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DOI: 10.3791/53832-v
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L'integrazione dei dati provenienti da esperimenti di sequenziamento dell'intero genoma ed esperimenti di metabolomica è una sfida. In questo articolo riportiamo, per la prima volta, la generazione, l'analisi e l'integrazione di dati di trascrittoma, cistroma e metaboloma da cellule di cancro al seno trattate con estradiolo.
L'obiettivo generale di questo esperimento è comprendere la regolazione metabolica diretta dell'ER Alpha nel carcinoma mammario, utilizzando i dati del trascrittoma, del sistema e del metaboloma dell'intero genoma. Questo metodo può aiutare a rispondere a domande chiave nel campo dei nucleorecettori e della biologia del cancro, come il ruolo di alcuni fattori di trascrizione nella regolazione del metabolismo per contribuire all'aggressività cellulare. Il vantaggio principale di questa tecnica è che fornisce un quadro globale del gene e delle conseguenti sfumature di regolazione metabolica.
A dimostrare la procedura sarà Yiru Chen, un borsista post-dottorato del mio laboratorio. Dopo aver coltivato le cellule MCF7 secondo il protocollo di testo, raccogliere le cellule aggiungendo un millilitro di reagente di isolamento dell'RNA a ciascun pozzetto e incubare a temperatura ambiente per cinque minuti. Utilizzare una pipetta per raccogliere il lisato cellulare e trasferirlo in provette da 1,5 millilitri.
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