Name: Lefficacia e i meccanismi del percorso sottostante del trattamento ShiDuGao per leczema dellano sulla base di set di dati GEO e farmacologia di rete (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-01-12T15:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 34 s
Description: Scopri la farmacologia di rete e l'analisi dei dati GEO per studiare il meccanismo terapeutico di ShiDuGao nell'eczema anale. Questo metodo identifica bersagli multipli come TNIF, MAPK14 e CASP3 nelle vie di segnalazione.

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Questo studio non fa riferimento all'approvazione etica e al consenso a partecipare. I dati utilizzati in questo studio sono stati ottenuti da database genetici.
1. Predizione dei bersagli di malattia
<ol><li>Accedi al database GeneCards (https://www.genecards.org) e al database online Mendelian inheritance in man (OMIM, https://www.omim.org), utilizzando "anus eczema" come termine di ricerca per i bersagli della malattia.</li>
	<li>Scarica i fogli di calcolo degli obiettivi della malattia. Eliminare i bersagli ripetuti per ottenere i bersagli dell'eczema dell'ano.</li>
</ol>2. Selezione dei componenti attivi
<ol><li>Cerca la parola chiave "indigo naturalis, cipresso dorato, gesso calcinato, calamina e Gallo cinese" nel database di farmacologia del sistema di Medicina Tradizionale Cinese (TCMSP; http://tcmspw.com/tcmsp.php) per ottenere l'elenco dei principi attivi candidati e degli obiettivi di SDG.</li>
	<li>Affidare il componente alla banca dati ADME svizzera (http://www.swissadme.ch/index.php), estraendo i dettagli di quelli che presentano un assorbimento IG "elevato", abbinato ad almeno due valori DL "Sì" come elementi attivi. NOTA: Normalmente, solo gli ingredienti con valori simili ai farmaci (DL) ≥0,18 nel database sono inclusi come principi attivi.</li>
</ol>3. Costruzione della rete PPI e screening delle proteine core
<ol><li>In Venny2.1( https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html), inserisci gli obiettivi di SDG ed eczema dell'ano rispettivamente in LIST1 e LIST2. Viene generata istantaneamente una rappresentazione visiva dell'intersezione. Fare clic sull'area condivisa per visualizzare gli obiettivi comuni nella sezione Risultati .</li>
	<li>Accedere al database STRING (https://string-db.org/). Immettere le destinazioni nel campo Elenco nomi . Quindi seleziona Homo sapiens come organismo e procedi con Cerca > Continua.</li>
	<li>Quando i risultati sono disponibili, apri Impostazioni avanzate e seleziona Nascondi nodi disconnessi nella rete. In Punteggio minimo di interazione richiesto, impostare il livello di confidenza più alto (0,900) e quindi fare clic su Aggiorna.</li>
	<li>Clicca su Esportazioni per scaricare il testo della rete di interazione proteina-proteina (PPI) in formato .png e .tsv.</li>
</ol>4. Costruzione di una rete farmaco-componente-malattia-bersaglio
<ol><li>Aprire Cytoscape 3.9.1 e importare il file .tsv menzionato nel passaggio 3.4. Fare clic sulla barra di stile nel pannello di controllo per ottimizzare il colore, il carattere e il lato dei nodi di rete.</li>
	<li>Per l'analisi della topologia di rete, utilizzare la funzione Analizza rete . Per ottenere i geni hub, utilizzare CytoHubba nel software Cytoscape. Stabilire la rete farmaco-componente-malattia-bersaglio.</li>
</ol>5. Analisi dell'arricchimento GO e KEGG
<ol><li>Accedere al sito web di Metascape (https://metascape.org/). Selezionare un file o incollare un elenco di geni nella finestra di dialogo e fare clic sul pulsante Invia . Quindi selezionare H. sapiens sia in Input come specie che in Analisi come specie; successivamente, abilita la funzione Analisi personalizzata .</li>
	<li>Nell'opzione di arricchimento, selezionare GO Molecular Functions, GO Biological Processes, GO Cellular Components e il database KEGG Pathway. Selezionare Scegli cluster GO selettivi, quindi fare clic sul pulsante Analisi di arricchimento . Al termine della barra di avanzamento, avviare un clic sulla pagina del report di analisi per recuperare i risultati dell'arricchimento.</li>
</ol>6. Analisi del set di dati del chip genetico GEO
<ol><li>Cerca e analizza il set di dati del chip genetico GEO (GDS3806) utilizzando lo strumento GEO2R (https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/) per studiare l'espressione di geni centrali in diversi gruppi di dati (gruppo di controllo-dermatite non atopica; gruppo sperimentale-dermatite atopica).</li>
	<li>Accedere al sito Web del database GEO (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/). Immettere la parola chiave o l'accesso GEO e fare clic sul pulsante Cerca . Seleziona il miglior risultato di corrispondenza. Trova la serie di riferimento (GSE26952).</li>
	<li>Accedere al sito Web dello strumento GEO2R (https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/), immettere la serie di riferimento nella casella Accesso GEO e fare clic sul pulsante Imposta . Selezionare Dermatite atopica come gruppo sperimentale, selezionare Controllo non atopico come gruppo di controllo e fare clic sul pulsante Analizza . Al termine del calcolo, verrà visualizzato il risultato.</li>
</ol>7. Attracco molecolare
<ol><li>Apri il database TCMSP e scarica la struttura 3D degli ingredienti selezionati. Utilizzare la casella di ricerca Nome chimico e cercare i nomi degli ingredienti selezionati per scaricare i file di struttura 3D corrispondenti in formato mol2.</li>
	<li>Aprire il database delle proteine RCSB (http://www.pdb.org/) e scaricare le strutture cristalline dei bersagli chiave. Nella casella di ricerca, cercare i nomi delle destinazioni e scaricare i file di struttura cristallina corrispondenti in formato pdb.</li>
	<li>Importa gli ingredienti e i file della struttura di destinazione nel software di analisi. Elimina le molecole d'acqua facendo clic su Modifica > Elimina acqua. Aggiungi idrogeni facendo clic su Modifica > Idrogeni > Aggiungi. Impostare gli ingredienti come ligando, selezionare bersagli interi come recettori ed eseguire il docking cieco.</li>
	<li>Determinare l'intervallo di docking molecolare.<ol><li>Selezionare il recettore e il ligando in sequenza. Fare clic su Griglia > Riquadro griglia per regolare il riquadro griglia in modo da includere l'intero modello. Fare clic su File > Chiudi salvando corrente per salvare lo stato della casella della griglia. Salva i file in formato gpf.</li>
		<li>Fare clic su Esegui > Esegui Autogrid4 > Nome file parametro > Sfoglia, selezionare il file gpf, quindi fare clic sul pulsante Avvia .</li>
	</ol></li>
	<li>Utilizzare AutoDock 4 per eseguire l'aggancio molecolare.<ol><li>Fare clic su Docking > Macromolecule > Set Rigid Filename per selezionare il recettore. Fare clic su Docking > Ligando > Apri/Scegli per selezionare il ligando.</li>
		<li>Fare clic su Docking > Search Parameters per impostare gli algoritmi operativi e Docking > Docking Parameters per impostare i parametri di docking. Selezionare il file dpf, quindi fare clic sul pulsante Avvia. Salvare i file in formato dpf.</li>
		<li>Cliccare su Analizza > Docking > Apri, selezionare il file dlg, cliccare su Analizza > Macromolecola per aprire il recettore, cliccare su Analizza > Conformazioni > Gioco, Classificato per Energia per analizzare i risultati. Fare clic su Imposta riproduci > Scrivi complesso per salvare i risultati in formato pdbqt.</li>
	</ol></li>
	<li>Importare i file di ancoraggio nel software PyMOL per creare un'ulteriore visualizzazione.<ol><li>Selezionare il legante e fare clic su Azione > Trova > contatti polari > ad altri atomi nell'oggetto per visualizzare i legami idrogeno tra i ligandi e l'ambiente esterno. Fare clic su c per cambiare colore.</li>
		<li>Fare clic su Azione > Estrai oggetto. Fare clic su Mostra bastoncini > per visualizzare la struttura a bastoncino del recettore. Identificare i residui collegati ai leganti e mostrare la struttura del bastoncino.</li>
		<li>Fare clic su Nascondi bastoncini > per nascondere la struttura a bastoncino del recettore. Fare clic su Wizard > Measurement e fare clic su due atomi in sequenza. Fare clic su Etichetta > residuo per visualizzare l'etichetta dei residui. Regolare il colore di sfondo e la trasparenza, se necessario. Fare clic su File > Esporta immagine per salvare l'immagine.</li>
	</ol></li>
</ol>

Farmacologia di rete e analisi del set di dati GEO degli SDG nel trattamento dell'eczema ano

<ol><li>Ma, M., Lu, H., Yang, Z., Chen, L., Li, Y., Zhang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differences+in+microbiota+between+acute+and+chronic+perianal+eczema%5BTitle%5D)+AND+%22Medicine%22%5BJournal%5D)">Differences in microbiota between acute and chronic perianal eczema.</a> Medicine. 100 (16), e25623(2021).</li>
<li>Dietrich, C. F., Hoch, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anal+eczema%5BTitle%5D)+AND+%22Revue+Therapeutique%22%5BJournal%5D)">Anal eczema.</a> Revue Therapeutique. 78 (9), 509-512 (2021).</li>
<li>Dietrich, A., Ruzicka, T., Hermans, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+diagnosis+of+anal+eczema%5BTitle%5D)+AND+%22Hautarzt%22%5BJournal%5D)">Differential diagnosis of anal eczema.</a> Hautarzt. 66 (6), 400-407 (2015).</li>
<li>Rohde, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anal+eczema%2C+condylomata+acuminata%5BTitle%5D)+AND+%22Deutsche+Medizinische+Wochenschrift%22%5BJournal%5D)">Anal eczema, condylomata acuminata.</a> Deutsche Medizinische Wochenschrift. 133 (6), 245-246 (2008).</li>
<li>Havlickova, B., Weyandt, G. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Therapeutic+management+of+anal+eczema%3A+an+evidence-based+review%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Clinical+Practice%22%5BJournal%5D)">Therapeutic management of anal eczema: an evidence-based review.</a> International Journal of Clinical Practice. 68 (11), 1388-1399 (2014).</li>
<li>Rainer, B. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+and+analysis+of+the+skin+microbiota+in+Rosacea%3A+A+case-control+study%5BTitle%5D)+AND+%22American+Journal+of+Clinical+Dermatology%22%5BJournal%5D)">Characterization and analysis of the skin microbiota in Rosacea: A case-control study.</a> American Journal of Clinical Dermatology. 21 (1), 139-147 (2020).</li>
<li>Park, S. Y., Kim, H. S., Lee, S. H., Kim, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+and+analysis+of+the+skin+microbiota+in+acne%3A+Impact+of+systemic+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Medicine%22%5BJournal%5D)">Characterization and analysis of the skin microbiota in acne: Impact of systemic antibiotics.</a> Journal of Clinical Medicine. 9 (1), 168(2020).</li>
<li>Woo, Y. R., Lee, S. H., Cho, S. H., Lee, J. D., Kim, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+and+analysis+of+the+skin+microbiota+in+Rosacea%3A+Impact+of+systemic+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Medicine%22%5BJournal%5D)">Characterization and analysis of the skin microbiota in Rosacea: Impact of systemic antibiotics.</a> Journal of Clinical Medicine. 9 (1), 185(2020).</li>
<li>Zheng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alterations+in+the+skin+microbiome+are+associated+with+disease+severity+and+treatment+in+the+perioral+zone+of+the+skin+of+infants+with+atopic+dermatitis%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Clinical+Microbiology+%26+Infectious+Diseases%22%5BJournal%5D)">Alterations in the skin microbiome are associated with disease severity and treatment in the perioral zone of the skin of infants with atopic dermatitis.</a> European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. 38 (9), 1677-1685 (2019).</li>
<li>Totté, J. E. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nasal+and+skin+microbiomes+are+associated+with+disease+severity+in+paediatric+atopic+dermatitis%5BTitle%5D)+AND+%22The+British+Journal+of+Dermatology%22%5BJournal%5D)">Nasal and skin microbiomes are associated with disease severity in paediatric atopic dermatitis.</a> The British Journal of Dermatology. 181 (4), 796-804 (2019).</li>
<li>Zhao, X. Y., Yang, Y. Y., Jl Feng,, Feng, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+pharmacology+prediction+and+experimental+validation+of+Trichosanthes-Fritillaria+thunbergii+action+mechanism+against+lung+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Network pharmacology prediction and experimental validation of Trichosanthes-Fritillaria thunbergii action mechanism against lung adenocarcinoma.</a> Journal of Visualized Experiments. (193), e64847(2023).</li>
<li>Zeng, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+pharmacology+prediction+and+metabolomics+validation+of+the+mechanism+of+Fructus+Phyllanthi+against+hyperlipidemia%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Network pharmacology prediction and metabolomics validation of the mechanism of Fructus Phyllanthi against hyperlipidemia.</a> Journal of Visualized Experiments. (194), e65071(2023).</li>
<li>Wang, T., Jiang, X., Ruan, Y., Li, L., Chu, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+mechanism+of+action+of+the+combination+of+Astragalus+membranaceus+and+Ligusticum+chuanxiong+in+the+treatment+of+ischemic+stroke+based+on+network+pharmacology+and+molecular+docking%5BTitle%5D)+AND+%22Medicine%22%5BJournal%5D)">The mechanism of action of the combination of Astragalus membranaceus and Ligusticum chuanxiong in the treatment of ischemic stroke based on network pharmacology and molecular docking.</a> Medicine. 101 (28), Baltimore. e29593(2022).</li>
<li>Wang, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+mechanism+of+luteolin+by+regulating+microglia+polarization+based+on+network+pharmacology+and+in+vitro+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Exploring the mechanism of luteolin by regulating microglia polarization based on network pharmacology and in vitro experiments.</a> Scientific Reports. 13 (1), 13767(2023).</li>
<li>Qi-Yue, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((From+natural+dye+to+herbal+medicine%3A+a+systematic+review+of+chemical+constituents%2C+pharmacological+effects+and+clinical+applications+of+indigo+naturalis%5BTitle%5D)+AND+%22Chinese+Medicine%22%5BJournal%5D)">From natural dye to herbal medicine: a systematic review of chemical constituents, pharmacological effects and clinical applications of indigo naturalis.</a> Chinese Medicine. 15 (1), 127(2020).</li>
<li>André, C., Dumur, J. P., Hrabina, M., Lefebvre, E., Sicard, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Juniperus+ashei%3A+the+gold+standard+of+the+Cuppressaceae%5BTitle%5D)+AND+%22Allergie+et+Immunologie%22%5BJournal%5D)">Juniperus ashei: the gold standard of the Cuppressaceae.</a> Allergie et Immunologie. 32 (3), 104-106 (2000).</li>
<li>Weidinger, S., Novak, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Atopic+dermatitis%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Atopic dermatitis.</a> Lancet. 387 (10023), 1109-1122 (2016).</li>
<li>Cai, L. L., Wu, Y., He, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+pharmacology+of+Shidu+ointment+in+the+treatment+of+EGFR-TKIs+induced+acneiform+eruptions%5BTitle%5D)+AND+%22China+Pharmaceuticals%22%5BJournal%5D)">Network pharmacology of Shidu ointment in the treatment of EGFR-TKIs induced acneiform eruptions.</a> China Pharmaceuticals. 29 (16), 5(2020).</li>
<li>Gu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+indigo+naturalis+on+treating+ulcerative+colitis+explored+by+GEO+gene+chips+combined+with+network+pharmacology+and+molecular+docking%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of indigo naturalis on treating ulcerative colitis explored by GEO gene chips combined with network pharmacology and molecular docking.</a> Scientific Reports. 10 (1), 15204(2020).</li>
<li>Lou, Y., Ma, Y., Jin, J., Zhu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oral+realgar-indigo+naturalis+formula+plus+retinoic+acid+for+acute+promyelocytic+leukemia%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Oncology%22%5BJournal%5D)">Oral realgar-indigo naturalis formula plus retinoic acid for acute promyelocytic leukemia.</a> Frontiers in Oncology. 10, 597601(2021).</li>
<li>Zhang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Psoriasis+treatment+using+Indigo+Naturalis%3A+Progress+and+strategy%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Ethnopharmacology%22%5BJournal%5D)">Psoriasis treatment using Indigo Naturalis: Progress and strategy.</a> Journal of Ethnopharmacology. 297, 115522(2022).</li>
<li>Naganuma, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficacy+of+Indigo+Naturalis+in+a+multicenter+randomized+controlled+trial+of+patients+with+ulcerative+colitis%5BTitle%5D)+AND+%22Gastroenterology%22%5BJournal%5D)">Efficacy of Indigo Naturalis in a multicenter randomized controlled trial of patients with ulcerative colitis.</a> Gastroenterology. 154 (4), 935-947 (2018).</li>
<li>Yang, Q. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+mechanism+of+Indigo+Naturalis+in+the+treatment+of+ulcerative+colitis+based+on+TLR4%2FMyD88%2FNF-%CE%BAB+signaling+pathway+and+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Pharmacology%22%5BJournal%5D)">Exploring the mechanism of Indigo Naturalis in the treatment of ulcerative colitis based on TLR4/MyD88/NF-κB signaling pathway and gut microbiota.</a> Frontiers in Pharmacology. 12, 674416(2021).</li>
<li>Sun, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Indigo+Naturalis+alleviates+dextran+sulfate+sodium-induced+colitis+in+rats+via+altering+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Indigo Naturalis alleviates dextran sulfate sodium-induced colitis in rats via altering gut microbiota.</a> Frontiers in Microbiology. 11, 731(2020).</li>
<li>Cao, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immune+and+metabolic+regulation+mechanism+of+Dangguiliuhuang+decoction+against+insulin+resistance+and+hepatic+steatosis%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Pharmacology%22%5BJournal%5D)">Immune and metabolic regulation mechanism of Dangguiliuhuang decoction against insulin resistance and hepatic steatosis.</a> Frontiers in Pharmacology. 8, 445(2017).</li>
<li>Min, S. Y., Park, C. H., Yu, H. W., Park, Y. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anti-inflammatory+and+anti-allergic+effects+of+saponarin+and+its+impact+on+signaling+pathways+of+RAW+264.7%2C+RBL-2H3%2C+and+HaCaT+cells%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Molecular+Sciences%22%5BJournal%5D)">Anti-inflammatory and anti-allergic effects of saponarin and its impact on signaling pathways of RAW 264.7, RBL-2H3, and HaCaT cells.</a> International Journal of Molecular Sciences. 22 (16), 8431(2021).</li>
<li>Seo, K. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Saponarin+from+barley+sprouts+inhibits+NF-%CE%BAB+and+MAPK+on+LPS-induced+RAW+264.7+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Food+%26+Function%22%5BJournal%5D)">Saponarin from barley sprouts inhibits NF-κB and MAPK on LPS-induced RAW 264.7 cells.</a> Food & Function. 5 (11), 3005-3013 (2014).</li>
<li>Moreno-Anzúrez, N. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+cytotoxic+and+anti-inflammatory+campesterol+derivative+from+genetically+transformed+hairy+roots+of+Lopezia+racemosa+Cav.+%28Onagraceae%29%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules%22%5BJournal%5D)">A cytotoxic and anti-inflammatory campesterol derivative from genetically transformed hairy roots of Lopezia racemosa Cav. (Onagraceae).</a> Molecules. 22 (1), Basel, Switzerland. 118(2017).</li>
<li>Numao, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tryptanthrin+attenuates+TLR3-mediated+STAT1+activation+in+THP-1+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Immunologic+Research%22%5BJournal%5D)">Tryptanthrin attenuates TLR3-mediated STAT1 activation in THP-1 cells.</a> Immunologic Research. 70 (5), 688-697 (2022).</li>
<li>Veni, A., Lokeswari, T. S., Pavithra, D., Sugapriya, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Melianone+inhibits+secreted+aspartic+proteases+%28SAP%29%2C+a+virulence+factor+during+hyphal+formation+in+Candida+albicans%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Computer-Aided+Drug+Design%22%5BJournal%5D)">Melianone inhibits secreted aspartic proteases (SAP), a virulence factor during hyphal formation in Candida albicans.</a> Current Computer-Aided Drug Design. 18 (5), 327-336 (2022).</li>
<li>Veni, A., Lokeswari, T. S., Krishna Kumari, G. N., Gayathri, D., Sudandiradoss, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bioactivity+of+melianone+against+Salmonella+and+in+silico+prediction+of+a+membrane+protein+target%5BTitle%5D)+AND+%223+Biotech%22%5BJournal%5D)">Bioactivity of melianone against Salmonella and in silico prediction of a membrane protein target.</a> 3 Biotech. 10 (10), 460(2020).</li>
<li>Ma, M., Lu, H., Yang, Z., Chen, L., Li, Y., Zhang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differences+in+microbiota+between+acute+and+chronic+perianal+eczema%5BTitle%5D)+AND+%22Medicine%22%5BJournal%5D)">Differences in microbiota between acute and chronic perianal eczema.</a> Medicine. 100 (16), e25623(2021).</li>
<li>Williams, H. C., Chalmers, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prevention+of+atopic+dermatitis%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Dermato-Venereologica%22%5BJournal%5D)">Prevention of atopic dermatitis.</a> Acta Dermato-Venereologica. 100 (12), (2020).</li>
<li>Nogales, C., Mamdouh, Z. M., List, M., Kiel, C., Casas, A. I., Schmidt, H. H. H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+pharmacology%3A+curing+causal+mechanisms+instead+of+treating+symptoms%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Pharmacological+Sciences%22%5BJournal%5D)">Network pharmacology: curing causal mechanisms instead of treating symptoms.</a> Trends in Pharmacological Sciences. 43 (2), 136-150 (2022).</li>
<li>Wang, T., Zhou, Y., Wang, K., Jiang, X., Wang, J., Chen, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prediction+and+validation+of+potential+molecular+targets+for+the+combination+of+Astragalus+membranaceus+and+Angelica+sinensis+in+the+treatment+of+atherosclerosis+based+on+network+pharmacology%5BTitle%5D)+AND+%22Medicine+%28Baltimore%29%22%5BJournal%5D)">Prediction and validation of potential molecular targets for the combination of Astragalus membranaceus and Angelica sinensis in the treatment of atherosclerosis based on network pharmacology.</a> Medicine (Baltimore). 101 (26), e29762(2022).</li>
<li>Jiang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploration+of+Fuzheng+Yugan+mixture+on+COVID-19+based+on+network+pharmacology+and+molecular+docking%5BTitle%5D)+AND+%22Medicine+%28Baltimore%29%22%5BJournal%5D)">Exploration of Fuzheng Yugan mixture on COVID-19 based on network pharmacology and molecular docking.</a> Medicine (Baltimore). 102 (3), e32693(2023).</li>
<li>Dong, Y., Zhao, Q., Wang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+pharmacology-based+investigation+of+potential+targets+of+astragalus+membranaceous-angelica+sinensis+compound+acting+on+diabetic+nephropathy%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Network pharmacology-based investigation of potential targets of astragalus membranaceous-angelica sinensis compound acting on diabetic nephropathy.</a> Scientific Reports. 11 (1), 19496(2021).</li>
<li>Wang, T., Jiang, X., Lu, Y., Ruan, Y., Wang, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+integration+analysis+of+a+novel+prognostic+signature+associated+with+cuproptosis-related+ferroptosis+genes+and+relevant+lncRNA+regulatory+axis+in+lung+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+%28Albany+NY%29%22%5BJournal%5D)">Identification and integration analysis of a novel prognostic signature associated with cuproptosis-related ferroptosis genes and relevant lncRNA regulatory axis in lung adenocarcinoma.</a> Aging (Albany NY). 15 (5), 1543-1563 (2023).</li>
<li>Wang, T., Jiang, X., Ruan, Y., Zhuang, J., Yin, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Based+on+network+pharmacology+and+in+vitro+experiments+to+prove+the+effective+inhibition+of+myocardial+fibrosis+by+Buyang+Huanwu+decoction%29%5BTitle%5D)+AND+%22Bioengineered%22%5BJournal%5D)">Based on network pharmacology and in vitro experiments to prove the effective inhibition of myocardial fibrosis by Buyang Huanwu decoction).</a> Bioengineered. 13 (5), 13767-13783 (2022).</li>
</ol>

Gli autori non hanno nulla da rivelare.

La dermatite atopica è una forma specifica di eczema che condivide i meccanismi sottostanti con l'eczema. I geni hub che si ritiene siano correlati a questa condizione sono TNF, MAPK14 e CASP3. Gli effetti terapeutici dell'SDG sull'eczema anale sono principalmente attribuiti alla sua azione sulle vie di segnalazione TNF e MAPK attraverso questi tre geni hub17.
L'SDG comprende cinque farmaci distinti: indaco naturalis, cipresso dorato, gesso calcinato, calamina e galla cinese. Nella medicina tradizionale cinese, il gesso calcinato e la calamina possono svolgere un ruolo nel promuovere la guarigione delle ferite e l'umidità essiccata, mentre l'indaco naturalis, il cipresso dorato e il fiele cinese possono eliminare il calore, disintossicare e asciugare l'umidità. La combinazione di queste erbe può ottenere l'effetto di drenare l'umidità, promuovere la guarigione delle ferite, eliminare il calore e dissipare il vento18.
Studi precedenti hanno indicato che i componenti principali dell'SDG hanno proprietà antinfiammatorie. È stato dimostrato che l'indaco naturalis (IN) è in grado di trattare la colite, la psoriasi e la leucemia promielocitica acuta 19,20,21. La funzione di IN può essere correlata alla sua inibizione della trasduzione del segnale TLR4/MyD88/NF-kB, che riduce l'infiammazione e promuove la guarigione della mucosa intestinale nei pazienti con colite ulcerosa (CU). Può anche regolare la flora intestinale, come dimostrato nel modellomurino UC indotto da DSS 22,23. Recenti ricerche evidenziano che la CU è spesso associata a uno squilibrio nel microbioma intestinale. L'IN può riequilibrare efficacemente l'ecologia intestinale e proteggere il sistema gastrointestinale, a seconda della flora intestinale24. Spostando le citochine proinfiammatorie in citochine antinfiammatorie, il cipresso dorato riduce la proliferazione dei linfociti T e delle secrezioni di citochine delle cellule T indotte da DC e IL-12p70, promuovendo l'interazione tra DC e Treg25. La saponarina e il campesterolo agiscono come agenti antinfiammatori naturali con effetti antiallergici 26,27,28. La triptitrina svolge un'azione antimicrobica29. Melianonen mostra sostanziali effetti inibitori sia sui funghi che sulla flora microbica che possono contribuire al trattamento dell'eczema anale30,31.
Gli studi hanno scoperto che la gravità delle malattie della pelle come l'acne, la dermatite irritante da contatto e la dermatite allergica da contatto sono correlate alla flora microbica nell'intestino. Confrontando la distribuzione della microflora dell'eczema acuto e cronico dell'ano, i risultati hanno mostrato che la microflora dello stafilococco dei pazienti con eczema acuto dell'ano era più abbondante nel gruppocronico 32. I neonati con eczema atopico e diversità del microbioma intestinale inferiore dimostrano una correlazione tra l'abbondanza microbica e le malattie della pelle33. Sulla base degli effetti di vari componenti dell'SDG sulla flora intestinale, non si può escludere la possibilità che l'SDG possa migliorare l'eczema dell'ano regolando la microflora. Inoltre, il melianone contenuto in SDG può anche agire sui funghi per prevenire l'eczema ano.
La ricerca sui meccanismi è riconosciuta come l'aspetto più intricato dell'indagine sulle prescrizioni a base di erbe. La farmacologia di rete attualmente permea diversi aspetti del campo farmaceutico, segnando un cambio di paradigma dalla biomedicina convenzionale a quella contemporanea e ridefinendo lo sviluppo della medicina tradizionale cinese (MTC) 34,35,36. Utilizza bersagli di rete come base, costruendo un diagramma di rete che collega MTC, principi attivi, bersagli e disturbi per anticipare i bersagli terapeutici rilevanti. La farmacologia di rete chiarisce in modo completo le interazioni tra farmaci e bersagli di malattie ed esamina sistematicamente i meccanismi di rete associativi, prevedendo così le vie metaboliche fondamentali. Il suo utilizzo è stato strategicamente implementato per indagare i meccanismi d'azione di vari erbari. Inoltre, stabilendo una rete PPI bersaglio per i farmaci per le malattie, insieme alla costruzione di percorsi arricchiti con KEGG e GO, la farmacologia di rete ha facilitato la previsione del complesso meccanismo attraverso il quale le erbe cinesi influenzano le malattie e indagano sulla patogenesi delle afflizioni 37,38,39. Questa ricerca ha combinato la farmacologia di rete con i set di dati GEO per discernere i meccanismi topici dei farmaci.
L'analisi farmacologica di rete si limita a prevedere i componenti e i bersagli dei farmaci, verificando meccanismi precisi che richiedono la sperimentazione animale o le sperimentazioni cliniche. Questo studio ha utilizzato solo la verifica della simulazione di docking molecolare senza condurre esperimenti su animali o clinici per verificare. Il quadro farmacologico di rete proposto per la medicina tradizionale cinese combina gli obiettivi previsti delle singole erbe, anche se con una precisione inferiore. L'incorporazione di set di dati GEO migliora sostanzialmente questa precisione.
In questo studio, il metodo di generazione dei dati puri è stato utilizzato per massimizzare l'utilizzo dei dati combinando più database. Soprattutto per alcune malattie per le quali è difficile costruire modelli animali, i dati online vengono utilizzati principalmente per prevedere e verificare malattie e bersagli farmacologici in modo da orientare la direzione della ricerca e gettare una buona base per la successiva verifica sperimentale.

L'eczema anale è una condizione allergica della pelle che colpisce la regione perianale e la mucosa, manifestando varie manifestazioni cliniche1. I sintomi caratteristici includono eritema anale, papule, vesciche, erosione, essudati e formazione di croste. Questi sintomi insorgono principalmente a causa di graffi, ispessimenti e rugosità dell'area interessata2.
L'eczema anale, caratterizzato da una durata prolungata della malattia, attacchi ricorrenti e trattamenti impegnativi, può avere effetti negativi sulla salute fisica e mentale dei pazienti3. La patogenesi dell'eczema anale non è ancora chiara e la medicina moderna suggerisce che possa essere correlata a lesioni anali locali, dieta, ambiente, genetica e altri fattori4. Oltre a evitare il contatto con sostanze irritanti e potenziali allergeni, il trattamento dell'eczema anale si concentra principalmente su metodi come l'inibizione dell'infiammazione, l'antiallergia e l'alleviamento del prurito5.
L'SDG è stato ampiamente utilizzato per il trattamento dell'eczema anale e di altre condizioni anali. SDG regola l'essudazione della pelle anale, riduce l'umidità, ripara la pelle anale e affronta efficacemente il prurito 6,7,8. Inoltre, l'SDG ha il potenziale per regolare il microbiota periano, migliorando così l'eczema dell'ano 9,10.
La farmacologia di rete, un approccio bioinformatico innovativo e interdisciplinare e all'avanguardia nel regno dell'intelligenza artificiale e dei big data, fornisce un'esplorazione approfondita della medicina tradizionale cinese. Questa disciplina enfatizza l'esposizione sistemica delle regole di correlazione molecolare tra farmaci e malattie da una prospettiva di rete ecologica. È stato ampiamente adottato per vari aspetti, tra cui l'identificazione dei principi attivi chiave negli estratti di erbe, la decifrazione dei loro meccanismi d'azione globali, la formulazione di combinazioni di farmaci e lo studio della compatibilità con le prescrizioni. Le prescrizioni tradizionali cinesi presentano gli attributi di multi-componente e multi-target, a significare la loro sostanziale adattabilità al regno della farmacologia di rete. Spinti da questa metodologia, sono emerse nuove prospettive nell'esame dei complessi sistemi di medicina tradizionale cinese, fornendo un solido supporto tecnico per la razionalizzazione delle applicazioni cliniche e l'innovazione dei farmaci 11,12,13,14.
Questo studio ha lo scopo di esplorare il meccanismo di efficacia degli SDG nel trattamento dell'eczema anale. Questo sforzo investigativo ha cercato di chiarire il meccanismo di somministrazione topica dei farmaci utilizzando un'integrazione sinergica di farmacologia di rete e set di dati GEO. I risultati forniscono preziose informazioni sull'efficacia e sui meccanismi alla base dell'SDG nella gestione dell'eczema dell'ano, indicando il suo potenziale come approccio terapeutico efficace per questa condizione. Il diagramma dettagliato del flusso di lavoro dello studio è presentato nella Figura 1.

<table><tbody><tr><td>AutoDockTools</td><td>AutoDock</td><td>https://autodocksuite.scripps.edu/adt/</td><td></td></tr> <tr><td>Cytoscape 3.9.1&nbsp;</td><td>Cytoscape</td><td>https://cytoscape.org/</td><td></td></tr> <tr><td>database GeneCards&nbsp;</td><td>GeneCards</td><td>https://www.genecards.org</td><td></td></tr><tr><td>database GEO</td><td>Centro nazionale per l'informazione sulle biotecnologie</td><td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/</td><td></td></tr> <tr><td>strumento GEO2R&nbsp;</td><td>Centro Nazionale per l'Informazione Biotecnologica</td><td>https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/</td><td></td></tr> <tr><td>Metascape</td><td>Metascape</td><td>https://metascape.org/</td><td></td></tr> <tr><td>Ereditarietà mendeliana online nel database dell'uomo</td><td>OMIM</td><td>https://www.omim.org</td><td></td></tr><tr><td>RCSB protein database&nbsp;</td><td>Banca dati delle proteine RCSB (RCSB PDB)</td><td>http://www.pdb.org/</td><td></td></tr> <tr><td>database STRING&nbsp;</td><td>STRING</td><td>https://string-db.org/</td><td></td></tr> <tr><td>Banca dati ADME svizzera&nbsp;</td><td>Banca dati di</td> farmacologia del sistema <td>http://www.swissadme.ch/index.php</td><td></td>di</tr><tr><td>medicina tradizionale cinese (TCMSP)Banca dati</td> e <td>piattaforma di analisi farmacologica dei sistemi di medicina tradizionale cinese</td><td>http://tcmspw.com/tcmsp.php</td><td></td></tr><tr><td>Venny2.1</td><td>BioinfoGP</td><td>https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html</td><td></td></tr></tbody></table>

l'efficacia e i meccanismi del percorso sottostante del trattamento shidugao per l'eczema dell'ano sulla base di set di dati geo e farmacologia di rete

The Efficacy and Underlying Pathway Mechanisms of ShiDuGao Treatment for Anus Eczema Based on GEO Datasets and Network Pharmacology

L'eczema dell'ano è una malattia infiammatoria cronica e ricorrente della pelle che colpisce l'area intorno all'ano. Sebbene le lesioni si verifichino principalmente nella pelle anale e perianale, possono estendersi anche al perineo o ai genitali. È stato scoperto che ShiDuGao (SDG) possiede significative proprietà riparative contro il prurito anale, il controllo dell'essudazione, la riduzione dell'umidità e la riparazione della pelle. Tuttavia, i bersagli genetici e i meccanismi farmacologici dell'SDG sull'eczema anale devono ancora essere chiariti e discussi in modo completo. Di conseguenza, questo studio ha utilizzato un approccio farmacologico di rete e ha utilizzato set di dati omnibus di espressione genica (GEO) per studiare i bersagli genici. Inoltre, è stata stabilita una rete di interazione proteina-proteina (PPI), che ha portato all'identificazione di 149 bersagli, di cui 59 sono stati considerati geni hub, all'interno della rete di interazione "farmaco-bersaglio-malattia".
La funzione genica dell'SDG nel trattamento dell'eczema perianale è stata valutata attraverso l'utilizzo dell'enciclopedia di Kyoto dei geni e dei genomi (KEGG) e dell'analisi dell'ontologia genica (GO). Successivamente, la funzione anti-eczema perianale e la potenziale via dell'SDG, come identificato nell'analisi farmacologica di rete, sono state convalidate utilizzando la metodologia di docking molecolare. I processi biologici associati ai geni e alle proteine mirati agli SDG nel trattamento dell'eczema dell'ano comprendono principalmente risposte mediate da citochine, risposte infiammatorie e risposte al lipopolisaccaride, tra gli altri. I risultati dell'arricchimento del percorso e delle analisi di annotazione funzionale suggeriscono che l'SDG svolge un ruolo cruciale nella prevenzione e nella gestione dell'eczema anale regolando le vie di infezione del virus della shigellosi e dell'herpes simplex 1. La farmacologia di rete e l'analisi del database GEO confermano la natura multi-target di SDG nel trattamento dell'eczema anale, in particolare modulando TNF, MAPK14 e CASP3, che sono bersagli hub cruciali nelle vie di segnalazione TNF e MAPK. Questi risultati forniscono una chiara direzione per ulteriori indagini sul meccanismo terapeutico di SDG per l'eczema anale, evidenziando al contempo il suo potenziale come approccio terapeutico efficace per questa condizione debilitante.

Geni correlati all'eczema dell'ano, geni bersaglio SDG e bersagli comuni Un totale di 958 potenziali candidati geni sono stati sottoposti a screening in Genecards e 634 nei database OMIM, mentre i duplicati sono stati esclusi. Per ottenere una comprensione completa dei geni correlati all'eczema anale, i risultati di più database sono stati amalgamati, producendo un totale di 958 geni distinti. Di conseguenza, è stata meticolosamente formulata una rete di interazione proteina-proteina (PPI) specifica per l'eczema anale. L'SDG è composto da cinque medicine tradizionali cinesi, vale a dire indaco naturalis, cipresso dorato, gesso calcinato, calamina e Gallo cinese15,16. Il componente principale del gesso calcinato è il solfato di calcio anidro (CaSO4 ), mentre il componente principale della calamina è il carbonato di zinco (ZnCO3 ). L'indaco naturalis, il cipresso dorato e la galla cinese hanno ingredienti complessi. Dal database TCMSP, i farmaci contengono 92 componenti composti, ottenendo un totale di 867 bersagli farmacologici affidabili (Tabella 1).
Attraverso la sovrapposizione di entrambi i set di dati di geni bersaglio, sono stati individuati un totale di 149 geni bersaglio frequentemente co-occorrenti (Figura 2A), seguiti dalla costruzione di una rete di interazione proteina-proteina bersaglio essenziale (PPI) (Figura 2B). Attraverso un metodo di screening basato sulla mediana per grado, vicinanza e intertrazione, sono stati selezionati 59 bersagli chiave come potenziali bersagli farmacologici per l'eczema anale. I punteggi mediani di grado, vicinanza e betweenness per gli obiettivi chiave erano rispettivamente 49, 40,31947 e 0,522. I primi 10 geni con un punteggio di grado elevato includevano AKT1, TNF, TP53, EGFR, STAT3, SRC, JUN, CASP3, HRAS e PTGS2 (Tabella 2). Questi geni sono molto rilevanti per l'eczema anale.
Percorsi e reti che coinvolgono obiettivi comuni I metodi di arricchimento KEGG e GO sono stati utilizzati per analizzare 59 bersagli chiave, rivelando 218 percorsi associati e oltre 3000 processi biologici associati. L'analisi ha scoperto percorsi fortemente correlati con SDG e proteine dell'eczema anale, tra cui l'infezione da virus Cherry simplex 1, la shigellosi, la via di segnalazione del TNF, la resistenza all'inibitore della tirosin-chinasi EGFR, l'infezione da citomegalovirus umano e la via di segnalazione del recettore delle cellule T (Figura 3A). Questi percorsi si riferiscono principalmente a geni come AKT1, TNF, TP53, STAT3, SRC, EGFR e CASP3. La Figura 3B fornisce una rappresentazione dettagliata dei geni e dei percorsi bersaglio. L'analisi OB è stata eseguita sui processi biologici (BP), sulla composizione cellulare (CC) e sulla funzione molecolare (MF) (Figura 4A). I risultati suggeriscono che questo studio si concentra principalmente su obiettivi comuni per SDG ed eczema anale nei processi biologici, con alcuni rilevanti per CC e MF. Le funzioni biologiche che sono risultate particolarmente rilevanti includono la fosforilazione peptidil-tirosina, la modificazione peptidil-tirosina, la regolazione dell'adesione cellula-cellula, la regolazione positiva dell'adesione cellulare, l'attivazione delle cellule T, la regolazione dell'adesione cellula-cellula leucocitaria (Figura 4B-D).
Prevedere il legame dei componenti attivi SDG ai bersagli dell'eczema dell'ano Sulla base dei valori mediani di grado, vicinanza e betweenness, sono stati sottoposti a screening 59 target chiave, tra cui AKT1, TNF, TP53, EGFR, STAT3, SRC, JUN, CASP3, HRAS e PTGS2. Un'ulteriore analisi del database GEO ha rivelato una sovraregolazione di PPARG, EGFR e TNF, mentre PTPRC, MMP9, MAPK14 e CASP3 sono stati sottoregolati nel gruppo sperimentale (dermatite atopica) (Figura 5). Attraverso l'analisi dell'arricchimento della via genica comune, è stato determinato che questi geni partecipavano prevalentemente alla cascata di segnalazione del TNF e alla via di segnalazione MAPK. Nella via di segnalazione del TNF, l'espressione del TNF è stata sovraregolata, mentre l'espressione di MMP9, MAPK14 e CASP3 è stata sottoregolata. Nella via di segnalazione MAPK, l'espressione di EGFR e TNF è stata sovraregolata, mentre MAPK14 e CASP3 sono state sottoregolate (Figura 6). Sulla base di questi risultati, TNF, MAPK14 e CASP3 sono stati considerati come potenziali bersagli nella terapia SDG.
Per convalidare i bersagli candidati nei componenti attivi dell'SDG, è stata utilizzata l'analisi di docking per testare l'accuratezza tra la struttura del componente attivo e le potenziali proteine bersaglio. Queste proteine bersaglio sono coinvolte in varie connessioni funzionali e sono i nodi alti della rete, suggerendo che svolgono un ruolo cruciale nella risposta SDG all'eczema anale. Il valore negativo dell'energia di legame dell'aggancio indica la capacità dell'SDG di agganciarsi ai bersagli della malattia in vivo, mentre un valore più negativo indica un aggancio più facile. In questa indagine, è stato raggiunto il successo del docking molecolare dei componenti attivi del core con il target chiave e l'energia di legame del docking è risultata negativa, con valori inferiori a -1 kcal/mol. L'indaco e la berberrubina hanno una buona attività di legame, con un'energia di legame inferiore a -5 kcal/mol (Tabella 3, Figura 7). Nel loro insieme, questi risultati forniscono un'ulteriore prova che queste proteine corrispondenti ai loci genici possono agire come bersagli SDG nell'eczema ano.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig01.jpg"> Figura 1: Flusso di lavoro dell'analisi farmacologica di rete. GO, Ontologia Genetica; KEGG, Enciclopedia di Kyoto dei geni e dei genomi; TCMSP, Database e Piattaforma di Analisi dei Sistemi di Farmacologia della Medicina Tradizionale Cinese; GEO, Espressione Genica Omnibus. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig01large.jpg" target="_blank">Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig02.jpg"> Figura 2: Diagramma di Venn e rete PPI dei bersagli comuni. (A) Diagramma di Venn dell'intersezione tra il bersaglio del farmaco e il bersaglio della malattia. (B) Rete PPI di destinazione comune per STRINGA. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig02large.jpg" target="_blank">Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig03.jpg"> Figura 3: Analisi dell'arricchimento della via KEGG. (A) Analisi dell'arricchimento della via KEGG. I primi 10 percorsi KEGG sono classificati in base ai valori P in ordine crescente. (B) La connessione tra il percorso e il bersaglio: percorso (giallo), bersagli (rosso). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig03large.jpg" target="_blank">Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig04.jpg"> Figura 4: Analisi dell'arricchimento della GO. (A) Risultati della GO di tre ontologie. (B) Grafico a bolle del processo biologico (BP). (C) Grafico a bolle dei componenti delle celle (CC). (D) Grafico a bolle della funzione molecolare (MF). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig04large.jpg" target="_blank">Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig05.jpg"> Figura 5: Previsione del risultato dei potenziali obiettivi. (A) Mappa di calore dell'espressione genica hub nel database GEO, il gruppo A è il gruppo sperimentale (dermatite atopica) e il gruppo B è il gruppo di controllo (dermatite non atopica); (B) I nodi della rete PPI rappresentano le proteine, edge rappresentano le relazioni. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig05large.jpg" target="_blank">Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig06.jpg"> Figura 6: La via di segnalazione. (A) Via di segnalazione MAPK. (B) Via di segnalazione del TNF. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig06large.jpg" target="_blank">Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig07.jpg"> Figura 7: Docking molecolare di geni e ingredienti principali. Il magenta rappresenta i componenti principali dell'SDG e il blu rappresenta i residui dei geni principali. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig07large.jpg" target="_blank">Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Medicine tradizionali cinesi</td>
			<td colspan="3">Principi attivi</td>
		</tr><tr><td rowspan="2">Indaco naturalis</td>
			<td colspan="3">9alfa,13alfa-diidrossilisopropilidenilisatisina,A, bisindigotina, indicante, isatan B, isatisina,A, isoorientina, isoscoparina, isovitexina, (+)-isolariciresinolo, 10H-indolo,[3,2-b],chinolone, isoindaco, saponarina, indaco, triptinza, 6-(3-ossoindolina-2-ilidene)indolo [2,1-b] chinazolin-12-one</td>
		</tr><tr><td colspan="3">Indirubina, beta-sitosterolo, Lariciresinolo, Nonacosano, isovitexina, Dotriacontanolo</td>
		</tr><tr><td rowspan="2">Cipresso dorato</td>
			<td colspan="3">berberina, coptisina, dauricina (8CI), javanicina, (±)-lyoniresinol, kihadalattone A, acido obacunoico, obacunone, felvina, Phellavin_qt, fellodendrina, delta 7-stigmastenolo, feropterina, vanilloloside, coniferina, deidrotanshinone II A, delta7-deidrosoforammina, amurensina, Amurensin_qt, diidroniloticina, hispidol B, kihadalattone B, kihadanin A, niloticina, nomilina, rutaecarpina, scrematina, chelerythrine, stigmasterolo, worenina, campesteril ferulato, cavidina, candletoxin A, hericenone H, Hispidone, Siriga, beta-sitosterolo, Magnograndiolide, (2S,3S)-3,5,7-triidrossi-2-(4-idrossifenil)croman-4-one, Palmidina A, magnoflorina, Menisporfina, palmatina, Fumarina, Isocoripalmina, quercetina, Sitogluside, Friedelin</td>
		</tr><tr><td colspan="3">STOCK1N-14407, jatrorrizina, menisperina, phellamurin_qt, (S)-Canadina, columbamina, poriferiferi-5-en-3beta-olo, magnoflorina, berberrubina, fledodendrina, limonina, iperina, campesterolo, SMR000232320, cantina-6-one, 4-[(1R,3aS,4R,6aS)-4-(4-idrossi-3,5-dimetossifenil)-1,3,3a,4,6,6a-esaidrofuro[4,3-c]furan-1-il]-2,6-dimetossifenolo, diidroniloticina, melianone, flelocina, thalifendine, vanilloloside, Auraptene</td>
		</tr><tr><td>Gesso calcinato</td>
			<td colspan="3">solfato di calcio anidro (CaSO4)</td>
		</tr><tr><td>Calamina</td>
			<td colspan="3">carbonato di zinco (ZnCO3)</td>
		</tr><tr><td>Gallo cinese</td>
			<td colspan="3">digallate</td>
		</tr></tbody></table>Tabella 1: Principi attivi negli SDG.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Gene</td>
			<td>Grado</td>
			<td>Centralità della betweenness</td>
			<td>Vicinanza Centralità</td>
		</tr><tr><td>AKT1</td>
			<td>204</td>
			<td>1669.1692</td>
			<td>0.765625</td>
		</tr><tr><td>TNF (Filtro TNF)</td>
			<td>202</td>
			<td>1988.4543</td>
			<td>0.761658</td>
		</tr><tr><td>TP53</td>
			<td>190</td>
			<td>1590.9288</td>
			<td>0.73134327</td>
		</tr><tr><td>EGFR</td>
			<td>174</td>
			<td>686.3063</td>
			<td>0.7033493</td>
		</tr><tr><td>STAT3</td>
			<td>168</td>
			<td>673.03723</td>
			<td>0.6869159</td>
		</tr><tr><td>SRC</td>
			<td>162</td>
			<td>568.1574</td>
			<td>0.69014084</td>
		</tr><tr><td>GIU</td>
			<td>162</td>
			<td>435.33737</td>
			<td>0.6805556</td>
		</tr><tr><td>CASP3</td>
			<td>156</td>
			<td>483.45276</td>
			<td>0.67431194</td>
		</tr><tr><td>HRAS</td>
			<td>148</td>
			<td>515.28815</td>
			<td>0.65625</td>
		</tr><tr><td>PTGS2</td>
			<td>134</td>
			<td>761.34094</td>
			<td>0.6447368</td>
		</tr></tbody></table>Tabella 2: Caratteristiche dei primi 10 geni hub.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Destinazione (ID PDB)</td>
			<td colspan="3">Affinità (kcal/mol)</td>
		</tr><tr><td></td>
			<td>Indaco</td>
			<td>Berberrubina</td>
			<td>Digallate</td>
		</tr><tr><td>TNF (1A8M)</td>
			<td>-5.96</td>
			<td>-5.19</td>
			<td>-2.22</td>
		</tr><tr><td>MAPK14 (1A9U)</td>
			<td>-5.51</td>
			<td>-5.41</td>
			<td>-1.93</td>
		</tr><tr><td>CASP3 (1CP3)</td>
			<td>-5.77</td>
			<td>-4.98</td>
			<td>-1.06</td>
		</tr></tbody></table>Tabella 3: L'energia di legame molecolare degli ingredienti e dei geni core.

Questo sforzo investigativo ha cercato di chiarire il meccanismo di somministrazione di farmaci topici utilizzando un'integrazione sinergica di farmacologia di rete e set di dati omnibus di espressione genica (GEO). Questo articolo ha valutato la fattibilità, l'obiettivo e il meccanismo di ShiDuGao (SDG) nel trattamento dell'eczema ano.

L'efficacia e i meccanismi del percorso sottostante del trattamento ShiDuGao per l'eczema dell'ano sulla base di set di dati GEO e farmacologia di rete

Anus eczema is a chronic and recurrent inflammatory skin disease affecting the area around the anus. While the lesions primarily occur in the anal and ...

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Questo studio ha valutato l'efficacia antidepressiva di Qiangzhifang in un modello di ratto di depressione indotta da stress da contenzione cronica e ha chiarito il suo effetto regolatorio sulle vie HIF-1 e JAK-STAT mediante farmacologia di rete e analisi di docking molecolare.

Farmacologia della rete e convalida dei meccanismi antidepressivi di Qiangzhifang in un modello di ratto con depressione indotta da stress da contenzione cronica

L'ambliopia è un disturbo dello sviluppo della corteccia visiva che è spesso accompagnata da forte soppressione di un occhio. Vi presentiamo una nuova tecnica per la misurazione e il trattamento di soppressione endoculare in pazienti affetti da ambliopia che possono essere distribuiti utilizzando occhiali per la realtà virtuale o di un dispositivo portatile iPod Touch.

La misurazione e trattamento di soppressione in Ambliopia

Misurazione precisa di danno neurologico e neuropsicologico e disabilità nella sclerosi multipla è una sfida. Riportiamo i dettagli metodologici su un nuovo test, la sclerosi multipla Performance Test (MSPT). Questo nuovo approccio con l'obiettivo di quantificazione della disabilità legata alla SM fornisce una piattaforma basata su computer per una precisa, valida misura della SM gravità.

La sclerosi multipla Performance Test (MSPT): uno strumento di valutazione della disabilità iPad-Based

Delineiamo un protocollo che implementa approcci sia in vivo che ex vivo per studiare la colonizzazione del cancro ovarico dei tessuti adiposi peritoneali, in particolare dell'omento. Inoltre, presentiamo un protocollo per quantificare e analizzare le strutture cellulari immunitarie nell'omento, note come macchie lattiginose, che promuovono le metastasi del adiposo peritoneale.

In vivo ed ex vivo approcci per studiare il cancro ovarico metastatico colonizzazione delle strutture Lattea Spot in peritoneale adiposo

Qui descriviamo la procedura per la stimolazione magnetica transcranica ripetitiva guidata dalla risonanza magnetica alla corteccia prefrontale dorsomediale come trattamento sperimentale per il disturbo depressivo maggiore.

MRI-guidata dmPFC-rTMS come Trattamento di trattamento resistente Disturbo Depressivo Maggiore

Questo protocollo descrive una procedura per tracciare l'evoluzione delle misure della rete mesiale nei pazienti con epilessia del lobo temporale (TLE). Si basa sulla combinazione di registrazioni intracraniche con una nuova tecnica numerica per l'analisi dei dati. In particolare, presentiamo un protocollo per l'analisi di rete delle registrazioni del forame ovale.

Network Analysis di forame ovale elettrodi Recordings in farmaco-resistenti epilessia del lobo temporale pazienti

Presentiamo una tecnica per somministrazione localizzata di farmaci attraverso la via trans-timpanica nella coclea. Somministrazione di farmaci attraverso questa rotta non avrebbe interferito con l'efficacia anticancro dei farmaci chemioterapici come il cisplatino.

Veicolazione Trans-timpanico per il trattamento dell'ototossicità

Qui, presentiamo un modello fisiologico ed efficace per studiare i meccanismi molecolari sottostanti la secrezione dell'ormone intestinale e l'assorbimento intestinale — piccolo intestino irrorato isolato del ratto.

Meccanismi di secrezione dell'ormone intestinale utilizzando l'isolato irrorati intestino tenue del ratto

La divulgazione precisa di metodi e protocolli è fondamentale per l'adozione su larga scala delle terapie con cellule staminali. Qui, presentiamo un protocollo per isolare le cellule rigenerative di derivazione adiposa, utilizzate per una singola iniezione intracavernosa come trattamento della disfunzione erettile (DE) a seguito di prostatectomia radicale (RP).

Isolamento di cellule rigenerative di derivazione adiposa per il trattamento della disfunzione erettile a seguito di prostatectomia radicale

Descriviamo un algoritmo clinico, basato su decenni di esperienza in prima linea nella diagnosi e nel trattamento chirurgico della spondilodiscite brucellare umana nel più grande centro medico dell'area pastorale cinese dello Xinjiang.

Diagnosi e trattamento chirurgico della spondilodiscite brucellare umana

Scopri la farmacologia di rete e l'analisi dei dati GEO per studiare il meccanismo terapeutico di ShiDuGao nell'eczema anale. Questo metodo identifica bersagli multipli come TNIF, MAPK14 e CASP3 nelle vie di segnalazione.

Lefficacia e i meccanismi del percorso sottostante del trattamento ShiDuGao per leczema dellano sulla base di set di dati GEO e farmacologia di rete (Video) | JoVE Journal

L'efficacia e i meccanismi del percorso sottostante del trattamento ShiDuGao per l'eczema dell'ano sulla base di set di dati GEO e farmacologia di rete

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