Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

Shailesh  K. Shahi; Kasra Zarei; Natalya  V. Guseva; Ashutosh K. Mangalam

doi:10.3791/59980

Rivista

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Biologia

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Analisi microbiota utilizzando PCR in due fasi e sequenziamento genico rRNA 16S di nuova generazione

Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

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Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

Analisi microbiota utilizzando PCR in due fasi e sequenziamento genico rRNA 16S di nuova generazione

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11:22 min

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October 15, 2019

DOI:

10.3791/59980-v

DOI:

10.3791/59980-v

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11:22 min

October 15, 2019

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Shailesh K. Shahi¹, Kasra Zarei², Natalya V. Guseva¹, Ashutosh K. Mangalam^1,2,3,4

¹Department of Pathology,University of Iowa ²Medical Scientist Training Program,University of Iowa ³Graduate Program in Immunology,University of Iowa ⁴Graduate Program in Molecular Medicine,University of Iowa

Summary

Di seguito è descritta una procedura operativa standard semplificata per la profilazione del microbioma che utilizza il sequenziamento e l'analisi metagenomica del rRNA 16S utilizzando strumenti liberamente disponibili. Questo protocollo aiuterà i ricercatori che non hanno familiarità con il campo del microbioma e quelli che richiedono aggiornamenti sui metodi per ottenere una profilazione batterica a una risoluzione più elevata.