Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

Fang Chang; Shishi He; Chenyuan Dang

doi:10.3791/61715

Rivista

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Genetica

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Selezione assistita di biomarcatori mediante LEfSe (Linear Discriminant Analysis Effect Size) nei dati del microbioma

Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

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Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data

Selezione assistita di biomarcatori mediante LEfSe (Linear Discriminant Analysis Effect Size) nei dati del microbioma

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04:57 min

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May 16, 2022

DOI:

10.3791/61715-v

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10.3791/61715-v

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04:57 min

May 16, 2022

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Fang Chang*¹, Shishi He*², Chenyuan Dang³

¹Marine Resources Research Centre,Tianjin Research Institute for Water Transport Engineering, M.O.T.²Key Laboratory of Regional Energy Systems Optimization, Ministry of Education, College of Environmental Science and Engineering,North China Electric Power University ³School of Environmental Science and Engineering,Huazhong University of Science and Technology

Summary

LEfSe (LDA Effect Size) è uno strumento per l'estrazione di biomarcatori ad alta dimensione per identificare caratteristiche genomiche (come geni, percorsi e tassonomie) che caratterizzano in modo significativo due o più gruppi nei dati del microbioma.