Name: Combinazione dellibridazione in situ a fluorescenza multiplex con immunoistochimica fluorescente su sezioni cerebrali di topo fresche, congelate o fisse (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-06-25T13:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 36 s
Description: Impara a combinare l'ibridazione in situ a fluorescenza con l'immunoistochimica su sezioni cerebrali di topo fresche, congelate o fisse. Questo metodo consente la visualizzazione simultanea di RNA e proteine nelle popolazioni neuronali.

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Questo lavoro è stato finanziato dall'Australian Research Council Discovery Project grant DP180101890 e dalla Rebecca L Cooper Medical Research Foundation project grant PG2018110

Un riepilogo delle fasi di pre-trattamento dei tessuti è riportato nella Figura 1. Tutte le procedure sono state eseguite in conformità con l'Animal Care and Ethics Committee dell'Università del New South Wales in conformità con le linee guida per l'uso e la cura degli animali a fini scientifici (Australian National Health and Medical Research Council).
1. Preparazione del campione di tessuto cerebrale fresco congelato
<ol><li>Perfusione transcardica<ol><li>Preparare tampone fosfato eparinizzato (2500 U/L) 0,1 M (PB), pH 7,5. Prepara l'impasto di etanolo con ghiaccio secco mescolando ghiaccio secco con etanolo. Questo avrà una temperatura di circa -72 °C e verrà utilizzato per il congelamento immediato del tessuto raccolto.</li>
		<li>Eutanasiare topi adulti C57BL/6 e Phox2b-GFP11 (Mouse Genome Informatics database ID MGI:5776545) anestetizzandoli con pentobarbital di sodio (70 mg/kg, i.p.), utilizzando un calibro dell'ago da 27,5 pollici. ATTENZIONE: Il pentobarbital è un barbiturico. È acutamente tossico in dosi elevate e può causare la morte per arresto respiratorio. Consultare le linee guida sanitarie locali, legali e di sicurezza dei materiali prima dell'uso.</li>
		<li>Esporre il cuore e incannulare il ventricolo sinistro con un ago da disegno (calibro 23 pollici). Eseguire la perfusione transcardica con 0,1 M di PB eparinizzato fino a quando il sangue non si schiarisce (2-3 minuti) a una velocità di flusso di 11-13 mL/min. Determinare la pulizia del sangue monitorando la colorazione del fegato e l'effuso dall'atrio destro12.</li>
		<li>Isolare il cervello dalla cavità cranica, incorporarlo immediatamente in un composto a temperatura di taglio ottimale (OCT) in un criomio o in un foglio di alluminio e posizionarlo sul bagno di etanolo con ghiaccio secco. Conservare il tessuto congelato incorporato in un contenitore ermetico a - 80 °C per un massimo di 3 mesi.</li>
	</ol></li>
	<li>Sezionamento di tessuto fresco congelato<ol><li>Impostare la temperatura del criostato a -20 °C. Lasciare il tessuto incorporato nell'OCT e un mandrino criostato nel criostato per ~30 minuti per consentire l'equilibrio alla nuova temperatura. NOTA: Tenere il tessuto sempre congelato; trasportare il tessuto dal congelatore a -80 °C al criostato su ghiaccio secco.</li>
		<li>Fissare il tessuto al mandrino del criostato pre-raffreddato utilizzando il composto OCT. In questo protocollo, i blocchi di tessuto sono stati montati sul mandrino nel piano coronale. NOTA: Tagliare l'OCT in eccesso dal tessuto, utilizzando una lama di rasoio, per ridurre al minimo la quantità di OCT tagliata dal criostato e successivamente trasferita sul vetrino.</li>
		<li>Tagliare sezioni coronali spesse 14 μm e montarle su vetrini per microscopia caricati.<ol><li>Riscaldare le guide a temperatura ambiente prima di montare le sezioni. Una volta che la sezione è stata montata, conservare i vetrini in una scatola di vetrini nel criostato.</li>
			<li>Se è necessario montare più di una sezione su una slitta, riscaldare l'area per la seconda sezione posizionando un dito sul lato opposto della slitta per 5-10 secondi per favorire l'aderenza della sezione alla slitta. Una sezione di tessuto freddo non si attacca a un vetrino freddo. Le sezioni devono aderire alle guide in modo piatto; La piegatura li farà cadere dai vetrini durante le fasi di lavaggio.</li>
			<li>Se si notano crepe nelle sezioni, aumentare la temperatura del criostato di 1-5 °C per evitarlo. È particolarmente importante posizionare sezioni di tessuto molto vicine l'una all'altra sullo stesso vetrino. In questo modo si evita lo spreco di sonde e reagenti FISH durante il saggio.</li>
		</ol></li>
		<li>Conservare le sezioni di tessuto montate su vetrini in un contenitore ermetico a -80 °C per un massimo di 6 mesi. NOTA: Mantenere le sezioni sempre congelate ed evitare cicli di gelo e scongelamento, per prevenire la degradazione dell'RNA. Trasportare la scatola dei vetrini dall'interno del criostato al congelatore a -80 °C su ghiaccio secco.</li>
	</ol></li>
	<li>Fissazione di tessuto fresco congelato<ol><li>Il giorno in cui deve essere eseguito il test della sonda FISH, preparare la paraformaldeide (PFA) al 4% in PB 0,1 M, pH 7,5 (soluzione PFA al 4%). Filtrare facendo passare attraverso la carta da filtro (Grado 1: 11 μm, Tabella dei materiali) in un filtro a imbuto o a crogiolo Buchner. ATTENZIONE: Il PFA è nocivo e tossico per contatto con la pelle o inalazione. Tutte le procedure con soluzione PFA devono essere eseguite in una cappa aspirante. I rifiuti della soluzione PFA devono essere smaltiti con cura seguendo i protocolli di sicurezza istituzionali.</li>
		<li>Raffreddare la soluzione di PFA al 4% a 4 °C. Trasportare il tessuto montato su vetrino dal congelatore a -80 °C nel ghiaccio secco e immergerlo immediatamente nel fissativo pre-raffreddato per 15 minuti. NOTA: È importante che questa fase di fissazione non superi i 15 minuti, poiché una fissazione eccessiva comporterà un'etichettatura di fondo non specifica.</li>
	</ol></li>
	<li>Disidratazione di tessuti freschi congelati<ol><li>Disidratare le sezioni di tessuto immergendo i vetrini in concentrazioni graduate di etanolo. In un barattolo Coplin, immergere prima il 50%, poi il 70% e infine l'etanolo assoluto, per 5 minuti ciascuno a temperatura ambiente. Ripetere una seconda volta l'incubazione finale assoluta con etanolo.</li>
		<li>Asciugare all'aria i vetrini e, delineare il gruppo di sezioni utilizzando una penna barriera idrofobica, assicurandosi che l'area interna sia ridotta al minimo. NOTA: Assicurarsi che il vetrino sia completamente asciutto prima di disegnare la barriera idrofobica. La barriera idrofobica deve circondare completamente le sezioni di tessuto senza spazi vuoti e deve essere asciutta prima di un'ulteriore lavorazione.</li>
	</ol></li>
</ol>2. Preparazione del campione di tessuto cerebrale congelato fisso
<ol><li>Fissazione della perfusione transcardica<ol><li>Eutanasiare i topi mediante anestesia con pentobarbital di sodio (70 mg/kg, i.p) seguita da perfusione transcardica, prima con una soluzione di PFA 0,1 M PB e poi al 4%. Fissare con 10 minuti di perfusione a 11-13 mL/min.</li>
		<li>Isolare il cervello dalla cavità cranica dopo la fissazione della perfusione e immergere per una notte in una soluzione di PFA al 4%, a 4 °C.</li>
	</ol></li>
	<li>Sezionamento tissutale di tessuto fisso<ol><li>Sciacquare il cervello in soluzione fisiologica sterile tamponata con fosfato 0,1 M (PBS) prima di rimuovere gli strati meningei, con l'aiuto di un microscopio da dissezione, utilizzando una pinza fine.</li>
		<li>Tagliare il cervello con precisione in blocchi (separare il tronco encefalico dal prosencefalo prima del sezionamento del vibratomo) utilizzando una matrice cerebrale (Tabella dei materiali). In particolare, tagliare il tronco encefalico caudalmente in corrispondenza della decussazione piramidale e sezionare il cervelletto. Allo stesso modo, tagliare immediatamente il proencefalo rostrale al chiasma ottico.</li>
		<li>Fissare il tessuto su un mandrino vibrante per microtomo utilizzando cianoacrilato e incorporare in una soluzione di agar al 2%.</li>
		<li>Tagliare sezioni di tessuto spesse 30 μm utilizzando un microtomo vibrante e conservare le sezioni tagliate in soluzione crioprotettiva (30% saccarosio libero da RNasi, 30% glicole etilenico, 1% polivinilpirrolidone (PVP-40), in PB 0,1 M, pH 7,4). Le sezioni di tessuto possono essere conservate in crioprotettore a -20 °C per un massimo di 6 mesi.</li>
	</ol></li>
	<li>Preparazione di sezioni fisse prima della FISH<ol><li>Il giorno della PESCA, lavare le sezioni galleggianti tre volte, per 10 minuti per lavaggio, per rimuovere la soluzione crioprotettiva. Per il lavaggio, posizionare le sezioni in PBS da 0,1 M in una piastra di coltura cellulare a 12 pozzetti e agitare su un agitatore a piattaforma rotante (90 - 100 giri/min).</li>
		<li>Dopo i lavaggi, utilizzare un pennello per montare le sezioni sui vetrini per microscopia e asciugare all'aria per almeno 2 ore. NOTA: Le sezioni devono aderire piatte alle diapositive poiché eventuali pieghe pronunciate ne causeranno il distacco durante i lavaggi.</li>
		<li>Utilizzando una barriera idrofoba, disegnare una barriera attorno alle sezioni per limitare i reagenti FISH alle sezioni. Ancora una volta, è importante ridurre al minimo l'area interna del contorno disegnato con la penna barriera. POSSIBILE PUNTO DI ROTTURA: Le sezioni possono essere conservate a temperatura ambiente, durante la notte, per continuare il test il giorno successivo.</li>
	</ol></li>
</ol>3. Saggio FISH
NOTA: Il resto del protocollo si applica sia ai tessuti freschi congelati che a quelli congelati fissi.
<ol><li>Preparare i reagenti e gli strumenti per le fasi di ibridazione e amplificazione.<ol><li>Impostare un'incubatrice da banco e un bagnomaria a 40 °C.</li>
		<li>Preparare una camera umidificata e protetta dalla luce per l'incubazione dei vetrini. L'umidificazione impedisce l'essiccazione dei tessuti: i vetrini sono posizionati in modo sicuro sopra un serbatoio umido. Idealmente, la camera è realizzata in polistirene per impieghi gravosi, è resistente alla luce ed ermetica per mantenere un'atmosfera di vapore acqueo saturo. La chiusura della camera si basa su un attrito minimo per evitare il movimento. Abbiamo usato una scatola di diapositive rivestita con salviette da laboratorio umidificate (Tabella dei materiali) nella parte inferiore. Posizionare la scatola dei vetrini all'interno dell'incubatrice per preriscaldarla a 40 °C.</li>
		<li>Riscaldare il tampone di lavaggio 50x (tabella dei materiali) e le sonde a 40 °C per 10 minuti, utilizzando il bagnomaria, quindi raffreddare a temperatura ambiente.</li>
		<li>Preparare 1 L di 1x Wash Buffer dalla concentrazione di 50x stock.</li>
		<li>Preparare la miscela della sonda (Tabella dei materiali): la sonda C1 è pronta per l'uso alla concentrazione di serie, mentre le sonde C2 e C3 vengono spedite con una concentrazione 50x e richiedono la diluizione con il diluente fornito nel kit. NOTA: Le miscele di sonde possono essere conservate a 4 °C per un massimo di 6 mesi.</li>
	</ol></li>
	<li>Trattamento della proteasi<ol><li>Incubare le sezioni con Proteasi III (Tabella dei materiali) a temperatura ambiente per 30 minuti. NOTA: Assicurarsi che la proteasi III e i reagenti di incubazione nei processi a valle (miscela di sonde, soluzioni di amplificazione, tampone bloccante e sieri anticorpali) coprano interamente le sezioni. Il puntale di una pipetta può essere utilizzato per distribuire il reagente sulla sezione in modo da coprire l'intera area all'interno della barriera idrofobica.</li>
		<li>Lavare i vetrini due volte con PBS 0,1 M, per 2 minuti ogni volta, in una grande capsula di Petri quadrata di plastica. In questo caso è stata utilizzata una piastra di analisi biologica quadrata di 245 mm x 245 mm (Tabella dei materiali). Tenere da un lato del piatto e inclinare delicatamente 3-5 volte. Dopo i lavaggi, estrarre il PBS in eccesso da 0,1 M dal vetrino e aggiungere immediatamente il reagente successivo. Non lasciare asciugare le sezioni di tessuto. NOTA: Durante ogni lavaggio, i vetrini vengono immersi in una soluzione a temperatura ambiente. Questo è il flusso di lavoro per tutte le fasi di lavaggio successive. Le sezioni fisse spesse 30 μm si staccano dai vetrini più facilmente delle sezioni spesse 14 μm, sii delicato durante i lavaggi.</li>
	</ol></li>
	<li>Ibridazione e amplificazione<ol><li>Dopo aver lavato via la soluzione di proteasi, posizionare i vetrini nella camera umidificata e preriscaldata. Incubare le sezioni con miscela di sonde (Tabella dei materiali) per 2 ore a 40 °C all'interno di un incubatore da banco. NOTA: Assicurarsi che ci siano almeno 2 sezioni riservate alle sonde di controllo positive e negative per valutare la qualità dell'RNA del campione e la permeabilizzazione ottimale. Le sonde di controllo positivo hanno come bersaglio i geni house-keeping; in questo caso, si trattava di un cocktail di RNA che avevano come bersaglio l'ubiquitina C (UBC; ad alta abbondanza), la peptidilpropilisomerasi B (PPIB; a moderata abbondanza) e la RNA polimerasi 2a (POLR2A; a bassa abbondanza). Le sonde di controllo negativo hanno come bersaglio il gene batterico 4-idrossi-tetraidrodipicolinato reduttasi (DapB), che è normalmente assente nei campioni di cervello di topo. Il segnale DapB positivo indica un segnale non specifico e/o una contaminazione batterica del campione.</li>
		<li>Dopo l'ibridazione con la miscela di sonde, le fasi di amplificazione del segnale consistono nell'incubazione con Amp 1-FL (30 minuti), poi con Amp 2-FL (15 minuti), seguito da Amp 3-FL (30 minuti) e infine Amp 4-FL (15 minuti) - ciascuno a 40 °C. Utilizzando i flaconi contagocce in dotazione, coprire le sezioni di tessuto con una soluzione di amplificazione. Procedere al test IHC dopo l'ultima fase di amplificazione.</li>
		<li>Risciacquare i vetrini con il tampone di lavaggio due volte per 2 minuti tra l'ibridazione della sonda e ogni fase di amplificazione.</li>
	</ol></li>
</ol>4. Saggio IHC
<ol><li>Fase di blocco IHC<ol><li>Per prevenire il legame aspecifico degli anticorpi, incubare le sezioni per 1 ora a temperatura ambiente con una soluzione bloccante contenente il 10% di siero di cavallo normale, lo 0,3% di Tween20 in 1x TBSm (50 mM Tris-Cl, pH 7,5, 150 mM NaCl, 0,05% mertiolato) dopo il test FISH. Preparare gli anticorpi primari in un tampone di diluizione contenente 1x TBSm, 5% di siero di cavallo normale e 0,1% di Tween20. I fornitori primari di anticorpi sono elencati nella tabella dei materiali.</li>
	</ol></li>
	<li>Immunoistochimica<ol><li>Rimuovere il tampone bloccante in eccesso agitando il vetrino e incubare le sezioni con anticorpi primari per una notte a 4 °C.</li>
		<li>Lavare i vetrini 3 volte (5 minuti ciascuno) con 1x TBSm e incubare con anticorpi secondari in diluente contenente 1x TBSm, 1% di siero di cavallo normale e 0,1% di Tween20 per 2 ore a temperatura ambiente. Gli anticorpi secondari utilizzati in questo protocollo sono elencati nella Tabella dei materiali.</li>
		<li>Lavare i vetrini 3 volte con 1x TBSm (5 minuti ciascuno) prima di coprivetrini con un mezzo di montaggio con o senza DAPI (Table of Materials).</li>
	</ol></li>
</ol>5. Imaging
<ol><li>Esaminare l'immunocolorazione con un microscopio a epifluorescenza dotato di una telecamera (vedere la tabella dei materiali per i dettagli). Acquisisci immagini rappresentative con un ingrandimento di 20x e salvale come file TIFF.</li>
	<li>Esporta immagini rappresentative in un software di elaborazione delle immagini (Tabella dei materiali) per la regolazione della luminosità/contrasto per aumentare la nitidezza e riflettere il rendering reale.</li>
</ol>6. OPZIONALE: Analisi quantitativa dei trascritti target
NOTA: Questo è un articolo sui metodi e non vengono forniti risultati quantitativi. Il metodo di quantificazione qui presentato proviene da Dereli et al.Ore 10.
<ol><li>Acquisire immagini dalle regioni di interesse come spiegato in 5.1 e applicare le stesse impostazioni del microscopio e della fotocamera (come il tempo di esposizione e l'intensità della luce) a tutte le immagini dello stesso fluoroforo.</li>
	<li>Tracciare i profili neuronali utilizzando un software di analisi delle immagini (Table of Materials).</li>
	<li>Allineare le sezioni con riferimento al livello di Bregma secondo un atlante cerebrale stereotassico13.</li>
	<li>Applica la stessa luminosità e lo stesso contrasto a tutte le immagini dello stesso fluoroforo. Considera solo i neuroni con nuclei colorati con DAPI.</li>
	<li>Contare manualmente il numero di cellule che esprimono mRNA, proteine, mRNA/mRNA, proteine/proteine e mRNA/proteine che coesprimono all'interno della regione di interesse.</li>
	<li>Per ridurre le distorsioni nei risultati sperimentali, chiedi alla persona che quantifica i risultati sperimentali di essere cieca rispetto ai gruppi sperimentali.</li>
	<li>Applicare la correzione di Abercrombie14 al conteggio totale delle cellule utilizzando la seguente equazione di Abercombie: Conteggio corretto delle cellule = conteggio manuale delle cellule x spessore della sezione / (spessore della sezione + dimensione nucleare) Ad esempio, per sezioni spesse 14 μm, la larghezza nucleare media è calcolata in 7,7 ± 0,3 μm e lo spessore medio della sezione è di 14 ± 1 μm sulla base di 30 cellule e 10 sezioni rispettivamente in 5 animali10. Secondo l'equazione di Abercrombie, il conteggio corretto delle cellule sarebbe il conteggio manuale delle cellule x 14/(14+7,7).</li>
</ol><img alt="Diagramma di flusso del processamento tissutale: perfusione transcardica, sezionamento per criostato/vibratomo, preparazione di FISH." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61709/61709fig01.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 1"> Figura 1: Flusso di lavoro parallelo delle fasi di pre-trattamento dei tessuti sia per i tessuti freschi congelati che per quelli fissati con paraformaldeide. Le fasi di lavorazione per il tessuto fresco-congelato sono visualizzate nelle caselle con contorno rosso, mentre quelle per il tessuto fissato con paraformaldeide (PFA) sono visualizzate nelle caselle con contorno blu. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/61709/61709fig01large.jpg" target="_blank">Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Diagramma del flusso di lavoro dell'ibridazione in situ a fluorescenza (FISH) e dell'immunoistochimica." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61709/61709fig02.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 2"> Figura 2: Riepilogo della procedura combinata di sonda FISH e immunoistochimica. Dopo la pre-elaborazione del tessuto, il tessuto montato su vetrino viene circondato utilizzando una penna barriera idrofobica, come si vede nel primo fotogramma, e incubato in una soluzione di proteasi a temperatura ambiente. Dopo i lavaggi, il tessuto viene trasferito in un incubatore da banco per l'ibridazione per 2 ore prima delle fasi di amplificazione sequenziale. Il sistema di ibridazione in situ utilizza un design proprietario a "sonda Z", preamplificatori e amplificatori come si vede nei fotogrammi 3-66. Una volta che il tessuto è stato sottoposto alla lavorazione della sonda FISH, viene lavato prima di bloccarsi con il normale siero di cavallo. L'incubazione dell'anticorpo primario viene effettuata durante la notte a 4 °C per massimizzare il legame anticorpo-antigene. L'incubazione secondaria degli anticorpi (2 ore) è stata effettuata a temperatura ambiente. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/61709/61709fig02large.jpg" target="_blank">Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>

<ol><li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNAscope%3A+a+novel+in+situ+RNA+analysis+platform+for+formalin-fixed%2C+paraffin-embedded+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Molecular+Diagnostics%22%5BJournal%5D)">RNAscope: a novel in situ RNA analysis platform for formalin-fixed, paraffin-embedded tissues.</a> Journal of Molecular Diagnostics. 14 (1), 22-29 (2012).</li>
<li>Annese, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNAscope+dual+ISH-IHC+technology+to+study+angiogenesis+in+diffuse+large+B-cell+lymphomas%5BTitle%5D)+AND+%22Histochemistry+and+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">RNAscope dual ISH-IHC technology to study angiogenesis in diffuse large B-cell lymphomas.</a> Histochemistry and Cell Biology. 153 (3), 185-192 (2020).</li>
<li>Morrison, J. A., McKinney, M. C., Kulesa, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Resolving+in+vivo+gene+expression+during+collective+cell+migration+using+an+integrated+RNAscope%2C+immunohistochemistry+and+tissue+clearing+method%5BTitle%5D)+AND+%22Mechanisms+of+Development%22%5BJournal%5D)">Resolving in vivo gene expression during collective cell migration using an integrated RNAscope, immunohistochemistry and tissue clearing method.</a> Mechanisms of Development. 148, 100-106 (2017).</li>
<li>Gross-Thebing, T., Paksa, A., Raz, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+high-resolution+detection+of+multiple+transcripts+combined+with+localization+of+proteins+in+whole-mount+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biology%22%5BJournal%5D)">Simultaneous high-resolution detection of multiple transcripts combined with localization of proteins in whole-mount embryos.</a> BMC Biology. 12, 55(2014).</li>
<li>Stempel, A. J., Morgans, C. W., Stout, J. T., Appukuttan, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+visualization+and+cell-specific+confirmation+of+RNA+and+protein+in+the+mouse+retina%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Vision%22%5BJournal%5D)">Simultaneous visualization and cell-specific confirmation of RNA and protein in the mouse retina.</a> Molecular Vision. 20, 1366-1373 (2014).</li>
<li>Kersigo, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+RNAscope+whole+mount+approach+that+can+be+combined+with+immunofluorescence+to+quantify+differential+distribution+of+mRNA%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+and+Tissue+Research%22%5BJournal%5D)">A RNAscope whole mount approach that can be combined with immunofluorescence to quantify differential distribution of mRNA.</a> Cell and Tissue Research. 374 (2), 251-262 (2018).</li>
<li>Grabinski, T. M., Kneynsberg, A., Manfredsson, F. P., Kanaan, N. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+method+for+combining+RNAscope+in+situ+hybridization+with+immunohistochemistry+in+thick+free-floating+brain+sections+and+primary+neuronal+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">A method for combining RNAscope in situ hybridization with immunohistochemistry in thick free-floating brain sections and primary neuronal cultures.</a> PLoS One. 10 (3), 0120120(2015).</li>
<li>Baleriola, J., Jean, Y., Troy, C., Hengst, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+axonally+localized+mRNAs+in+brain+sections+using+high-resolution+in+situ+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Detection of axonally localized mRNAs in brain sections using high-resolution in situ hybridization.</a> Journal of Visualized Experiments. (100), e52799(2015).</li>
<li>Fe Lanfranco, M., Loane, D. J., Mocchetti, I., Burns, M. P., Villapol, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combination+of+fluorescent+in+situ+hybridization+%28FISH%29+and+immunofluorescence+imaging+for+detection+of+cytokine+expression+in+microglia%2Fmacrophage+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Bio-Protocol%22%5BJournal%5D)">Combination of fluorescent in situ hybridization (FISH) and immunofluorescence imaging for detection of cytokine expression in microglia/macrophage cells.</a> Bio-Protocol. 7 (22), (2017).</li>
<li>Dereli, A. S., Yaseen, Z., Carrive, P., Kumar, N. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adaptation+of+respiratory-related+brain+regions+to+long-term+hypercapnia%3A+focus+on+neuropeptides+in+the+RTN%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Adaptation of respiratory-related brain regions to long-term hypercapnia: focus on neuropeptides in the RTN.</a> Frontiers in Neuroscience. 13, 1343(2019).</li>
<li>Lazarenko, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acid+sensitivity+and+ultrastructure+of+the+retrotrapezoid+nucleus+in+Phox2b-EGFP+transgenic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Comparative+Neurology%22%5BJournal%5D)">Acid sensitivity and ultrastructure of the retrotrapezoid nucleus in Phox2b-EGFP transgenic mice.</a> Journal of Comparative Neurology. 517 (1), 69-86 (2009).</li>
<li>Gage, G. J., Kipke, D. R., Shain, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole+animal+perfusion+fixation+for+rodents%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Whole animal perfusion fixation for rodents.</a> Journal of Visualized Experiments. (65), e3564(2012).</li>
<li>Paxinos, G., Franklin, K. B. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aPaxinos%2C+G+%22The+mouse+brain+in+stereotaxic+coordinates%22">The mouse brain in stereotaxic coordinates</a>. , Academic Press. (2004).</li>
<li>Abercrombie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Estimation+of+nuclear+population+from+microtome+sections%5BTitle%5D)+AND+%22Anatomical+Records%22%5BJournal%5D)">Estimation of nuclear population from microtome sections.</a> Anatomical Records. 94, 239-247 (1946).</li>
<li>Kerr, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+generation+of+knock-in+mice+expressing+fluorescently+tagged+galanin+receptors+1+and+2%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+and+Cellular+Neurosciences%22%5BJournal%5D)">The generation of knock-in mice expressing fluorescently tagged galanin receptors 1 and 2.</a> Molecular and Cellular Neurosciences. 68, 258-271 (2015).</li>
<li>Kachidian, P., Pickel, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Localization+of+tyrosine+hydroxylase+in+neuronal+targets+and+efferents+of+the+area+postrema+in+the+nucleus+tractus+solitarii+of+the+rat%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Comparative+Neurology%22%5BJournal%5D)">Localization of tyrosine hydroxylase in neuronal targets and efferents of the area postrema in the nucleus tractus solitarii of the rat.</a> Journal of Comparative Neurology. 329 (3), 337-353 (1993).</li>
<li>Stornetta, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+Phox2b+by+brainstem+neurons+involved+in+chemosensory+integration+in+the+adult+rat%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Expression of Phox2b by brainstem neurons involved in chemosensory integration in the adult rat.</a> Journal of Neuroscience. 26 (40), 10305-10314 (2006).</li>
<li>Gilmor, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+the+putative+vesicular+acetylcholine+transporter+in+rat+brain+and+localization+in+cholinergic+synaptic+vesicles%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Expression of the putative vesicular acetylcholine transporter in rat brain and localization in cholinergic synaptic vesicles.</a> Journal of Neuroscience. 16 (7), 2179-2190 (1996).</li>
<li>Fisher, J. M., Sossin, W., Newcomb, R., Scheller, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiple+neuropeptides+derived+from+a+common+precursor+are+differentially+packaged+and+transported%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Multiple neuropeptides derived from a common precursor are differentially packaged and transported.</a> Cell. 54 (6), 813-822 (1988).</li>
<li>Towle, A. C., Lauder, J. M., Joh, T. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+of+tyrosine-hydroxylase+immunocytochemistry+in+paraffin+sections+using+pretreatment+with+proteolytic-enzymes%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Histochemistry+and+Cytochemistry%22%5BJournal%5D)">Optimization of tyrosine-hydroxylase immunocytochemistry in paraffin sections using pretreatment with proteolytic-enzymes.</a> Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 32 (7), 766-770 (1984).</li>
<li>Biancardi, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+of+the+excitatory%2C+inhibitory%2C+and+modulatory+afferent+projections+to+the+anatomically+defined+active+expiratory+oscillator+in+adult+male+rats%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Comparative+Neurology%22%5BJournal%5D)">Mapping of the excitatory, inhibitory, and modulatory afferent projections to the anatomically defined active expiratory oscillator in adult male rats.</a> Journal of Comparative Neurology. 529 (4), 853-884 (2021).</li>
<li>Matthews, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Feedback+in+the+brainstem%3A+an+excitatory+disynaptic+pathway+for+control+of+whisking%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Comparative+Neurology%22%5BJournal%5D)">Feedback in the brainstem: an excitatory disynaptic pathway for control of whisking.</a> Journal of Comparative Neurology. 523 (6), 921-942 (2015).</li>
<li>Ramos-Vara, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Principles+and+methods+of+immunohistochemistry%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Principles and methods of immunohistochemistry.</a> Methods in Molecular Biology. 1641, 115-128 (2017).</li>
<li>Shi, S. R., Key, M. E., Kalra, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antigen+retrieval+in+formalin-fixed%2C+paraffin-embedded+tissues%3A+an+enhancement+method+for+immunohistochemical+staining+based+on+microwave+oven+heating+of+tissue+sections%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Histochemistry+and+Cytochemistry%22%5BJournal%5D)">Antigen retrieval in formalin-fixed, paraffin-embedded tissues: an enhancement method for immunohistochemical staining based on microwave oven heating of tissue sections.</a> Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 39 (6), 741-748 (1991).</li>
<li>Yamashita, S., Katsumata, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heat-induced+antigen+retrieval+in+immunohistochemistry%3A+mechanisms+and+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Heat-induced antigen retrieval in immunohistochemistry: mechanisms and applications.</a> Methods in Molecular Biology. 1560, 147-161 (2017).</li>
<li>Yamashita, S., Okada, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+heat-induced+antigen+retrieval%3A+analyses+in+vitro+employing+SDS-PAGE+and+immunohistochemistry%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Histochemistry+and+Cytochemistry%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of heat-induced antigen retrieval: analyses in vitro employing SDS-PAGE and immunohistochemistry.</a> Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 53 (1), 13-21 (2005).</li>
<li>Yamashita, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heat-induced+antigen+retrieval%3A+mechanisms+and+application+to+histochemistry%5BTitle%5D)+AND+%22Progress+in+Histochemistry+and+Cytochemistry%22%5BJournal%5D)">Heat-induced antigen retrieval: mechanisms and application to histochemistry.</a> Progress in Histochemistry and Cytochemistry. 41 (3), 141-200 (2007).</li>
</ol>

Nelle neuroscienze, FISH e IHC sono abitualmente utilizzati per studiare l'organizzazione spaziale e il significato funzionale dell'mRNA o delle proteine all'interno delle sottopopolazioni neuronali. Il protocollo descritto in questo studio migliora la capacità di rilevamento simultaneo di mRNA e proteine nelle sezioni cerebrali. Il nostro saggio combinato multiplex FISH-IHC ha permesso l'identificazione fenotipica di sottopopolazioni neuronali distinte nell'NTS sia in preparazioni cerebrali fresche congelate che fisse. ...

Le proteine e gli mRNA che definiscono neurochimicamente le sottopopolazioni di neuroni sono comunemente identificati rispettivamente con una combinazione di immunoistochimica (IHC) e/o ibridazione in situ (ISH). La combinazione di ISH con tecniche IHC facilita la caratterizzazione di modelli di colocalizzazione unici per i neuroni funzionali (codifica neurochimica) massimizzando la capacità di marcatura multiplex.
I metodi ISH fluorescenti (FISH), incluso l'RNAscope, hanno una maggiore sensibilità e specificità rispetto ai precedenti metodi di rilevamento dell'RNA come l'ISH radioattivo e l'ISH cromogenico non radioattivo. La FISH consente la visualizzazione di singoli trascritti di mRNA come macchie colorate con puntini1. Inoltre, il test RNAscope consente di marcare un numero maggiore di bersagli di RNA alla volta, utilizzando diversi tag fluorofori. Nonostante questi vantaggi, le limitazioni tecniche possono influenzare il numero di fluorofori/cromogeni che possono essere utilizzati in un singolo esperimento. Questi includono la disponibilità di set di filtri per microscopio; tali considerazioni sono aggravate quando l'identificazione neurochimica utilizza la combinazione di FISH e IHC, rispetto all'utilizzo di ciascuna tecnica in modo isolato, poiché i passaggi intrinseci ottimali per un metodo possono essere dannosi per l'altro.
Precedenti applicazioni di FISH in combinazione con IHC hanno dimostrato l'espressione di specifici bersagli cellulari nei linfomi umani a cellule B2, negli embrioni di pulcino3, negli embrioni di zebrafish4, nella retina di topo5 e nelle cellule dell'orecchio interno di topo6. In questi studi, la preparazione del tessuto è stata incorporata in paraffina fissata in formalina (FFPE)2,3,5 o a monte intero fresco 4,6. Altri studi hanno applicato l'RNAscope cromogenico su preparati cerebrali fissi di topo e ratto 7,8,9. In particolare, Baleriola et al.8 hanno descritto due diverse preparazioni tissutali per la combinazione ISH-IHC; corrette le sezioni cerebrali di topo e le sezioni di cervello umano FFPE. In una recente pubblicazione, abbiamo combinato FISH e IHC fluorescente su sezioni fresche congelate, per visualizzare simultaneamente mRNA a bassa abbondanza (recettore 1 della galanina, GalR1), mRNA ad alta abbondanza (trasportatore della glicina 2, GlyT2) e proteina10 del trasportatore vescicolare dell'acetilcolina (vAChT) nella formazione reticolare del tronco encefalico.
Il nucleo del tratto solitario (NTS) è una delle principali regioni del cervello coinvolte nella funzione autonomica. Situata nel rombencefalo, questa popolazione eterogenea di neuroni riceve e integra un vasto numero di segnali autonomi, compresi quelli che regolano la respirazione. L'NTS ospita diverse popolazioni neuronali, che possono essere fenotipicamente caratterizzate dal pattern di espressione di bersagli dell'mRNA, tra cui GalR1 e GlyT2 e marcatori proteici per l'enzima tirosina idrossilasi (TH) e il fattore di trascrizione Paired-like homeobox 2b (Phox2b).
Il titolare dell'RNAscope raccomanda preparazioni di tessuto fresco congelato, ma il tessuto preparato mediante fissazione per perfusione transcardica di animali interi, insieme alla crioprotezione a lungo termine (conservazione a -20 °C) di sezioni fisse di tessuto congelato, è comune in molti laboratori. Pertanto, abbiamo cercato di stabilire protocolli per la FISH in combinazione con l'IHC utilizzando preparati di tessuti freschi congelati e congelati fissi. Qui, forniamo sezioni di cervello fresco congelato e congelato fisso: (1) un protocollo per FISH combinato e IHC fluorescente (2) una descrizione della qualità dell'mRNA e della marcatura delle proteine prodotte, quando si utilizza ogni preparazione (3) una descrizione dell'espressione di GalR1 e GlyT2 nell'NTS.
Il nostro studio ha rivelato che, se combinato con la metodologia RNAscope, il successo dell'IHC variava nelle preparazioni fresche congelate e surgelate fisse e dipendeva dalla localizzazione delle proteine bersaglio all'interno della cellula. Nelle nostre mani, l'etichettatura delle proteine legate alla membrana ha sempre avuto successo. Al contrario, l'IHC per la proteina citoplasmatica richiedeva la risoluzione dei problemi anche nei casi in cui la proteina citoplasmatica era sovraespressa in un animale transgenico (Phox2b-GFP)11. Infine, mentre GalR1 è espresso nei neuroni non catecolaminergici nell'NTS, l'espressione di GlyT2 è assente nell'NTS.

<table><tbody><tr><td>ANIMALS</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>C57BL/6 topo</td><td>Australian BioResources, Moss Vale</td><td>MGI: 2159769</td><td></td></tr><tr><td>Phox2b-eGFP topo</td><td>Australian BioResources, Moss Vale</td><td>MGI: 5776545</td><td></td></tr><tr><td>REAGENTS</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cyanoacrylate</td><td>Loctite</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Glicole etilenico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>324558</td><td></td></tr><tr><td>Eparina-Sodica</td><td>Clifford Hallam Healthcare</td><td>1070760</td><td>Consultare il fornitore veterinario locale o la farmacia.</td></tr><tr><td>Lethabarb (Pentabarbitolo di sodio) Eutanasia Iniezione</td><td>Virbac (Australia) Pty Ltd</td><td>N/A</td><td>Consultare un veterinario per le normative farmaceutiche locali relative al Pentabarbitolo di sodio</td></tr><tr><td>Polvere di agarosio di grado molecolare</td><td>Sigma Aldrich</td><td>5077</td><td></td></tr><tr><td>OCT Compound, 118mL</td><td>Scigen Ltd</td><td>4586</td><td></td></tr><tr><td>Paraformaldeide, prilled, 95%</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>441244-1KG</td><td></td></tr><tr><td>Polivinilpirrolidone, massa media in peso 40.000&nbsp; (PVP-40)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>PVP40</td><td></td></tr><tr><td>ProLong Gold Antifade Mountant</td><td>Invitrogen</td><td>P36930</td><td>Con o senza DAPI</td></tr><tr><td>RNAscope Kit di reagenti fluorescenti multiplex (capacità fino a 3 plex)</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc. (ACD Bio)</td><td>ADV320850</td><td>Include 50x tampone di lavaggio e proteasi III</td></tr><tr><td>RNasi via</td><td>Thermo-Fisher Scientific</td><td>7003</td><td></td></tr><tr><td>Tris(idrossimetile)aminometano</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>252859</td><td></td></tr><tr><td>Tween-20, per biologia molecolare</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P9416</td><td></td></tr><tr><td>EQUIPMENT</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Incubatore da banco</td><td>Micro incubatore scientifico Thermoline</td><td>Modello: TEI-13G</td><td></td></tr><tr><td>Brain Matrix, Mouse, 30g Adult, Coronal, 1mm</td><td>Ted Pella</td><td>15050</td><td></td></tr><tr><td>Cryostat</td><td>Leica</td><td>CM1950</td><td></td></tr><tr><td>Ago da disegno (calibro da 23 pollici)</td><td>BD</td><td>0288U07</td><td></td></tr><tr><td>Penna barriera idrofobica</td><td>Vector labs</td><td>H-4000</td><td></td></tr><tr><td>Kimtech Science Kimwipes Salviette per attività delicate</td><td>Kimberley Clark Professional</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>Olympus BX51</td><td>Olympus</td><td>BX-51</td><td></td></tr><tr><td>Pompa</td> <td>peristalticaColeparmer Masterflex</td><td>serie L/S&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Fotocamera digitale Retiga 2000R</td><td>QImaging</td><td>RET-2000R-F-CLR</td><td>fotocamera a colori</td></tr><tr><td>SuperFrost Plus vetrini (bianco)</td><td>Thermo-Fisher Scientific</td><td>4951PLUS4</td><td></td></tr><tr><td>Microtomo vibrante (vibratomo)</td><td>Carta</td><td></td> da filtro qualitativa Leica VT1200S <td></td></tr><tr><td>Whatman, grado 1, diametro 110 mm</td><td>Merck</td><td>WHA1001110</td><td></td></tr><tr><td> SOFTWARES</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CorelDRAW&nbsp;</td><td>Corel Corporation</td><td>Versione 7</td><td></td></tr><tr><td>FIJI (ImageJ Distribution)</td><td>Open Source/GNU General Public License (GPL)</td><td>N/A</td><td>ImageJ 2.x: Rueden, C. T.; Schindelin, J. & Hiner, M. C. et al. (2017), "ImageJ2: ImageJ per la prossima generazione di dati di immagini scientifiche", BMC Bioinformatics 18:529, PMID 29187165, doi:10.1186/s12859-017-1934-z&nbsp; &nbsp; e Figi: Schindelin, J.; Arganda-Carreras, I. & Frise, E. et al. (2012), "Fiji: una piattaforma open source per l'analisi delle immagini biologiche", Nature methods 9(7): 676-682, PMID 22743772, doi:10.1038/nmeth.2019&nbsp;</td></tr><tr><td>ANTICORPI PRIMARI</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Anticorpo anti-tirosina idrossilasi</td><td>Millipore Sigma</td><td>AB1542</td><td>Policlonale di pecora (diluizione 1:1000), RRID:</td></tr><tr><td>AB_90755 Anticorpo anti-tirosina idrossilasi, clone LNC1</td><td>Millipore Sigma</td><td>MAB318</td><td>Monoclonale di topo (diluizione 1:1000), RRID:</td></tr><tr><td>AB_2201528 Anticorpo anti-trasportatore vescicolare dell'acetilcolina (VAchT)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>ABN100</td><td>Policlonale di capra (diluizione 1:1000), RRID: AB_2630394</td></tr><tr><td>GFP Antibody</td><td>Novus Biologicals</td><td>NB600-308</td><td>Policlonale di coniglio (diluizione 1:1000), RRID:</td></tr><tr><td>AB_10003058 Phox2b Antibody (B-11)</td><td>Santa Cruz Biotechnology</td><td>sc-376997</td><td>Monoclonale di topo (diluizione 1:1000), RRID: AB_2813765</td></tr><tr><td>SECONDARY ANTIBODIES</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Alexa Fluor 488 AffiniPure Donkey Anti-Rabbit IgG (H+L) (min X Bov, Ck, Gt, GP, Sy Hms, Hrs, Hu, Ms, Rat, Shp Sr Prot)&nbsp;</td><td>Jackson ImmunoResearch</td><td>711-545-152</td><td>Asino anti-Coniglio (diluizione 1:400), RRID: AB_2313584</td></tr><tr><td>AMCA AffiniPure Donkey Anti-Sheep IgG (H+L) (min X Ck, GP, Sy Hms, Hrs, Hu, Ms, Rb, Rat Sr Prot)</td><td>Jackson ImmunoResearch</td><td>713-155-147</td><td>Donkey anti-Sheep (diluizione 1:400), RRID: AB_AB_2340725</td></tr><tr><td>Cy5 AffiniPure Donkey Anti-Goat IgG (H+L) (min X Ck, GP, Sy Hms, Hrs, Hu, Jackson</td> <td>ImmunoResearch</td><td>705-175-147</td><td>Donkey anti-Goat (diluizione 1:400), RRID: AB_2340415</td></tr><tr><td>Cy5 AffiniPure Donkey Anti-Mouse IgG (H+L) (min X Bov, Ck, Gt, GP, Sy Hms, Hrs, Hu, Rb, Rat, Shp Sr Prot)</td><td>Jackson ImmunoResearch</td><td>715-175-151</td><td>Donkey anti-Mouse (diluizione 1:400), RRID: AB_2619678</td></tr><tr><td>Cy5 AffiniPure Donkey Anti-Sheep IgG (H+L) (min X Ck, GP, Sy Hms, Hrs, Hu, Ms, Rb, Rat Sr Prot)</td><td>Jackson ImmunoResearch</td><td>713-175-147</td><td>Donkey anti-Sheep (diluizione 1:400), RRID: AB_2340730</td></tr><tr><td>RNASCOPE PROBES</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Galanin Receptor 1 oligonucleotide probebe</td><td>ACDBio</td><td>448821-C1</td><td>targets bp 482 - 1669 (Genebank ref: NM_008082.2)</td></tr><tr><td>Glycine transporter 2 oligonucleotide probes</td><td>ACDBio</td><td>409741-C3</td><td>bersaglia bp 925 - 2153 (Rif. banca genetica: NM_148931.3)</td></tr><tr><td>Sonda oligonucleotidica Phox2b</td><td>ACDBio</td><td>407861-C2</td><td>bersaglia bp 1617 - 2790 (Rif. banca genetica: NM_008888.3)</td></tr></tbody></table>

combinazione dell'ibridazione in situ a fluorescenza multiplex con immunoistochimica fluorescente su sezioni cerebrali di topo fresche, congelate o fisse

Combining Multiplex Fluorescence In Situ Hybridization with Fluorescent Immunohistochemistry on Fresh Frozen or Fixed Mouse Brain Sections

L'ibridazione fluorescente in situ (FISH) è una tecnica molecolare che identifica la presenza e la distribuzione spaziale di specifici trascritti di RNA all'interno delle cellule. La fenotipizzazione neurochimica di neuroni funzionalmente identificati di solito richiede la marcatura simultanea con più anticorpi (proteina bersaglio) utilizzando l'immunoistochimica (IHC) e l'ottimizzazione dell'ibridazione in situ (RNA mirato), in tandem. Una "firma neurochimica" per caratterizzare particolari neuroni può essere raggiunta, tuttavia i fattori di complicazione includono la necessità di verificare i bersagli FISH e IHC prima di combinare i metodi e il numero limitato di RNA e proteine che possono essere presi di mira simultaneamente all'interno della stessa sezione di tessuto.
Qui descriviamo un protocollo, che utilizza sia preparazioni cerebrali di topo fresche congelate che fisse, che rileva più mRNA e proteine nella stessa sezione cerebrale utilizzando RNAscope FISH seguito da immunocolorazione a fluorescenza, rispettivamente. Utilizziamo il metodo combinato per descrivere il pattern di espressione di mRNA a bassa abbondanza (ad esempio, il recettore 1 della galanina) e mRNA ad alta abbondanza (ad esempio, il trasportatore della glicina 2), nei nuclei del tronco encefalico identificati immunoistochimicamente.
Le considerazioni chiave per l'etichettatura delle proteine a valle del test FISH vanno oltre la preparazione dei tessuti e l'ottimizzazione dell'etichettatura della sonda FISH. Ad esempio, abbiamo scoperto che la specificità del legame e dell'etichettatura degli anticorpi può essere influenzata negativamente dalla fase della proteasi all'interno del test della sonda FISH. Le proteasi catalizzano la scissione idrolitica dei legami peptidici, facilitando l'ingresso della sonda FISH nelle cellule, tuttavia possono anche digerire la proteina bersaglio dal successivo saggio IHC, producendo un legame fuori bersaglio. La posizione subcellulare della proteina bersaglio è un altro fattore che contribuisce al successo dell'IHC dopo il saggio della sonda FISH. Abbiamo osservato che la specificità dell'IHC viene mantenuta quando la proteina bersaglio è legata alla membrana, mentre l'IHC che prende di mira la proteina citoplasmatica ha richiesto un'ampia risoluzione dei problemi. Infine, abbiamo riscontrato che la manipolazione del tessuto congelato fisso montato su vetrino è più impegnativa rispetto al tessuto congelato fresco, tuttavia la qualità dell'IHC è risultata complessivamente migliore con il tessuto congelato fisso, quando combinato con l'RNAscope.

Qui, delineiamo un metodo per combinare FISH multiplex con IHC fluorescente per localizzare l'espressione di mRNA per GalR1 e GlyT2 utilizzando tessuti congelati freschi e fissati con paraformaldeide rispettivamente nell'NTS di topo. Una pipeline delle procedure di trattamento dei tessuti, FISH e IHC descritte nei metodi è mostrata nella Figura 1 e nella Figura 2. La Tabella 1 fornisce un riepilogo delle combinazioni di sonde e anticorpi FISH ut...

Questo protocollo descrive un metodo per combinare l'ibridazione in situ a fluorescenza (FISH) e l'immunoistochimica a fluorescenza (IHC) in sezioni cerebrali di topo sia fresche congelate che fisse, con l'obiettivo di ottenere FISH multimarca e segnale IHC di fluorescenza. IHC ha preso di mira le proteine citoplasmatiche e attaccate alla membrana.

Combinazione dell'ibridazione in situ a fluorescenza multiplex con immunoistochimica fluorescente su sezioni cerebrali di topo fresche, congelate o fisse

Fluorescent in situ hybridization (FISH) is a molecular technique that identifies the presence and spatial distribution of specific RNA transcripts within ...

Questo protocollo combina l'ibridazione in situ dell'RNAscope a fluorescenza e l'immunoistochimica utilizzando preparati cerebrali freschi o fissi. Questa tecnica consente flessibilità dimostrando una combinazione di metodi di ibridazione in situ altamente sensibili e immunoistochimica per la visualizzazione spaziale di bersagli di RNA e proteine nello stesso campione di tessuto. Questo metodo è applicabile per la marcatura multiplex nella sezione del tessuto cerebrale, aiutando lo studio dell'organizzazione spaziale e del significato funzionale dell'mRNA e delle proteine all'interno di popolazioni neuronali eterogenee nelle neuroscienze.Questo protocollo si concentra principalmente sulle fasi di lavorazione del tessuto fresco congelato e del tessuto fissato con paraformaldeide. Per iniziare a sezionare il tessuto cerebrale appena congelato, fissarlo al mandrino del criostato pre-raffreddato e tagliare sezioni coronali spesse 14 micrometri. Montare la sezione su un vetrino per microscopia caricato.Trasferire il vetrino montato in una scatola per vetrini. Quindi trasportare la scatola nel congelatore a meno 80 gradi Celsius su ghiaccio secco. Per la fissazione dei tessuti, filtrare la soluzione di paraformaldeide preparata.Raffreddare a 4 gradi Celsius. Portare il vetrino montato dal congelatore a meno 80 gradi Celsius su ghiaccio secco e immergerlo immediatamente nella soluzione di paraformaldeide pre-raffreddata per 15 minuti, eseguire la disidratazione del tessuto fresco-congelato per garantire che il vetrino sia completamente asciutto. Dopo aver rimosso il cervello da un supporto fisso a profusione transcardica, utilizzando un microtomo vibrante, tagliare sezioni di tessuto spesse 30 micrometri.Conservare le sezioni tagliate in una soluzione crioprotettiva. Il giorno del test FISH, trasferire la sezione flottante in una piastra di coltura cellulare a 12 pozzetti contenente PBS molare da 0,1 e agitarla a 90-100 giri/min su un agitatore a piattaforma rotante per lavare via il crioprotettore. Quindi, utilizzando un pennello, montare la sezione in piano su un vetrino per microscopia per evitare che si stacchi durante i lavaggi e asciugare all'aria per almeno due ore.Utilizzando una penna barriera idrofoba, disegnare una barriera idrofobica attorno alla sezione per contenere i reagenti FISH. Dopo la pre-lavorazione, il tessuto viene incubato in soluzione di proteasi e ibridato con sonde RNAscope per due ore secondo le linee guida del produttore. Successivamente, vengono eseguite le fasi di amplificazione sequenziale e l'immunoistochimica a fluorescenza.Iniziare preparando una camera umidificata protetta dalla luce per l'incubazione dei vetrini. A bagnomaria, riscaldare il tampone di lavaggio 50X e sonde a 40 gradi Celsius per 10 minuti. Una volta raffreddato a temperatura ambiente, preparare un litro di tampone di lavaggio 1X dalla concentrazione di 50X.Preparare la miscela della sonda come descritto nel manoscritto del testo. Per il trattamento con proteinasi, aggiungere proteinasi 3 alla sezione di tessuto e incubarla a temperatura ambiente per 30 minuti. Per lavare via la proteinasi, immergere delicatamente il vetrino in PBS 0,1 molare a temperatura ambiente, evitando lo spostamento della sezione.Per l'ibridazione, aggiungere la miscela della sonda alla sezione del tessuto. Metterlo nella camera umidificata preriscaldata. Quindi incubarlo per due ore a 40 gradi Celsius.Sciacquare la sezione di tessuto con tampone di lavaggio due volte per due minuti. Per l'amplificazione del segnale, utilizzando un flacone contagocce, aggiungere una soluzione di amplificazione per coprire la sezione tissutale e incubare come descritto nel testo. Aggiungere la soluzione bloccante alla sezione di tessuto e incubare per un'ora a temperatura ambiente per evitare legami non specifici.Muovere il vetrino per rimuovere il tampone bloccante in eccesso dopo l'incubazione. Ora, incubare la sezione con anticorpi primari per una notte a 4 gradi Celsius. Il giorno successivo, lavare il vetrino tre volte con 1X TBS.Aggiungere l'anticorpo secondario e incubare le sezioni per due ore a temperatura ambiente. Esaminare il vetrino con un microscopio a epifluorescenza dotato di telecamera. Acquisisci immagini rappresentative con un ingrandimento di 20 volte e salvale come file TIF.Nel presente studio, la qualità del tessuto, l'integrità e l'assenza di contaminazione batterica sono state confermate dall'assenza di etichettatura DAPI. La marcatura delle sonde di controllo positivo che hanno come bersaglio l'ubiquitina C, la peptidilprolil isomerasi B e l'mRNA della RNA polimerasi IIA hanno confermato l'integrità dell'RNA. Nelle preparazioni fresche congelate per distinguere i neuroni positivi all'mRNA GalR1 all'interno dell'NTS, sono stati utilizzati ulteriori marcatori neurochimici.Il trasportatore vescicolare legato alla membrana è stato chiaramente etichettato. Al contrario, le proteine citoplasmatiche come la tirosina idrossilasi e la GFP espresse sotto il controllo del promotore PHOX2B sono state debolmente osservate e descritte come flocculanti in quanto prive di un contorno chiaro. La marcatura dell'mRNA citoplasmatico di GalR1 con sonda FISH GalR1 è stata punteggiata e osservata chiaramente.Per confermare che la qualità dell'immunoistochimica dipende dalla localizzazione subcellulare delle proteine, diverse proteine nucleari e citoplasmatiche sono state marcate in parallelo con FISH nelle stesse sezioni di tessuto. La GFP citoplasmatica PHOX2B aveva un aspetto flocculante. Mentre il segnale della proteina nucleare PHOX2B era chiaro, il che ha confermato un'immunomarcatura di qualità superiore quando combinata con FISH.Quando è stata eseguita su sezioni fisse congelate in combinazione con FISH, l'immunoistochimica si è dimostrata affidabile indipendentemente dalla localizzazione subcellulare. I neuroni positivi all'mRNA GlyT2 erano localizzati ventralmente all'NTS e non all'interno dell'NTS. I neuroni positivi all'mRNA GlyT2 e positivi all'mRNA PHOX2B non si sono colocalizzati.Una sottopopolazione di neuroni NTS positivi all'mRNA PHOX2B era immunoreattiva della tirosina idrossilasi e nessuno conteneva mRNA GlyT2. RNAscope consente la visualizzazione e l'analisi della distribuzione dell'RNA alla risoluzione di una singola molecola nelle cellule e nei tessuti. Potenzia la ricerca su nuove specie di RNA, meccanismi di malattia, modelli di espressione genica, diversità dei neuroni e interazioni cellulari.

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Abbiamo descritto un protocollo per la perfusione transcardiac di topi, rimozione e sezionamento del cervello, così come colorazione immunoperossidasi, incorporando resina, ultrasottili e sezionamento delle sezioni cervello. Al termine di queste procedure, il materiale immunostained è pronto per l'esame con microscopia elettronica a trasmissione.

Preparazione del tessuto cerebrale del mouse per la microscopia Immunoelectron

Doppia fluorescenza In situ</emIbridazione> nelle sezioni cervello fresco

Una combinazione di tecniche differenti per massimizzare la raccolta dati dal tessuto del mouse è presentato.

La combinazione di coloranti lipofili, In situ Ibridazione, Immunoistochimica e Istologia

Fonte: Jolly, S., et.al. Combinazione di ibridazione a doppia fluorescenza  in situ con immunomarcatura per il rilevamento dell'espressione di tre geni in sezioni cerebrali di topo. J. Vis. Exp. (2016). Questo video dimostra l'uso dell'ibridazione in situ a doppia fluorescenza per visualizzare l'espressione di due bersagli di RNA in sezioni cerebrali di topo. Il protocollo prevede il rilevamento sequenziale dell'RNA utilizzando sonde marcate con isotiocianato di fluoresceina e digossigenina,...

 Esecuzione dell'ibridazione in situ a doppia fluorescenza per rilevare l'espressione genica nelle sezioni cerebrali di topo

Fonte: Baleriola, J., et. al., Rilevamento di mRNA localizzati assonalmente in sezioni cerebrali utilizzando l'ibridazione in situ ad alta risoluzione.  J. Vis. Exp. (2015)Questo video dimostra il rilevamento dell'mRNA all'interno degli assoni colinergici in fette fisse di ippocampo di topo utilizzando l'ibridazione fluorescente in situ e la colorazione degli anticorpi. La microscopia a fluorescenza rivela la localizzazione spaziale degli mRNA marcati con sonda e della colina acetiltransferasi...

Immunocolorazione dei neuroni in fette di cervello di topo dopo ibridazione in situ a fluorescenza

Localizzare l'espressione genica in specifici tipi di cellule può essere difficile a causa della mancanza di anticorpi specifici. Qui descriviamo un protocollo per la tripla rilevazione simultanea dell'espressione genica combinando l'ibridazione in situ a doppia fluorescenza con l'immunocolorazione.

La combinazione di doppio Fluorescenza<em&gt; In Situ</em&gt; Ibridazione con Immunolabelling per il rilevamento della Manifestazione di tre geni nel cervello di topo Sezioni

Questo protocollo descrive un flusso di lavoro passo-passo per la costaintura immunofluorescente di IBA1 e TMEM119, oltre all'analisi della densità microgliale, della distribuzione e della morfologia, nonché dell'infiltrazione delle cellule mieloidi periferiche nel tessuto cerebrale del topo.

Immunofluorescenza Colorazione utilizzando IBA1 e TMEM119 per densità microgliale, morfologia e infiltrazione delle cellule mieloidi periferiche nel cervello del mouse

Descriviamo un metodo di colorazione rapida per eseguire l'imaging multispettrale sui tessuti congelati.

Un metodo rapido per l'imaging della fluorescenza multispettrale delle sezioni dei tessuti congelati

La tecnica free-floating consente ai ricercatori di eseguire colorazioni istologiche, compresa l'immunoistochimica su sezioni di tessuto fisse per visualizzare le strutture biologiche, il tipo di cellula e l'espressione e la localizzazione delle proteine. Questa è una tecnica istochimica efficiente e affidabile che può essere utile per studiare una moltitudine di tessuti, come cervello, cuore e fegato.

Colorazioni istologiche con sezioni di tessuto fluttuanti

Questo protocollo descrive un approccio efficiente e riproducibile per gli studi istologici sul cervello del topo, tra cui perfusione, sezionamento cerebrale, immunocolorazione fluttuante, montaggio dei tessuti e imaging.

Immunocolorazione fluttuante del cervello di topo

Impara a combinare l'ibridazione in situ a fluorescenza con l'immunoistochimica su sezioni cerebrali di topo fresche, congelate o fisse. Questo metodo consente la visualizzazione simultanea di RNA e proteine nelle popolazioni neuronali.

Combinazione dellibridazione in situ a fluorescenza multiplex con immunoistochimica fluorescente su sezioni cerebrali di topo fresche, congelate o fisse (Video) | JoVE Journal

Combinazione dell'ibridazione in situ a fluorescenza multiplex con immunoistochimica fluorescente su sezioni cerebrali di topo fresche, congelate o fisse

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