Analisi dell'ereditarietà epigenetica transgenerazionale in C. elegans utilizzando un reporter fluorescente e l'immunoprecipitazione della cromatina (ChIP)

Questo protocollo descrive un test di interferenza dell'RNA e ChIP per studiare l'ereditarietà epigenetica del silenziamento indotto dall'RNAi e le modificazioni della cromatina associate in C. elegans.

La ricerca nel nostro laboratorio esamina come le proteine associate alla cromatina, le modificazioni istoniche e i piccoli fattori del percorso dell'RNA lavorano insieme nel contesto dello sviluppo e dell'eredità epigenetica transgenerazionale. Il saggio di ereditarietà dell'RNA, utilizzando un reporter GFP, è diventato uno strumento molto potente. Questo protocollo descrive come standardizzare la preparazione, l'assegnazione di punteggi e il passaggio dei worm e la preparazione dei campioni ChIP, che possono aiutare a generare risultati riproducibili.

Una delle sfide sperimentali quando si studiano i transgeni espressi dalla linea germinale è isolare gli effetti nella linea germinale dell'animale. Attualmente stiamo utilizzando animali interi per la ChIP, ma in futuro vorremmo sviluppare saggi per esaminare la cromatina, in particolare nella linea germinale. Il nostro laboratorio è interessato alla metilazione degli istoni e alle proteine che riconoscono questi segni.

In futuro, vorremmo studiare l'interazione tra questi lettori di cromatina e le piccole vie di RNA nel contesto dell'ereditarietà dell'RNAi nei transgeni e della regolazione di sequenze endogene.