Name: Identificare i siti di fattore di trascrizione Olig2 associazione genomico in acutamente purificato PDGFRα + cellule di immunoprecipitazione della cromatina Low-cella ordinamento dellanalisi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-04-16T14:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 29 s
Description: Scopri l'analisi del legame genomico di Olig2 in cellule progenitrici oligodendrocitarie purificate mediante immunopanning, ChIP a basse cellule e sequenziamento ad alto rendimento. Questo metodo bioinformatico rivela meccanismi epigenetici e regolazione trascrizionale.

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JQW, XD, RCDD e YY sono stati supportati da concessioni dagli istituti nazionali di salute R01 NS088353; NIH grant 1R21AR071583-01; Irene Ogilvie fondo-Memorial Hermann Fondazione; l'iniziativa di cervello di UTHealth e CTSA UL1 TR000371; e una borsa di studio presso la University of Texas sistema di Neuroscienze e Neurotecnologie Research Institute (Grant n. 362469).

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<li>Jain, D., Baldi, S., Zabel, A., Straub, T., Becker, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Active+promoters+give+rise+to+false+positive+%27Phantom+Peaks%27+in+ChIP-seq+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Active promoters give rise to false positive 'Phantom Peaks' in ChIP-seq experiments.</a> Nucleic Acids Res. 43 (14), 6959-6968 (2015).</li>
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Gli autori dichiarano di non avere nessun concorrenti interessi finanziari.

Reti di regolazione genica dei mammiferi sono molto complesse. ChIP-seq è un potente metodo per indagare le interazioni proteina-DNA del genoma. Questo protocollo comprende come eseguire Olig2 ChIP-seq utilizzando un basso numero di OPCs purificato da cervelli di topo (bassi quanto 20 mila cellule per reazione). Il primo passo fondamentale per questo protocollo è la purificazione di OPCs da cervelli di topo di immunopanning con l'anticorpo PDGFRα. Per la selezione positiva di OPCs con piastre PDGFRα rivestito, OPCs spess...

È importante studiare la proteina (o complesso proteico) DNA binding e i segni epigenetici per costruire reti di regolazione trascrizionale coinvolti nei vari processi biologici. In particolare, le associazioni di fattori di trascrizione da DNA genomic possono giocare un ruolo importante nella regolazione genica, la differenziazione cellulare e lo sviluppo del tessuto. Un potente strumento per lo studio della regolazione trascrizionale e meccanismi epigenetici è immunoprecipitazione della cromatina (ChIP). A causa dei rapidi progressi nella tecnologia di sequenziamento di nuova generazione, ChIP accoppiato con sequenziamento del DNA di alto-rendimento (ChIP-seq) viene utilizzato per le analisi di binding proteina-DNA e segni epigenetici1. Tuttavia, un protocollo standard di ChIP-seq richiede circa 20 milioni di cellule per reazione, il che rende difficile l'applicazione di questa tecnica quando il numero di cellulare è limitato, come cellule primarie isolate e popolazioni di cellule rare.
Del oligodendrocyte lignaggio cellule compreso le cellule del precursore del oligodendrocyte (OPCs) ed i oligodendrocytes sono ampiamente distribuite in tutto il cervello e sono essenziali per lo sviluppo e la funzione del cervello. Come un tipo delle cellule del precursore, OPCs sono capaci di auto-rinnovamento e di differenziazione. Gli OPC non solo servono come progenitori per gli oligodendrociti ma anche svolgono un ruolo importante nella propagazione della segnalazione di un neurone comunicando con altri tipi di cellule di cervello2. Studi precedenti hanno suggerito che lo sviluppo del oligodendrocyte è regolato da fattori di trascrizione lineage-specifici come Olig2 e Sox103,4. Questi fattori di trascrizione sono stati trovati da associare alle regioni promotore o enhancer di alcuni geni cruciali per influenzare la loro espressione durante del oligodendrocyte specificazione e differenziamento. Tuttavia, è difficile da identificare il grippaggio del DNA della proteina (o complesso proteico) di interesse in OPCs acutamente purificata primario con un numero molto limitato di cellule.
Questo protocollo viene descritto come analizzare sistematicamente l'immunoprecipitato DNA genomico di Olig2 in OPCs purificata del mouse a scala di genoma utilizzando la tecnica di ChIP-seq. OPCs da cervelli di topo erano acutamente purificato mediante immunopanning e utilizzati in un esperimento di ChIP senza proliferazione in vitro. Un numero limitato di OPCs può essere ottenuto da immunopanning e non è sufficiente per gli esperimenti di ChIP-seq standard. Nel presente accordo, un protocollo di ChIP-seq cella di basso con basso quanto 20 mila cellule per reazione di ChIP per fattori di trascrizione è descritto. In breve, reticolate cellule sono state lisate e sonicate da un dispositivo di sonicazione per tosare la cromatina. La cromatina tosata è stata incubata con Olig2 anticorpo come pure proteina perline rivestite con A per precipitare il DNA genomic di Olig2 anticorpo associato. Dopo eluizione da proteina A-rivestito perline e cross-linking inversa, DNA genomic precipitato da Olig2 anticorpo è stato purificato mediante estrazione con fenolo-cloroformio. Il prodotto risultante è stato quantificato e sottoposti a T-tailing, primer modello di commutazione e di estensione, l'aggiunta di schede e amplificazione, selezione dimensione raccolta e purificazione di ricottura passi per la costruzione della libreria ChIP-seq.
Dopo la sequenziazione, è stata analizzata la qualità del crudi si legge da sia il campione preparato con anticorpo di fattore di trascrizione Olig2 e il campione di controllo. Coppie di basi di bassa qualità e adattatore contenente leggere frammenti sono stati tagliati. Successiva, profilate letture sono state allineate al genoma di riferimento del mouse. Le regioni genomiche che significativamente sono state arricchite per letture di ChIP, rispetto al campione di controllo, sono state rilevate come picchi. Picchi significativi, che rappresentano potenziali siti di legame del fattore di trascrizione, sono stati filtrati e visualizzati in un browser del genoma.
In particolare, il metodo descritto in questo protocollo può essere utilizzato ampiamente per ChIP-seq di altri fattori di trascrizione con qualsiasi tipo di cellula di un numero limitato.

<table><tbody><tr><td>Reagent/ Equipment</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Banderiaea simplicifolia lectina 1</td><td>Vector Laboratories</td><td># L-1100</td><td></td></tr><tr><td>Rat anti-PDGFRa antibody</td><td>BD Bioscience</td><td># 558774</td><td></td></tr><tr><td>Kit di dissociazione del tessuto neurale (P)</td><td>MACS Miltenyi Biotec</td><td># 130-092-628</td><td></td></tr><tr><td>Accutase</td><td>STEMCELL technologies</td><td># 07920</td><td></td></tr><tr><td>TRIzol</td><td>Thermo Fisher</td><td># 15596026</td><td></td></tr><tr><td>Anti-NG2 Condroitin Solfato Proteoglicano</td><td>Anticorpo Milliporo</td><td># AB5320</td><td></td></tr><tr><td>Bioruptor Pico dispositivo di sonicazione</td><td>Diagenode</td><td># B01060001</td><td></td></tr><tr><td>True MicroChIP kit</td><td>Diagenode</td><td># C01010130</td><td></td></tr><tr><td>Fenolo:Cloroformio:Alcool isoamilico (25:24:1, v/v)</td><td>Thermo Fisher</td><td># 15593031</td><td></td></tr><tr><td>Kit per la pulizia di gel e PCR NucleoSpin</td><td>MACHEREY-NAGEL</td><td># 740609</td><td></td></tr><tr><td>Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit</td><td>Thermo Fisher</td><td># P11496</td><td></td></tr><tr><td>DNA SMART ChIP-Seq kit</td><td>Clontech Laboratories</td><td># 634865</td><td></td></tr><tr><td>Agencourt AMPure XP</td><td>Beckman Voulter</td><td># A63880</td><td></td></tr><tr><td>GlycoBlue</td><td>Thermo Fisher</td><td># AM9516</td><td></td></tr><tr><td>pico-verde</td><td>Thermo Fisher</td><td># P11496</td><td></td></tr><tr><td>D-PBS</td><td>Thermo Fisher</td><td># 14190-144</td><td></td></tr><tr><td>SYBR Miscela master verde</td><td>Bio-Rad Laboratories</td><td># 1725124</td><td></td></tr><tr><td>DMEM/F12</td><td>Fisher Scientific</td><td># 11-320-033</td><td></td></tr><tr><td>Penicillina-streptomicina (P/S)</td><td>Fisher Scientific</td><td># 15140122</td><td></td></tr><tr><td>Integratore N-2</td><td>Fisher Scientific</td><td># 17502048</td><td></td></tr><tr><td>Integratore B-27</td><td>Fisher Scientific</td><td># 17504044</td><td></td></tr><tr><td>insulina</td><td>Sigma</td><td># I6634</td><td>Preparare 0,5 mg/ml di soluzione di insulina sciogliendo 5 mg di insulina in 10 ml di acqua e 50 &mu; l di 1 N HCl.</td></tr><tr><td>Albumina sierica bovina, adatta per colture cellulari (BSA)</td><td>Sigma</td><td># A4161</td><td>Preparare una soluzione BSA al 4% sciogliendo 4 g di BSA in 100 ml di D-PBS e regolare il pH a 7,4 Proteina</td></tr><tr><td>di base del fattore di crescita dei fibroblasti, ricombinante umano (bFGF)</td><td>EMD Millipore</td><td># GF003</td><td></td></tr><tr><td>HUMAN PDGF-AA</td><td>VWR</td><td># 102061-188</td><td></td></tr><tr><td>poli-D-lisina</td><td>VWR</td><td># IC15017510</td><td>Preparare 1 mg/ml di soluzione di poli-D-lisina sciogliendo 10 mg di poli-D-lisina in 10 ml di acqua e diluire 100 volte durante l'uso.</td></tr><tr><td>Piastre di Petri monouso Falcon, sterili, Corning, 100x15mm</td><td>VWR</td><td># 25373-100</td><td></td></tr><tr><td>Piastre di Petri monouso Falcon, sterili, Corning, 150x15mm</td><td>VWR</td><td># 25373-187</td><td></td></tr><tr><td>HBSS, 10X, senza calcio, senza magnesio, senza fenolo Red</td><td>Fisher Scientific</td><td># 14185-052</td><td></td></tr><tr><td>Trypan Blue</td><td>Stemcell Technologies</td><td># 07050</td><td></td></tr><tr><td>cocktail di inibitori della proteasi</td><td>Sigma</td><td># 11697498001</td><td></td></tr><tr><td>Software</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>FastQC</td><td>[10] http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/</td><td></td> <td>Ottenere metriche di controllo qualità delle letture grezze e rifilate</td></tr><tr><td>Trimmomatic 0.33</td><td>[11] http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic</td><td></td><td>Tagliare e filtrare le</td></tr> <tr><td>letture grezzeGENCODE mm10</td><td>ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_mouse/release_M15/GRCm38.primary_assembly.genome.fa.gz</td><td></td><td>Genoma di riferimento del topo</td></tr><tr><td>Bowtie2 2.2.4</td><td>[12] http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml</td><td></td><td>Allineamento delle letture a un genoma di riferimento</td></tr><tr><td>SAMTools 1.5</td><td>[13] http://samtools.sourceforge.net/</td><td></td> <td>Conversione del file SAM in formato BAM</td></tr><tr><td>HOMER 4.9.1</td><td>[14] http://homer.ucsd.edu/homer/</td><td></td> <td>Creazione di una directory di tag e annotazione di regioni genomiche arricchite con simboli genici</td></tr><tr><td>R 3.2.2</td><td>[15] https://www.R-project.org/</td><td></td> <td>Programmazione di script e funzioni di esecuzione</td></tr><tr><td>SPP 1.13</td><td>[16] https://github.com/hms-dbmi/spp</td><td></td><td>Creazione di un grafico di correlazione incrociata dei filamenti</td></tr><tr><td>MACS2 2.2.4</td><td>[17] https://github.com/taoliu/MACS</td><td></td><td>Trovare regioni di arricchimento ChIP su controllo</td></tr><tr><td>BEDTools 2.25</td><td>[18] http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/</td><td></td> <td>Aritmetica del genoma</td></tr><tr><td>bedGraphToBigWig</td><td>http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/</td><td></td> <td>Conversione del file bedGraph in bigwig</td></tr><tr><td>IGV browser 2.3.58</td><td>[19] http://software.broadinstitute.org/software/igv/</td><td></td> <td>Visualizzazione e navigazione di Picchi ChIP-seq significativi</td></tr><tr>Microsoft<td>Excel</td><td></td><td></td><td>Spreasheet program</td></tr><tr><td>ENCODE blacklist</td><td>https://sites.google.com/site/anshulkundaje/projects/blacklists</td><td></td><td>Filtrando i picchi</td></tr><tr><td>mm10.chrom.sizes</td><td>http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/mm10.chrom.sizes.</td><td></td><td>Conversione del file bedGraph nel</td></tr><tr><td>database dei motivi di bigwig ENCODE</td><td>[25] http://compbio.mit.edu/encode-motifs/</td><td></td> <td>Database completo dei motivi richiesto per l'arricchimento dei motivi</td></tr><tr><td>MEME-ChIP</td><td>[20] http://meme-suite.org/index.html</td><td></td><td>Analisi dell'arricchimento dei motivi e scoperta dei motivi</td></tr><tr><td>Nomi dei primer utilizzati per qPCR</td><td></td><td></td><td>Sequenze di primer utilizzate per qPCR</td></tr><tr><td>Mbp-F:</td><td></td><td></td><td>CTATAAATCGGCTCACAAGG</td></tr><tr><td>Mbp-R:</td><td></td><td></td><td>AGGCGGTTATTAAGAAGC</td></tr><tr><td>Iba1-F:</td><td></td><td></td><td>ACTGCCAGCCTAAGACAACC</td></tr><tr><td>Iba1-R:</td><td></td><td></td><td>GCTTTTCTCCCTGCAAATCC</td></tr><tr><td>Mog-F:</td><td></td><td></td><td>GGCTTCTTGGAGGAAGGGAC</td></tr><tr><td>Mog-R:</td><td></td><td></td><td>TGAATTGTCCTGCATAGCTGC</td></tr><tr><td>GAPDH-F</td><td></td><td></td><td>ATGACATCAAGAAGGTGGTG</td></tr><tr><td>GAPDH-R</td><td></td><td></td><td>CATACCAGGAAATGAGCTTG</td></tr><tr><td>Tuj1-F</td><td></td><td></td><td>TTTTCGTCTCTAGCCGCGTG</td></tr><tr><td>Tuj1-R</td><td></td><td></td><td>GATGACCTCCCAGAACTTGGC</td></tr><tr><td>PDGFR&alpha;-F</td><td></td><td></td><td>AGAGTTACACGTTTGAGCTGTC</td></tr><tr><td>PDGFR&alpha;-R</td><td></td><td></td><td>GTCCCTCCACGGTACTCCT</td></tr></tbody></table>

identificare i siti di fattore di trascrizione olig2 associazione genomico in acutamente purificato pdgfrα + cellule di immunoprecipitazione della cromatina low-cella ordinamento dell'analisi

Identifying Transcription Factor Olig2 Genomic Binding Sites in Acutely Purified PDGFR&#945;+ Cells by Low-cell Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Analysis

In cellule di mammifero, trascrizione genica è disciplinata in modo specifico di cella tipo le interazioni dei fattori trascrizionali con DNA genomico. Fattori di trascrizione Lineage-specifici sono considerati svolgono un ruolo essenziale nella specifica delle cellule e differenziazione durante lo sviluppo. ChIP accoppiato con sequenziamento del DNA di alto-rendimento (ChIP-seq) è ampiamente usato per analizzare i siti di legame del genoma di fattori di trascrizione (o suo complesso associato) di DNA genomico. Tuttavia, un numero elevato di celle è necessario per una reazione di ChIP standard, che lo rende difficile da studiare il numero limitato di cellule primarie isolate o popolazioni di cellule rare. Al fine di comprendere il meccanismo di regolazione di trascrizione lineage-specifici del oligodendrocyte fattore Olig2 nel topo acutamente purificata OPCs, un metodo dettagliato utilizzando ChIP-seq per identificare i siti di legame del genoma di Olig2 (o Olig2 complesso) viene visualizzato. In primo luogo, il protocollo spiega come purificare l'alfa del ricevitore di fattore di crescita derivato dalle piastrine (PDGFRα) positivo OPCs da cervelli di topo. Successivamente, Olig2 anticorpo mediato ChIP e la costruzione della libreria vengono eseguite. L'ultima parte viene descritto il software bioinformatico e procedure utilizzate per l'analisi di Olig2 ChIP-seq. In sintesi, questa carta segnala un metodo per analizzare le associazioni di genoma del fattore trascrizionale Olig2 nel cervello acutamente purificato OPCs.

Basso-cella ChIP-seq è stata effettuata e analisi bioinformatiche sono stati fatti per studiare le interazioni potenziali del fattore trascrizionale Olig2 con DNA genomico in cervello acutamente purificato OPCs. La figura 1 Mostra un flusso di lavoro generale sia sperimentale che le procedure di analisi dei dati. In questo protocollo, cervelli di topi postnatali fossero dissociati in sospensione unicellulare. Dopo dissociazione del tessuto, immunopanning è st...

Qui presentiamo un protocollo che è stato progettato per analizzare l'associazione genoma del fattore di trascrizione del oligodendrocyte 2 (Olig2) in cellule del precursore del oligodendrocyte cervello acutamente purificato (OPCs) eseguendo immunoprecipitazione della cromatina basso-cella (ChIP) , libreria preparazione, high throughput sequenziamento e analisi bioinformatica dei dati.

Identificare i siti di fattore di trascrizione Olig2 associazione genomico in acutamente purificato PDGFRα + cellule di immunoprecipitazione della cromatina Low-cella ordinamento dell'analisi

In mammalian cells, gene transcription is regulated in a cell type specific manner by the interactions of transcriptional factors with genomic DNA. ...

L'obiettivo generale di questo esperimento è analizzare il legame a livello di genoma del fattore di trascrizione degli oligodendrociti due in cellule precursori di oligodendrociti cerebrali acutamente purificate eseguendo l'immunopanning, l'immunoprecipitazione della cromatina a bassa cellula, il sequenziamento ad alto rendimento e l'analisi dei dati bioinformatici. Questo metodo è un potente strumento per studiare la regolazione trascrizionale dell'intero genoma e i meccanismi epigenetici, che svolgono un ruolo importante nella differenziazione e nello sviluppo cellulare. Il vantaggio principale di questa tecnica è che è ampiamente applicabile in ChIP-seq di altri fattori di trascrizione con qualsiasi tipo di cellula in numero limitato, comprese le cellule primarie acutamente purificate senza proliferazione in vitro.A dimostrare la procedura sarà Yanan You, un postdoc del mio laboratorio. È coautrice di questo articolo. Per selezionare le cellule PDGFR-alfa-positive, preparare una piastra per l'immunopanning.Preparare altre due piastre per le cellule endoteliali e la deplezione della microglia. Quindi, rivestire una capsula di Petri da 10 centimetri con 30 microlitri di immunoglo

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Qui stiamo presentando un immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) procedura per la genoma analisi posizione di isoforme di proteine ​​che si differenziano in un istone-dominio di legame. Lo stiamo applicando a ChIP-Seq analisi per identificare gli obiettivi del demetilasi KDM5A/JARID1A/RBP2 istoni.

Genoma Analisi mediante ChIP per identificare Isoform obiettivi specifici per Gene

CHIRP è una tecnica innovativa e rapida mappa genomica siti di legame di RNA non codificanti lunghi (lncRNAs). Il metodo sfrutta la specificità di oligonucleotidi anti-senso di affiancamento per consentire l'enumerazione di lncRNA-bound siti genomici.

Isolamento di cromatina Purificazione RNA (disturbo)

Questo video descrive il protocollo per il test di immunoprecipitazione della cromatina (ChIP), che è una tecnica classica per dimostrare le interazioni proteina-DNA. Questa tecnica viene utilizzata per identificare i geni bersaglio nelle cellule di leucemia linfocitica cronica umana.

Saggio di immunoprecipitazione della cromatina: una tecnica per studiare le interazioni proteina-DNA nelle cellule

In questo video, dimostriamo la tecnica di immunoprecipitazione della cromatina per identificare i siti di legame delle proteine su regioni specifiche del DNA genomico delle cellule precursori degli oligodendrociti attraverso l'immunoprecipitazione selettiva di frammenti di cromatina legati alle proteine. Questo metodo aiuta a studiare l'interazione di diverse proteine regolatrici, compresi i fattori di trascrizione coinvolti nella regolazione genica.

Immunoprecipitazione della cromatina per identificare i siti di legame delle proteine bersaglio sul DNA genomico

Descriviamo un metodo robusto per immunoprecipitazione della cromatina utilizzando cellule T primarie. Il metodo si basa su approcci standard, ma utilizza uno specifico insieme di condizioni e reagenti che migliorano l'efficienza per una limitata quantità di cellule. Importante, una descrizione dettagliata della fase di analisi dei dati è presentato.

Efficiente immunoprecipitazione della cromatina utilizzando Limitare quantità di biomassa

La combinazione di immunoprecipitazione della cromatina e sequenziamento ultra-high-throughput (ChIP-seq) in grado di identificare e mappare le interazioni proteina-DNA in una determinata linea di tessuti o cellule. Delineato è come generare un modello di chip per la successiva sequenza di alta qualità, utilizzando l'esperienza con il fattore di trascrizione TCF7L2 come esempio.

Generazione di immunoprecipitazione della cromatina Template DNA di alta qualità per high-throughput sequencing (ChIP-Seq)

In questo lavoro forniamo un flusso di lavoro sperimentale su come i potenziatori attivi possono essere identificati e convalidati sperimentalmente.

Previsione e Validazione del gene regolatore elementi attivato durante retinoico Acid Induced embrionali cellule staminali Differenziazione

Questo protocollo descrive l'uso combinatoria di ChIP-seq, 4sU-seq, totale RNA-seq e profilatura per linee cellulari e cellule primarie del ribosoma. Esso consente di tenere traccia delle modifiche in fattore di trascrizione binding, trascrizione de novo , elaborazione di RNA, fatturato e traduzione nel corso del tempo e la visualizzazione il corso generale degli eventi in cellule attivate e/o cambiare rapidamente.

In tempo reale analisi del fattore di trascrizione associazione, trascrizione, traduzione e fatturato per visualizzare eventi globali durante l'attivazione cellulare

Leucemia linfocitaria cronica (CLL) è la leucemia più comune nel mondo occidentale. Fattori di trascrizione NFAT sono importanti regolatori dello sviluppo e attivazione in numerosi tipi cellulari. Qui, presentiamo un protocollo per l'uso di immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) in cellule CLL umane per identificare geni di nuovi target di NFAT2.

Un'analisi di immunoprecipitazione della cromatina per identificare geni bersaglio NFAT2 romanzo nella leucemia linfocitaria cronica

L'immunoprecipitazioni della cromatina abbinata al sequenziamento di nuova generazione (ChIP-seq) è un metodo utilizzato per stabilire le interazioni tra i fattori di trascrizione e le sequenze genomiche che controllano. Questo protocollo delinea le tecniche per l'esecuzione di ChIP-seq con biofilm batterici, utilizzando come esempio il biofilm batterico di Salmonella enterica serovar Typhimurium.

Individuazione degli obiettivi normativi CsgD nel biofilm della Salmonella mediante l'immunoprecipitazioni della cromatina e il sequenziamento ad alto rendimento (ChIP-seq)

Segnaliamo l'applicazione della cattura della conformazione quantitativa del cromosoma seguita dal sequenziamento ad alto processo in corpi embrionali generati da cellule staminali embrionali. Questa tecnica consente di identificare e quantificare i contatti tra stimolatori e regioni promotrici di un determinato gene durante la differenziazione delle cellule staminali embrionali.

Identificazione dei contatti Enhancer-Promoter nei corpi embrionali mediante Quantitative Chromosoma Conformation Capture (4C)

Scopri l'analisi del legame genomico di Olig2 in cellule progenitrici oligodendrocitarie purificate mediante immunopanning, ChIP a basse cellule e sequenziamento ad alto rendimento. Questo metodo bioinformatico rivela meccanismi epigenetici e regolazione trascrizionale.

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