Name: Preparazione di campioni larvale della drosofila per spettrometria della cromatografia-massa del Gas (GC-MS)-base di metabolomica (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-06-06T15:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 21 s
Description: Impara la preparazione di campioni larvali di Drosophila per analisi metabolomica GC-MS. Questo metodo consente di misurare direttamente oltre 100 metaboliti in modo sensibile e riproducibile, facilitando lo studio dei processi metabolici.

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Grazie ai membri dell'impianto di spettroscopia massa di Indiana University e la University of Utah metabolomica Core Facility per assistenza nell'ottimizzazione di questo protocollo. J.M.T. è supportato dal National Institute of General Medical Sciences del National Institutes of Health, sotto Premio numero R35GM119557.

1. uovo collezione
<ol><li>Raccogliere adulti maschi e femmine vergini dei genotipi desiderati. Individualmente l'età questi animali in un flaconcino di cibo con supporti standard di Bloomington per 3 – 5 giorni.</li>
	<li>Impostare gli accoppiamenti appropriati trasferendo 50 femmine vergini e 25 maschi ad un nuovo flacone di cibo. Nota: Un minimo di sei accoppiamenti indipendenti dovrebbe essere impostato per ciascun genotipo. Un solo campione sarà raccolti da ogni accoppiamento (cioè, sei campioni raccolti da sei accoppiamenti indipendenti).</li>
	<li>
Preparare i tappi di deposizione delle uova di melassa.
	<ol>
<li>Mescolare 115 mL di melassa e 29 g di agar con 700 mL di H2O in un pallone da 2 L.</li>
		<li>Far bollire la melassa agar composto su un piatto caldo.</li>
		<li>Raffreddare fino a 70 ° C.</li>
		<li>Aggiungere 25 mL di miscela acida (20 mL di acido fosforico 85% e acido propionico 209 mL in 1 L di H2O; Conservare in una bottiglia scura) e 10 mL di estere metilico dell'acido p-idrossi-benzoico di 10% in etanolo al 95%.</li>
		<li>Versare l'agar di melassa in parte il coperchio ed il fondo di un piatto di coltura del tessuto2 35 x 10 mm. Nota: Prima di versare la melassa piastre di agar, assicurarsi che i coperchi e/o la base della piastra2 35 x 10 mm misura snuggly nella bocca di una bottiglia di stock di Drosophila (descritta nel punto 1.6). A seconda della marca di lastre utilizzate, la base potrebbe non essere utilizzabile.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Fare il lievito fresco pasta aggiungendo acqua distillata ad attivo lievito secco (5 g lievito/7 mL di acqua) fino a quando la miscela diventa una pasta che possa essere facilmente distribuita su una superficie solida (cioè, la consistenza del burro di arachide).</li>
	<li>Sviluppa circa 1,5 g di pasta di lievito sulla superficie di un tappo di deposizione delle uova di melassa.</li>
	<li>Colpire i quattro fori di aria in lati opposti di una plastica 6 once bottiglia stock Drosophila , usando un ago 22 G.</li>
	<li>Trasferire le mosche appena accoppiate dal flaconcino di cibo in flaconi per coltura. Nota: Le mosche possono essere trasferiti mediante l'utilizzo di CO2 come un anestetico temporaneo o mantenendo la parte superiore della fiala in bocca della bottiglia e acutamente toccando il fondo della bottiglia contro un benchtop.</li>
	<li>Inserire rapidamente un tappo di deposizione delle uova di melassa con pasta di lievito sulla superficie nella bocca di una bottiglia di stock di Drosophila . Utilizzare nastro di laboratorio per fissare il tappo di deposizione delle uova nel luogo. Nota: Se mosche erano anestetizzato prima del trasferimento, la bottiglia dovrebbe essere posizionata orizzontalmente sul banco fino a quando tutte le mosche hanno recuperato. Una volta che le mosche sono completamente mobile, posizionare la bottiglia in un incubatore con il tappo di deposizione delle uova di melassa nella parte inferiore della cultura.</li>
	<li>Sostituire il tappo di deposizione delle uova di melassa almeno una volta al giorno per i primi due giorni invertendo la bottiglia stock, toccando il fondo della bottiglia contro il benchtop, rimuovendo il vecchio tappo di uovo e mettendo subito una nuova PAC di uovo nella bocca della bottiglia. Scartare il vecchio tappo di deposizione delle uova. Nota: Questo passaggio garantisce che le femmine non tengono le loro uova e permette per la raccolta delle popolazioni sincronizzati.</li>
	<li>Mettere un nuovo tappo di deposizione delle uova la bottiglia stock dopo giorno 3, sostituire dopo 2 h e scartare. Rimuovere e sostituire il secondo tappo di deposizione delle uova dopo quattro ore. Etichettare il fondo di questo cappellino di deposizione delle uova con la data, il tempo e il genotipo. Nota: Le uova raccolte durante questa finestra 4h saranno utilizzate per analisi. Questo passaggio di sincronizzazione è fondamentale per l'analisi di specifici stadi di sviluppo. Le uova possono essere raccolti in questo modo per diversi giorni.</li>
	<li>Inserire i tappi di deposizione delle uova in una piastra di Petri 60x15 mm2 e posto in un incubatore alla temperatura desiderata e umidità.</li>
	<li>Ispezionare i tappi di deposizione delle uova ogni giorno per problemi con la fame, la densità della popolazione o la contaminazione. Nota: Larve devono avere accesso ad un'alimentazione adeguata per garantire lo sviluppo continuo. Se necessario, pasta di lievito fresco può essere spalmato su tutti i tappi di deposizione delle uova che verranno utilizzati nell'esperimento. Inoltre, se la densità di popolazione larvale è troppo alto, larve inizierà a vagare fuori la piastra di coltura. Questi campioni non devono essere utilizzati per analisi metabolomica perché l'alta densità di popolazione e periodi intermedi di inedia sperimentato girovagando si tradurrà in dati incoerenti. Una densità di ~ 80 – 100 medio secondo instar larve (L2) per piastra o 40 – 50 intermedio terzo instar larve (L3) per ciascuna piastra è consigliato. I campioni che sono visibilmente contaminati con batteri o funghi dovrebbero essere scartati.</li>
</ol>2. larvale campionario
<ol><li>Larve di età fino alla fase desiderata. Se raccogliendo larve L3, risincronizzare i campioni presso i molt L2 – L3. Risincronizzazione è comunemente ottenuto utilizzando un metodo descritto in precedenza che utilizza gli spiracoli anteriori come una pietra miliare dello sviluppo15. In alternativa, metà-L3 larve possono essere sincronizzate utilizzando un sgs3 reporter gene16. Nota: A questo proposito, abbiamo trovato larve di metà-L2 (~ 60 h dopo la deposizione delle uova) sono ideali per la maggior parte delle analisi perché lo sviluppo larvale è ancora relativamente sincrono in questa fase, accuratamente raccolti campioni hanno un'alimentazione adeguata per sviluppare per questo timepoint e la numero di animali per esempio è gestibili (Vedi sotto). Un passo ulteriore sincronizzazione è necessario per le larve L3 perché gli impulsi di ecdisone numerose che si verificano durante lo sviluppo L3 hanno effetti drammatici sul metabolismo e genereranno gli artefatti in popolazioni non sincronizzati.</li>
	<li>Utilizzare un ago per dissezione per sollevare delicatamente la pasta di lievito fuori l'agar. Mettere il lievito su una nuova PAC di agar di melassa. Nota: La maggior parte delle larve mangiano all'interfaccia fra l'agar di melassa e la pasta di lievito.</li>
	<li>Utilizzare un piccolo pennello per raccogliere larve dalla superficie recentemente esposta dell'agar melassa. Posizionare le larve in una provetta da centrifuga da 1,5 mL sul ghiaccio. Nota: Dimensioni del campione appropriato per ogni stadio di sviluppo sono come segue: 50 primo instar larve (L1); 25 larve di metà-L2; 20 prime larve di L3; 15 metà-L3 o tardo L3 larve.</li>
	<li>Lavare e congelare i campioni (passaggi 2.3 attraverso 2.8) in piccoli lotti (quattro a sei campioni) durante la raccolta di un insieme di grande campione. I campioni devono essere congelati entro 20 min di immissione larve nei tubi. Nota: Si consiglia di utilizzare Eppendorf 1,5 mL Flex tubi perché altri tubi possono interferire con il trasferimento del campione al passaggio 3. I campioni devono essere raccolti in provette microfuge. Non raccogliere campioni nei tubi perlina descritti al punto 3.1. Perle in ceramica conservano la soluzione di lavaggio di NaCl, che si traduce in misure di massa imprecise e introduce contaminanti nel campione.</li>
	<li>Aggiungere 1 mL di gelida 0,9% NaCl nel tubo, chiudere il coperchio e capovolgere verticalmente il tubo a accuratamente lavare le larve.</li>
	<li>Riposizionare il tubo sul ghiaccio per ~ 30 s. Durante questo tempo, larve affonderanno alla parte inferiore del tubo, ma lievito rimarrà in sospensione. Una volta tutte le larve hanno formato un pellet sciolto, rimuovere la soluzione di NaCl utilizzando una pipetta da 1 mL.</li>
	<li>Ripetere i passaggi 2.4 e 2.5 due volte, o fino a quando la soluzione di lavaggio finale è chiaro. Nota: Fasi di lavaggio supplementare potrebbero essere necessari se il campione prelevato contiene una quantità eccessiva di lievito.</li>
	<li>Centrifugare i campioni a 2.000 × g per 1 min a 4 ° C.</li>
	<li>Rimuovere tutti i residui della soluzione utilizzando una pipetta 200 µ l.</li>
	<li>Congelare immediatamente il campione in azoto liquido. Nota: Il protocollo può essere sospeso in questa fase. I campioni possono essere conservati fino a 3 mesi a-80 ° C.</li>
</ol>3. trasferire i campioni ai tubi della perla
<ol><li>Ogni campione larvale dovrà essere trasferiti dal tubo microfuge 1,5 mL per un tubi di coperchio a vite di 2 mL contenente microsfere di ceramica di 1,4 mm. In preparazione per questo passaggio di trasferimento, è possibile utilizzare un marcatore di etanolo-prova per etichettare il lato di una provetta da 2 mL per raccordi perlina (marcature sul coperchio saranno distrutti durante passaggio 4.4).</li>
	<li>Tare la massa del tubo della perla con etichetta utilizzando una bilancia analitica, in grado di misurare con precisione 0,01 mg.</li>
	<li>Se larvali campioni sono stati conservati a-80 ° C, inserire le provette campione in prima dell'azoto liquido per trasferire.</li>
	<li>Utilizzare pinze lunghe per rimuovere la provetta da 1,5 mL dall'azoto liquido dewar.</li>
	<li>Indossando guanti di nitrile, afferrare il congelato tubo, invertire e acutamente pestare il coperchio del tubo contro il benchtop per sloggiare il pellet congelato. Versare immediatamente il pellet in una provetta di perlina di coperchio a vite pre-tarato 2 mL. Se la pallina non riesce a sloggiare, tornare il tubo a azoto liquido e ripetere. Nota: Pellet larvale non sloggiare da tutti i tubi del microfuge. Se si utilizza un tubo diverso da quello consigliato, è necessario determinare se pellet larvale può essere sloggiato prima del prelievo dei campioni per l'analisi.</li>
	<li>Misurare rapidamente la massa combinata del tubo pellet e perlina larvale. Posizionare immediatamente la provetta in azoto liquido. Il pellet larvale massa verrà utilizzato per normalizzare i dati metabolomica. Nota: Il protocollo può essere sospeso in questa fase. I campioni possono essere conservati fino a 3 mesi a-80 ° C.</li>
</ol>4. campione estrazione
<ol><li>Disporre le provette campione in un benchtop di-20 ° C più fresco.</li>
	<li>Aggiungere 0,8 mL di metanolo al 90% prechilled (-20 ° C) contenente 2 µ g/mL di acido succinico-d4 in ogni provetta. Riportare il campione del benchtop di-20 ° C più fresco. Nota: L'acido succinico-d4 serve come standard interno. Utilizzare solo HPLC grade H2O e metanolo. Poiché sono metanolo e altri solventi organici volatili e difficili da misurare con precisione utilizzando pipette a spostamento aria, si consiglia di utilizzare pipette a spostamento positivo per questo passaggio e tutti i passaggi seguenti.</li>
	<li>Impostare un controllo negativo aggiungendo 0,8 mL di metanolo al 90% prechilled (-20 ° C) contenente 2 µ g/mL di acido succinico-d4 in una provetta vuota della perla.</li>
	<li>Omogeneizzare campioni per 30 secondi a 6,45 m/s usando un omogeneizzatore del mulino della perla si trova in una sala di controllo di temperatura di 4 ° C. Nota: Il mancato rapidamente e completamente omogeneizzare il pellet larvale è una comune fonte di variabilità nell'analisi metabolomica. Utilizzare solo omogeneizzatori che sono in grado di distruggere congelati tessuti larvali entro 30 s.</li>
	<li>Ritornare le provette di campioni omogeneizzati del benchtop di-20 ° C più fresco e li Incubare in un congelatore a-20 ° C per almeno 1 h.</li>
	<li>Centrifugare le provette a 20.000 × g o massima velocità per 5 min a 4 ° C per rimuovere il precipitato risultante.</li>
	<li>Trasferire 600 µ l del surnatante in un nuovo tubo per microcentrifuga da 1,5 mL. Non disturbare il precipitato. Se il sedimento precipitato diventa sloggiato durante il pipettaggio il supernatante, restituire tutti i surnatante al tubo e ripetere il passaggio 4.6.</li>
	<li>Posizionare i tubi di campione in una centrifuga vuoto. Assicurarsi che tutti i tubi siano aperti prima di sigillare la centrifuga. Asciugare i campioni a temperatura ambiente finché non viene rimosso tutto solvente (questo passaggio solitamente richiede ~ 16 h per completare). Nota: Se necessario, il protocollo può essere sospeso in questa fase. Secchi campione può essere conservato a-80 ° C.</li>
</ol>5. chimica derivatizzazione
<ol><li>Se i campioni essiccati sono stati conservati a-80 ° C, posizionare le provette non aperti in una centrifuga vuoto e asciugare per 30 min. Questo passaggio deve essere eseguito prima di aprire la provetta del campione. Nota: Questo passaggio consente di rimuovere la condensa che si raccoglie sulla parte esterna del tubo microfuge quando rimosso dal freezer. Questa porzione del protocollo è estremamente sensibile alle H2O e precauzione supplementare deve essere presa per mantenere tutti i reagenti più asciutto possibile.</li>
	<li>
Preparare una soluzione di cloridrato di methoxylamine 40 mg/mL (MOX) in piridina anidra. Utilizzare solo piridina anidra. Conservare MOX e piridina in un essiccatore e preparare la soluzione MOX ogni giorno. Attenzione: MOX e piridina sono tossici. Preparare questa soluzione nella cappa fumi.<ol>
<li>Utilizzare una pistola di calore per asciugare una siringa di vetro da 1 mL.</li>
		<li>Inserire l'ago della siringa nel flacone di piridina anidra. Prelevare 1 mL della piridina e aggiungerla in una provetta di microfuge contenenti 40 mg di MOX.</li>
		<li>Svuotare la bottiglia di piridina anidra con argon. Tappare la bottiglia e tornare nell'essiccatore.</li>
		<li>Sciogliere il MOX nella piridina incubando il tubo in un miscelatore termico a 35 ° C per 10 min a 600 giri/min.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Aggiungere 40 µ l di 40 mg/mL MOX in soluzione di piridina anidra al campione essiccato.</li>
	<li>Vortexare per 10 s e brevemente centrifuga (10.000 x g per 20 s).</li>
	<li>Incubare a 30 ° C per 1 h a 600 giri/min in un miscelatore termico.</li>
	<li>Centrifugare a 20.000 × g o velocità massima per 5 min rimuovere la materia di particelle.</li>
	<li>Trasferire 25 μl del surnatante in una fiala di autocampionatore con inserto in vetro microvolume 250 µ l disattivato.</li>
	<li>Aggiungere 40 µ l di N- metil -N- trimethylsilyltrifluoracetamide (Sandro) contenente l'1% TMC. Attenzione: Massimiliano è tossico. Eseguire questo passaggio nella cappa. Nota: Se disponibile, questo passaggio può essere completato da un autocampionatore Gerstel.</li>
	<li>Mettere un tappo sul flacone autocampionatore e sigillare utilizzando un tool crimper.</li>
	<li>Incubare il campione a 37 ° C per 1 ora con agitazione (250 giri/min).</li>
	<li>Preparare una soluzione (FAMES) standard di acido grasso metil estere come precedentemente desceribed3. Aggiungere 3 µ l di FAMES al flaconcino campionatrice automatica utilizzando un autocampionatore robotico immediatamente prima dell'iniezione. Nota: FAMEs vengono utilizzati per calibrare lo spostamento del tempo di ritenzione e verificare le prestazioni dello strumento. Se nessun autocampionatore robotico è disponibile, è possibile aggiungere FAMEs durante passaggio 5.8.</li>
</ol>6. GC-MS rilevamento
Nota: Nella maggior parte dei casi, l'utente effettuerà questo passaggio con l'assistenza di una struttura di nucleo di spettroscopia di massa. Questo protocollo è progettato per essere utilizzato con un 30 m, colonna GC con una colonna di guardia di 5 m.
<ol><li>Randomizzare l'ordine del campione.</li>
	<li>
Preparare la GC-MS.
	<ol>
<li>Insieme la portata del gas vettore elio a 1 mL/min.</li>
		<li>Impostare la temperatura a 250 ° C.</li>
		<li>Programmare il GC per eseguire il seguente gradiente di temperatura:<ol>
<li>Temperatura iniziale a 95 ° C con una sospensione di 1 min.</li>
			<li>Aumentare la temperatura a 110 ° C alla velocità di 40 ° C/min con una tenuta di 2 min.</li>
			<li>Aumentare a 250 ° C 5° C/min rampa.</li>
			<li>Aumentare a 330 ° C alla velocità di 25 ° C/min con una stretta finale di 4 min.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Ritardo impostato solvente a 3,5 min. Nota: Il tempo può essere modificato secondo il sistema GC-MS. Lo scopo di questo passaggio è quello di evitare che Massimiliano e MOX danneggino il rivelatore.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Iniettare 1 µ l di campione derivatizzato in GC-MS (split rapporto 10:1). Nota: Iniettare 2 µ l di campione se l'intensità dei picchi è troppo basso. L'ordine di iniezione dei campioni deve essere randomizzato.</li>
	<li>Azionare lo spettrometro di massa in modalità di scansione completa in un intervallo di massa di 50 – 500 m/z.</li>
</ol>7. analisi dei dati
<ol><li>Analizzare i dati di metabolomica utilizzando sia un approccio mirato o non mirato. Analisi mirata è focalizzata su misura l'abbondanza di un insieme definito di metaboliti, quali le misurazioni di lattato che descriviamo qui di seguito. Al contrario, non mirati analisi utilizza un approccio imparziale per identificare qualsiasi funzionalità metabolica che è cambiato significativamente tra due insiemi di esempio. Nota: Il nostro laboratorio utilizza principalmente i programmi gratuiti MetAlign17 e MetaboAnalyst18,19 per l'analisi dei dati. Poiché un'adeguata descrizione sia il controllo della qualità, della normalizzazione e passaggi di elaborazione dei dati sono oltre la portata di questo manoscritto, ci riferiamo all'utente a protocolli più dettagliati che sono dedicati all'elaborazione dei dati20,21, 22. Inoltre, un diagramma di flusso che descrive i passaggi necessari per questa analisi può essere trovato altrove8.</li>
</ol>

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<li>Xia, J., Wishart, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+MetaboAnalyst+3.0+for+comprehensive+metabolomics+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Protocols+in+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Using MetaboAnalyst 3.0 for comprehensive metabolomics data analysis.</a> Current Protocols in Bioinformatics. 55, (2016).</li>
<li>Xia, J., Sinelnikov, I. V., Han, B., Wishart, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MetaboAnalyst+3.0-making+metabolomics+more+meaningful%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">MetaboAnalyst 3.0-making metabolomics more meaningful.</a> Nucleic Acids Research. 43 (W1), W251-W257 (2015).</li>
<li>Lommen, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Data+%28pre-%29processing+of+nominal+and+accurate+mass+LC-MS+or+GC-MS+data+using+MetAlign%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Data (pre-)processing of nominal and accurate mass LC-MS or GC-MS data using MetAlign.</a> Methods in Molecular Biology. 860, 229-253 (2012).</li>
<li>Xia, J., Wishart, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+MetaboAnalyst+3.0+for+comprehensive+metabolomics+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Protocols+in+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Using MetaboAnalyst 3.0 for comprehensive metabolomics data analysis.</a> Current Protocols in Bioinformatics. 55, (2016).</li>
<li>Xia, J., Wishart, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Web-based+inference+of+biological+patterns%2C+functions+and+pathways+from+metabolomic+data+using+MetaboAnalyst%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">Web-based inference of biological patterns, functions and pathways from metabolomic data using MetaboAnalyst.</a> Nature Protocols. 6 (6), 743-760 (2011).</li>
<li>Li, H., Tennessen, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+for+studying+the+metabolic+basis+of+Drosophila+development%5BTitle%5D)+AND+%22Wiley+Interdisciplinary+Reviews+Developmental+Biology%22%5BJournal%5D)">Methods for studying the metabolic basis of Drosophila development.</a> Wiley Interdisciplinary Reviews Developmental Biology. 6 (5), (2017).</li>
</ol>

Gli autori non hanno nulla a rivelare.

Metabolomica fornisce un'opportunità senza precedenti per sorvegliare le reazioni metaboliche che compongono il metabolismo intermedio. La sensibilità di questa tecnologia, tuttavia, rende i dati suscettibili di background genetico, stecche inerente allo sviluppo e una varietà di stress ambientali, tra cui temperatura, umidità, densità della popolazione e disponibilità di nutrienti. Di conseguenza, un'alta qualità e riproducibili metabolomica analisi richiedono che i campioni raccolti in condizioni altamente controllate....

Moscerino della frutta Drosophila melanogaster è emerso come un sistema ideale per studiare i meccanismi molecolari che regolano il metabolismo intermedio. Non solo sono la maggior parte delle vie metaboliche conservate tra Drosophila e gli esseri umani, ma nutrienti chiave sensori e regolatori di crescita, come l'insulina, Tor e myc, sono anche attivi in volare1,2. Di conseguenza, Drosophila consente di esplorare la base metabolica delle malattie umane che vanno dal diabete e obesità a neurodegenerazione e cancro. A questo proposito, lo sviluppo larvale della drosofila fornisce il quadro ideale in cui studiare un programma metabolico conosciuto come glicolisi aerobica, o l'effetto di Warburg. Proprio come molti tumori utilizzano la glicolisi aerobica per generare biomassa da carboidrati, così per fare della drosofila larve attivano glicolisi aerobica per promuovere la crescita dello sviluppo3,4,5. Queste somiglianze tra larvale e metabolismo del tumore stabilire Drosophila come modello chiave per la comprensione come aerobico glicolisi è regolamentato in vivo.
Nonostante il fatto che la Mosca è emerso come un modello popolare per studiare il metabolismo, la maggior parte degli studi di Drosophila si basano su metodi che sono progettati per misurare diversi metaboliti3, quali trealosio, trigliceridi o ATP. Poiché un protocollo specifico è necessaria per misurare ogni metabolita, studi basati su analisi sono laboriosi, costoso e prevenuto verso quei composti che possono essere misurati usando i kit commerciali. Una soluzione a queste limitazioni è emerso dal campo della metabolomica, che fornisce un mezzo più efficiente ed imparziale di studiare il metabolismo di Drosophila . A differenza di uno studio basato su analisi, un'analisi metabolomica singolo può simultaneamente misurare centinaia di piccole molecole metaboliti e fornire una comprensione globale di stato metabolico6,7 di un organismo. Questa tecnica ha notevolmente ampliato il campo di studi metabolici di Drosophila e rappresenta il futuro di questo settore emergente8.
Metabolomica studi vengono condotti principalmente utilizzando tre tecnologie: (i) risonanza magnetica nucleare (NMR), (ii) liquida spettrometria della cromatografia-massa (LC-MS) e (iii) gas cromatografia-spettrometria (GC-MS)9. Ogni approccio offre vantaggi e svantaggi, e tutte queste tecnologie sono state usate per studiare con successo metabolismo di Drosophila . Poiché le ricerche condotte nel nostro laboratorio sono focalizzata sui metaboliti polari, piccoli, principalmente ci avvaliamo di un metodo basato su GC-MS. GC-MS fornisce all'utente una serie di vantaggi, tra cui alta riproducibilità, risoluzione dei picchi, sensibilità, e la disponibilità di una libreria spettrale di impatto (EI) standard dell'elettrone, che permette la rapida identificazione di scoperto metabolica caratteristiche10,11. La preparazione dei campioni per GC-MS, tuttavia, è piuttosto complessa e richiede una grande attenzione al dettaglio. Campioni devono essere raccolto, lavati, pesati e congelati in un modo che disseta rapidamente reazioni metaboliche. Inoltre, la carcassa Vola è resistente ai protocolli standard omogeneizzazione e richiede un mulino di tallone per assicurare l'estrazione ottimale del metabolita. Infine, i campioni analizzati mediante GC-MS devono subire derivatizzazione chimica prima del rilevamento12. Mentre precedentemente pubblicati metodi descrivono tutti questi passaggi3,13,14, è ancora necessario un protocollo visual che consentirebbe l'utente inesperto di riproducibile generare dati di alta qualità. Qui dimostriamo come preparare Drosophila larvali campioni per l'analisi metabolomica basati su GC-MS. Questo protocollo permette all'utente di misurare riproducibile molti dei piccoli metaboliti polari che compongono il metabolismo del carbonio centrale.

<table><tbody><tr><td>Melassa nera non solforata</td><td>Buon cibo, INC</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Drosophila Agar Tipo II</td><td>Genesee Scientific</td><td>66-103</td><td></td></tr><tr><td>Piridina</td><td>EMD Millipore</td><td>PX2012-7</td><td></td></tr><tr><td>Metossiammina idrocoloride (MOX)</td><td>MP Biomedicals, LLC</td><td>155405</td><td></td></tr><tr><td>MSTFA con 1% di trimetilclorosilano</td><td>Sigma</td><td>69478</td><td></td></tr><tr><td>Fleischmann' s Lievito secco attivo</td><td>AB Mauri Food Inc</td><td>2192</td><td></td></tr><tr><td>Flacone da 6 once di drosophila</td><td>Genesee Scientific</td><td>32-130</td><td></td></tr><tr><td>Miscela omogeneizzante per tessuti molli (provette da 2 mL)&nbsp;</td><td>SKU Omni International</td><td>:19-627</td><td></td></tr><tr><td>Inserto per fiale, 250 &; L vetro disattivato con piedini in polimero</td><td>Agilent</td><td>5181-8872</td><td></td></tr><tr><td>Acido succinico-2,2,3,3-d4</td><td>Sigma</td><td>293075</td><td></td></tr><tr><td>SpeedVac</td><td>Thermo&nbsp;</td><td>SC210A</td><td></td></tr><tr><td>acido o-fosforico</td><td>Fisher Scientific</td><td>A242-1</td><td></td></tr><tr><td>Acido propionico</td><td>Sigma</td><td>P5561</td><td></td></tr><tr><td>p-Idrossi benzoico estere metilico</td><td>Genesee Scientific</td><td>20-258</td><td></td></tr><tr><td>Bead Ruptor</td><td>Omni International</td><td>SKU:19-040E</td><td></td></tr><tr><td>ThermoMixer F1.5</td><td>Eppendorf</td><td>5384000012</td><td></td></tr><tr><td>Agitatore MultiTherm con blocco da 24 x 12 mm</td><td>Benchmark Scientific</td><td>H5000</td><td></td></tr><tr><td>Metanolo</td><td>Sigma</td><td>34860</td><td></td></tr><tr><td>Provetta da centrifuga da 1,5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>22364111</td><td></td></tr><tr><td>Falcon Piatto per coltura tissutale da 35 x 10 mm</td><td>Corning Incorporated</td> Colonna <td>GC 353001</td><td></td></tr><tr><td></td><td>Phenomex</td><td>ZB-5MSi</td><td></td></tr></tbody></table>

preparazione di campioni larvale della drosofila per spettrometria della cromatografia-massa del gas (gc-ms)-base di metabolomica

Preparation of Drosophila Larval Samples for Gas Chromatography-Mass Spectrometry (GC-MS)-based Metabolomics

I recenti progressi nel campo della metabolomica hanno stabilito il moscerino della frutta Drosophila melanogaster come un potente modello genetico per studiare il metabolismo degli animali. Combinando la vasta gamma di strumenti genetici della drosofila con la capacità di indagine vaste aree del metabolismo intermedio, un approccio di metabolomica può rivelare interazioni complesse tra dieta, genotipo, eventi di vita-storia e stimoli ambientali. Inoltre, studi di metabolomica possono scoprire nuovi meccanismi enzimatici e scoprire connessioni precedentemente sconosciute tra vie metaboliche apparentemente disparate. Al fine di facilitare l'uso più diffuso di questa tecnologia tra la comunità di Drosophila , qui forniamo un protocollo dettagliato che descrive come preparare campioni larvali della drosofila per spettrometria della cromatografia-massa del gas (GC-MS)- Basato su analisi metabolomica. Il nostro protocollo include descrizioni di campionario larvale, metabolita estrazione, derivatizzazione chimica e analisi GC-MS. Completamento del presente protocollo consentirà agli utenti di misurare l'abbondanza relativa di piccoli metaboliti polari, tra cui amminoacidi, zuccheri e acidi organici coinvolti nella glicolisi e i cicli TCA.

Lattato deidrogenasi (dLDH) mutanti, che mancano di dLDH attività4e geneticamente-hanno abbinato i comandi sono stati raccolti come larve di metà-L2 e trattati secondo il protocollo descritto in precedenza. Rispetto ai controlli, larve mutanti mostrano cambiamenti significativi in lattato, piruvato e L-2-idrossiglutarato4. Gli spettri sono stati acquisiti con un sistema di Agilent GC6890-5973i MS. Generare un esempio degli spettri G...

Questo protocollo descrive come preparare larve di Drosophila per analisi metabolomica basati su GC-MS.

Preparazione di campioni larvale della drosofila per spettrometria della cromatografia-massa del Gas (GC-MS)-base di metabolomica

Recent advances in the field of metabolomics have established the fruit fly Drosophila melanogaster as a powerful genetic model for studying animal ...

Questo metodo può rispondere a domande chiave nel campo del metabolismo, come ad esempio come l'oncometabolita L2-idrossiglutarato viene sintetizzato nelle cellule sane. Il vantaggio principale di questa tecnica è che consente all'utente di misurare direttamente oltre 100 metaboliti in modo sensibile e riproducibile. In generale, le persone che non conoscono questo metodo avranno difficoltà perché il protocollo richiede un'elaborazione efficiente dei campioni ed è estremamente sensibile al vapore acqueo.Per iniziare il protocollo, aggiungere un millilitro di cloruro di sodio ghiacciato allo 0,9% in una provetta da 1,5 millilitri contenente larve precedentemente preparate. Chiudere il coperchio, capovolgere verticalmente il tubo per lavare accuratamente le larve e posizionare il tubo sul ghiaccio per 30 secondi. Le larve affonderanno sul fondo del tubo, ma il lievito rimarrà in sospensione.Una volta che tutte le larve hanno formato un pellet sciolto, rimuovere la soluzione di cloruro di sodio utilizzando una pipetta da un millilitro. Centrifugare i campioni a 2.000 g per un minuto a quattro gradi Celsius. Rimuovere tutta la soluzione residua utilizzando una pipetta da 200 microlitri

preparation-drosophila-larval-samples-for-gas-chromatography-mass

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Biologia dello sviluppo

Stabile mediante l'analisi isotopica profilazione di massa gas-cromatografia spettrometria di flusso intermediario metabolica è descritto nel...

Stabile Profiling isotopica di Flux Intermediario Metabolica in fase di sviluppo e per adulti Caenorhabditis elegans</em

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Purificazione di Trascrizioni e metaboliti<em&gt; Drosophila</em&gt; Teste

I mitocondri svolgono un ruolo centrale nella regolazione del metabolismo e dell'omeostasi. Sottili cambiamenti nel metabolismo mitocondriale che influenzano la fisiologia dell'organismo potrebbero essere difficili da rilevare negli studi di metabolomica dell'intero organismo. Qui descriviamo un metodo di isolamento che migliora il rilevamento di sottili cambiamenti metabolici in Drosophila melanogaster.

Preparazione di mitocondriali arricchiti frazioni per l&#39;analisi metabolica in<em&gt; Drosophila</em

L'obiettivo di questo protocollo è quello di fornire un approccio semplice e poco costoso per la raccolta di embrioni di Drosophila a media scala (0,5-1 g) e la preparazione di estratti proteici che possono essere utilizzati nelle applicazioni proteomiche a valle, come la spettrometria di massa di purificazione-affinità (AP-MS ).

Preparazione su media scala di<em&gt; Drosophila</em&gt; Estratti di embrioni per esperimenti proteomici

Lavoratori minori delle specie di formica Colobopsis explodens vengono sezionati per isolare il contenuto simile alla cera nei loro serbatoi mandibular ipertrofico della ghiandola per analisi e successiva estrazione con solvente-facendo gas cromatografia spettrometria di massa. L'annotazione e l'identificazione dei costituenti volatili utilizzando il software open-source MetaboliteDetector inoltre è descritta.

Isolamento del contenuto serbatoio Mandibular della ghiandola da Bornean ' esplodere le formiche (Formicidae) per l'analisi di Volatilome di GC-MS e MetaboliteDetector

Questo protocollo descrive un metodo per la coltivazione su larga scala di Caenorhabditis elegans su terreni solidi. Come alternativa alla coltura liquida, questo protocollo permette di ottenere parametri di diverse scale sotto la piastra-base di coltivazione. Questo aumenta la comparabilità dei risultati omettendo le differenze morfologiche e metaboliche tra cultura mediatica di liquidi e solidi.

Piastra-base di coltivazione su larga scala di Caenorhabditis elegans: preparazione del campione per la studio di alterazioni metaboliche nel diabete

Questo protocollo descrive un singolo throughput per complementari tecniche analitiche e omiche che culmina in una caratterizzazione completamente accoppiato di sostanza organica naturale e proteomica microbica in ecosistemi differenti. Questo approccio permette confronti robusti per identificare vie metaboliche e trasformazioni importanti per descrivere la produzione di gas serra e predire le risposte al cambiamento ambientale.

Singolo-velocità effettiva complementari ad alta risoluzione tecniche analitiche per la caratterizzazione di miscele complesse di sostanza organica naturale

In questo protocollo, presentiamo un flusso di lavoro ottimizzato, che combina una preparazione efficiente e veloce del campione di molti campioni. Inoltre, forniamo una guida passo-passo per ridurre le variazioni analitiche per la valutazione ad alto rendimento degli studi GWAS metabolici.

Studi di associazione multiomica su larga scala (Mo-GWAS): linee guida per la preparazione e la normalizzazione dei campioni

Lo scopo di questo protocollo è quello di fornire una guida dettagliata sulla corretta preparazione del campione per l'analisi dei lipidi e dei metaboliti in piccoli tessuti, come il cervello di Drosophila , utilizzando l'imaging con spettrometria di massa a desorbimento/ionizzazione laser assistita da matrice (MALDI).

Preparazione del campione per l'analisi rapida dei lipidi nel cervello della Drosophila utilizzando la spettrometria di massa a desorbimento/ionizzazione laser assistita da matrice

Qui, vi presentiamo un protocollo per isolare il tessuto gonadico di zebrafish larvale, che faciliterà le indagini della differenziazione sessuale zebrafish e manutenzione.

La dissezione del larvale Zebrafish gonadica Tissue

Impara la preparazione di campioni larvali di Drosophila per analisi metabolomica GC-MS. Questo metodo consente di misurare direttamente oltre 100 metaboliti in modo sensibile e riproducibile, facilitando lo studio dei processi metabolici.

Preparazione di campioni larvale della drosofila per spettrometria della cromatografia-massa del Gas (GC-MS)-base di metabolomica (Video) | JoVE Journal

Preparazione di campioni larvale della drosofila per spettrometria della cromatografia-massa del Gas (GC-MS)-base di metabolomica

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