Name: In Situ Caratterizzazione di Shewanella oneidensis MR1 biofilm di SALVI e ToF-SIMS (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-08-18T13:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: Scopri la caratterizzazione in situ di biofilm di Shewanella oneidensis MR-1 usando SALVI e ToF-SIMS. Questo metodo consente la visualizzazione di biofilm idratati per analisi chimico-spaziali in microbiologia ambientale.

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Siamo grati al Pacific Northwest National Laboratory (PNNL) terra e scienze biologiche (EBD) missione seme laboratorio diretto di ricerca e sviluppo (LDRD) fondo per il sostegno. Accesso strumentale è stata fornita attraverso una proposta di utente generale W. R. Wiley Ambientale Molecular Sciences Laboratory (EMSL). EMSL è una struttura di uso scientifico nazionale sponsorizzata dall'ufficio di biologico e ambientale ricerca (BER) a PNNL. Gli autori ringraziano il Dr. Yuanzhao Ding per prova leggere il manoscritto e fornire un feedback utile. PNNL è gestito da Battelle per il DOE sotto contratto DE-AC05-76RL01830.

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</ol>

Gli autori non hanno nulla a rivelare.

Dopo inoculando in ritardo-fase, è importante verificare il numero di giorni e la temperatura alla quale il biofilm dovrebbe crescere prima che sia sano e abbastanza spessa per imaging, come descritto al punto 3.1. Questa procedura riguarda in particolare la coltura di un S. oneidensis MR1 biofilm a temperatura ambiente; Tuttavia diverse temperature ambiente possono influenzare il tasso di crescita. Pertanto, è fondamentale utilizzare imaging ottico per capire se il biofilm è pronto prima di procedere all'analisi ToF-SIM...

Biofilm batterici sono comunità di superficie-associati che si sono evolute nel tempo come una difesa per i batteri di sopravvivere variando negativi stimoli fisici e meccanici, in cui le cellule sono in grado di allegare e sopravvivere in molti ambienti possibili. 1 , 2 i biofilm sono ampiamente studiati e hanno applicazioni in molti campi quali la biomedicina, ingegneria biomedica, l'agricoltura e ricerca industriale e sviluppo. 1 , 2 comprendere la mappatura chimica di queste comunità microbiche complesse, tra cui loro autoprodotti sostanze polimeriche extracellulari (EPS) e il loro ambiente di cluster di acqua locale, è essenziale per ottenere un'accurata e dettagliata rappresentazione della loro attività biologica. 2
Biofilm esistano e crescono all'interno di uno stato altamente idratato. Questo presenta una grande sfida nell'utilizzo di tecniche di analisi delle superfici basate su vuoto come spettrometria di massa di ioni secondari di tempo di volo (ToF-SIMS) dovuto la difficoltà nello studio liquidi volatili nel vuoto. Di conseguenza, tecniche di analisi delle superfici basate su vuoto sono stati limitati quasi esclusivamente a studiare campioni di biofilm al solo allo stato secco. Tuttavia, studiando un biofilm nel suo stato essiccato inibisce l'indagine accurata del suo microambiente biologico vero. Causa spesso drastici cambiamenti alla morfologia EPS integrità e biofilm, che è stata dimostrata dopo aver confrontato i risultati spettrali di massa secca biofilm agli studi in situ di liquido. 3 , 4 questo articolo presenta una soluzione per lo studio di biofilm nel loro naturale stato idratato impiegando l'uso del nostro sistema per l'analisi a liquido vuoto interfaccia (SALVI),5,6 un reattore microfluidici che contiene liquido sotto la sua membrana di nitruro (SiN) di silicio sottile in un microchannel di polidimetilsilossano (PMD), fornendo così accesso diretto per il fascio di ioni secondari sonda pur mantenendo l'integrità strutturale della matrice liquida all'interno di un vuoto camera. 7 , 8
S. oneidensis MR-1 mutato per esprimere proteine di fluorescenza verde (GFP) è stato scelto come organismo modello per questa illustrazione di procedura di biofilm grazie alla sua versatilità metabolica e di uso comune in microbiologia applicata ed ambientale, che è stato basato pesantemente sulla sua capacità uniche per la riduzione del metallo e trasferimento di elettroni extracellulare. 9 , 10 , 11 inoltre, la presenza di GFP ammessi per facile biofilm-spessore continuo monitoraggio mediante microscopia a fluorescenza, utilizzando un filtro di fluoresceina isotiocianato (FITC). Nostri studi precedenti hanno indicato la prova di questo batterio favorendo allegato alla finestra peccato utilizzando l'imaging di fluorescenza in operando per la crescita di biofilm ad uno spessore di fino a 100 micrometri. 4 , 12 mentre questa carta discuterà solo la conferma della presenza di biofilm attraverso microscopia di fluorescenza, la SALVI è compatibile con altri metodi di imaging ottici come super-resolution imaging di fluorescenza (cioè, illuminazione strutturata microscopia (SIM)9) e laser confocale microscopia (CLSM)4di imaging). Imaging ottico può servire per misurare lo spessore del biofilm e ottenere un'immagine 3D di, la forma del biofilm come appare, confermando il suo spessore ed il suo attaccamento alla finestra di peccato. 9 mentre GFP è stato utilizzato nell'analisi SIMS, s. oneidensis senza GFP è stato usato per la curva di crescita, come questa unica misura necessaria della densità ottica e non richiede alcuna formazione immagine fluorescente. Generalmente, la differenza tra la GFP taggati e senza tag specie nella curva di crescita è insignificante. Inoltre, mentre questo protocollo utilizza S. oneidensis MR-1 GFP come organismo modello per descrivere la procedura, questa procedura è stata progettata per qualsiasi ceppo batterico che può essere necessaria per la coltivazione all'interno di SALVI. Anche se, data la conoscenza del ceppo batterico necessario, alcune condizioni di crescita come tempo, temperatura e ossigeno ambiente potrebbero essere necessario essere modificati per accogliere il ceppo di batteri per essere utilizzato. Per mezzo di crescita, questa procedura utilizza il brodo di soia medio, Trittico "nanofili" (TSB) senza destrosio e tryptic soy agar (TSA) senza destrosio per la coltura. La composizione del mezzo "nanofili" è stato appositamente formulata per la crescita e per il monitoraggio delle estensioni della membrana e Periplasma di S. oneidensis che sembrano prendere la forma di piccoli fili e la composizione media è stata stabilito nella precedente ricerca. 13 , 14
Il nostro protocollo precedente su in situ liquido ToF-SIMS ha illustrato il beneficio che SALVI ha da offrire per immobilizzazione della proteina e l'attaccamento al peccato, come pure un protocollo dettagliato sulla riduzione dei dati e analisi ToF-SIMS. 12 piuttosto che ripetere passaggi di riduzione dei dati, questa carta servirà invece focalizzare l'approccio unico di impostazione e coltivando i biofilm all'interno nostro microchannel SALVI, come pure i passaggi imaging per rilevare la presenza di biofilm e spessore preventivo per l'analisi ToF-SIMS. Mentre biofilm sono stati precedentemente limitati solo asciugato campioni all'interno della camera di vuoto-base superficie tecniche analitiche, EPS e biofilm chimica mappatura dettagliata di biofilm live possa ora essere ottenuto in situ a causa di questa nuova funzionalità.

<table><tbody><tr><td>ToF-SIMS</td><td>IONTOF</td><td>TOF. SIMS 5</td><td>Risoluzione:>10.000 m/&Delta; m per la risoluzione di massa; >4.000 m/&Delta; m acronimo di High Spatial Resolution</td></tr><tr><td>System for Analysis at the Liquid Vacuum Interface (SALVI)</td><td>Pacific Northwest National Laboratory</td><td>N/A</td><td>SALVI è uno strumento analitico unico, autonomo e portatile che, per la prima volta, consente a strumenti scientifici basati sul vuoto come la spettrometria di massa di ioni secondari a tempo di volo (ToF-SIMS) di analizzare le superfici liquide nel loro stato naturale a livello molecolare.</td></tr><tr><td>-80&deg; C Congelatore</td><td>New Brunswick Scientific</td><td>N/A</td><td>U410 Congelatore a bassissima temperatura ad alta efficienza energetica</td></tr><tr><td>Premium 4 gradi; C Frigorifero</td><td>BioCold Scientific</td><td>N/A</td><td>COLDBOX1</td></tr><tr><td>Agitatore orbitale</td><td>New Brunswick Scientific</td><td>N/A</td><td>Innova 4900 Agitatore ambientale multilivello, impostato a 30 gradi Celsius per la coltura di flaconi di siero e fiasche, impostato a 150 giri/min.</td></tr><tr><td>Pompa a siringa</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-74905-02</td><td>Pompa a siringa Cole-Parmer, solo infusione, controllo touchscreen 74905-02, utilizzata per iniettare liquido nel sistema di tubi e SALVI a portata costante.</td></tr><tr><td>Incubatore</td><td>Barnstead International</td><td>LT1465X3</td><td>incubatore Lab-Line, impostato a 30 gradi Celsius per la coltura a piastre.</td></tr><tr><td>Autoclave</td><td>Getinge</td><td>533LS</td><td>Utilizzato per sterilizzare raccordi in PEEK, sistemi di tubi, fiale di siero e terreno. Spettrofotometro sterilizzatore a vapore sottovuoto modello 533LS</td></tr><tr><td></td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>4001-000</td><td>Spettrofotometro GENESYS 20 per letture OD600 di cuvette per curve di crescita.</td></tr><tr><td>Cabina di sicurezza biologica</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>1385</td><td>Serie 1300 Microscopio a fluorescenza per cabina di sicurezza biologica AZ</td></tr><tr><td>Nikon</td><td>N/A</td><td>Microscopio a fluorescenza Nikon OPTIPHOT-2 con fotocamera e alimentatore con lampada al mercurio ad altissima pressione.</td><td></td></tr><tr><td>Misuratore di pH</td><td>Mettler Toledo</td><td>51302803</td><td>Utilizzato per testare il pH del " nanofili" Terreno dopo la fine e prima della sterilizzazione in autoclave.</td></tr><tr><td>RACCORDO PEEK</td><td>Valco</td><td>ZU1TPK</td><td>Per collegare l'ingresso e l'uscita di SALVI, la siringa al sistema di tubi e l'ingresso di SALVI alla camera di gocciolamento del sistema di tubi.</td></tr><tr><td>Stadio campione a 5 assi</td><td>IONTOF</td><td>N/A</td><td>Stage è autocostruito per il montaggio di SALVI in ToF-SIMS.</td></tr><tr><td>Sistema di purificazione dell'acqua nanopura Barnstead</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>D11921</td><td>ROpure LP Modulo di filtrazione ad osmosi inversa (D2716)</td></tr><tr><td>Pipetta</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>21-377-821</td><td>Intervallo: da 100 a 1.000 &micro;L.</td></tr><tr><td>Puntale per pipette</td><td>Neptune</td><td>2112.96.BS</td><td>1.000 &; micro; L punte per pipette</td></tr><tr><td>Manico a lama di rasoio</td><td>Stanley</td><td>N/A</td><td>Raschietto a lama di rasoio Stanley Bostitch con 5 lame a taglio singolo, utilizzato per il taglio di tubi in PTFE</td></tr><tr><td>Siringa</td><td>BD</td><td>309659</td><td>Siringa da 1 mL</td></tr><tr><td></td><td>BD</td><td>309657</td><td></td></tr><tr><td>Siringa</td> da 3 mL <td>BD</td><td>309646</td><td>5 mL; Utilizzato per realizzare la camera di gocciolamento</td></tr><tr><td>Siringa</td><td>BD</td><td>309604</td><td>Siringa da 10 ml</td></tr><tr><td></td><td>BD</td><td>302830</td> Pipetta monouso <td>da 20 ml</td></tr><tr><td></td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>13-678-11</td><td>25 ml Fisherbrand&trade; Pipette sierologiche monouso sterili in polistirene con striscia di ingrandimento, per il riempimento di flaconi di siero.</td></tr><tr><td>Riempitrice elettrica per pipette</td><td>Pipet-aid</td><td>P-57260</td><td>Riempitrice per pipette sierologiche elettriche a pressione sottovuoto</td></tr><tr><td>Flacone per siero</td><td>Sigma</td><td>33109-U</td><td>Contiene circa 69 ml di liquido per la crescita della coltura, ottimale per l'uso di 20 ml di coltura per bottiglia.</td></tr><tr><td>Provetta per coltura anaerobica</td><td>VWR</td><td>89167-178</td><td>Provette anaerobiche, 18 x 150 mm, fornite con tappo in gomma butilica blu da 20 mm e guarnizione in alluminio.</td></tr><tr><td>Tappo in gomma</td><td>Sigma</td><td>27235-U</td><td>Tappo in silicone, utilizzato per sigillare i flaconi di siero e per creare il sistema di tubi/camera di gocciolamento.</td></tr><tr><td>Guarnizione a crimpare in alluminio (senza setto)</td><td>Sigma</td><td>27227-U</td><td>Guarnizione in alluminio per la parte superiore del flacone di siero da utilizzare con la crimpatrice per flaconi di siero.</td></tr><tr><td>Crimpatrice per guarnizioni in alluminio per flacone di siero</td><td>Wheaton</td><td>224307</td><td>crimpatrice da 30 mm con guarnizione standard.</td></tr><tr><td>Tubi in PTFE</td><td>Supelco</td><td>58697-U</td><td>1,58 mm OD x 0,5 mm ID 50 piedi Tubo in teflon PTFE, utilizzato per creare il sistema di tubi.</td></tr><tr><td>Cuvette monouso</td><td>GMBH</td><td>759085D</td><td>1,5 ml per l'uso con spettrofotometro.</td></tr><tr><td>Ago</td><td>BD</td> 303015 <td>22G; utilizzato per l'iniezione di flaconi di siero.</td><td></td></tr><tr><td>Ago</td><td>BD</td><td>305120</td><td>23G; utilizzato per la punzonatura attraverso il tappo in gomma per creare un sistema di tubi a goccia.</td></tr><tr><td>Shewanella oneidensis MR-1 con GFP</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>Matthysse AG, Stretton S, Dandie C, McClure NC, & Goodman AE (1996) Costruzione di vettori GFP per l'uso in batteri Gram-negativi diversi da Escherichia coli. 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Scientific</td><td>S271-3</td><td>Usato per " nanofili" e utilizzato per fare la soluzione minerale utilizzata per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Lattato di sodio</td><td>Sigma</td><td>L-1375</td><td>60%(p/p) sciroppo @ 98% puro, d=1,3 g/mL, 7M, utilizzato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Bicarbonato di sodio</td><td>Sigma</td><td>S-5761</td><td>Utilizzato per produrre una soluzione NTA ferrica, utilizzato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Acido nitrilotriacetico Sale trisodico</td><td>Sigma</td><td>N-0253</td><td>Utilizzato per fare la soluzione NTA ferrica, utilizzato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Cloruro di ferro (III)</td><td>Sigma</td><td>451649</td><td>Utilizzato per produrre una soluzione di NTA ferrica, utilizzato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Solfato di magnesio</td><td>Sigma</td><td>208094</td><td>Utilizzato per fare la soluzione dei minerali, usato per " nanofili" medio {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Solfato di manganese (II) monoidrato</td><td>Sigma</td><td>M-7634</td><td>Utilizzato per fare la soluzione di minerali, utilizzato per " nanofili" medio {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Solfato di ferro (II) eptaidrato</td><td>Sigma</td><td>215422</td><td>Utilizzato per fare la soluzione di minerali, utilizzato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Cloruro di calcio diidrato</td><td>Sigma</td><td>223506</td><td>Utilizzato per fare la soluzione dei minerali, usato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Cloruro di cobalto (II)</td><td>Sigma</td><td>60818</td><td>Utilizzato per fare la soluzione dei minerali, usato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Cloruro di zinco</td><td>Sigma</td><td>229997</td><td>Utilizzato per fare la soluzione dei minerali, usato per " nanofili" medio {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Solfato di rame (II) pentaidrato</td><td>Sigma</td><td>C-8027</td><td>Utilizzato per fare la soluzione dei minerali, usato per " nanofili" medio {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Alluminio Potassio Solfato Dodecaidrato</td><td>Sigma</td><td>237086</td><td>Utilizzato per fare la soluzione dei minerali, usato per " nanofili" medio {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Acido borico</td><td>Sigma</td><td>B-6768</td><td>Utilizzato per fare la soluzione di minerali, utilizzato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Molibdato di sodio diidrato</td><td>Sigma</td><td>331058</td><td>Utilizzato per fare la soluzione di minerali, utilizzato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Cloruro di nichel (II)</td><td>Sigma</td><td>339350</td><td>Utilizzato per fare la soluzione di minerali, utilizzato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Sodio Tungstato Diidrato</td><td>Sigma</td><td>14304</td><td>Utilizzato per fare la soluzione di minerali, usato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>D-Biotin</td><td>Sigma</td><td>47868</td><td>Utilizzato per fare soluzioni vitaminiche, usato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Acido folico</td><td>Sigma</td><td>F-7876</td><td>Usato per fare la soluzione vitaminica, usato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Piridossina cloridrato</td><td>Sigma</td><td>P-9755</td><td>Utilizzato per fare la soluzione vitaminica, usato per " nanofili" medio {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Riboflavina (B2)</td><td>Sigma</td><td>47861</td><td>Usato per fare la soluzione vitaminica, usato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Tiamina cloridrato</td><td>Sigma</td><td>T-4625</td><td>Utilizzato per fare la soluzione vitaminica, usato per " nanofili" medium {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Acido nicotinico</td><td>Sigma</td><td>N4126</td><td>Utilizzato per produrre soluzioni vitaminiche, utilizzato per " nanofili" medio {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>D-Acido pantotenico Sale emicalcico</td><td>Sigma</td><td>21210</td><td>Utilizzato per fare la soluzione vitaminica, usato per " nanofili" medio {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Vitamina B12</td><td>Sigma</td><td>V-2876</td><td>Usato per fare la soluzione vitaminica, usato per " nanofili" medio {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>4-Acido amminobenzoico</td><td>Sigma</td><td>A-9878</td><td>Usato per fare la soluzione vitaminica, usato per " nanofili" medio {Hill, E.A. 2007}</td></tr><tr><td>Acido tiottico</td><td>Sigma</td><td>T-1395</td><td>Utilizzato per produrre soluzioni vitaminiche, utilizzato per " nanofili" medio {Hill, E.A. 2007}</td></tr></tbody></table>

in situ caratterizzazione di shewanella oneidensis mr1 biofilm di salvi e tof-sims

In Situ Characterization of Shewanella oneidensis MR1 Biofilms by SALVI and ToF-SIMS

Biofilm batterici sono comunità di superficie-collegati che sono ampiamente studiata per capire la loro auto-prodotti sostanze polimeriche extracellulari (EPS) e i loro ruoli in microbiologia ambientale. Questo studio descrive un metodo per coltivare biofilm allegato al sistema per l'analisi all'interfaccia liquido di vuoto (SALVI) e raggiungere in situ chemical mapping di un biofilm vivente mediante spettrometria di massa di ioni secondari di tempo di volo (ToF-SIMS). Questo viene fatto attraverso la coltura di batteri sia all'esterno che all'interno del canale SALVI con la nostra installazione specializzata, nonché attraverso tecniche di imaging ottici per rilevare la presenza di biofilm e spessore prima analisi ToF-SIMS. I nostri risultati mostrano picchi caratteristici del biofilm Shewanella nel suo stato naturale idrata, evidenziando al suo ambiente cluster d'acqua localizzate, come pure di EPS frammenti, che sono drasticamente diversi di biofilm stesso disidratato stato. Questi risultati dimostrano la capacità di innovazione di SALVI che permette per l'imaging di biofilm in situ con uno strumento di imaging chimico basati su vuoto.

Questi risultati rappresentativi servono a mostrare come il profilo chimico del biofilm allegato può essere identificato e interpretato, come ottenuta attraverso ToF-SIMS. Dopo aver tracciato spettri di massa da acquisizione dati ToF-SIMS, brevemente evidenziato nella sezione procedure, identificazione del picco dovrebbe essere condotta al fine di assegnare le identità di ogni valore rispettivo m/z. Questo può essere fatto attraverso la revisione di una vasta letteratura sulla spettrometr...

Questo articolo presenta un metodo per la coltivazione di un biofilm per in situ spettrometria totale di ione secondaria tempo di volo per la mappatura chimica allo stato idratato, attivata da un reattore di microfluidica, sistema per analisi presso l'interfaccia liquida di vuoto. Shewanella oneidensis MR-1 con proteine di fluorescenza verde è stato usato come modello.

In Situ Caratterizzazione di Shewanella oneidensis MR1 biofilm di SALVI e ToF-SIMS

Bacterial biofilms are surface-associated communities that are vastly studied to understand their self-produced extracellular polymeric substances (EPS) ...

L'obiettivo generale di questa procedura è coltivare batteri nel sistema per l'analisi all'interfaccia liquido-vuoto, o SALVI, al fine di ottenere immagini di biofilm nel loro stato idratato naturale mediante tecniche basate sul vuoto come la spettrometria di massa ad ioni secondari con tempo di volo. Presentiamo un metodo che aiuta a rispondere a domande fondamentali nella microbiologia ambientale, visualizzando la distribuzione chimico-spaziale di biofilm viventi mediante spettrometria di massa imaging come SIMS. Il principale vantaggio di questa tecnica è che possiamo introdurre biofilm vivi in uno spettrometro di massa e in molte altre piattaforme analitiche per ottenere misurazioni multiplex.Sebbene nel video venga utilizzato Shewanella oneidensis, questo metodo può essere applicato anche a camere anaerobiche per la crescita di biofilm. Quest'ultima richiede un ambiente di crescita più rigoroso. La dimostrazione visiva di questo metodo è fondamentale poiché i passaggi di configurazione dei tubi sono difficili da apprendere.È necessario un posizionamento specifico della tubatura e una particolare attenzione durante il trasferimento nell'armadio a sicurezza biologica. Utilizzand

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Chimica

Biofilm formato sulla superficie dei denti sono molto complesse ed esposte a continue sfide innata ed esogeni ambientali, che modulano la loro architettura, fisiologia e trascrittoma. Abbiamo sviluppato una serie di strumenti per esaminare la composizione, l'organizzazione strutturale e di espressione genica dei biofilm orali, che possono essere adattati ad altre aree di ricerca biofilm.

Una analitica Tool-box per la valutazione completa biochimici, strutturali e trascrittoma di biofilm orale mediata da Mutans Streptococchi

Noi forniamo un semplice, semi-quantitativa metodo per studiare la formazione di...

Un approccio semi-quantitativo per valutare la formazione di biofilm mediante lo sviluppo spiegazzato Colony

Fonte: Tokunou, Y. et al., Rilevamento elettrochimico dell'effetto isotopico cinetico del deuterio sul trasporto extracellulare degli elettroni in Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Esp. (2018)Questo video dimostra l'assemblaggio e il funzionamento di un modello di reattore elettrochimico progettato per simulare la formazione di biofilm su superfici di elettrodi. La stimolazione elettrochimica controllata favorisce l'adesione microbica, portando allo sviluppo graduale di un biofilm monostrato...

Sviluppo di un biofilm monostrato batterico utilizzando un reattore elettrochimico

Viene dimostrata la crescita cronoamperometrica di biofilm microbici elettroattivi anodici in un reattore a batch alimentato utilizzando una configurazione a tre elettrodi, controllata da un potenziostato. Il trasferimento extracellulare di elettroni è caratterizzato mediante voltammetria ciclica in presenza del donatore di elettroni e in assenza del donatore di elettroni. Viene dimostrata l'analisi fondamentale dei dati.

Biofilm microbici elettroattivi derivati dalle acque reflue: crescita, mantenimento e caratterizzazione di base

I biofilm hanno interazioni complesse con l'ambiente circostante. Per studiare in modo completo le interazioni biofilm-ambiente, presentiamo qui una serie di metodi per creare un ambiente chimico eterogeneo per lo sviluppo del biofilm, per quantificare la velocità del flusso locale e per analizzare il trasporto di massa all'interno e intorno alle colonie di biofilm.

Metodi per caratterizzare il co-sviluppo di biofilm e Habitat Eterogeneità

Questo studio presenta lo sviluppo di metodologie riproducibili per studiare gli inibitori del biofilm e i loro effetti sulla multicellularità del Bacillus subtilis.

Metodologie per lo studio<em&gt; B. subtilis</em&gt; I biofilm come modello per Caratterizzare piccole molecole inibitori biofilm

Un protocollo per la misurazione di conduttività elettrica di biofilm microbici viventi in condizioni fisiologicamente rilevanti è presentato.

Caratterizzazione di trasporto dell'elettrone attraverso biofilm vivente

Questo protocollo permette al lettore di analizzare la formazione di biofilm indotta da sali biliari in patogeni enterici usando un approccio sfaccettato per catturare la natura dinamica del biofilm batterici valutando l'aderenza, formazione di matrice extracellulare sostanza polimerica, e dispersione.

Formazione di Biofilm indotta da sali biliari in patogeni enterici: tecniche di identificazione e quantificazione

Qui presentiamo un protocollo della intero-cellula elettrochimici esperimenti per studiare il contributo del trasporto di protoni per il tasso di trasporto dell'elettrone extracellulare attraverso il membrana esterna citocromi complessi di Shewanella oneidensis MR-1.

Elettrochimico rilevamento di deuterio isotopo effetto cinetico su extracellulare di trasporto dell'elettrone nella Shewanella oneidensis MR-1

Proponiamo un protocollo ottimizzato di microscopia elettronica a scansione per la visualizzazione di campioni altamente eterogenei e delicati contenenti biomassa vegetale e fungina, insieme a microbiota e biofilm. Questo protocollo consente di descrivere le dimensioni spaziali dell'organizzazione del microbiota.

Microbiota dei giardini delle formiche di Attine: visualizzazione di un paesaggio microbico mediante microscopia elettronica a scansione

Questo articolo presenta un protocollo completo per PmbExM, una tecnica di microscopia ad espansione progettata specificamente per i biofilm di Proteus mirabilis . PmbExM utilizza un trattamento enzimatico graduale di campioni di biofilm per ottenere un'espansione isotropa di 4,3 volte, consentendo l'analisi a super-risoluzione dell'organizzazione spaziale delle strutture cellulari e subcellulari all'interno di queste comunità microbiche sessili.

Imaging a super-risoluzione del biofilm di Proteus mirabilis mediante microscopia ad espansione

Scopri la caratterizzazione in situ di biofilm di Shewanella oneidensis MR-1 usando SALVI e ToF-SIMS. Questo metodo consente la visualizzazione di biofilm idratati per analisi chimico-spaziali in microbiologia ambientale.

In Situ Caratterizzazione di Shewanella oneidensis MR1 biofilm di SALVI e ToF-SIMS

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