Un protocollo semplice, rapido e parzialmente automatizzato per l'isolamento di singoli nuclei da tessuti di mammiferi congelati per il sequenziamento di singoli nuclei
July 28th, 2023
Lo studio descrive un protocollo semplice, rapido e parzialmente automatizzato per isolare nuclei di alta qualità da tessuti di mammiferi congelati per il sequenziamento dell'RNA di singoli nuclei a valle.
Questa ricerca si concentra sul supporto di studi di scoperta di farmaci che utilizzano il sequenziamento di RNA a singolo nucleo per studiare l'efficacia e la sicurezza di potenziali trattamenti. Pertanto, stiamo sviluppando protocolli standardizzati di estrazione dei nuclei per campioni di tessuto fresco congelato da vari organi. Il nostro obiettivo era quello di automatizzare e standardizzare l'estrazione dei nuclei per ottenere risultati coerenti e affidabili riducendo la variabilità non biologica.
Il vantaggio è la parziale automazione attraverso l'utilizzo di un dissociatore robotico e il flusso di lavoro semplice e breve che può essere applicato su vari campioni di tessuto di diverse specie. Avere protocolli standardizzati può aiutarci a rispondere a domande sulla biodistribuzione dei farmaci, nonché a esplorare i meccanismi alla base di eventuali segnali di sicurezza che potremmo osservare. In futuro, testeremo l'applicabilità del nostro protocollo per altre applicazioni a valle, come ATAC-seq o multiomica.
Cercheremo anche di stabilire protocolli per rilevare transgeni viralmente espressi in singoli nuclei.
Panoramica
Questo studio presenta un protocollo standardizzato e parzialmente automatizzato per l'estrazione di nuclei di alta qualità da tessuti mammaliferi congelati, con l'obiettivo di migliorare l'efficacia e l'affidabilità del sequenziamento RNA dei nuclei singoli a valle. Il protocollo serve a migliorare gli studi di scoperta di farmaci riducendo la variabilità non biologica.
Componenti principali dello studio
Area di ricerca
- Sequenziamento RNA dei nuclei singoli
- Studi di scoperta di farmaci
- Isolamento di nuclei di alta qualità
Contesto
- Sviluppo di protocolli standardizzati per l'estrazione dei nuclei
- Focus su campioni di tessuti freschi congelati da vari organi
- Obiettivo di affrontare la biodistribuzione e i segnali di sicurezza del farmaco
Metodi utilizzati
- Estrazione parzialmente automatizzata dei nuclei utilizzando un dissociatore robotico
- Tessuti di mammiferi di varie specie
- Implementazione della pulizia con gradiente di saccarosio
Risultati principali
- Nuclei di alta qualità ottenuti senza segni di detriti o aggregazione
- Risultati coerenti tra diversi tipi di tessuto
- Bassa variabilità tecnica e proporzioni cellulari simili tra i campioni
Conclusioni
- Lo studio automatizza e standardizza con successo l'estrazione dei nuclei.
- Questo protocollo può aiutare significativamente a rispondere a domande biologiche nelle valutazioni di scoperta di farmaci e sicurezza.
