopy and transmission electron microscopy.</a> Micron. 43, 1331-1335 (2012).</li>
</ol>

Nessun conflitto di interessi dichiarati.

Magnetotactic batteri non sono necessariamente presenti in ogni ambiente acquatico 8 ma quando si verificano, possono essere trovati dell&#39;ordine di 100 - 1000 cellule per millilitro 2. Al fine di osservare la MTB con microscopia ottica, avrete bisogno di circa 50 batteri / ml nel campione 8. Se ci sono pochi o nessun MTB nel campione, allora si avrà sia bisogno di selezionare un nuovo sito ambientale per raccogliere i vostri campioni o hai bisogno di provare una o più delle tecniche ...

<table border="1"><tbody><tr><td> Articolo </td><td> Azienda </td><td> Numero di catalogo </td><td> Commenti (opzionale) </td></tr><tr><td> Diapositiva su vetro </td><td> Fisher Scientific </td><td> S95933 </td><td></td></tr><tr><td> Vetro Pasteur pipette </td><td> Fisher Scientific </td><td> 13-678-6A </td><td></td></tr><tr><td> O-ring </td><td> Ferramenta </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Copertina scivola </td><td> Fisher Scientific </td><td> 12-542B </td><td></td></tr><tr><td> Bar magnete </td><td> Fisher Scientific </td><td> S95957 </td><td></td></tr><tr><td> Contenitore </td><td> Qualsiasi </td><td></td><td> Qualsiasi plastic o contenitore di vetro che può contenere almeno 0,5 L e possono essere sigillati </td></tr><tr><td> Cotone </td><td> Qualsiasi </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Microscopio con obiettivo 60X a secco </td><td> Zeiss </td><td></td><td> Una lente 60X secco non è assolutamente necessario, ma questo dà un NA elevata senza utilizzare olio </td></tr><tr><td> Diamante penna </td><td> Fisher Scientific </td><td> 08-675 </td><td></td></tr><tr><td> 0,22 millimetri filtro </td><td> Fisher Scientific </td><td> 09-719C </td><td></td></tr><tr><td> 1 ml siringa </td><td> Fisher Scientific </td><td> NC9788564 </td><td></td></tr><tr><td> Provette da microcentrifuga </td><td> Fisher Scientific </td><td> 02-681-320 </td><td></td></tr><tr><td> Formvar / Carbon200 mesh, griglie di rame </td><td> Ted Pella Inc. </td><td> 01800 </td><td></td></tr><tr><td> Acetato di uranile </td><td> Ted Pella Inc. </td><td> 19481 </td><td></td></tr><tr><td> Tecnai Spirito TEM </td><td> FEI </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Tecnai F20 S / TEM </td><td> FEI </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

raccolta, isolamento e di arricchimento di batteri naturalmente presenti magnetotactic dall&#39;ambiente

Collection, Isolation and Enrichment of Naturally Occurring Magnetotactic Bacteria from the Environment

Batteri magnetotactic (MTB) sono microrganismi acquatici che sono stati in particolare di cui nel 1975 1 da campioni di sedimenti raccolti in saline di Massachusetts (USA). Da allora MTB sono stati scoperti in stratificato di acqua e sedimenti-colonne provenienti da tutto il mondo 2. Una caratteristica comune a tutti MTB è che contengono magnetosomes, che sono intracellulari, nanocristalli di membrana magnetici di magnetite (Fe 3 O 4) e / o greigite (Fe 3 S 4) o entrambi 3, 4. Nell&#39;emisfero settentrionale, MTB sono in genere attratti dal lato sud di un magnete, mentre nel Sud del mondo di solito sono attratti dal lato nord di un magnete da 3,5. Questa proprietà può essere sfruttata quando si cerca di isolare MTB da campioni ambientali. Uno dei modi più comuni per arricchire MTB è di usare un contenitore di plastica trasparente per raccogliere sedimenti e acqua da una fonte naturale,come uno stagno di acqua dolce. Nell&#39;emisfero settentrionale, all&#39;estremità sud di un magnete è posizionato contro la parte esterna del contenitore sopra il sedimento al sedimento-acqua. Dopo qualche tempo, i batteri possono essere rimossi dall&#39;interno del contenitore in prossimità del magnete con una pipetta e poi arricchito ulteriormente utilizzando un circuito capillare 6 ed un magnete. Una volta arricchito, i batteri possono essere posizionati su un vetrino da microscopio utilizzando un metodo goccia pendente e osservato in un microscopio ottico o depositato su una griglia di rame e osservato con microscopia elettronica a trasmissione (TEM). Usando questo metodo, isolato MTB possono essere studiate al microscopio per determinare caratteristiche quali nuoto comportamento, tipo e numero di flagelli, morfologia cellulare delle cellule, la forma dei cristalli magnetici, numero di magnetosomes, numero di catene magnetosome in ogni cella, la composizione di i cristalli nanomineral, e la presenza di vacuoli intracellulari.

Un magnete è uno strumento efficace che può essere utilizzata per isolare batteri magnetotactic (MTB) contenute in campioni ambientali (Figura 1A). Un circuito capillare (Figura 1B) utilizza le proprietà magnetiche di MTB attrarre attraverso un tappo di cotone dove possono essere separati dai non-magnetotactic microrganismi anche contenuti all&#39;interno del campione ambientale. <img alt="Figura 1" src="/files/ftp_upload...

Dimostriamo un metodo per raccogliere batteri magnetotactic (MTB) che possono essere applicati alle acque naturali. MTB può essere isolato e arricchita da campioni di sedimento con una configurazione relativamente semplice che sfrutta il magnetismo naturale dei batteri. Isolato MTB può essere esaminata in dettaglio utilizzando sia la luce e la microscopia elettronica.

Raccolta, isolamento e di arricchimento di batteri naturalmente presenti magnetotactic dall&#39;ambiente

Magnetotactic bacteria (MTB) are aquatic microorganisms that were first notably described in 19751 from sediment samples collected in salt marshes of ...

L'obiettivo generale di questa procedura è isolare i batteri magnetotattici da un ambiente di acqua dolce. Ciò si ottiene raccogliendo prima campioni di sedimenti d'acqua dal bordo di un fiume o di un lago. Il secondo passo consiste nell'isolare i batteri magnetotattici contenuti all'interno del campione ambientale utilizzando una barra magnetica.Successivamente, i batteri magnetotattici vengono arricchiti utilizzando una pista capillare in vetro e un magnete. Infine, i batteri magnetotattici sono caratterizzati utilizzando la microscopia ottica. In definitiva, la microscopia elettronica a trasmissione viene utilizzata per mostrare le dimensioni e la forma dei batteri e delle loro zone magnetiche contenenti magnetite.Questo metodo ci aiuta a comprendere questioni chiave, la microbiologia ambientale, come il modo in cui il magneto si è evoluto sulla terra e come i batteri magnetotattici hanno sintetizzato magneti di dimensioni nanometriche. A dimostrare la procedura oggi sarà Zachary a Stryker. Zachary è un dottorando nel mio laboratorio.Lavora con me e mio fratello qui alla Ohio State University. Quando si decide su un sito di acqua dolce per raccogliere batteri magnetotattici o MT

collection-isolation-enrichment-naturally-occurring-magnetotactic

Research

Ricerca

JoVE Journal

Biology

Biologia

Eucarioti microbiche sono sia una fonte di carbonio fotosinteticamente derivato e le prime specie di predatori in modo permanente coperti di ghiaccio dei laghi antartici. Questo rapporto descrive un approccio coltura di arricchimento per isolare metabolicamente eucarioti microbici versatili dal lago antartico, Bonney Lake, e valuta il potenziale fissazione del carbonio inorganico mediante un saggio di radioisotopi per la ribulosio-1 ,5-bisphophate carbossilasi ossigenasi (RuBisCo) attività.

Istituzione di microbiche colture di arricchimento eucariotiche da un chimicamente Stratificati Antarctic Lake e valutazione del potenziale fissazione del carbonio

Fonte: Le Nagard, L., et al. Batteri magnetotattici in crescita del genere Magnetospirillum: ceppi MSR-1, AMB-1 e MS-1. J. Vis. Exp. (2018).Questo video mostra come coltivare i batteri Magnetospirillum in condizioni microaerobiche utilizzando terreni liquidi e semisolidi. Evidenzia la formazione di una banda batterica visibile all'interfaccia ossico-anossica e la sua migrazione verso l'alto quando l'ossigeno si esaurisce. Il video mostra anche come valutare il comportamento magnetotattico...

Crescita dei batteri Magnetospirillum e valutazione del loro comportamento magnetotattico

Fonte: Watson, DC, et.al. Isolamento e purificazione scalabili di vescicole extracellulari da Escherichia coli e altri batteri. J. Vis. Exp. (2021)Questo video mostra l'isolamento e la concentrazione di vescicole extracellulari (EV) derivate dalla membrana esterna di batteri geneticamente modificati. Il processo prevede la coltura dei batteri per rilasciare le vescicole extracellulari, seguita da fasi sequenziali di centrifugazione e filtrazione per rimuovere cellule e detriti. Infine,...

Isolamento e arricchimento di vescicole extracellulari derivate dalla membrana esterna da batteri

Inizia con una coltura di arricchimento derivata dal suolo delle zone umide contenente comunità batteriche.La coltura mostra attività Feammox, ossidazione dell'ammonio accoppiata alla riduzione del ferro ferrico, indicando l'arricchimento di un batterio capace di questo processo metabolico.Diluire in serie la coltura utilizzando i media.Strisciare i campioni diluiti su piastre di agar di prova integrate con ferro ferrico e ammonio.Utilizzare piastre di controllo prive di ferro ferrico o...

Isolamento di riduttori di ferro ossidanti l'ammonio da una coltura di arricchimento derivata dal suolo delle zone umide 

Fonte: Villela, H. D. M. , et al. Prospezione di ceppi microbici per la biorimediazione e lo sviluppo di probiotici per la ricerca e la conservazione dei metaorganismi. J. Vis. Esp. (2019).Questo video dimostra l'isolamento dei batteri marini che degradano gli inquinanti tramite diluizione seriale, selezione delle colonie e crescita in un mezzo contenente EE2. Utilizzando EE2 come unica fonte di carbonio, il protocollo identifica ceppi batterici in grado di metabolizzare questo inquinante...

Screening dei batteri marini per l'isolamento di ceppi degradanti di inquinanti

Fonte: Villela, H. D. M. , et al. Prospezione di ceppi microbici per la biorimediazione e lo sviluppo di probiotici per la ricerca e la conservazione dei metaorganismi. J. Vis. Esp. (2019)Questo video dimostra l'isolamento selettivo dei batteri marini degradanti del petrolio arricchendo campioni di acqua di mare su mezzi a base di petrolio, permettendo il recupero di ceppi puri con potenziali applicazioni nella biorimediazione del petrolio greggio e nella pulizia ambientale.

Arricchimento selettivo e isolamento di batteri marini degradanti del petrolio da campioni di acqua di mare

Tecniche di coltivazione microbiche in loco di arricchimento o in situ possono facilitare l'isolamento dei taxa microbici difficile-a-cultura, soprattutto da ambienti basso-biomassa o geochimico estremi. Qui, descriviamo un assetto elettrochimico senza l'utilizzo di un alimentatore esterno per arricchire i ceppi microbici che sono capaci di trasporto dell'elettrone extracellulare (EET).

Set-up elettrochimico autoportanti per arricchire i batteri respiring anodo in loco

Presentiamo una procedura per la coltivazione di diversi ceppi di Magnetospirillum in due diversi tipi di crescita media. Ceppo di Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 viene coltivato in sia liquido e gradiente di concentrazione di O2 terreni semi-solidi mentre M. magneticum ceppo AMB-1 e M. magnetotacticum ceppo MS-1 sono coltivate in terreno liquido.

Crescita di batteri magnetotattici del genere Magnetospirillum: ceppi MSR-1, AMB-1 e MS-1

L'isolamento di microbi resistenti ai metalli pesanti dalle sorgenti geotermiche è un argomento caldo per lo sviluppo di biosistemi di biorisanamento e monitoraggio ambientale. Questo studio fornisce un approccio metodologico per isolare e identificare i batteri tolleranti ai metalli pesanti dalle sorgenti termali.

Bioprospezione dei microrganismi estremofili per affrontare l'inquinamento ambientale

Cellule killer naturali sono una piccola popolazione di linfociti. Qui mostriamo come isolare queste cellule dal sangue umano per selezione negativa, utilizzando un kit da Technologies StemCell. Le cellule ottenute sono vitali e incontaminata dagli anticorpi, e quindi pronti per essere utilizzati per una serie di procedure.

Arricchimento di cellule NK dal sangue umano con il kit RosetteSep Technologies StemCell

Scopri come isolare e arricchire batteri magnetotattici da campioni di sedimento d'acqua dolce utilizzando calamite e microscopia ottica. Questo metodo semplice facilita lo studio dei ruoli ecologici di questi microrganismi.

Raccolta, isolamento e di arricchimento di batteri naturalmente presenti magnetotactic dall'ambiente

Esplora altri video