Name: Il concetto Terroir interpretato attraverso uva a bacca Metabolomica e Trascrittomica (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 2 s
Description: Scopri come analizzare le firme del terroir nelle bacche di uva Corvina attraverso metabolomica e trascrittomica non mirate. Questo metodo rivela l'impatto delle macrozone ambientali sulla qualità del vino.

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Questo lavoro ha beneficiato delle attività di networking coordinate nell'ambito dell'AZIONE COST FA1106 "Un approccio sistemico integrato per determinare i meccanismi di sviluppo che controllano la qualità dei frutti carnosi nel pomodoro e nella vite". Questo lavoro è stato sostenuto dal progetto "Completamento del Centro di Genomica Funzionale Vegetale" finanziato dalla Fondazione Banca CARIVERONA e dal progetto "Valorizzazione dei Principali Vitigni Autoctoni Italiani e dei loro Terroir (Vigneto)" finanziato dal Ministero delle Politiche Agricole e Forestali. SDS è stato finanziato dal Ministero dell'Università e della Ricerca FIRB RBFR13GHC5 progetto "The Epigenomic Plasticity of Grapevine in Genotype per Environment Interactions".

<ol><li>Jessome, L. L., Volmer, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ion+suppression%3A+A+major+concern+in+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Lc+Gc+N+Am%22%5BJournal%5D)">Ion suppression: A major concern in mass spectrometry.</a> Lc Gc N Am. 24 (5), 498-510 (2006).</li>
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<li>Toffali, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+aspects+of+grape+berry+ripening+and+post-harvest+withering+revealed+by+untargeted+LC-ESI-MS+metabolomics+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Metabolomics%22%5BJournal%5D)">Novel aspects of grape berry ripening and post-harvest withering revealed by untargeted LC-ESI-MS metabolomics analysis.</a> Metabolomics. 7 (3), 424-436 (2011).</li>
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<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+oscillatory+transcriptional+programs+in+grapevine+ripening+fruits%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Circadian oscillatory transcriptional programs in grapevine ripening fruits.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-15 (2014).</li>
<li>Cavallini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+diversification+of+grapevine+MYB5a+and+MYB5b+in+the+control+of+flavonoid+biosynthesis+in+a+petunia+anthocyanin+regulatory+mutant%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+%26+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Functional diversification of grapevine MYB5a and MYB5b in the control of flavonoid biosynthesis in a petunia anthocyanin regulatory mutant.</a> Plant & Cell Physiol. 55 (3), 517-534 (2014).</li>
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<li>Gambino, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-evolution+between+Grapevine+rupestris+stem+pitting-associated+virus+and+Vitis+vinifera+L.+leads+to+decreased+defence+responses+and+increased+transcription+of+genes+related+to+photosynthesis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Co-evolution between Grapevine rupestris stem pitting-associated virus and Vitis vinifera L. leads to decreased defence responses and increased transcription of genes related to photosynthesis.</a> J Exp Bot. 63 (16), 5919-5933 (2012).</li>
<li>Ghan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Five+omic+technologies+are+concordant+in+differentiating+the+biochemical+characteristics+of+the+berries+of+five+grapevine+%28Vitis+vinifera+L.%29+cultivars%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Five omic technologies are concordant in differentiating the biochemical characteristics of the berries of five grapevine (Vitis vinifera L.) cultivars.</a> BMC Genomics. 16 (1), 1-26 (2015).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+defoliation+affects+plant+growth%2C+fruit+transcriptional+ripening+program+and+flavonoid+metabolism+in+grapevine%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Selective defoliation affects plant growth, fruit transcriptional ripening program and flavonoid metabolism in grapevine.</a> BMC Plant Biol. 13, 1-13 (2013).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increasing+the+source%2Fsink+ratio+in+Vitis+vinifera+%28cv+Sangiovese%29+induces+extensive+transcriptome+reprogramming+and+modifies+berry+ripening%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Increasing the source/sink ratio in Vitis vinifera (cv Sangiovese) induces extensive transcriptome reprogramming and modifies berry ripening.</a> BMC Genomics. 12, 1-23 (2011).</li>
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<li>Royo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developmental%2C+transcriptome%2C+and+genetic+alterations+associated+with+parthenocarpy+in+the+grapevine+seedless+somatic+variant+Corinto+bianco%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Developmental, transcriptome, and genetic alterations associated with parthenocarpy in the grapevine seedless somatic variant Corinto bianco.</a> J Exp Bot. , 259-273 (2015).</li>
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<li>Commisso, M., Strazzer, P., Toffali, K., Stocchero, M., Guzzo, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Untargeted+metabolomics%3A+an+emerging+approach+to+determine+the+composition+of+herbal+products%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Untargeted metabolomics: an emerging approach to determine the composition of herbal products.</a> Comput Struct Biotechnol J. 4, 1-7 (2013).</li>
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</ol>

Gli autori non hanno nulla da rivelare.

Questo articolo descrive le metabolomica, trascrittomica e protocolli di analisi statistica utilizzate per interpretare il concetto di terroir uva a bacca. Analisi Metabolomica mediante HPLC-ESI-MS è abbastanza sensibile da rilevare un gran numero di metaboliti simultaneamente, ma relativa quantificazione è influenzata dall&#39;effetto matrice e ioni soppressione / miglioramento. Tuttavia, un approccio simile è già stato utilizzato per descrivere la maturazione e appassimento post-raccolta di frutti di bosco Corvina, e ...

l&#39;analisi dei dati su larga scala basata sui genomi, la trascrittomica, proteomi e metabolomes di piante fornisce una visione senza precedenti sul comportamento di sistemi complessi, come ad esempio le caratteristiche terroir di vino che riflettono le interazioni tra piante di vite e il loro ambiente. Poiché il terroir di un vino può essere distinto anche quando cloni di vite identiche sono coltivate in vigneti diversi, l&#39;analisi genomica è di scarsa utilità, perché i genomi clonali sono identici. Invece è necessario esaminare le correlazioni tra l&#39;espressione genica e le proprietà metaboliche dei frutti di bosco, che determinano le caratteristiche qualitative del vino. L&#39;analisi dell&#39;espressione genica a livello delle prestazioni trascrittoma dalle proprietà chimiche simili di tutte le trascrizioni, che facilita l&#39;analisi quantitativa sfruttando caratteristiche universali come ibridazione di sonde immobilizzate su microarray. Al contrario, i metodi analitici universali proteomica unND metabolomica sono più difficili a causa della enorme diversità fisica e chimica delle singole proteine ​​e metaboliti. Nel caso di metabolomica questa diversità è ancora più estremo, perché i singoli metaboliti differiscono notevolmente in termini di dimensioni, la polarità, l&#39;abbondanza e la volatilità, in modo che nessun singolo processo di estrazione o metodo analitico offre un approccio olistico. Tra le piattaforme analitici adatti per i metaboliti non volatili, quelli basati sulla cromatografia liquida ad alta prestazione accoppiata alla spettrometria di massa (HPLC-MS) sono molto più sensibili rispetto alle alternative quali HPLC con raggi ultravioletti o diodi rivelatori a serie (HPLC-UV, HPLC-DAD ) o spettroscopia di risonanza magnetica nucleare (NMR), ma l&#39;analisi quantitativa mediante HPLC-MS può essere influenzata da fenomeni quali l&#39;effetto matrice e soppressione ionica / enhancement 1-3. L&#39;indagine di tali effetti durante l&#39;analisi di acini d&#39;uva Corvina mediante HPLC-MS utilizzando una sorgente di ionizzazione elettrospray (HPLC-ESI-MS), ha mostrato che gli zuccheri e le altre molecole con i tempi di ritenzione più bassi sono stati fortemente underreported, probabilmente riflette il gran numero di molecole in questa zona, e che l&#39;abbondanza di altre molecole potrebbe essere sottostimato, sopravvalutati o influenzato dalla effetto matrice , ma la normalizzazione dei dati per l&#39;effetto della matrice sembrava avere impatto limitato sul risultato 4,5 complessiva. Il metodo descritto nel presente documento è ottimizzato per l&#39;analisi dei metaboliti medio di polarità che si accumulano ad alti livelli nel acini d&#39;uva durante la maturazione, e che sono significativamente influenzato dal terroir. Essi comprendono antociani, flavonoli, flavan-3-oli, procianidine, altri flavonoidi, resveratrolo, stilbeni, acidi idrossicinnamici e acidi idrossibenzoici, che insieme determinano il colore, il gusto e le proprietà relative alla salute dei vini. Altri metaboliti, come gli zuccheri e acidi organici alifatici, vengono ignorati perché quantificazione mediante HPLC-MS non è affidabile a causa della matrice di effect e soppressione ionica fenomeni 5. All&#39;interno della gamma polarità selezionata con questo metodo, l&#39;approccio è non mirati in quanto mira a rilevare come molti metaboliti differenti possibili 6. Metodi trascrittomica che permettono di migliaia di trascrizioni di vite da monitorare simultaneamente sono facilitati dalla disponibilità della completa sequenza del genoma della vite 7,8. metodi trascrittomica I primi a base di high-throughput sequencing cDNA si sono evoluti con l&#39;avvento di sequenziamento di prossima generazione in un insieme di procedure note come tecnologia di RNA-Seq. Questo approccio sta rapidamente diventando il metodo di scelta per gli studi di trascrittomica. Tuttavia, un grande corpo di letteratura basata su microarray, che consentono di migliaia di trascrizioni da quantificare in parallelo per ibridazione, ha accumulato per vite. Infatti, prima di RNA-Seq è diventata una tecnologia mainstream, molte piattaforme di microarray commerciali dedicati erano statisviluppato permettendo vite trascrittoma da ispezionare in grande dettaglio. Tra la vasta gamma di piattaforme, solo due ammessi genome-wide analisi del trascrittoma 9. La matrice più evoluti consentito l&#39;ibridazione di un massimo di 12 campioni indipendenti su un unico dispositivo, riducendo così i costi di ogni esperimento. I 12 sub-array ciascuno composti 135.000 sonde 60-mer rappresentano 29,549 trascrizioni di vite. Questo dispositivo è stato utilizzato in un gran numero di studi 10-24. Queste due piattaforme sono state ormai fuori produzione, ma un nuovo microarray personalizzato è stato recentemente progettato e rappresenta uno sviluppo più recente in quanto contiene un numero ancora maggiore di sonde che rappresentano ulteriori geni di recente scoperta di vite 25. I set di dati di grandi dimensioni-vendita prodotti da trascrittomica e metabolomica analisi richiedono metodi statistici per l&#39;analisi dei dati, comprese le tecniche multivariate per determinare le correlazioni tra forma diversas di dati. Le tecniche multivariate più utilizzati sono quelli a base di proiezione, e questi possono essere sorvegliati, come ad esempio analisi delle componenti principali (PCA), o sotto la supervisione, come ad esempio bidirezionale proiezione ortogonale alle strutture latenti analisi discriminante (O2PLS-DA) 26. Il protocollo presentato in questo articolo utilizza PCA per l&#39;analisi dei dati esplorativi e O2PLS-DA per identificare le differenze tra gruppi di campioni.

<table><tbody><tr><td>Mill Grinder</td><td>IKA IKA</td><td>A11 autocampionatore</td> HPLC di base <td></td></tr><tr><td></td><td>Beckman Coulter</td><td>&nbsp;-</td><td>Sistema Gold 508 Autocampionatore</td></tr><tr><td>HPLC Sistema</td><td>Beckman Coulter</td><td>&nbsp;-</td><td>Sistema Gold 127 Modulo solvente HPLC</td></tr><tr><td>C18 Colonna di protezione</td><td>Grace</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (7,5 mm x 2,1 mm; 5 &mu; m) Colonna di protezione</td></tr><tr><td>C18 Colonna</td><td>Grace</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (150 mm x 2,1 mm; 3 &mu; m)</td></tr><tr><td>Spettrometro di Massa a Colonna</td><td>Bruker Daltonics</td><td>&nbsp;-</td><td>Bruker Esquire 6000; Lo spettrometro di massa era dotato di una sorgente ESI e l'analizzatore era una trappola ionica.</td></tr><tr><td>Solventi da estrazione e tamponi HPLC</td><td>Sigma</td><td>34966</td><td>Metanolo grado LC-MS</td></tr><tr><td>Sigma</td><td>94318</td><td>Acido formico grado LC-MS Sigma</td><td></td></tr><tr><td></td><td>34967</td><td>Acetonitrile grado LC-MS Sigma</td><td></td></tr><tr><td></td><td>39253</td><td>Acqua&nbsp; Filtri</td> per siringa Minisart RC 4 di grado <td></td>LC-MS</tr><tr><td>(0,2 &mu; m)</td><td>Sartorius</td><td>17764</td><td></td></tr><tr><td>Software per la raccolta e l'elaborazione dei dati (a) (b)</td><td>Bruker Daltonics-Bruker</td><td></td> <td>Daltonics Esquire 5.2 Controllo (a); Esquire 3.2 Analisi dei dati e software MzMine 2.2 (b)</td></tr><tr><td>Kit RNA totale Spectrum Plant</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>STRN250-1KT</td><td>Per l'estrazione di RNA totale dai pericarpi dell'uva</td></tr><tr><td>Nanodrop 1000</td><td>Thermo Scientific</td><td>1000</td><td></td></tr><tr><td>BioAnalyzer 2100</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939A</td><td></td></tr><tr><td>RNA 6000 Nano Reagents</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>Chip RNA</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Gene Expression Wash Buffer 1</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5325</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Gene Expression Wash Buffer 2</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5326</td><td></td></tr><tr><td>LowInput QuickAmp Labeling Kit</td><td>Agilent Technologies</td><td>monocolore 5190-2305</td><td></td></tr><tr><td>Kit RNA Spike In - Monocolore</td><td>Agilent Tecnologie</td><td>5188-5282</td><td></td></tr><tr><td>Kit di ibridazione dell'espressione</td><td>genica Agilent Technologies</td><td>5188-5242</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy Mini Kit (50)</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>Per la purificazione del cRNA</td></tr><tr><td>Agilent SurePrint HD 4X44K 60-mer Microarray</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2514F-048771&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>eArray</td><td>Agilent Technologies</td><td>-</td><td><a href="https://earray.chem.agilent.com/earray/">https://earray.chem.agilent.com/earray/</a></td></tr><tr><td>Guarnizioni guide</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2534-60012</td><td>Abilita Agilent SurePrint Microarray 4-array</td></tr><tr><td>Hybridization Bagno termostatico</td><td>Julabo-Hybridization</td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Chamber</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2534-60001</td><td></td></tr><tr><td>Forno di ibridazione per microarray</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2545A</td><td></td></tr><tr><td>Forno di ibridazione Rotator Rack</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60029</td><td></td></tr><tr><td>Asta di conversione per rotatore</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60030</td><td></td></tr><tr><td>Kit di colorazione</td><td>Bio-Optica</td><td>10-2000</td><td>Piatto per colorazione a vetrino e rack per vetrini</td></tr><tr><td>Agitatore magnetico</td><td>AREX Agitatore magnetico riscaldante</td><td>F20540163&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Forno termostatico</td><td>Thermo Scientific</td><td>Heraeus - 6030</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Scanner per microarray</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2565CA</td><td></td></tr><tr><td>Scanner a carosello, 48 posizioni</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60502</td><td></td></tr><tr><td>Supporti per vetrini</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60525</td><td></td></tr><tr><td>Software di estrazione delle caratteristiche v11.5</td><td>Agilent Tecnologie</td><td></td> <td>all'interno dello scanner Agilent Microarray G2565CA</td></tr><tr><td>SIMCA + V13 Software</td><td>Umetrics</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

il concetto terroir interpretato attraverso uva a bacca metabolomica e trascrittomica

The Terroir Concept Interpreted through Grape Berry Metabolomics and Transcriptomics

Terroir si riferisce alla combinazione di fattori ambientali che influenzano le caratteristiche delle colture quali vite (Vitis vinifera) in base a particolari habitat e pratiche di gestione. Questo articolo mostra come certe firme terroir possono essere rilevati nel metaboloma bacche e trascrittoma della Corvina vite cultivar utilizzando l&#39;analisi statistica multivariata. Il primo metodo richiede un piano di campionamento adeguato. In questo caso di studio, un clone specifico della cultivar Corvina è stato scelto per ridurre al minimo le differenze genetiche, ed i campioni sono stati raccolti da sette vigneti che rappresentano tre diverse macro-zone nel corso di tre diverse stagioni di crescita. Un approccio non mirati LC-MS metabolomica è raccomandato a causa della sua alta sensibilità, accompagnato da trattamento efficiente dei dati utilizzando il software MZmine e una strategia di identificazione metabolita sulla base dell&#39;analisi albero frammentazione. analisi del trascrittoma completa può essere effettuata mediante microarraycontenenti sonde copre ~ 99% di tutti i geni di vite previsti, consentendo l&#39;analisi simultanea di tutti i geni differenzialmente espressi nel contesto di diversi terroir. Infine, l&#39;analisi dei dati multivariati basato su metodi di proiezione può essere utilizzato per superare il forte effetto specifico epoca, permettendo ai metabolomica e dati trascrittomica da integrare e analizzati in dettaglio per identificare correlazioni informativi.

Il caso di studio descritto in questo articolo ha prodotto una matrice di dati finale comprendente 552 segnali (m / z caratteristiche) tra ioni molecolari più i loro isotopi, addotti e alcuni frammenti, relativamente quantificati tra i 189 campioni (7 vigneti x 3 stadi di maturazione x 3 stagioni di crescita x 3 repliche biologiche). Il numero totale di punti di dati è stato quindi 104.328. Analisi dell&#39;albero La frammentazione ha portato l&#39;annotazione di 282 funzioni <e...

Questo articolo descrive l&#39;applicazione di metabolomica non mirati, trascrittomica e l&#39;analisi statistica multivariata per le trascrizioni di bacche di uva e metaboliti al fine di ottenere una visione nel concetto terroir, vale a dire, l&#39;impatto dell&#39;ambiente sulla caratteristiche qualitative di bacche.

Il concetto Terroir interpretato attraverso uva a bacca Metabolomica e Trascrittomica

Terroir refers to the combination of environmental factors that affect the characteristics of crops such as grapevine (Vitis vinifera) according to ...

L'obiettivo generale di queste procedure sperimentali è osservare le diverse firme di terroir nel metaboloma e nel trascrittoma dell'acino del vitigno Corvina. Lo studio di caso descritto in questo articolo ha previsto la raccolta e l'analisi di campioni in tre stadi di maturazione provenienti da sette vigneti appartenenti a tre macrozone, monitorati per tre stagioni vegetative. Le tecniche descritte evidenziano il predominante effetto dell'annata sulla maturazione del metaboloma dell'acino.Sono state inoltre identificate chiare firme chimiche specifiche rappresentative delle tre macrozone nelle bacche mature. La firma del terroir a livello di macrozona è stata rivelata utilizzando opportune tecniche statistiche come la PCA, ovvero l'analisi delle componenti principali, e l'auto BLSDA, ovvero la proiezione ortogonale bidirezionale per rilevare strutture dominanti, analisi discreta, per analizzare sia la matrice di dati transcriptomici che quella metabolomici. Dall'altro lato, le differenze tra singoli vigneti sono più sottili e richiedono anche approcci statistici più sofisticati e sensibili.Iniziare l'esperimento sviluppando un piano di campionamento appropriato. Assicurarsi che i

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La spettrometria di massa consente un'analisi ad alta sensibilità, rapida e non invasiva dei composti organici volatili. Per dimostrare il suo potenziale, forniamo tre esempi: fermentazione dell'acido lattico dello yogurt (monitoraggio on-line del bioprocesso), diversi genotipi di mela (screening su larga scala) e spazio retronasale dopo aver bevuto caffè (analisi dello spazio nasale).

PTR-ToF-MS accoppiato con un sistema di campionamento automatizzato e analisi dei dati su misura per gli studi alimentari: monitoraggio del bioprocesso, screening e analisi dello spazio del naso

Questo protocollo descrive una procedura sperimentale per in modo completo e quantitativamente studiare il metabolismo di più fonti di nutrienti. Questo flusso di lavoro, basato su una combinazione di tracciante isotopico esperimenti e una procedura analitica, permette il destino dei nutrienti consumati e l'origine metabolica delle molecole sintetizzate da microrganismi deve essere determinato.

Flusso di lavoro basato sulla combinazione di tracciante isotopico esperimenti per studiare il metabolismo microbico di più fonti di nutrienti

Questo articolo descrive la procedura per l'identificazione e la caratterizzazione di una famiglia di geni a grapevine applicato alla famiglia di Arabidopsis Tóxicos in Levadura (ATL) E3 ubiquitina ligasi.

Flusso di lavoro globale per l'identificazione del genoma e la Meta-analisi di espressione della famiglia genica ATL E3 ubiquitina ligasi a Grapevine

Qui, presentiamo un protocollo per descrivere la metagenomica degli ampliconi per determinare la comunità batterica dell'uva Traminette, dell'uva in fermentazione e del vino finale.

Profilazione della comunità batterica dell'uva traminette in fermentazione durante la produzione del vino utilizzando il sequenziamento metagenomico degli ampliconi

In questo manoscritto, descriviamo un protocollo per esaminare funzionalmente la trascrizione e l'attività inibitoria di agenti antibatterici che mirano alla trascrizione batterica.

In vitro trascrizione saggi e la loro applicazione in Drug Discovery

La mosca mediterranea della frutta (medfly) Ceratitis capitata (Diptera: Tephritidae) è un parassita dell'agricoltura mondiale. Una comprensione più profonda della sua biologia è fondamentale per controllare le popolazioni di mosche e quindi ridurre l'impatto economico. La microiniezione di embrioni è uno strumento fondamentale che consente sia la trasformazione della linea germinale che gli studi di genetica inversa in questa specie.

Consegna degli acidi nucleici attraverso Embrione microiniezione in tutto il mondo agricolo parassita,<em&gt; Capitata Ceratitis</em

Questo protocollo delinea un flusso di lavoro comparativo de novo per l'assemblaggio e l'annotazione del trascrittoma per i bioinformatici alle prime armi. Il flusso di lavoro è disponibile gratuitamente tramite CyVerse e collegato dal Data Store. Vengono utilizzate la riga di comando e le interfacce utente grafiche, ma tutto il codice necessario è disponibile per il copia e incolla.

Utilizzare risorse CyVerse per<em&gt; De Novo</em&gt; Transcriptomics comparativi degli organismi non sottoposti a modellazione (non modello)

Studiare canali ionici, attraverso un sistema di espressione eterologhi è diventata una tecnica di base nella ricerca biomedica. In questo manoscritto, presentiamo un metodo efficiente tempo per realizzare canali ionici strettamente controllato eseguendo trasfezione transiente sotto il controllo di un promotore inducibile.

Controllabile Espressione Ion Canale attraverso inducibile trasfezione transiente

Galaxy e David sono emersi come strumenti popolari che permettono ai ricercatori senza formazione bioinformatica per analizzare e interpretare i dati di RNA-Seq. Descriviamo un protocollo per la C. elegans ai ricercatori di effettuare RNA-Seq esperimenti, l'accesso ed elaborare il set di dati utilizzando Galaxy e ottenere informazioni biologiche significative dalle liste di geni con David.

Analisi trascrittomica di<em&gt; C</em&gt;.<em&gt; elegans</em&gt; RNA Sequencing dati attraverso la suite Tuxedo sul Progetto Galaxy

Questo articolo viene illustrato un protocollo dettagliato per isolamento di DNA e la costruzione della libreria sequenziamento ad alte prestazioni da materiale di erbario tra cui salvataggio di eccezionalmente scarsa qualità del DNA.

Isolamento del DNA robusto e costruzione della libreria High-throughput sequenziamento per campioni di erbario

Scopri come analizzare le firme del terroir nelle bacche di uva Corvina attraverso metabolomica e trascrittomica non mirate. Questo metodo rivela l'impatto delle macrozone ambientali sulla qualità del vino.

Il concetto Terroir interpretato attraverso uva a bacca Metabolomica e Trascrittomica

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