Name: Etichettatura metabolica e profilatura di RNA di trasferimento utilizzando Macroarrays (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-01-16T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 56 s
Description: Scopri come misurare i livelli di tutti i tRNA cellulari combinando etichettatura metabolica in vivo con analisi macroarray. Questo metodo rapido e riproducibile consente la profilazione quantitativa del tRNA in meno di 24 ore.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Questo lavoro è stato supportato da un grant SC INBRE dal National Institute of General Medical Science - NIH (P20GM103499 di R.G.) e concede CA555536 & CA154664 dal National Cancer Institute a P.H.H. Questo programma è stato sostenuto in parte da una sovvenzione per il College of Charleston l'Howard Hughes Medical Institute attraverso il pre-college & programma di educazione scientifica dello studente non laureato e da sovvenzioni dal centro nazionale per ricerca risorse (5 P20 RR016461) e il National Institute of General Medical Sciences (P20 8 GM103499) da istituti nazionali di salute.

1. la cultura e l'etichettatura metabolica
<ol><li>Una volta colpire il centro del tappo di un tubi micro-centrifuga sterili da 1,5 mL con un ago calibro 18 per consentire adeguata aerazione. Inoculare 500 µ l di completati sterile 7h 9 brodo con 5 µ l di M. smegmatis da un antipasto cultura cresciuti durante la notte12. Nota: La ricetta per un litro di 7h 9 brodo è: 4,7 g commerciale 7h 9 polvere, 2 mL di glicerolo, 1 mL di Tween 80, 0,85 g NaCl, 5 g di albumina, 2 g di destrosio, H2O (per portare il volume totale di 1 L).<ol>
<li>
(Attenzione) In seguito le pratiche standard di radioprotezione, spike i terreni di coltura con 20 µ ci/mL di [32P] Na2HPO4. Crescere i batteri a 37 ° C e 1.200 giri/min agitazione, in un incubatore agitatore posizionato dietro uno scudo di acrilico spesso 9 mm.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Fase di midlog (O.D.600 nm ~ 0,5), trasferire tutta la cultura in una provetta da 2 mL con tappo a vite e pellet radioattivi batteri a temperatura ambiente mediante centrifugazione per 2 min a 10.000 x g. raccogliere il surnatante contenente ortofosfato radioattivo non incorporata nel apposito contenitore per rifiuti.</li>
</ol>2. preparazione di RNA totale
Nota: Il RNA totale è estratte dal pellet batterica utilizzando un reagente di estrazione RNA commerciale (contenente tiocianato di guanidinium, fenolo e cloroformio) seguendo il protocollo del produttore.
<ol><li>Aggiungere 1 mL di reagente di estrazione RNA commerciali e circa 200 µ l di perline di vetro sul pellet. Tappare bene il tubo e perturbare il batterico in un omogeneizzatore per 2 min sotto massima agitazione, (impostazione numero cinque su strumento prescelto (Vedi la Tabella materiali)).</li>
	<li>Campione di centrifuga a 12.000 x g per 10 min a 4 ° C. Trasferire il surnatante in una provetta 2 mL nuova e scartare le perline in modo appropriato. Aggiungere 0,2 mL di cloroformio e agitare vigorosamente tubo per 15 s. Centrifugare a 12.000 x g per 15 min a 4 ° C.</li>
	<li>Raccogliere la fase acquosa del campione in una provetta nuova di pesca il tubo a 45°. Evitare di trarre qualsiasi interfase o strato organico. Aggiungere 2 µ l di precipitante colorate e 0,5 mL di isopropanolo 100%. Agitare vigorosamente la provetta per 5 s. Centrifugare a 12.000 x g per 10 min a 4° C.</li>
	<li>Rimuovere il surnatante dal tubo e scartare in modo appropriato come la frazione liquida può contenere tracce di radioattività. Aria secca pellet per 5 min poi risospendere in 200 µ l di soluzione salina-sodio citrato (SSC), 0,1% (p/v) sodio dodecil solfato (SDS) finale: 2x. Nota: La composizione dello stock 20 X SSC è 3,0 M di NaCl, citrato di sodio 0,3 M, pH 7.0.</li>
</ol>3. preparazione delle piastre di stampante ben 96
Nota: tRNA microarrays manualmente vengono stampati con quaranta due 70-mer oligonucleotides del DNA complementare all'estremità 3' di ogni tRNA M. smegmatis (CCA terminal esclusi) utilizzando un arrayer otto poli. Sono disponibili le sequenze delle sonde del oligonucleotide di DNA così come il layout di sonda nel pozzo-piastra e la matrice (File supplementari 1 - foglio 1 di 3 rispettivamente).
<ol><li>Sonde di DNA di progettazione di primo recupero tRNA sequenze o geni codificanti tRNA dal database di tRNA quali il tRNA Genomic Database13. Trim conservato 3' estremità CCA se codificato. Complemento inverso la sequenza risultante. Sonda di ordine basato sui primi 70 nucleotidi.</li>
	<li>Risospendere le che sonde di DNA secco in acqua. Regolare la concentrazione di sonde a 100 µM. A 96 pozzetti, preparare 120 µ l di 50 µM oligos in 3 X SSC, finale di 0,01% (p/v) SDS (diluire 60 µ l di sonde stock in singoli bene con 60 µ l di 6 X SSC, 0,01% (p/v) SDS.</li>
	<li>Coprire la piastra con carta stagnola per evitare evaporazione o contaminazione, congelare immediatamente e conservare a-20 ° C fino a quando necessario.</li>
</ol>4. stampa array
<ol><li>Scongelare la piastra a 96 pozzetti a temperatura ambiente (dura circa 20 min).</li>
	<li>Etichettare i vetrini di vetro rivestite con ammina con una penna di diamante. Mettere i vetrini in unità di indicizzazione. Segui i posizionamenti di griglia e procedere come segue.<ol>
<li>Attentamente e immergere i perni replicator nei pozzetti.</li>
		<li>Stampare delicatamente la matrice sulle lastre di vetro, utilizzando una pressione minima (vi sentirete una piccola resistenza). Continuare a stampare senza pulizia arrayer fino al termine con blocco A.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Quando si è pronti per passare al blocco successivo, seguire la procedura di lavaggio descritta di seguito.<ol>
<li>Immergere replicator in 5% candeggina e agitare delicatamente.</li>
		<li>Replicatore di stampa in carta assorbente.</li>
		<li>Immergere replicator in acqua distillata, agitare delicatamente e premere in carta. Ripetere questo passaggio una volta.</li>
		<li>Immergere replicator in isopropanolo, agitare delicatamente e premere nella carta.</li>
		<li>Asciugare il replicatore sulla ventola per circa 20 s prima di passare al blocco successivo della piastra 96 pozzetti. Proseguire fino al numero desiderato di stampe.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Lasciare i vetrini asciugare quindi crosslink oligos alla diapositiva utilizzando un reticolante UV 254 nm.<ol>
<li>Impostare il livello di energia a 999.990 µ j/cm2.</li>
		<li>Mettere il volto di diapositive su una superficie pulita nel reticolante. Premere il tasto "start".</li>
	</ol>
</li>
	<li>Bloccare le matrici pernottamento in 450 mL di soluzione su un agitatore magnetico, a temperatura ambiente e sotto lenta agitazione di blocco. Raccogliere e riutilizzare la soluzione bloccante fino a quattro volte. Nota: La ricetta per la soluzione bloccante è: 125 mM di tampone fosfato (NaH2PO4/Na2HPO4-) pH 7.2, 2,25% SDS (w/v), 0,5 mM EDTA, 0,5 X SSC, BSA 1% (p/v).</li>
	<li>Lavare i vetrini 2 volte per 5 min a temperatura ambiente in 500 mL di acqua distillata. Asciugare i vetrini mediante centrifugazione per 10 s a temperatura ambiente in una centrifuga di microarray. Archivio matrici in un luogo asciutto e buio fino a 6 mesi.</li>
</ol>5. ibridazione
<ol><li>Prima di ibridazione sciacquare i vetrini in acqua bollente e asciugare mediante centrifugazione (come in 4,6).</li>
	<li>Inserire la matrice all'interno di una cassetta di ibridazione e caricare un esempio di RNA radioattivo.</li>
	<li>Eseguire la stazione di ibridazione-lavaggio automatica per la massima riproducibilità.<ol>
<li>Passi di programma come segue. Guarnizioni di condizione per 2 min a 75 ° C. Introdurre la sonda a 60 ° C. Denaturare sonde e campioni 5 min a 90 ° C. Ibridare campioni per 3 h a 60 ° C.<ol>
<li>Lavare i vetrini a 50 ° C due volte con 2 X SSC, 0,1% (p/v) SDS, flusso 10 s e tenere 20 s. lavare a 42 ° C due volte con 0.1 X SSC, 0.1% SDS, flusso 10 s e tenere 20 s. lavaggio vetrini a 42 ° C due volte con 0,1 X SSC , portata 10 s e tenere premuto 20 s.</li>
		</ol>
</li>
	</ol>
</li>
	<li>A secco di diapositive mediante centrifugazione (come in 4,6).</li>
</ol>6. quantificazione di matrice
<ol><li>Avvolgere le diapositive utilizzando una sottile pellicola di plastica. Verifica diapositive per segnale radioattivo utilizzando un contatore di Geiger sulla sua impostazione più sensibile. Esporre le diapositive su uno schermo al fosforo di deposito in una cassetta di esposizione a temperatura ambiente per 10 a 90 h a seconda della potenza del segnale. Nota: Come sensibilità di contatori Geiger variano da uno strumento a altro, tempi di esposizione devono essere ottimizzati empiricamente.</li>
	<li>Scansione di diapositive a 50 µm risoluzione utilizzando un phosphorimager. Quantificare e sfondo-sottrarre intensità di radioattività ad ogni spot della sonda utilizzando il software gratuito Image J aggiornato con un profiler di microarray.</li>
	<li>Organizzare ed elaborare i dati utilizzando un foglio di calcolo elettronico. Generare mappe di calore utilizzando lo strumento di formattazione condizionale. Ad esempio rappresentare ogni segnale di sonda come una frazione (espressa in ‰) del segnale sonda totale.</li>
</ol>

<ol><li>Emilsson, V., Kurland, C. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Growth+rate+dependence+of+transfer+RNA+abundance+in+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Growth rate dependence of transfer RNA abundance in Escherichia coli.</a> EMBO J. 9 (13), 4359-4366 (1990).</li>
<li>Dittmar, K. A., Goodenbour, J. M., Pan, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue-specific+differences+in+human+transfer+RNA+expression%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Tissue-specific differences in human transfer RNA expression.</a> PLoS Genet. 2 (12), e221(2006).</li>
<li>Pavon-Eternod, M., Gomes, S., Geslain, R., Dai, Q., Rosner, M. R., Pan, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((tRNA+over-expression+in+breast+cancer+and+functional+consequences%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">tRNA over-expression in breast cancer and functional consequences.</a> Nucleic Acids Res. 37 (21), 7268-7280 (2009).</li>
<li>Giegé, R., Jühling, F., Pütz, J., Stadler, P., Sauter, C., Florentz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+of+transfer+RNAs%3A+similarity+and+variability%5BTitle%5D)+AND+%22Wiley+Interdiscip+Rev+RNA%22%5BJournal%5D)">Structure of transfer RNAs: similarity and variability.</a> Wiley Interdiscip Rev RNA. 3 (1), 37-61 (2012).</li>
<li>Machnicka, M. A., Olchowik, A., Grosjean, H., Bujnicki, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distribution+and+frequencies+of+post-transcriptional+modifications+in+tRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22RNA+Biol%22%5BJournal%5D)">Distribution and frequencies of post-transcriptional modifications in tRNAs.</a> RNA Biol. 11 (12), 1619-1629 (2014).</li>
<li>Torres, A. G., Piñeyro, D., Rodríguez-Escribà, M., Camacho, N., Reina, O., Saint-Léger, A., Filonava, L., Batlle, E., Ribas de Pouplana, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inosine+modifications+in+human+tRNAs+are+incorporated+at+the+precursor+tRNA+level%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Inosine modifications in human tRNAs are incorporated at the precursor tRNA level.</a> Nucleic Acids Res. 43 (10), 5145-5157 (2015).</li>
<li>Cognat, V., Deragon, J. M., Vinogradova, E., Salinas, T., Remacle, C., Maréchal-Drouard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+the+evolution+and+expression+of+Chlamydomonas+reinhardtii+nucleus-encoded+transfer+RNA+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">On the evolution and expression of Chlamydomonas reinhardtii nucleus-encoded transfer RNA genes.</a> Genetics. 179 (1), 113-123 (2008).</li>
<li>Zheng, G., Qin, Y., Clark, W. C., Dai, Q., Yi, C., He, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+and+quantitative+high-throughput+tRNA+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Efficient and quantitative high-throughput tRNA sequencing.</a> Nat Methods. 12 (9), 835-837 (2015).</li>
<li>Grelet, S., McShane, A., Hok, E., Tomberlin, J., Howe, P. H., Geslain, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SPOt%3A+A+novel+and+streamlined+microarray+platform+for+observing+cellular+tRNA+levels%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">SPOt: A novel and streamlined microarray platform for observing cellular tRNA levels.</a> PLoS One. 12 (5), e0177939(2017).</li>
<li>Eriani, G., Karam, J., Jacinto, J., Morris Richard, E., Geslain, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MIST%2C+a+Novel+Approach+to+Reveal+Hidden+Substrate+Specificity+in+Aminoacyl-tRNA+Synthetases%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">MIST, a Novel Approach to Reveal Hidden Substrate Specificity in Aminoacyl-tRNA Synthetases.</a> PLoS One. 10 (6), e0130042(2015).</li>
<li>Grelet, S., McShane, A., Geslain, R., Howe, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pleiotropic+Roles+of+Non-Coding+RNAs+in+TGF-%CE%B2-Mediated+Epithelial-Mesenchymal+Transition+and+Their+Functions+in+Tumor+Progression%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">Pleiotropic Roles of Non-Coding RNAs in TGF-β-Mediated Epithelial-Mesenchymal Transition and Their Functions in Tumor Progression.</a> Cancers. 9 (7), (2017).</li>
<li>Belanger, A. E., Hatfull, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exponential-phase+glycogen+recycling+is+essential+for+growth+of+Mycobacterium+smegmatis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Exponential-phase glycogen recycling is essential for growth of Mycobacterium smegmatis.</a> J Bacteriol. 181 (21), 6670-6678 (1999).</li>
<li>Chan, P. P., Lowe, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GtRNAdb%3A+A+database+of+transfer+RNA+genes+detected+in+genomic+sequence%5BTitle%5D)+AND+%22Nucl.+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">GtRNAdb: A database of transfer RNA genes detected in genomic sequence.</a> Nucl. Acids Res. 37 (Database issue), D93-D97 (2009).</li>
<li>Schmidt, C. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Effect+of+Radioactive+Phosphorus+upon+a+Suspension+of+Escherichia+coli%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">The Effect of Radioactive Phosphorus upon a Suspension of Escherichia coli.</a> J Bacteriol. 55 (5), 705-710 (1948).</li>
</ol>

Nessun conflitto di interessi dichiarati.

Le emissioni di particelle beta sono noti agenti batteriostatici e battericidi14, tuttavia radiazioni nella gamma testata non hanno alcun impatto significativo sull'adeguatezza della cella. Conteggio delle scintillazioni ha mostrato che la radioattività è incorporata nel 25% del totale-cella estratti e successivamente, l'1% di RNA totale purificato.
Delle sonde identiche dimensioni, temperatura di fusione comparabile e contenuto di GC, insieme a un protocollo uniforme per macroarray spotting, ibridazione e quantificazione permette imparziale misura dei livelli di tRNA direttamente dai segnali spot.
SPOt è riproducibile e specifici. Sua grande gamma dinamica e la soglia facilmente regolabile permette di profilatura basso specie abbondanti, come tRNAs associato polisomi, semplicemente prolungando la matrice esposizione volte9. Dopo l'investimento iniziale per l'attrezzatura necessaria, il costo per campione, compresi materiali di consumo, di funzionamento media $15 a campioni.
SPOt è applicabile a qualsiasi organismo cui genoma è disponibile per il design della sonda. Organismi di modello che vengono coltivati in vitro sono candidati ideali per l'etichettatura metabolica. Come il genoma di mammiferi spesso codifica molti isodecoders (tRNAs che condividono identici anticodoni ma visualizzare piccole differenze nelle loro sequenze di corpo) sonde devono essere parzialmente degenerati per mantenere omogenea ibridazione delle specie di tRNA stretta. Infine, le cellule di mammiferi aderente producono in genere minori quantità di RNA totale rispetto agli organismi coltivati in sospensione come M. smegmatis, quindi le colture devono essere sostanzialmente scalato.

I livelli cellulari di tRNA fluttuano secondo condizioni come tipo di cella, ambiente e stress1,2,3. SPOt, snella piattaforma per l'osservazione di tRNA, è un originale, affidabile e semplice tecnica che permette la rapida e precisa quantificazione dei livelli di RNA di trasferimento negli organismi coltivate in laboratorio.
tRNAs hanno notevolmente stabili strutture secondarie e terziarie4. Essi mostrano anche numerose modificazioni post-trascrizionali5. Queste caratteristiche rappresentano strutturali significativi e blocchi stradali di sequenza polarizzazione o a volte impedire diretto e riproducibile tRNA profilatura mediante benchmark standard RNA quantificazione tecniche6. Gruppi di ricerca nel mondo sono stati costretti a sviluppare tecniche creative ma spesso contorte per valutare i livelli cellulari di tRNA. Alcuni di questi metodi includono: (1) separazione elettroforetica bidimensionale di metabolicamente con etichetta tRNAs combinato con assegnazione posto metodico di Northern blot1; (2) i singoli quantificazione mediante Northern blot utilizzando sonde DNA radioattivo accuratamente standardizzate7; (3) post-estrazione etichettatura con fluorocromi cianina seguita da microarray analysis3e (4) in vitro stripping di modifiche di tRNA utilizzando enzimi ricombinanti demodification combinati con trascrizione d'inversione e successivi sequenziamento High8.
SPOt è una combinazione semplice e originale di due approcci standard e semplice: corpo (1) RNA etichettatura, che consiste nella sintesi, nella coltivazione di organismi, di RNA totale radioattivo e (2) tRNA macroarrays, strumento di genomico sistematico e miniaturizzato ottimizzato per la segregazione di tRNA.
I campioni sono semplificati da organismi viventi per la piattaforma di quantificazione. Essi sono analizzati direttamente dopo l'estrazione e non elaborato qualsiasi ulteriore che limita notevolmente le distorsioni rispetto alle tecniche che richiedono l'amplificazione dell'alberino-estrazione o trattamenti enzimatici. SPOt è versatile e può essere facilmente combinato al frazionamento polisoma per identificare e quantificare le sottopopolazioni di tRNA che sono fisicamente associate con la traduzione di ribosomi.
Il protocollo presentato qui è ottimizzato per Mycobacterium smegmatis, ed è stato usato con successo anche per profilo tRNAs9 Escherichia coli,10 Saccharomyces cerevisiae, mouse e colture di cellule umane11 .

<table><tbody><tr><td>Sistema di indicizzazione a slitta in vetro</td><td>V& P Scientifico, Inc.</td><td>VP 470</td><td></td></tr><tr><td>Replicatore di vetrini in vetro</td><td>V& P Scientifico, Inc.</td><td>VP 478</td><td></td></tr><tr><td>Sistema di indicizzazione per micropiastre a 96 pozzetti</td><td>V& P Scientifico, Inc.</td><td>VP 472</td><td></td></tr><tr><td>Stazione di lavaggio e tamponamento</td><td>V& P Scientifico, Inc.</td><td>VP 475</td><td></td></tr><tr><td>Essiccatore a perni replicatore</td><td>V& P Scientifico, Inc.</td><td>VP 474</td><td></td></tr><tr><td>Vetrini rivestiti di ammina</td><td>Molecular Devices</td><td>K2615</td><td></td></tr><tr><td>Ibridatore / Stazione di ibridazione e lavaggio automatizzata</td><td>Digilab</td><td>Hyb10022</td><td></td></tr><tr><td>Incubatore shaker</td><td>Eppendorf Themomixer</td><td>05-400-200</td><td></td></tr><tr><td>Tappo a vite Provette da 2 ml</td><td>Thermo Scientific</td><td>21-403-201</td><td></td></tr><tr><td>[32P] Na2HPO4</td><td>Perkin Elmer</td><td></td><td></td>NEX011001MC</tr><tr><td>Guanidinium tiocianato-fenolo-cloroformio (Trizol)</td><td>Invitrogen</td><td>15596026</td><td></td></tr><tr><td>0,5 mm perle di vetro Research</td><td>Products International Corp.</td><td>9831</td><td></td></tr><tr><td>Mini mulino a perline</td><td>VWR</td><td>25-020</td><td></td></tr><tr><td>Schermo al fosforo di stoccaggio</td><td>Fujifilm</td><td>BAS-IP SR 0813</td><td></td></tr><tr><td>Phosphorimager</td><td>GE Healthcare</td><td>Typhoon FLA7000</td><td></td></tr><tr><td>DNA oligonucleotidi</td><td>IDT</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Reticolante UV</td><td>Spectroline</td><td>Select serie 254 nm</td><td></td></tr><tr><td>Centrifuga Microarray</td><td>Arrayit Corporation</td><td>MHC110V</td><td></td></tr><tr><td>Mycobacterium smegmatis</td><td>ATCC</td><td>700084</td><td></td></tr><tr><td>Aghi monouso</td><td>BD (Becton Dickinson)</td><td>305185</td><td></td></tr><tr><td>Provetta da centrifuga da 2 ml</td><td>Fisherbrand</td><td>14-666-317</td><td></td></tr><tr><td>Precipitante (GlucoBlue)</td><td>Invitrogen</td><td>AM9516</td><td></td></tr><tr><td>7H9 brodo</td><td>Difco</td><td>271310</td><td></td></tr><tr><td>Cloroformio</td><td>Fisher Chemicals</td><td>C298-500</td><td></td></tr><tr><td>Isopropanolo</td><td>Fisher Chemicals</td><td>A451-4</td><td></td></tr><tr><td>20 X SSC</td><td>Lonza</td><td>51205</td><td></td></tr><tr><td>SDS</td><td>Fisher Bioreagents</td><td>BP166-100</td><td></td></tr><tr><td>cassetta di ibridazione</td><td>GE Healthcare</td><td>63-0035-44</td><td></td></tr><tr><td>Glicerolo</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP229-1</td><td></td></tr><tr><td>Tween 80</td><td>Amresco</td><td>M126-100ML</td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP358-212</td><td></td></tr><tr><td>Albumina</td><td>Spectrum Chemicals</td><td>A3611</td><td></td></tr><tr><td>Destrosio</td><td>Fisher Chemicals</td><td>D16-1</td><td></td></tr><tr><td>EDTA (Acido etilendiamminotetraacetico)</td><td>Fisher Bioreagents</td><td>BP2482-500</td><td></td></tr><tr><td>0.5 M Tampone fosfato pH 7.2</td><td>Alfa Aesar</td><td>AAJ63974AP</td><td></td></tr></tbody></table>

etichettatura metabolica e profilatura di rna di trasferimento utilizzando macroarrays

Metabolic Labeling and Profiling of Transfer RNAs Using Macroarrays

RNA transfer (tRNA) sono abbondanti breve non codificanti RNA specie che sono in genere da 76 a 90 nucleotidi di lunghezza. tRNAs sono direttamente responsabili per la sintesi proteica, traducendo i codoni del mRNA in sequenze dell'amminoacido. tRNAs lungo sono stati considerati come molecole di mantenimento della casa che mancava funzioni di regolamentazione. Tuttavia, un corpo crescente di prova indica che i livelli cellulari di tRNA fluttuano in corrispondenza di condizioni variabili come il tipo di cella, l'ambiente e lo stress. La fluttuazione dell'espressione di tRNA condiziona direttamente la traduzione genica, favorendo o reprimere l'espressione delle proteine particolari. In ultima analisi, comprendere la dinamica della sintesi proteica richiede lo sviluppo di metodi in grado di fornire profili di tRNA di alta qualità. Il metodo che presentiamo qui è denominato SPOt, che sta per piattaforma semplificata per Observing tRNA. SPOt è costituito da tre passaggi a partire con l'etichettatura metabolica delle colture cellulari con ortofosfato radioattivo, seguita da guanidinio tiocianato-fenolo-cloroformio estrazione di RNA totale radioattivo e infine l'ibridazione su in-House stampati macroarrays. livelli di tRNA sono stimati di quantificare l'intensità di radioattività ad ogni spot di sonda. In protocollo presentato qui noi profilo tRNAs Mycobacterium smegmatis mc2155, un batterio non patogeno, spesso usato come organismo modello per studiare la tubercolosi.

Tre biologico indipendente replica spettacolo che, sotto le condizioni di crescita testati, tutte le M. smegmatis tRNAs sono espressi sul livello sfondo (Figura 1). In questo particolare esperimento, la deviazione standard osservata per ogni sonda è compreso tra il 2% (Arg (TCT)) e il 22% (Cys (GCA)) con una mediana al 5% (Figura 1). False le modifiche tra repliche sono significativamente influenzate da fattori quali la preparazione della matrice e l'ibridazione. Alta riproducibilità è raggiunto attraverso la stampa di matrice accurato e coerente così come automatizzato l'ibridazione del campione. C'è una differenza di 5 volte tra il tRNA Ile (GAT) e tRNA (Val (TAC), la specie più alta e più basso abbondante rispettivamente. SPOt Mostra che l'espressione di tRNA isoacceptors non è uniforme. Isoacceptors sono specie che tenere lo stesso amminoacido ma visualizzare sequenze anticodone diverso e quindi decodificare diversi codoni su mRNA. Per esempio, tutti i isoacceptors di alanina sono espressi a livelli simili, considerando che l'arginina più alto e più basso accettante tRNAs differiscono per 3 volte.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56898/56898fig1.jpg"> Figura 1: risultati macroarray rappresentante tRNA. (A) Scanned batterico, mouse e macroarrays umano. M. smegmatis matrici utilizzano soltanto 43 sonde anziché 48 per mouse e umani. Di conseguenza, la matrice batterica Visualizza 40 punti vuoti (sonde vengono replicati otto volte su ogni matrice) che si fondono con lo sfondo. La maggior parte di loro sono raggruppata in alto a sinistra. (B) istogramma e heatmap Rappresentanze di profili di tRNA in M. smegmatis sotto condizioni di crescita ottimali. Segnali sonda sono la media di tre esperimenti indipendenti (tra cui la crescita batterica, etichettatura metabolica, ibridazione estrazione e matrice) e sono espressi secondo mille valori di tRNAs totale. Deviazioni standard per le tre repliche sono indicate, rispettivamente, come barre di errore e tonalità di arancio sull'istogramma e heatmap. <a href="http://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56898/56898fig1large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>

Descriviamo un'originale piattaforma di analisi del RNA di trasferimento denominata SPOt (snella piattaforma per l'osservazione del tRNA). Punto misura contemporaneamente i livelli cellulari di tutti i tRNAs nei campioni biologici, in solo tre passi e in meno di 24 ore.

Etichettatura metabolica e profilatura di RNA di trasferimento utilizzando Macroarrays

Transfer RNAs (tRNA) are abundant short non-coding RNA species that are typically 76 to 90 nucleotides in length. tRNAs are directly responsible for ...

L'obiettivo generale di questa procedura è misurare simultaneamente i livelli cellulari di tutti gli RNA di trasferimento in campioni biologici combinando la marcatura metabolica in vivo con l'analisi di macroarray. Gli RNA di trasferimento sono stati a lungo considerati come molecole di mantenimento prive di funzioni regolatorie. Tuttavia, un numero crescente di prove indica che i livelli cellulari di tRNA fluttuano in risposta a condizioni variabili come il tipo di cellula, l'ambiente e lo stress.La fluttuazione dell'espressione del tRNA influenza direttamente la traduzione genica, favorendo o reprimendo l'espressione di particolari proteine. La comprensione delle dinamiche della sintesi proteica richiede metodi in grado di fornire profili di tRNA di alta qualità. Presentiamo qui una tecnica affidabile e semplice che consente una quantificazione rapida e precisa dei livelli di RNA di trasferimento negli organismi coltivati in laboratorio.Per iniziare, con un ago calibro 18, posizionare un singolo foro al centro del tappo di una provetta sterile per microcentrifuga da 1,5 millilitri per consentire una corretta aerazione. Quindi, con cinque microlitri di Mycobacterium smegmatis da una coltura starter notturna, inoculare 500 microlitri di brodo sterile 7H9 integrato. Seguendo le pratiche standard di radioprotezione, aggiungere al terreno di coltura 20 microcurie per millilitro di ortofosfato marcato con fosforo-32.Coltiva i batteri a 37 gradi Celsius e 1.200 giri/min, in un incubatore shaker posizionato dietro uno scudo acrilico di nove millimetri di spessore. A metà della fase logaritmica, trasferire l'intera coltura in una provetta da due millilitri con tappo a vite e pellettare i batteri radioattivi a temperatura ambiente centrifugando a 10.000 volte la gravità per due minuti. Raccogliere il surnatante contenente ortofosfato radioattivo non incorporato in un contenitore per rifiuti appropriato.Per preparare l'RNA totale, aggiungere al pellet un millilitro di reagente per l'estrazione dell'RNA commerciale e circa 200 microlitri di perle di vetro. Tappare saldamente il tubo e disgregare i batteri in un omogeneizzatore alla massima agitazione per due minuti. Centrifugare il campione a 12.000 volte la gravità e quattro gradi Celsius per 10 minuti.Quindi, trasferire il surnatante in un nuovo tubo da due millilitri e scartare opportunamente le perline. Aggiungere 0,2 millilitri di cloroformio e agitare energicamente il tubo a mano per 15 secondi. Quindi, centrifugare il campione a 12.000 volte la gravità e quattro gradi Celsius per 15 minuti.Raccogliere la fase acquosa del campione in una nuova provetta inclinando la provetta a 45 gradi. Evitare di disegnare l'interfase o lo strato organico. Aggiungere due microlitri di precipitante colorato e 0,5 millilitri di isopropanolo al 100% alla fase acquosa.Agitare energicamente la provetta a mano per cinque secondi e centrifugare di nuovo. Rimuovere il surnatante dalla provetta e gettarlo in modo appropriato, poiché la frazione liquida può contenere tracce di radioattività. Quindi, dopo aver asciugato il pellet all'aria per cinque minuti, risospenderlo in 200 microlitri di 2X SSC con 0,1% in peso per volume SDS.Utilizzando il database genomico di tRNA, è possibile progettare sonde di DNA recuperando prima sequenze di tRNA o geni codificanti per tRNA. Dopo il trimming conservato di CCA a tre estremità prime se codificati e aver generato il complemento inverso, ordinare le sonde in base ai primi 70 nucleotidi. Per eseguire la stampa dell'array, scongelare la piastra a 96 pozzetti a temperatura ambiente.Con una penna diamantata, etichettare i vetrini rivestiti di ammina. Quindi, posizionare le diapositive in un'unità di indicizzazione. Dopo il posizionamento della griglia, immergere con cura i perni del replicatore nei pozzetti.Esercitando una pressione minima, stampare delicatamente l'array sui vetrini. Continuare a stampare senza pulire l'arrayer fino al termine del blocco A.It richiede un po' di pratica per essere in grado di stampare in modo coerente. Si consiglia di stampare non più di 8-10 array per sessione.Contare da 10 a 15 minuti per array. È facile perdere traccia della sequenza del modello di stampa, quindi dedica tutta la tua attenzione all'attività e disattiva tutte le distrazioni. Quando sei pronto per passare al blocco successivo, immergi il replicatore in candeggina al 5% e agita delicatamente.Premere il replicatore su carta assorbente. Quindi, immergi il replicatore in acqua distillata, agita delicatamente e premi sulla carta. Ripetere questo passaggio una volta.Quindi, immergere il replicatore nell'isopropanolo, agitarlo delicatamente e premerlo nella carta. Asciugare il replicatore sulla ventola per circa 20 secondi prima di passare al blocco successivo della piastra a 96 pozzetti. Continuare con il numero di stampe desiderato.Quindi, lasciare asciugare le diapositive. Posizionare i vetrini essiccati a faccia in su su una superficie pulita in un reticolante UV a 254 nanometri. Impostare il livello di energia su 999, 990 microjoule per centimetro quadrato, quindi premere start.Trasferire gli array in 450 millilitri di soluzione bloccante e incubarli a temperatura ambiente su un agitatore magnetico, sotto lenta agitazione per una notte. Lavare i vetrini in 500 millilitri di acqua distillata a temperatura ambiente, due volte per cinque minuti ciascuna. Asciugare i vetrini centrifugandoli in una centrifuga microarray a temperatura ambiente per 10 secondi.Conservare gli array in un luogo asciutto e buio per un massimo di sei mesi. Prima dell'ibridazione, sciacquare i vetrini in acqua bollente e asciugarli mediante centrifugazione. Posizionare l'array all'interno di una cassetta di ibridazione e caricare il campione di RNA radiomarcato.Eseguire i campioni su una stazione di ibridazione-lavaggio automatizzata per la massima riproducibilità secondo il protocollo di testo. Al termine della corsa, asciugare i vetrini mediante centrifugazione. Avvolgi i vetrini con plastica sottile.Quindi, utilizzare un contatore Geiger sulla sua impostazione più sensibile per controllare i vetrini per il segnale radioattivo. Esporre i vetrini su uno schermo al fosforo in una cassetta di esposizione a temperatura ambiente per 10-90 ore a seconda della potenza del segnale. Il tempo di esposizione, che può durare da poche ore a pochi giorni, dipende direttamente dal segnale dell'array.Ci vuole un po' di pratica per essere in grado di tradurre i conteggi sul contatore Geiger in tempo di esposizione. Scansiona il vetrino con una risoluzione di 50 micrometri utilizzando un phosphorimager. Quantifica e sottrai le intensità di radioattività in ogni punto della sonda utilizzando il software gratuito ImageJ aggiornato con un profilatore di microarray.Genera mappe di calore secondo il protocollo di testo. Qui sono mostrati macroarray batterici, topini e umani scansionati. Gli array di M.smegmatis utilizzano solo 43 sonde invece delle 48 utilizzate per topi e umani.Di conseguenza, l'array batterico mostra 40 punti vuoti che si fondono con lo sfondo. Tre repliche biologiche indipendenti mostrano che, nelle condizioni di crescita testate, tutti i tRNA di M. smegmatis sono espressi al di sopra del livello di fondo. In questo particolare esperimento, la deviazione standard osservata per ciascuna sonda è compresa tra il 2% di arginina TCT e il 22% di cisteina GCA con la mediana al 5%Inoltre, questo esperimento mostra che l'espressione degli isoaccettori del tRNA non è uniforme.Ad esempio, tutti gli isoaccettori dell'alanina sono espressi a livelli simili, mentre i tRNA più alti e più bassi che accettano l'arginina differiscono di tre volte. Una volta padroneggiata, questa tecnica può essere eseguita in circa 24 ore se viene eseguita correttamente e se il segnale spot è adeguato. Il nostro metodo è applicabile a tutti gli organismi il cui genoma è disponibile per la progettazione di sonde.Gli organismi modello coltivati in vitro sono i candidati ideali per la marcatura metabolica. Il protocollo qui presentato è ottimizzato per Mycobacterium smegmatis, ma è stato anche utilizzato con successo per profilare il tRNA in E.coli, lievito, topi e cellule umane in coltura. La nostra tecnica è riproducibile e specifica.La sua ampia gamma dinamica e la soglia facilmente regolabile consentono di profilare specie poco abbondanti, come i tRNA associati ai polisomi, semplicemente prolungando i tempi di esposizione dell'array.

metabolic-labeling-and-profiling-of-transfer-rnas-using-macroarrays

Research

Ricerca

JoVE Journal

Genetics

Genetica

A causa della natura transitoria del pre-mRNA, può essere difficile da isolare e...

Un rapido ad alta velocità Metodo per ribonucleoproteine ​​Mapping (RNP) su Human pre-mRNA

Dimostreremo la configurazione e l'analisi di pre-microRNA 96-array e per QPCR usando un robot così come a mano con una pipetta multicanale Thermo Scientific Matrix.

Profilatura di pre-micro-RNA e microRNA con Quantitative Real-time PCR (qPCR) Array

L'RNA cellulare totale fornisce un modello povero per studiare variazioni a breve termine in sintesi dell'RNA e il decadimento nonché la cinetica di RNA processing. Qui, descriviamo marcatura metabolica di RNA trascritto recente con 4 thiouridine seguito da biotinylation tiolo-specifica e purificazione dell'RNA trascritto appena consentano di superare queste limitazioni.

Marcatura metabolica di RNA recentemente trascritto per Alta Risoluzione profili di espressione genica di RNA di sintesi, trattamento e Decay in coltura cellulare

Molecular segnalazione sia attraverso gli estrogeni e microRNA sono fondamentali nello sviluppo del cancro al seno e la crescita. Estrogeni attiva i recettori degli estrogeni, che sono fattori di trascrizione. Molti fattori di trascrizione in grado di regolare l'espressione dei microRNA, e microRNA regolati dagli estrogeni possono essere profilato utilizzando diverse tecniche su larga scala.

Profiling di microRNA regolati dagli estrogeni in cellule di carcinoma mammario

Ratiometric beacon bimolecolari (RBMBs) possono essere utilizzati per immagini singole trascritti di RNA ingegnerizzati in cellule viventi. Qui, descriviamo la preparazione e purificazione di RBMBs, consegna delle RBMBs in cellule di microporation e l'imaging fluorescente di trascritti di RNA singoli in tempo reale.

In tempo reale Imaging del singolo Engineered RNA trascritti in cellule viventi Utilizzando Ratiometric bimolecolari Beacons

Abbiamo sviluppato un protocollo veloce, sensibile e riproducibile per la profilazione dell'espressione genica dei patogeni durante un'infezione.

Profili di espressione genica di microbi che infettano utilizzare una piattaforma digitale di codificazione

Questo protocollo descrive l'uso combinatoria di ChIP-seq, 4sU-seq, totale RNA-seq e profilatura per linee cellulari e cellule primarie del ribosoma. Esso consente di tenere traccia delle modifiche in fattore di trascrizione binding, trascrizione de novo , elaborazione di RNA, fatturato e traduzione nel corso del tempo e la visualizzazione il corso generale degli eventi in cellule attivate e/o cambiare rapidamente.

In tempo reale analisi del fattore di trascrizione associazione, trascrizione, traduzione e fatturato per visualizzare eventi globali durante l'attivazione cellulare

Il protocollo qui descritto si basa sulla quantificazione genoma di nuova sintesi mRNA purificato da cellule di lievito etichettate con 4-tiouracile. Questo metodo permette di misurare la sintesi di mRNA disinserita dalla degradazione del mRNA e, quindi, fornisce una misurazione accurata della trascrizione del RNA polimerasi II.

Saccharomyces cerevisiae Metabolica etichettatura con 4-tiouracile e la quantificazione di nuova sintesi mRNA come Proxy per attività di RNA polimerasi II

L'uso di uracil tiolato per purificare in modo sensibile e specifico l'RNA appena trascritto dal lievito Saccharomyces cerevisiae.

Etichettatura metabolica estremamente rapida e specifica dell'RNA In Vivo con 4-Thiouracil (Ers4tU)

L'obiettivo di questo protocollo è consentire la misurazione quantitativa della durata della fluorescenza delle sonde di Riboglow per flussi di lavoro di imaging RNA riproducibili in vitro, in cellule di mammiferi vivi e in modelli cellulari tridimensionali. Descriviamo i flussi di lavoro di preparazione del campione, consegna delle sonde, acquisizione dati e analisi quantitativa per estrarre misurazioni di durata di fluorescenza non polarizzate.

Caratterizzazione delle sonde di Riboglow In Vitro come base per l'imaging a vita della fluorescenza in cellule di mammiferi vivi e modelli cellulari tridimensionali

Scopri come misurare i livelli di tutti i tRNA cellulari combinando etichettatura metabolica in vivo con analisi macroarray. Questo metodo rapido e riproducibile consente la profilazione quantitativa del tRNA in meno di 24 ore.

Etichettatura metabolica e profilatura di RNA di trasferimento utilizzando Macroarrays

Esplora altri video