Name: Progettazione e sviluppo guidati dalla struttura di nuovi inibitori della ciclofilina A e derivati del ganoderiolo-F: un approccio in-silico (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-06-23T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 1 s
Description: Scopri il design computazionale di inibitori della ciclofilina A per la farmacologia oncologica usando docking molecolare e dinamica. Questo metodo identifica ligandi stabili per terapie anticancro.

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<table><tbody><tr><td>Autodock&nbsp;</td><td>Autodock&nbsp;</td><td>v4.2.6</td><td>http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page/</td></tr><tr><td>CGenFF</td><td>CGenFF</td><td>v2024</td><td>https://cgenff.umaryland.edu</td></tr><tr><td>Chemsketch&nbsp;</td><td>Chemsketch&nbsp;</td><td>v2024</td><td>http://www.acdlabs.com/resources/freeware/</td></tr><tr><td>Cygwin terminal&nbsp;</td><td>Cygwin terminal&nbsp;</td><td>v3.6.3</td><td>http://www.cygwin.com/</td></tr><tr><td>Gromacs tutorial</td><td>Gromacs tutorial</td><td>v25.04 (Plucky Puffin)</td><td>http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/index.html</td></tr><tr><td>MGL tools&nbsp;</td><td>MGL tools&nbsp;</td><td>v1.5.7</td><td>mgl tools 1.5.6 rc3</td></tr><tr><td>Open babel</td><td>Open babel</td><td>v3.1.1</td><td>http://openbabel.org/wiki/main_page</td></tr><tr><td>PyMOL</td><td>PyMOL</td><td>v3.1.6.1</td><td>PyMOL | pymol.org</td></tr><tr><td>Ubuntu</td><td>Ubuntu</td><td>v25.04l</td><td>https://ubuntu.com/download/desktop</td></tr><tr><td>UCSF chimera</td><td>UCSF chimera</td><td>v1.19</td><td>chimera-1.17.3-win64.exe</td></tr></tbody></table>

progettazione e sviluppo guidati dalla struttura di nuovi inibitori della ciclofilina a e derivati del ganoderiolo-f: un approccio in-silico

Structure-Guided Design and Development of Novel Cyclophilin A Inhibitors and Ganoderiol-F Derivatives: An In-Silico Approach

Progettazione e sviluppo guidati dalla struttura di nuovi inibitori della ciclofilina A e derivati del ganoderiolo-F: un approccio in-silico

The cyclin Ds-CDKs axis (Cyclophilin A (Cyp /Ganoderiol F)) plays a critical role in cancer through various processes, such as controlling proliferation ...

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Abbiamo sviluppato metodi computazionali di progettazione di proteine de novo in grado di affrontare diverse importanti aree della progettazione di proteine. Per diffondere questi metodi presentiamo Protein WISDOM, uno strumento online per la progettazione di proteine (http://www.proteinwisdom.org). Partendo da un modello strutturale, è possibile eseguire la progettazione di proteine monomeriche per una maggiore stabilità e di complessi per una maggiore affinità di legame.

Proteine ​​saggezza: un banco di lavoro per<em&gt; In silico</em&gt;<em&gt; De novo</em&gt; Progettazione di biomolecole

Descriviamo l'implementazione della strategia REPLACE per indirizzare le interazioni proteina-proteina. REPLACE è una strategia iterativa che coinvolge approcci sintetici e computazionali per la conversione di inibitori peptidici ottimizzati in molecole simili a farmaci.

Sviluppo di inibitori di interazioni proteina-proteina attraverso REPLACE: Applicazione alla progettazione e allo sviluppo non ATP inibitori CDK competitivo

Viene delineato un metodo semplice e generale per la sintesi di peptidi ciclici utilizzando l'irradiazione a microonde. Questa procedura consente la sintesi di peptidi ciclici della spina dorsale con una raccolta di diverse conformazioni mantenendo le catene laterali e le frazioni farmacoforiche., e quindi, consente lo screening della conformazione bioattiva.

Sviluppo di un Backbone ciclico Peptide Biblioteca come potenziale Antiparassitaria Therapeutics Uso Microonde irradiazione

Vi presentiamo un protocollo per la costruzione di thioether/vinile peptidi elicoidale solfuro-tethered utilizzando foto-indotta del tiolo-ene/tiolo-yne hydrothiolation.

Costruzione di peptidi elicoidale Via foto-indotta del tiolo-ene/yne Hydrothiolation Thioether/vinile solfuro-tethered

Qui presentiamo un protocollo per dimostrare un metodo efficiente per la sintesi di eterocicli spirocyclic. Sintesi in fase solida e rigenerante strategie del linker Michael utilizza il processo in cinque fasi. Generalmente difficili da sintetizzare, presentiamo un metodo personalizzabile per la sintesi di molecole spirocyclic altrimenti inaccessibili ad altri approcci moderni.

Sintesi in fase solida di [4,4] Spirocyclic ossime

Questo documento utilizza un flusso cytometry-test per librerie di schermo di inibitori chimici per l'identificazione di inibitori e ai loro obiettivi che influenzano la segnalazione del ricevitore della T-cellula. I metodi descritti qui possono essere espanso per high throughput screening.

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Bispiro enantiomericamente arricchita [γ-butirrolattone-pyrrolidin-4, 4'-della pirazolone] scheletri asimmetricamente sono sintetizzati attraverso una reazione di cicloaddizione 1,3-dipolare ORGANOCATALISI semplice.

Costruzione efficiente di Drug-like Bispirocyclic ponteggi Via ORGANOCATALISI CICLOADDIZIONI di α-immino γ-lattoni e alchilidene pirazolone

Qui, descriviamo un saggio biologico che utilizza 3-(4′,5′-dimetiltiazol-2′-il)-2,5-difeniltetrazolio bromuro (MTT) per testare le ossime spirocicliche precedentemente sintetizzate.

Sintesi dell'eterociclo spirociclico funzionalizzato e saggio di citotossicità

Questo protocollo presenta la sintesi di peptidi ciclici tramite bisalchilazione tra cisteina e metionina e la facile reazione tiolo-yne innescata dal centro del propargil sulfinfo.

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Questo protocollo introduce una metodologia di screening fluorometrica ottimizzata per identificare inibitori naturali di prodotti e piccole molecole nella sintesi proteica. La sua praticità lo rende adatto sia all'istruzione triennale sulle tecniche di scoperta di farmaci sia all'applicazione in campagne di chimica medicinale.

Un protocollo basato sulla fluorescenza per lo screening preliminare degli inibitori della sintesi proteica da fonti naturali

Scopri il design computazionale di inibitori della ciclofilina A per la farmacologia oncologica usando docking molecolare e dinamica. Questo metodo identifica ligandi stabili per terapie anticancro.

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