Name: Lutilizzo di una cartuccia filtrante per filtrazione di acqua campioni ed estrazione di DNA ambientale (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-11-25T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 4 s
Description: Impara a filtrare campioni d'acqua con una cartuccia filtrante per estrarre DNA ambientale senza aprire l'alloggiamento. Questo metodo supporta il metabarcoding di organismi acquatici e il monitoraggio della biodiversità in modo sterile.

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Questo studio è stato supportato come ricerca di base da CREST dall'Agenzia giapponese per la scienza e la tecnologia (JST) e da sovvenzioni da JSPS/MEXT KAKENHI (Number 26291083) e dalla Canon Foundation a M.M. I finanziatori non hanno avuto alcun ruolo nella progettazione dello studio, nella raccolta e nell'analisi dei dati, nella decisione di pubblicare o nella preparazione del manoscritto.

NOTA: Questo protocollo non si occupa di metodi di campionamento e di acqua metabarcoding. L&#39;acqua può essere campionato in modi diversi a seconda fini di studio 16 e vedere Miya et al. 12 per i dettagli sui metodi metabarcoding utilizzando primer MiFish. Si noti che l&#39;acqua campione deve essere mantenuto molto freddo e filtrato entro poche ore per evitare la degradazione di Edna. Si noti inoltre che questo protocollo prevede l&#39;utilizzo di un agitatore rotativo e un incubatore, e quest&#39;ultimo deve essere sufficientemente grande per accogliere il primo. Inoltre, una centrifuga che può ospitare anche 15 ml e 50 ml provette coniche è indispensabile per rimuovere il liquido residuo dal filtro post-filtrazione e raccogliere DNA estratto all&#39;interno della cartuccia, rispettivamente. 1. Elaborazione di un tappo a vite e di un sacchetto di plastica L 1 NOTA: Saltare questo punto se il volume di filtrazione è&gt; 4 L. <ol><li> Praticare un foro attraverso il centro di una vite cap (attaccato ad un sacchetto di plastica 1 L getta) con lo stesso diametro (4,8 mm) come il tubo sporgente da un connettore luer lock maschio. Utilizzando pinze diagonali, accorciare il tubo del connettore luer lock maschio per una lunghezza appropriata (ca. 3 mm) per evitare l&#39;intasamento di una piccola quantità di acqua all&#39;interno del tappo dopo filtrazione. </li><li> Applicare una colla adesiva specializzata per il polietilene (PE) e polipropilene (PP) sia al fondo e la superficie del connettore luer lock maschio e tappo a vite, rispettivamente. Attendere qualche minuto per una buona tecnica di incollaggio (consultare le istruzioni del produttore). </li><li> Inserire il connettore luer lock maschio nel foro del tappo a vite. Attendere fino a completa incollaggio delle due parti (di solito&gt; 24 ore). Sterilizzare il tappo a vite con il connettore luer lock maschio con il 10% di candeggina commerciale (ca. 0,6% di sodio ipoclorito) prima dell&#39;uso. </li><li> Punzone due fori ai due angoli inferiori del sacchetto di plastica 1 L per appendere da un mesPannello h (fase 3). Assicurarsi che il diametro dei fori è maggiore di quella dei rebbi sul pannello mesh. </li></ol> 2. Montaggio del sistema di filtrazione <ol><li> Attaccare alta tubo vuoto al connettore di ingresso di una pompa di aspirazione e collegare l&#39;altra estremità del tubo ad un collettore. Assicurarsi che i tre rossi t-valvole del collettore sono in posizione &quot;off&quot; (cioè orizzontale). </li><li> Indossare un set pulito di guanti, inserire un luer raccordo femmina e un connettore vuoto alle estremità superiore e inferiore del tubo di gomma a vuoto per filtrazione, rispettivamente. </li><li> Fissare accuratamente raccordo luer femmina a una luce di uscita della cartuccia del filtro e collegare il connettore vuoto per un tappo di silicone. </li></ol> 3. Filtrazione di campioni d&#39;acqua (≤4 L) utilizza la cartuccia filtro NOTA: Saltare questo punto se il volume di filtrazione è&gt; 4 L. Questo sistema di filtrazione richiede un pannello autoportante Fo appendere il sacchetto di plastica riempito con 1 L di acqua. Un pannello a maglie, più poli, e uno stand per il pannello, tutti disponibili da negozi online, sarebbe utile per l&#39;assemblaggio di questa unità. Autoclave entrata e uscita tappi luer per la cartuccia del filtro prima dell&#39;uso. <ol><li> Versare l&#39;acqua campionata 1 L nel sacchetto di plastica e chiudere il tappo a vite con il connettore luer lock maschio. </li><li> collegare cautela una luce di ingresso della cartuccia filtrante assemblato con il connettore luer lock maschio del sacchetto di plastica. Non stringere eccessivamente il connettore luer-lock; altrimenti l&#39;unità colerà volta il pompaggio inizia. Assicurarsi che tutti i collegamenti siano sicuri prima di appendere il sacchetto di plastica da un pannello a rete. </li><li> appendere cautela il sacchetto di plastica con la cartuccia filtrante da due rebbi sul pannello di rete e inserire un tappo di silicone in una porta di ingresso del collettore. </li><li> Accendere l&#39;aspiratore. Aprire le t-valvole rosse per la filtrazione. Eseguire il collettore finché la cartuccia del filtro è asciutto, tgallina girare la t-valvola rossa in posizione off. </li><li> Ripetere 3,1-3,4 passi fino a quando è filtrata la quantità desiderata di acqua. NOTA: per 1 L di acqua prelevata dalle barriere coralline subtropicali, ci vogliono circa tre minuti per la filtrazione. </li><li> Rimuovere con cautela la cartuccia del filtro dal sacchetto di plastica e il connettore del vuoto. </li><li> Cap entrambe le estremità della cartuccia con i tappi luer ingresso e di uscita. </li><li> Etichettare il tappo della cartuccia e luer ingresso appropriato utilizzando una penna a prova di solvente per asciugatura rapida ed etichettatura, non grasso. </li><li> Conservare la cartuccia del filtro a -20 C prima estrazione del DNA. </li></ol> 4. filtrazione di acqua (&gt; 4 L) I campioni utilizza la cartuccia filtro Nota: Ignorare questo passaggio se il volume di filtrazione dell&#39;acqua è ≤4 L. Questo sistema di filtrazione richiede una bottiglia libro 10 L dotato di una valvola e un usa e getta punta da 10 ml pipetta. Un diametro interno di 10 ml pipetta punta (15,0 mm) e conicità della puntaend dovrebbe adattarsi ad un diametro esterno della valvola (15,0 mm) e la porta di ingresso della cartuccia filtrante, rispettivamente. Entrambi i collegamenti vengono mantenuti in modo sicuro durante la filtrazione in un impeto di attrito. Sterilizzare la punta della pipetta con candeggina commerciale del 10% (circa 0,6% di ipoclorito di sodio) prima dell&#39;uso. <ol><li> Preparare una quantità adeguata di acqua campionata in bottiglia libro. Inserire saldamente la punta della pipetta 10 ml nella valvola di 10 L bottiglia libro. </li><li> inserire strettamente la luce di uscita della cartuccia filtrante nell&#39;estremità punta della pipetta e inserire il tappo di silicone nella porta di ingresso del collettore. Accendere l&#39;aspiratore. Aprire le t-valvole rosse per la filtrazione. Eseguire il collettore fino a quando la cartuccia del filtro è asciutto, quindi ruotare la t-valvola rossa in posizione off. NOTA: per 10 L di acqua di mare prelevata dalla subtropicali barriere coralline esterne, ci vogliono circa 30-40 minuti per la filtrazione. </li><li> Rimuovere con cautela la cartuccia del filtro dal sacchetto di plastica e il connettore del vuoto. Cap entrambiestremità della cartuccia con i tappi luer ingresso e di uscita. Etichettare il tappo della cartuccia e luer ingresso appropriato utilizzando una penna a prova di solvente per asciugatura rapida ed etichettatura, non grasso. Conservare la cartuccia del filtro a -20 ° C prima dell&#39;estrazione del DNA. </li></ol> 5. Estrazione di Edna dal filtro NOTA: in punti 4 e 5, si usa un kit commerciale, in gran parte a seguito di un protocollo per &quot;sangue nucleate&quot; fornito dal kit. Per semplicità, si descrive la procedura per l&#39;elaborazione di una cartuccia singola. In pratica, si consiglia di elaborazione 8 (o il numero massimo della centrifuga) o meno filtri alla volta. <ol><li> Preriscaldare un incubatore a 56 ° C. </li><li> Preparare una provetta 2,0 ml tagliando il tappo incernierato dal tubo. Eliminare il tappo. NOTA: Questo tubo viene utilizzato come un tubo di raccolta per il liquido rimasto nel filtro. </li><li> Rimuovere l&#39;ingresso (NOT uscita) tappo luer dalla cartuccia del filtro e inserirlo il foro di entratanto il tubo di raccolta. Strettamente sigillare un collegamento tra il tubo della cartuccia e la raccolta utilizzando una pellicola autosigillante. </li><li> Inserire l&#39;unità combinata in un adattatore per centrifugare per un tubo da 15 ml. Centrifugare la cartuccia a 5.000 xg per 1 min per rimuovere il liquido rimanente nel filtro. </li><li> Rimuovere il tubo di raccolta dalla cartuccia del filtro e gettare il tubo. Re-cap porta di ingresso della cartuccia. </li><li> Preparare una miscela di 20 ml soluzione di proteinasi-K, 220 ml di PBS (tampone fosfato salino, non fornito dal kit) e 200 microlitri di buffer AL. NOTA: La cartuccia del filtro può ospitare fino a quattro volte i volumi della miscela (. Circa 1,8 ml). </li><li> Togliere il tappo di ingresso e aggiungere la miscela (440 ml) nella cartuccia filtro con un puntale. Inserire la pipetta completamente nella porta di ingresso in modo che la punta della pipetta è visibile all&#39;interno della cartuccia appena sopra la membrana. </li><li> Re-cap porta di ingresso e posizionare la macchina del filtrocartuccia in un agitatore rotativo. </li><li> Posizionare rotativo nell&#39;incubatrice preriscaldato a 56 ˚C e accendere l&#39;agitatore ad una velocità di 20 rpm per 20 min. </li><li> Durante l&#39;incubazione, preparare un nuovo tubo di 2,0 ml, etichettare il tubo in modo appropriato con una penna resistente ai solventi e metterlo in un tubo conico da 50 ml. NOTA: I primi (2,0 ml) e quest&#39;ultimo tubi (50 ml) vengono utilizzati per la raccolta del DNA estratto e per trattenere il tubo 2,0 ml, rispettivamente. </li><li> Dopo l&#39;incubazione, rimuovere il tappo di ingresso e inserire l&#39;ingresso (NOT uscita) porta della cartuccia nel tubo 2,0 ml nel tubo conico 50 ml. Chiudere il tubo conico da 50 ml con tappo a vite. </li><li> Centrifugare la provetta conica da 50 ml a 5.000 xg per 1 min per raccogliere il DNA estratto dalla cartuccia. Rimuovere la cartuccia del filtro e il tubo di 2,0 ml con pinze sterili e tappare la provetta. Eliminare la cartuccia del filtro. </li></ol> 6. La purificazione del DNA estratto NOTA: eluire Edna con 100 microlitri di buffer AE invece di 200 microlitri specificati nel manuale del kit commerciale. <ol><li> Aggiungere 200 ml di etanolo (96-100%) per il DNA estratto nel tubo da 2,0 ml dal gradino sopra (circa 440 ml), e mescolare bene nel vortex. </li><li> Preparare la miscela in una colonna di spin collocato in un tubo di raccolta da 2 ml. Centrifugare a 5.000 g per 1 min. Gettare il flow-through e il tubo di raccolta. </li><li> Porre la colonna di spin in una nuova 2 ml tubo di raccolta, aggiungere 500 microlitri tampone AW1, e centrifugare per 1 min a 5.000 x g. Gettare il flow-through e il tubo di raccolta. </li><li> Porre la colonna di spin in una nuova 2 ml tubo di raccolta, aggiungere 500 microlitri tampone AW2, e centrifugare per 3 minuti a 20.000 x g. Gettare il flow-through e il tubo di raccolta. </li><li> Preparare una nuova provetta da 1,5 ml (non fornito dal kit) ed etichettare il tubo in modo appropriato con una penna impermeabile per asciugatura rapida ed etichettatura, non grasso. Trasferire la colonna di spin to il tubo di 1,5 ml. </li><li> Eluire il DNA aggiungendo 100 microlitri tampone AE al centro della membrana Spin Column. Incubare per 1 min a temperatura ambiente, quindi si centrifuga a 6000 xg per 1 min. </li><li> Eliminare la colonna di spin e tappare la provetta. Conservare il DNA purificato a -20 ° C. </li></ol>

<ol><li>Takahara, T., Minamoto, T., Doi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+environmental+DNA+to+estimate+the+distribution+of+an+invasive+fish+species+in+ponds%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Using environmental DNA to estimate the distribution of an invasive fish species in ponds.</a> PLoS ONE. 8, e56584(2013).</li>
<li>Takahara, T., Minamoto, T., Yamanaka, H., Doi, H., Kawabata, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Estimation+of+fish+biomass+using+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Estimation of fish biomass using environmental DNA.</a> PLoS ONE. 7, e35868(2012).</li>
<li>Sigsgaard, E. E., Carl, H., Møller, P. R., Thomsen, P. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Monitoring+the+near-extinct+European+weather+loach+in+Denmark+based+on+environmental+DNA+from+water+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Biol.+Conserv%22%5BJournal%5D)">Monitoring the near-extinct European weather loach in Denmark based on environmental DNA from water samples.</a> Biol. Conserv. 183, 48-52 (2015).</li>
<li>Jerde, C. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+Asian+carp+DNA+as+part+of+a+Great+Lakes+basin-wide+surveillance+program%5BTitle%5D)+AND+%22Can.+J.+Fish.+Aquat.+Sci%22%5BJournal%5D)">Detection of Asian carp DNA as part of a Great Lakes basin-wide surveillance program.</a> Can. J. Fish. Aquat. Sci. 70, 522-526 (2013).</li>
<li>Jerde, C. L., Mahon, A. R., Chadderton, W. L., Lodge, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((%26%2334%3BSight-unseen%26%2334%3B+detection+of+rare+aquatic+species+using+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Conserv.+Lett%22%5BJournal%5D)">&#34;Sight-unseen&#34; detection of rare aquatic species using environmental DNA.</a> Conserv. Lett. 4, 150-157 (2011).</li>
<li>Mahon, A. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Validation+of+eDNA+surveillance+sensitivity+for+detection+of+Asian+carps+in+controlled+and+field+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Validation of eDNA surveillance sensitivity for detection of Asian carps in controlled and field experiments.</a> PLoS ONE. 8, e58316(2013).</li>
<li>Minamoto, T., Yamanaka, H., Takahara, T., Honjo, M. N., Kawabata, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Surveillance+of+fish+species+composition+using+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Limnology%22%5BJournal%5D)">Surveillance of fish species composition using environmental DNA.</a> Limnology. 13, 193-197 (2012).</li>
<li>Keskin, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+invasive+freshwater+fish+species+using+environmental+DNA+survey%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem.+Syst.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Detection of invasive freshwater fish species using environmental DNA survey.</a> Biochem. Syst. Ecol. 56, 68-74 (2014).</li>
<li>Wilcox, T. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Robust+detection+of+rare+species+using+environmental+DNA%3A+the+importance+of+primer+specificity%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Robust detection of rare species using environmental DNA: the importance of primer specificity.</a> PLoS ONE. 8, e59520(2013).</li>
<li>Thomsen, P. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+a+diverse+marine+fish+fauna+using+environmental+DNA+from+seawater+samples%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Detection of a diverse marine fish fauna using environmental DNA from seawater samples.</a> PLoS ONE. 7, e41732(2012).</li>
<li>Kelly, R. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Harnessing+DNA+to+improve+environmental+management%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Harnessing DNA to improve environmental management.</a> Science. 344, 1455-1456 (2014).</li>
<li>Miya, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mifish%2C+a+set+of+universal+PCR+primers+for+metabarcoding+environmental+DNA+from+fishes%3A+detection+of+more+than+230+subtropical+marine+species%5BTitle%5D)+AND+%22Roy.+Soc.+Open+Sci%22%5BJournal%5D)">Mifish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA from fishes: detection of more than 230 subtropical marine species.</a> Roy. Soc. Open Sci. 2, 150088(2015).</li>
<li>Port, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessing+vertebrate+biodiversity+in+a+kelp+forest+ecosystem+using+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Assessing vertebrate biodiversity in a kelp forest ecosystem using environmental DNA.</a> Mol. Ecol. 25, 527-541 (2015).</li>
<li>Yamamoto, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+provides+a+%27snapshot%27+of+fish+distribution%3A+a+case+study+of+Japanese+jack+mackerel+in+Maizuru+Bay%2C+Sea+of+Japan%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA provides a 'snapshot' of fish distribution: a case study of Japanese jack mackerel in Maizuru Bay, Sea of Japan.</a> PLoS ONE. 11, e0149786(2016).</li>
<li>Valentini, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Next+generation+monitoring+of+aquatic+biodiversity+using+environmental+DNA+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Next generation monitoring of aquatic biodiversity using environmental DNA metabarcoding.</a> Mol. Ecol. 25, 929-942 (2016).</li>
<li>Rees, H. C., Maddison, B. C., Middleditch, D. J., Patmore, J. R., Gough, K. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Review%3A+The+detection+of+aquatic+animal+species+using+environmental+DNA+-+a+review+of+eDNA+as+a+survey+tool+in+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Appl.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Review: The detection of aquatic animal species using environmental DNA - a review of eDNA as a survey tool in ecology.</a> J. Appl. Ecol. 51, 1450-1459 (2014).</li>
<li>Stewart, F. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aStewart%2C+FJ+%22Microbial+metagenomics%2C+Metatranscriptomics%2C+and+metaprotenomics+Vol.+531+Methods+in+Enzymology%22">Microbial metagenomics, Metatranscriptomics, and metaprotenomics Vol. 531 Methods in Enzymology</a>. DeLong, E. E. 10, Elsevier. Ch. 10 187-218 (2013).</li>
<li>Walsh, D. A., Zaikova, E., Hallam, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large+volume+%2820L%2B%29+filtration+of+coastal+seawater+samples%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Large volume (20L+) filtration of coastal seawater samples.</a> J Vis Exp. (28), e1161(2009).</li>
<li>Smalla, K. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSmalla%2C+K+%22Molecular+Microbial+Ecology+Manual%22">Molecular Microbial Ecology Manual</a>. Akkermans, D. L., Elsas, J. D., Bruijn, F. J. , Springer. 13-22 (1995).</li>
<li>Thomsen, P. F., Willerslev, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+-+An+emerging+tool+in+conservation+for+monitoring+past+and+present+biodiversity%5BTitle%5D)+AND+%22Biol.+Conserv%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA - An emerging tool in conservation for monitoring past and present biodiversity.</a> Biol. Conserv. 183, 4-18 (2014).</li>
<li>Pedersen, M. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ancient+and+modern+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Phil.+Trans.+R.+Soc.+B%22%5BJournal%5D)">Ancient and modern environmental DNA.</a> Phil. Trans. R. Soc. B. 370, 20130383(2015).</li>
<li>Fukumoto, S., Ushimaru, A., Minamoto, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+basin+scale+application+of+environmental+DNA+assessment+for+rare+endemic+species+and+closely+related+exotic+species+in+rivers%3A+a+case+study+of+giant+salamanders+in+Japan%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Appl.+Ecol%22%5BJournal%5D)">A basin scale application of environmental DNA assessment for rare endemic species and closely related exotic species in rivers: a case study of giant salamanders in Japan.</a> J. Appl. Ecol. 52, 358-365 (2015).</li>
<li>Yamanaka, H., Minamoto, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+environmental+DNA+of+fishes+as+an+efficient+method+of+determining+habitat+connectivity%5BTitle%5D)+AND+%22Ecol.+Indicators%22%5BJournal%5D)">The use of environmental DNA of fishes as an efficient method of determining habitat connectivity.</a> Ecol. Indicators. 62, 147-153 (2016).</li>
<li>Moss, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ciliated+protists+from+the+nepheloid+layer+and+water+column+of+sites+affected+by+the+Deepwater+Horizon+oil+spill+in+the+Northeastern+Gulf+of+Mexico%5BTitle%5D)+AND+%22Deep+Sea+Res.+Pt+I%22%5BJournal%5D)">Ciliated protists from the nepheloid layer and water column of sites affected by the Deepwater Horizon oil spill in the Northeastern Gulf of Mexico.</a> Deep Sea Res. Pt I. 106, 85-96 (2015).</li>
<li>Hilton, J. A., Satinsky, B. M., Doherty, M., Zielinski, B., Zehr, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metatranscriptomics+of+N2-fixing+cyanobacteria+in+the+Amazon+River+plume%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+journal%22%5BJournal%5D)">Metatranscriptomics of N2-fixing cyanobacteria in the Amazon River plume.</a> The ISME journal. 9, 1557-1569 (2015).</li>
<li>Deiner, K., Walser, J. -C., Mächler, E., Altermatt, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Choice+of+capture+and+extraction+methods+affect+detection+of+freshwater+biodiversity+from+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Biol.+Conserv%22%5BJournal%5D)">Choice of capture and extraction methods affect detection of freshwater biodiversity from environmental DNA.</a> Biol. Conserv. 183, 53-63 (2015).</li>
<li>Eichmiller, J. J., Miller, L. M., Sorensen, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimizing+techniques+to+capture+and+extract+environmental+DNA+for+detection+and+quantification+of+fish%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Ecol.+Res%22%5BJournal%5D)">Optimizing techniques to capture and extract environmental DNA for detection and quantification of fish.</a> Mol. Ecol. Res. 16, 56-68 (2016).</li>
<li>Lemarchand, K., Pollet, T., Lessard, V., Badri, M. A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLemarchand%2C+K+%22Sample+Preparation+Techniques+for+Soil%2C+Plant%2C+and+Animal+Samples%27Springer+Protocols+Handbooks%22">Sample Preparation Techniques for Soil, Plant, and Animal Samples'Springer Protocols Handbooks</a>. Micic, M. , Springer. 325-339 (2016).</li>
<li>Turner, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Particle+size+distribution+and+optimal+capture+of+aqueous+macrobial+eDNA%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Ecol.+Evol%22%5BJournal%5D)">Particle size distribution and optimal capture of aqueous macrobial eDNA.</a> Methods Ecol. Evol. 5, 676-684 (2014).</li>
<li>Barnes, M. A., Turner, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ecology+of+environmental+DNA+and+implications+for+conservation+genetics%5BTitle%5D)+AND+%22Conserv.+Genet%22%5BJournal%5D)">The ecology of environmental DNA and implications for conservation genetics.</a> Conserv. Genet. 17, 1-17 (2016).</li>
<li>Sorokulova, I., Olsen, E., Vodyanoy, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biopolymers+for+sample+collection%2C+protection%2C+and+preservation%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Microbiol.+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Biopolymers for sample collection, protection, and preservation.</a> Appl. Microbiol. Biotechnol. 99, 5397-5406 (2015).</li>
<li>Renshaw, M. A., Olds, B. P., Jerde, C. L., McVeigh, M. M., Lodge, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+room+temperature+preservation+of+filtered+environmental+DNA+samples+and+assimilation+into+a+Phenol-Chloroform-Isoamyl+alcohol+DNA+extraction%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Ecol.+Res%22%5BJournal%5D)">The room temperature preservation of filtered environmental DNA samples and assimilation into a Phenol-Chloroform-Isoamyl alcohol DNA extraction.</a> Mol. Ecol. Res. 2014, (2014).</li>
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Gli autori non hanno nulla da rivelare.

In molti studi metabarcoding utilizzando campioni ambientali come l&#39;acqua e il suolo, il trattamento post-filtrazione della cartuccia filtrante è generalmente come segue 24,25: 1) taglio aperto e screpolature della custodia con utensili manuali (taglio per tubi o pinze); 2) la rimozione del filtro dalla cartuccia; e 3) taglio del filtro in piccoli pezzi con una lametta per l&#39;estrazione del DNA. Per evitare tali diversi metodi di estrazione del DNA ingombrante e richiede tempo procedure che sono sogget...

DNA ambientale (Edna) in ambienti acquatici si riferisce a materiale genetico trovato nella colonna d&#39;acqua. Recenti studi hanno dimostrato l&#39;utilità di Edna per la rilevazione di pesci da vari ambienti acquatici, tra stagni, fiumi 1-3 4-8, torrenti 9, e l&#39;acqua di mare 10-14. La maggior parte di questi studi si sono concentrati sulla individuazione di un unico o pochi invasivo 1,4-6,8,14 e rare o minacciate specie di 3,9, mentre alcuni studi recenti hanno tentato il rilevamento simultaneo di più specie in comunità ittiche locali 7,9, 12,13,15 e mesocosmi 11,12. Quest&#39;ultimo approccio è chiamato &quot;metabarcoding&quot; e Edna metabarcoding utilizza uno o più set di primer PCR per coamplify una regione del gene attraverso campioni tassonomicamente diversi. Questo è seguito da preparazione biblioteca indicizzazione e aggiunta adattatore, e le librerie indicizzati sono analizzate per un high-throughput sequenziamento parallelopiattaforma. Recentemente Miya et al. 12 hanno sviluppato universali primer PCR per metabarcoding Edna dai pesci (chiamati &quot;MiFish&quot;). I primer MiFish bersaglio una regione ipervariabile della mitocondriale 12S rRNA gene (163-185 bp), che contiene informazioni sufficienti per identificare i pesci alla famiglia tassonomica, genere e specie ad eccezione di alcuni congeneri strettamente correlati. Con l&#39;uso di questi primer a Edna metabarcoding, Miya et al. 12 rilevati più di 230 specie marine subtropicali da acquari con noti composizione delle specie e barriere coralline vicino l&#39;acquario. Mentre l&#39;ottimizzazione del protocollo metabarcoding per accogliere l&#39;acqua di mare naturale, con livelli di concentrazione Edna dai pesci varia, abbiamo notato che i primer MiFish di tanto in tanto non è riuscito a amplificare la regione di destinazione per la successiva preparazione biblioteca. Uno dei motivi più probabili per questo l&#39;amplificazione PCR infruttuoso è la mancanza di adeguate quantità di Template DNA contenuto in piccoli volumi di acqua filtrata (cioè 1-2 L). Anche se la concentrazione Edna da uno specifico gruppo tassonomico è inconoscibile prima l&#39;amplificazione, la filtrazione di grandi volumi d&#39;acqua (&gt; 1-2 L) sarebbe un mezzo semplice ed efficace per raccogliere più Edna dagli ambienti acquatici con scarsa abbondanza di pesce e la biomassa, come ad esempio open-mare e in acque profonde ecosistemi. Rispetto al filtri in fibra disco convenzionalmente utilizzato in un certo numero di ricerca pesci Edna 16, cartucce filtranti hanno il vantaggio di ospitare volumi idrici grandi prima intasamento 17. In realtà, un recente studio ha dimostrato grande volume (&gt; 20 L) filtrazione di campioni di acqua di mare costiere che utilizzano cartucce filtranti 18. Inoltre, essi sono confezionati singolarmente e sterile, e diversi passaggi del flusso di lavoro sperimentale possono essere eseguite nell&#39;alloggiamento del filtro, riducendo così la probabilità di contaminazione da laboratorio 19. L&#39;ultimocaratteristica è fondamentale per Edna metabarcoding, in cui il rischio di contaminazione rimane tra le più grandi sfide sperimentale 20,21. Nonostante questi vantaggi tecnici di cartucce filtranti, non è stato utilizzato in studi Edna di pesci con due eccezioni 8,15. Qui forniamo un protocollo per la filtrazione dei campioni di acqua con la cartuccia del filtro e l&#39;estrazione di Edna dal filtro senza dover tagliare aprire l&#39;alloggiamento. Forniamo anche due sistemi di filtrazione dell&#39;acqua alternativi a seconda dei volumi d&#39;acqua (≤4 L o&gt; 4 L). Per confrontare le prestazioni del protocollo di nuova concezione e un protocollo precedentemente utilizzato utilizzando un filtro in fibra di vetro nel nostro gruppo di ricerca 12,14,22,23, eseguiamo Edna metabarcoding analisi di acqua di mare da un serbatoio acquario enorme (7.500 m 3 ) con nota composizione delle specie, e visualizza il numero di specie rilevate derivati ​​dai due protocolli come risultati rappresentativi. Questo protocollo hcome stato sviluppato per la metabarcoding Edna dai pesci, ma è anche applicabile ad Edna da altri organismi.

<table><tbody><tr><td>Pannello in rete</td><td>Iris Ohyama</td><td>MPP-3060-BE</td><td></td></tr><tr><td>Polo in metallo</td><td>Iris Ohyama</td><td>MR12F</td><td></td></tr><tr><td>Supporto per il pannello in rete</td><td>N. marca</td><td>4184-9507</td><td>disponibile su Amazon Giappone</td></tr><tr><td>Sacchetto di plastica da 1 L con tappo a vite</td><td>Yanagi</td><td>DP16-TN1000</td><td></td></tr><tr><td>Connettore luer-lock maschio</td><td>ISIS</td><td>11620</td><td></td></tr><tr><td>Puntale per pipetta da 10 ml</td><td>Eppendorf</td><td>0030 000.765</td><td></td></tr><tr><td>Bottiglia libro da 10 L con valvola</td><td>As One</td><td>1-2169-01</td><td></td></tr><tr><td>Filtro Sterivex-HV</td><td>Millipore</td><td>SVHVL10RC</td><td>indicato come "cartuccia filtrante" in tutto il ms e utilizzato nel protocollo</td></tr><tr><td>Raccordo luer maschio</td><td>As One</td><td>1-7379-04</td><td></td></tr><tr><td>Raccordo luer femmina</td><td>As One</td><td>5-1043-14&nbsp; &nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Tappo luer di ingresso</td><td>ISIS</td><td>VRMP6</td><td></td></tr><tr><td>Tappo luer di uscita</td><td>ISIS</td><td>VRFP6</td><td></td></tr><tr><td>Tubo ad alto vuoto</td><td>As One</td><td>6-590-01</td><td></td></tr><tr><td>Connettore per vuoto</td><td>As One</td><td>6-663-02</td><td></td></tr><tr><td>Tappo in silicone</td><td>As One</td><td>1-7650-07</td><td></td></tr><tr><td>Collettore</td><td>As One</td><td>2-258-01</td><td></td></tr><tr><td>Aspiratore-GAS-1</td><td>As One</td><td>1-7483-21</td><td></td></tr><tr><td>DNeasy Blood & Kit di tessuti (250)</td><td>Qiagen</td><td>69506</td><td></td></tr><tr><td>PowerWater Sterivex Kit di isolamento del DNA</td><td>MO BIO</td><td>14600-50-NF</td><td>indicato come "kit opzionale" nella</td></tr><tr><td>ms Centrifuga da tavolo</td><td>Kubota</td><td>Modello 4000</td><td>Velocità massima 6.000 giri/min</td></tr><tr><td>Rotore ad angolo fisso</td><td>Kubota</td><td>AT-508C</td><td></td></tr><tr><td>Adattatore per una provetta conica da 15 ml</td><td>Kubota</td><td>055-1280</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione di stabilizzazione RNAlater</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM7020</td><td></td></tr><tr><td></td><td>Parafilm</td><td>PM992</td><td>indicato come "film autosigillante"</td></tr></tbody></table>

l&#39;utilizzo di una cartuccia filtrante per filtrazione di acqua campioni ed estrazione di dna ambientale

Use of a Filter Cartridge for Filtration of Water Samples and Extraction of Environmental DNA

Studi recenti hanno dimostrato che l'uso del DNA ambientale (eDNA) dei pesci è appropriato come strumento di monitoraggio non invasivo. La maggior parte di questi studi ha impiegato filtri a fibra di disco per raccogliere l'eDNA da campioni d'acqua, sebbene un certo numero di studi microbici in ambienti acquatici abbiano impiegato cartucce filtranti, perché la cartuccia ha il vantaggio di ospitare grandi volumi d'acqua e di una generale facilità d'uso. Qui forniamo un protocollo per la filtrazione di campioni d'acqua utilizzando la cartuccia filtrante e l'estrazione di eDNA dal filtro senza dover aprire l'alloggiamento. Le parti principali di questo protocollo consistono in: 1) filtrazione di campioni d'acqua (volumi d'acqua ≤4 L o >4 L); (2) estrazione del DNA sul filtro mediante uno scuotitore a rulli posto in un'incubatrice preriscaldata; e (3) purificazione del DNA utilizzando un kit commerciale. Con l'uso di questo protocollo e di quelli utilizzati in precedenza, eseguiamo l'analisi del metabarcoding dell'eDNA prelevato da un'enorme vasca d'acquario (7.500 m3) con composizione di specie nota e mostriamo il numero di specie rilevate per libreria dai due protocolli come risultati rappresentativi. Questo protocollo è stato sviluppato per il metabarcoding dell'eDNA dei pesci, ma è applicabile anche all'eDNA di altri organismi.

È tecnicamente difficile isolare e quantificare solo Edna pesce dal Edna massa estratta, perché i primer MiFish coamplify la regione di destinazione da parte di alcuni vertebrati non-pesce, come uccelli e mammiferi, con prodotti di PCR della stessa dimensione (ca. 170 bp ) 12. Invece di quantificare pesce Edna, eseguiamo MiFish metabarcoding analisi di Edna da un serbatoio acquario con nota la composizione delle specie utilizzando i due diversi metodi di filtraggio e ...

Descriviamo un protocollo per la filtrazione di campioni d'acqua con una cartuccia filtrante e l'estrazione del DNA ambientale (eDNA) senza dover aprire l'alloggiamento per rimuovere il filtro. Questo protocollo è stato sviluppato per il metabarcoding dell'eDNA dei pesci, ma è applicabile anche all'eDNA di altri organismi.

L&#39;utilizzo di una cartuccia filtrante per filtrazione di acqua campioni ed estrazione di DNA ambientale

Recent studies demonstrated the use of environmental DNA (eDNA) from fishes to be appropriate as a non-invasive monitoring tool. Most of these studies ...

L'obiettivo generale di questo protocollo è filtrare campioni d'acqua mediante un cartuccia filtrante ed estrarre il DNA ambientale senza dover aprire la cartuccia per rimuovere il filtro, al fine di ottenere eDNA per il metabarcoding da vari organismi acquatici. Questo metodo può contribuire a rispondere a domande fondamentali nel campo ecologico, come il monitoraggio della biodiversità e l'ecologia delle comunità. Il principale vantaggio di questa tecnica è che le cartucce filtranti possono gestire volumi d'acqua più grandi e la filtrazione nonché l'estrazione del DNA possono essere eseguite in maniera sterile.Per iniziare questa procedura, collegare un tubo a vuoto ad alto rendimento al connettore di ingresso di una pompa aspirante. Collegare l'altra estremità del tubo a un collettore. Assicurarsi che le tre valvole a T rosse sul collettore siano in posizione di chiusura.Successivamente, indossare un paio pulito di guanti. Inserire un raccordo femmina luer all'estremità superiore del tubo di gomma per vuoto. Quindi, inserire un connettore per vuoto all'estremità inferiore.Collegare con attenzione il raccordo luer femmina a un'uscita del filtro. Successivamente, collegare il connettore per vuoto a un tappo di silicone. Versare un litro di acqua campionata nel sacchetto di plastica preparato.Chiudere il tappo a vite con il connettore maschio luer-lock. Successivamente, collegare con attenzione un'apertura di ingresso del filtro assemblato al connettore maschio luer-lock. Assicurarsi che tutti i collegamenti siano saldi.Quindi, appendere il sacchetto di plastica a due ganci sul pannello a rete. Inserire un tappo di silicone nel porto di ingresso del collettore. Successivamente, accendere l'aspiratore.Aprire le valvole a T rosse per la filtrazione. Far funzionare il collettore fino a quando il filtro non è completamente asciutto. Successivamente, chiudere le valvole a T rosse.Ripetere l'intero processo per filtrare la quantità desiderata di acqua. Una volta filtrata tutta l'acqua campionata, rimuovere con attenzione il filtro dal sacchetto di plastica e dal contenitore a vuoto. Chiudere entrambe le estremità del filtro con i tappi luer appropriati.Quindi, utilizzando una penna resistente ai solventi, etichettare la cartuccia e il tappo luer di ingresso. Conservare a 20 gradi Celsius fino al momento dell'estrazione del DNA. Per campioni superiori a quattro litri, preparare una bottiglia da dieci litri come descritto nel protocollo testuale.Aggiungere il campione d'acqua da filtrare. Quindi, inserire saldamente una punta pipetta da dieci millilitri nella valvola della bottiglia libro. Inserire saldamente il bocchello di ingresso del filtro nella punta pipetta.Quindi, inserire un tappo di silicone nel porto di ingresso del collettore. Accendere l'aspiratore. Quindi, aprire le valvole a T rosse per la filtrazione.Eseguire l'operazione sul collettore fino a quando il filtro non sarà completamente asciutto. Al termine della filtrazione, chiudere le valvole a T rosse. Rimuovere con attenzione la cartuccia dal sacchetto di plastica e dal connettore per vuoto.Quindi chiudere entrambe le estremità della cartuccia con i tappi luer appropriati. Utilizzare una penna resistente ai solventi per etichettare la cartuccia e il tappo luer di ingresso. Conservare a 20 gradi Celsius fino al momento dell'estrazione del DNA.Riscaldare in anticipo un incubatore a 56 gradi Celsius. Quindi, tagliare il cappuccio incernierato da un tubo da 2,0 millilitri e scartare il cappuccio. Rimuovere il cappuccio luer di ingresso dal cartuccia del filtro.Quindi, inserire il porto di ingresso nel tubo da 2,0 millilitri. Utilizzando un film auto-sigillante, sigillare accuratamente il collegamento tra la cartuccia e il tubo di raccolta. Successivamente, inserire l'unità combinata in un adattatore per centrifuga destinato a un tubo conico da 15 millilitri.Centrifugare la cartuccia per un minuto a 5000 ×g per rimuovere il liquido residuo nel filtro. Al termine della centrifugazione, rimuovere il tubo di raccolta dalla cartuccia del filtro e scartare il tubo. Quindi, richiudere il porto di ingresso.Successivamente, mescolare 20 microlitri di soluzione di proteina A-Case, 220 microlitri di soluzione salina tamponata al fosfato e 200 microlitri di buffer AL. Rimuovere il tappo di ingresso e aggiungere la miscela nella cartuccia utilizzando una pipetta, inserendo completamente la pipetta nel porto di ingresso. Richiudere il porto di ingresso. Quindi, posizionare la cartuccia del filtro su un agitatore rotante.Posizionare l'agitatore rotatorio nell'incubatrice preriscaldata e impostare l'agitatore a 20 rpm per 20 minuti. Durante l'incubazione, etichettare un nuovo tubo da 2,0 millilitri con una penna resistente ai solventi. Successivamente, inserirlo in un tubo conico da 50 millilitri.Al termine dell'incubazione, rimuovere il tappo di ingresso. Quindi, inserire il collegamento di ingresso nel nuovo tubo da 2,0 millilitri. Chiudere il tubo conico con un tappo a vite.Centrifugare per un minuto a 5000 ×g per raccogliere il DNA estratto. Successivamente, rimuovere la cartuccia nel tubo da 2,0 mL utilizzando pinze sterili. Chiudere il tubo con un tappo e purificare il DNA estratto come indicato nel protocollo scritto.In questa procedura, quattro diversi volumi di acqua di mare vengono filtrati sullo stesso manifold utilizzando due filtri differenti, e successivamente viene estratto il DNA ambientale (eDNA). Il cartuccia filtrante ha rilevato, in media, il 50% di specie in più rispetto ai filtri in fibra di vetro. Una volta padroneggiata, questa tecnica può essere eseguita in due ore se effettuata correttamente.Dopo aver visto questo video, dovresti avere una buona comprensione di come filtrare campioni d'acqua utilizzando una cartuccia filtrante e di come estrarre il DNA ambientale (eDNA) senza dover aprire la custodia per rimuovere il filtro, al fine di ottenere eDNA per il metabarcoding da vari organismi acquatici.

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L'utilizzo di una cartuccia filtrante per filtrazione di acqua campioni ed estrazione di DNA ambientale

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