Name: Integrazione della flessibilità e della dinamica della struttura della proteina bersaglio nella scoperta di farmaci computazionali utilizzando lanalisi di docking basata su ensemble (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-20T13:10:00.000+00:00
Duration: 8 min 49 s
Description: Scopri l'analisi di docking basata su ensemble per la scoperta di farmaci computazionali, integrando la flessibilità delle proteine con simulazioni di dinamica molecolare. Questo metodo migliora la precisione delle predizioni di interazione farmaco-bersaglio.

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<table><tbody><tr><td>AutoDock</td><td>The Scripps Research Institute, Stati Uniti</td><td>Versione 4.2.6</td><td></td></tr><tr><td>AutoDock Tools</td><td>The Scripps Research Institute, Stati Uniti</td><td>Versione 1.5.6</td><td></td></tr><tr><td>Avogadro</td><td>Geoffrey R Hutchison, Dipartimento di Chimica, Università di Pittsburgh, Pittsburgh, USA</td><td>Versione 1.95</td><td></td></tr><tr><td>Discovery Studio</td><td>Dassault Syst&egrave; mes, Massachusetts, Stati Uniti</td><td>Versione 2021</td><td></td></tr><tr><td>GROMACs</td><td>Università di Groningen Royal Institute of Technology Università di Uppsala, Svezia</td><td>Versione 2023</td><td></td></tr><tr><td>UCSF Chimera</td><td>Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics Università della California</td><td>Versione 1.16</td><td></td></tr></tbody></table>

integrazione della flessibilità e della dinamica della struttura della proteina bersaglio nella scoperta di farmaci computazionali utilizzando l'analisi di docking basata su ensemble

Incorporating Target Protein Structure Flexibility and Dynamics in Computational Drug Discovery Using Ensemble-Based Docking Analysis

La struttura chimica e la rappresentazione strutturale 3D di FB dopo l'ottimizzazione sono mostrate nella Figura 8A. La Figura 8B mostra la struttura 3D del lisozima con codice pdb 1LYZ allo stato iniziale prima della simulazione MD. Al fine di studiare la dinamica e la flessibilità della struttura 3D del lisozima, è stata condotta una simulazione MD per 100 ns. L'energia totale della struttura proteica è rimasta stabile durante ...

Integrazione della flessibilità e della dinamica della struttura della proteina bersaglio nella scoperta di farmaci computazionali utilizzando l'analisi di docking basata su ensemble

The drug discovery process is a rigorous, time-consuming, and expensive operation. The computational approach in drug discovery allows researchers to ...

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Abbiamo sviluppato metodi computazionali di progettazione di proteine de novo in grado di affrontare diverse importanti aree della progettazione di proteine. Per diffondere questi metodi presentiamo Protein WISDOM, uno strumento online per la progettazione di proteine (http://www.proteinwisdom.org). Partendo da un modello strutturale, è possibile eseguire la progettazione di proteine monomeriche per una maggiore stabilità e di complessi per una maggiore affinità di legame.

Proteine ​​saggezza: un banco di lavoro per<em&gt; In silico</em&gt;<em&gt; De novo</em&gt; Progettazione di biomolecole

Descriviamo l'implementazione della strategia REPLACE per indirizzare le interazioni proteina-proteina. REPLACE è una strategia iterativa che coinvolge approcci sintetici e computazionali per la conversione di inibitori peptidici ottimizzati in molecole simili a farmaci.

Sviluppo di inibitori di interazioni proteina-proteina attraverso REPLACE: Applicazione alla progettazione e allo sviluppo non ATP inibitori CDK competitivo

Spettrometria di massa (MS) è emersa come un importante strumento per lo studio della struttura e dinamica di assembly macromolecolari. Qui, possiamo integrare approcci basati su MS per interrogare la formazione dei complessi della proteina e grippaggio del ligand.

Analisi di architetture di proteine e complessi proteina-ligando mediante spettrometria di massa strutturale integrativa

Questo studio mirava a presentare una strategia per identificare le interazioni farmaco-peptidico. La strategia prevede la biopanning di peptidi corti che riconoscono farmaci basati su un biosensore QCM (Quartz-Crystal Microbalance), seguito da un'analisi bioinformatica per valutare quantitativamente le informazioni ottenute per il riconoscimento del farmaco e l'annotazione dei siti di legame farmacologico sulle proteine.

Strategia di biopanning e analisi bioinformatica ad alta produttività basata su biosensore per la convalida globale delle interazioni farmaco-proteina

L'esperimento qui utilizzato mostra un metodo di docking molecolare combinato con il saggio di spostamento termico cellulare per prevedere e convalidare l'interazione tra piccole molecole e bersagli proteici.

Previsione e validazione del bersaglio proteico di un composto a piccola molecola

Qui presentiamo un protocollo per la progettazione guidata dalla struttura dell'interazione di legame proteina-ligando tra Sanglifehrin A e Ciclofilina A/Ganoderiolo-F, essenziale per scoprire nuovi farmaci. La stabilità del complesso ligando-recettore è stata valutata tramite simulazione della dinamica molecolare.

Progettazione e sviluppo guidati dalla struttura di nuovi inibitori della ciclofilina A e derivati del ganoderiolo-F: un approccio in-silico

Questo studio ha utilizzato strategie in-silico per identificare l'etravirina enumerata come un promettente agente terapeutico per l'HIV. I nostri risultati sulle interazioni molecolari e le dinamiche supportano la progettazione razionale di nuovi NNRTI come possibili alternative al trattamento dell'HIV.

Relazione quantitativa struttura-attività, previsione dell'attività e dinamica molecolare degli inibitori della trascrittasi inversa non nucleotidica

Questo protocollo bilingue fornisce un flusso di lavoro computazionale di scoperta di farmaci che valuta le interazioni proteina-ligando delle Kinasi Polo-Simili 1 a 3 (PLK1–3) e delle proprietà ADMET-S, Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, Toxicity, and Stability (ADMET-S).

Un flusso di lavoro computazionale bilingue per identificare potenziali inibitori PLK1 nella lingua dei segni americana e in inglese

La progettazione delle proteine comporta la costruzione di sequenze di amminoacidi e l'incorporazione di motivi specifici per creare varianti funzionali. Questo approccio è fondamentale per lo sviluppo di peptidi antimicrobici (AMP) per combattere i patogeni resistenti agli antibiotici. Questo articolo presenta una procedura per la costruzione di proteine utilizzando vari strumenti bioinformatici.

Applicazione di I TASSER, trRosetta, UCSF Chimera, HADDOCK server e HEX loria per la progettazione De Novo e In Silico di proteine

Noi applichiamo un'etichetta priva di analisi di interazioni proteina utilizzando X100 Biacore per la struttura-funzione di analisi del legame di mutanti diversi cistatina B di papaina attraverso la caratterizzazione cinetica. Calibrazione senza analisi concentrazione (ACCP) misura la concentrazione di proteine ​​con attività di legame mantenuto senza la necessità di una curva standard. Abbiamo dimostrato che la conferma delle concentrazioni utilizzando ACCP aumenta l'affidabilità delle analisi...

L&#39;importanza della concentrazione della proteina corretta per Cinetica e determinazione affinità nella struttura-funzione di analisi

Scopri l'analisi di docking basata su ensemble per la scoperta di farmaci computazionali, integrando la flessibilità delle proteine con simulazioni di dinamica molecolare. Questo metodo migliora la precisione delle predizioni di interazione farmaco-bersaglio.

Integrazione della flessibilità e della dinamica della struttura della proteina bersaglio nella scoperta di farmaci computazionali utilizzando lanalisi di docking basata su ensemble (Video) | JoVE Journal

Integrazione della flessibilità e della dinamica della struttura della proteina bersaglio nella scoperta di farmaci computazionali utilizzando l'analisi di docking basata su ensemble

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