Siero e Plasma copia numero rilevazione mediante PCR in tempo reale
15 dicembre 2017
Questo manoscritto descrive l'analisi di variazione numero copia eseguita nel siero o plasma del DNA usando metodo PCR in tempo reale. Questo metodo è adatto per la stima della resistenza ai farmaci nei pazienti con cancro della prostata resistente alla castrazione, ma potrebbe essere istruttivo anche per altre malattie.
L'obiettivo generale di questo metodo è rilevare la variazione del numero di copie geniche nei campioni di siero o plasma. Questo metodo può aiutare a rispondere a domande chiave nel campo del cancro alla prostata avanzato, come l'individuazione di marcatori utili a prevedere o monitorare la riduzione delle spore. Il vantaggio principale di questa tecnica è che è facile e veloce da eseguire. Le implicazioni di questa tecnica si estendono alla terapia del carcinoma prostatico avanzato perché la variazione del numero di copie del gene del recettore degli androgeni è un evento frequente. In generale, gli individui che non conoscono questo metodo avranno difficoltà perché la concentrazione e la qualità del DNA libero da cellule è spesso inferiore al previsto. Per la raccolta del siero, lavorare da campioni di cinque millilitri di sangue intero e siero senza anticoagulanti mantenuti a quattro gradi Celsius.Iniziare centrifugando i campioni per 15 minuti a 1.000 g.Il surnatante è il siero. Trasferirlo in tubi da due millilitri e scartare il pellet. A meno che il siero non venga processato immediatamente, congelare i campioni a 80
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Panoramica
In questo manoscritto viene descritta l'analisi della variazione del numero di copie eseguita su DNA sierico o plasmatico mediante un approccio di PCR in tempo reale. Questo metodo è adatto per prevedere la resistenza ai farmaci nei pazienti affetti da cancro alla prostata resistente alla castrazione e potrebbe fornire informazioni utili anche per altre malattie.
Componenti Chiave dello Studio
Area della Scienza
- Oncologia
- Genomica
- Ricerca clinica
Sfondo
- Le variazioni del numero di copie (CNV) possono influenzare la progressione della malattia.
- La PCR in tempo reale è un metodo sensibile per rilevare le CNV.
- Il cancro alla prostata resistente alla castrazione presenta sfide uniche nel trattamento.
- Comprendere i meccanismi di resistenza ai farmaci è fondamentale per la gestione del paziente.
Scopo dello studio
- Analizzare le variazioni del numero di copie (CNV) nel DNA sierico o plasmatico.
- Valutare il potenziale di questo metodo nella previsione della resistenza ai farmaci.
- Esplorarne l'applicabilità ad altre malattie.
Metodi Utilizzati
- PCR in tempo reale per l'analisi delle CNV.
- Raccolta dei campioni da siero o plasma.
- Analisi statistica dei dati sulle CNV.
- Confronto con gli esiti clinici nei pazienti con cancro alla prostata.
Risultati principali
- Identificazione di specifiche CNV associate alla resistenza ai farmaci.
- Correlazione tra i profili di CNV e gli esiti nei pazienti.
- Dimostrazione della sensibilità e specificità del metodo.
- Ripercussioni potenziali per le strategie terapeutiche nel cancro della prostata.
Conclusioni
- Il metodo di PCR in tempo reale è efficace per l'analisi delle CNV.
- I risultati potrebbero migliorare la comprensione della resistenza ai farmaci nel cancro.
- Sono necessarie ulteriori ricerche per validare i risultati in altre malattie.
Domande frequenti
Rilevanza Industriale del Progetto
Il rilevamento dell'aumento del numero di copie del recettore degli androgeni nel DNA circolante privo di cellule consente il monitoraggio non invasivo dei meccanismi di resistenza terapeutica nel carcinoma prostatico metastatico resistente alla castrazione. Questo approccio favorisce l'identificazione precoce dell'insuccesso del trattamento e orienta la decisione clinica attraverso un campionamento minimamente invasivo. Il metodo fornisce un flusso di lavoro rapido e scalabile per la valutazione di biomarcatori nelle applicazioni di biopsia liquida.
Applicazioni Strategiche nella Ricerca e Sviluppo in Biopharma
Scoperta Precoce e Convalida del Target
- Valore scientifico: Consente l'analisi dell'amplificazione del gene AR come fattore determinante della resistenza terapeutica nei modelli di cancro alla prostata.
- Valore operativo: Utilizza il cfDNA ottenuto da siero/plasma per evitare prelievi invasivi di tessuto negli studi longitudinali.
Sviluppo di screening e saggi
- Valore scientifico: Fornisce misurazioni quantitative del numero di copie mediante PCR in tempo reale duplex con i geni di riferimento RNaseP e AGO1.
- Valore operativo: Un input standardizzato di 60 ng di DNA per saggio garantisce riproducibilità tra diversi set di campioni.
Ricerca Translazionale e Preclinica
- Valore scientifico: l'aumento del numero di copie di AR nel cfDNA è associato alla progressione del mCRPC, sostenendo gli sforzi di qualificazione del biomarcatore.
- Valore operativo: la raccolta non invasiva dei campioni consente un monitoraggio frequente in coorti precliniche e cliniche.
Integrazione di Pipeline e Flusso di Lavoro
Il metodo si inserisce nel percorso di scoperta dei biomarcatori, supportando la validazione degli obiettivi mediante biopsia liquida e consentendo lo screening successivo dei meccanismi di resistenza nei modelli di cancro alla prostata.
- Biologia della scoperta: Verifica l'ipotesi che il guadagno del numero di copie di AR nel cfDNA predica la resistenza al trattamento nel cancro alla prostata avanzato.
- Screening: Genera dati quantitativi sul numero di copie adatti alla standardizzazione del saggio e alla valutazione dell'effetto dei composti.
- Analisi: Fornisce rapporti di variazione del numero di copie rispetto ai geni di riferimento per il confronto statistico tra diverse condizioni.
- Ricerca traslazionale: Collega i biomarcatori del cfDNA agli esiti clinici nel cancro alla prostata resistente alla castrazione.
- Riutilizzo aziendale: Il flusso di lavoro si adatta ad altri bersagli genici e contesti patologici oltre al cancro alla prostata.
Impatto Operativo ed Aziendale
- Valore scientifico: Riduzione del rischio meccanicistica dell'amplificazione del recettore androgenico come biomarcatore di resistenza nel cancro della prostata.
- Valore operativo: Protocollo rapido con basso input che utilizza apparecchiature standard di PCR in tempo reale.
- Valore strategico: Consente decisioni di proseguimento o interruzione basate sul monitoraggio non invasivo della resistenza.
- Impatto sul portafoglio: Supporta la priorizzazione delle terapie mirate alle alterazioni della via del recettore androgenico in base alla valutazione del rischio.
Considerazioni sull'Implementazione
- Richiede competenze nell'estrazione e quantificazione di cfDNA da campioni a basso rendimento.
- Dipende da strumentazione per PCR in tempo reale con capacità di multiplexing.
- Necessita di standardizzazione tra laboratori per la selezione dei geni di riferimento e l'analisi dei dati.
- Limitato dalla quantità e qualità del cfDNA, richiedendo un'ottimizzazione dell'input.
- È consigliata la validazione con metodi ortogonali come la PCR digitale per confermare l'aumento del numero di copie.
Domande frequenti sul biopharma
Chapters in this video
0:05
Title
0:55
Collection of Serum or Plasma
2:20
Isolating Cell-free (cfDNA) from Serum or Plasma
5:15
Real-time PCR and Analysis of cfDNA
7:36
Results: Detection of Androgen Receptor (AR) Copy Number Variations in cfDNA of Metastatic Castration-resistant Prostate Cancer (CRPC) Patients
8:25
Conclusion
