Name: Sindrome di Sjogren primaria associata ad adenocarcinoma polmonare: sondare i potenziali meccanismi patogenetici comuni e verifica sperimentale (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-09-20T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 21 s
Description: Esplora i meccanismi patogenetici comuni tra la sindrome di Sjogren primaria e l'adenocarcinoma polmonare attraverso analisi bioinformatica e verifica sperimentale. Questo approccio integrato identifica biomarcatori condivisi per strategie diagnostiche e terapeutiche migliorate.

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<meta charset="utf8"></head><body>Bersagli molecolari chiave che collegano la sindrome di Sjogren primaria e l'adenocarcinoma polmonare

<table><tbody><tr><td>Epizima</td> <td>marcatore proteico prestained a 3 colori</td><td>WJ103</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>Antibody Dilution Buffer</td><td>PS119</td><td>Western Blot</td><td></td></tr><tr><td>Kit di quantificazione delle proteine BCA</td><td>Epizyme</td><td>ZJ101</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>Cytoscape 3.7.1 software</td><td>National Institute of General Medical Sciences (NIGMS), National Institutes of Health (NIH)</td> <td>Versione 3.7.1.</td><td>Software open source per l'analisi e la visualizzazione di reti biologiche</td></tr><tr><td>ECL Luminous Fluid</td><td>Epizyme</td><td>SQ203</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>Elettroforesi Buffer</td><td>Epizyme</td><td>PS105S</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>GraphPad Prism 10.0</td><td>GraphPad</td><td>Versione 10.0</td><td>Analisi dei dati</td></tr><tr><td>HRP-coniugato Capra anti-coniglio IgG (H+L) (AS014)</td><td>abclonale</td><td>AS014</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>JAK2 Anticorpo</td><td>Cell Signaling Technology</td><td>3230T</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>Mouse IL-1&beta; Kit ELISA</td><td>Pechino 4A&nbsp; Biotech Co., Ltd</td><td>CME0015</td> Kit <td>ELISA</td></tr><tr><td>per mouse ELISA IL-6</td><td>Pechino 4A&nbsp; Biotech Co., Ltd</td><td>CME0006</td><td></td></tr><tr><td>Cocktail di inibitori della fosfatasi ELISA (100 volte)</td><td>Epizima</td><td>GRF102</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>Phospho-JAK2 (Tyr1007/1008) Anticorpo</td><td>Cell Signaling Technology</td><td>3776S</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>Phospho-STAT3 (Tyr705) Antibody</td><td>Cell Signaling Technology</td><td>9145S</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>Protease Inhibitor Cocktail (100&times;)</td><td>Epizyme</td><td>GRF101</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>Tampone di blocco rapido senza proteine (5 volte;)</td><td>Epizyme</td><td>PS108</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>PVDF</td><td>membrana Millipore</td><td>IPVH00010</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>R software</td><td>R Foundation for Statistical Computing</td><td>Non applicabile</td><td>Software di analisi statistica e linguaggio di programmazione utilizzati per l'analisi dei dati, la visualizzazione e le applicazioni di apprendimento automatico</td></tr><tr><td>Saggio di immunoprecipitazione radio</td><td>Epizyme</td><td>PC101</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>Sistema di trascrizione inversa</td><td>Promega</td><td>A3500</td><td>PCR</td></tr><tr><td>SDS-PAGE</td><td>Epizyme</td><td>LK303</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>SDS-PAGE Tampone di caricamento delle proteine (5 volte;)</td><td>Epizyme</td><td>LT103</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>STAT3</td><td>Tecnologia di segnalazione cellulare</td> anticorpale <td>9139S</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>SYBR Green Realtime PCR Master Mix</td><td>TOYOBO</td><td>QPK-201</td><td>PCR</td></tr><tr><td>TBST (10&times;)</td><td>Epizyme</td><td>PS103</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>Buffer di trasferimento Western Blot (10&times;)</td><td>Epizyme</td><td>PS109</td><td>Western Blot</td></tr><tr><td>&beta;-Actin Anticorpo</td><td>clonale</td><td>AC026</td><td>Western Blot</td></tr></tbody></table>

sindrome di sjogren primaria associata ad adenocarcinoma polmonare: sondare i potenziali meccanismi patogenetici comuni e verifica sperimentale

Primary Sjogren's Syndrome Associated with Lung Adenocarcinoma: Probing the Potential Common Pathogenic Mechanisms and Experimental Verification

Un totale di 3290 DEG sono stati identificati dai 23348 geni in GSE84884 (pSS), inclusi 2659 geni up-regolati e 631 geni down-regolati (Figura 1A). Per GSE51092 (pSS), sono stati identificati un totale di 3290 DEG dai 11409 geni, inclusi 667 geni up-regolati e 587 geni down-regolati (Figura 1B). Il database GeneCards ha ottenuto 102 DEG ovarici correlati alla pSS e il punteggio di correlazione dei criteri di screening è stato di ≥20. L'unione e la deduplicazione dei DEG relativi a pSS ottenuti da GEO e GeneCards ha portato a 453 DEG (pSS-DEG). Un totale di 7154 DEG sono stati identificati dai 25440 geni in GSE32863 (LUAD), inclusi 3934 geni up-regolati e 3220 geni down-regolati (Figura 1C). Nel GSE75037 (LUAD), sono stati identificati un totale di 11235 DEG dai 25440 geni, inclusi 6125 geni up-regolati e 5110 geni down-regolati (Figura 1D). Il database GeneCards ha ottenuto 600 DEG correlati al LUAD ovarico e il punteggio di correlazione dei criteri di screening è stato di ≥20. L'unione e la deduplicazione dei DEG relativi a LUAD ottenuti da GEO e GeneCard ha portato a 7478 DEG (LUAD-DEG). Un totale di 233 DEG condivisi (pSS-LUAD-DEG) sono stati selezionati tra pSS-DEG e LUAD-DEG e visualizzati utilizzando i diagrammi di Venn (Tabella supplementare 1 e Figura 1E).
Per quanto riguarda l'analisi dell'arricchimento della via KEGG, le prime 10 vie di segnalazione significative di pSS-LUAD-DEG identificate erano correlate alle vie metaboliche dopo aver rimosso le vie di segnalazione correlate alla malattia. In particolare, queste vie includono la via di segnalazione PI3K-Akt, la via di segnalazione MAPK, l'interazione citochine-recettore delle citochine, la necroptosi, la regolazione del citoscheletro di actina, la via di segnalazione FoxO, la via di segnalazione del recettore NOD-like, la senescenza cellulare, la differenziazione cellulare Th17 e la via di segnalazione JAK-STAT (Figura 2A). Sono state visualizzate le prime 10 vie di segnalazione KEGG e i pSS-LUAD-DEG, come mostrato nella Figura 2B.
L'analisi dell'arricchimento OB dei pSS-LUAD-DEG ha rivelato i seguenti primi 10 processi biologici (Figura 3) e sono stati arricchiti nella componente cellulare (CC): risposta al virus, risposta immunitaria innata, risposta di difesa al virus, risposta di difesa al simbionte, regolazione del processo virale, regolazione del ciclo di vita virale, regolazione negativa del processo virale, regolazione negativa della replicazione del genoma virale, regolazione della replicazione del genoma virale, risposta immunitaria innata antivirale; processo biologico (BP): lato della membrana, lato esterno della membrana plasmatica, matrice extracellulare, struttura esterna di incapsulamento, matrice extracellulare contenente collagene, trimero di collagene, zattera di membrana, microdominio di membrana, zattera di membrana plasmatica, caveola; funzione molecolare (MF): legame con il recettore delle citochine, attività delle citochine, attività del regolatore del recettore del trasmettitore, legame con la superfamiglia del recettore del fattore di necrosi tumorale, attività dell'attivatore del recettore di segnalazione, legame con il recettore del fattore di necrosi tumorale, attività del ligando del recettore, attività di omodimerizzazione delle proteine, attività della proteina chinasi del recettore transmembrana, attività della proteina chinasi.
La rete PPI comprendeva 99 nodi e 466 bordi (Figura 4A). I primi 20 geni con gradi più elevati nella rete PPI sono STAT3, STAT1, TP53, TNF, IL6, IFNG, EGFR, ISG15, CCNA2, IL10, JAK2, MX1, IL1B, IFIT1, AKT1, SMAD3, ASPM, CCNB2, NUSAP1 e CEP55, che fungono da geni hub (Figura 4B).
L'analisi della curva ROC è stata eseguita per valutare l'accuratezza diagnostica dei 20 geni hub (Figura 5). I valori dell'area sotto la curva (AUC) per le curve ROC di STAT3, STAT1, TP53, TNF, IL6, IFNG, EGFR, ISG15, CCNA2, IL10, JAK2, MX1, IL1B, IFIT1, AKT1, SMAD3, ASPM, CCNB2, NUSAP1 e CEP55 erano 0,543, 0,840, 0,724, 0,892, 0,965, 0,529, 0,721, 0,763, 0,933, 0,784, 0,836, 0,648, 0,936, 0,689, 0,662, 0,548, 0,960, 0,939, 0,934 e 0,953 per GSE32863 (Figura 5A, D), e 0,620, 0,811, 0,676, 0,878, 0,955, 0,546, 0,642, 0,765, 0,945, 0,759, 0,804, 0,625, 0,938, 0,753, 0,641, 0,540, 0,958, 0,945, 0,908 e 0,941 per GSE75037 (Figura 5B, E). Inoltre, per il set di convalida GSE31210 (Figura 5C, F), i valori AUC erano 0,505, 0,676, 0,819, 0,688, 0,863, 0,540, 0,720, 0,665, 0,814, 0,562, 0,766, 0,661, 0,806, 0,528, 0,607, 0,652, 0,906, 0,927, 0,910 e 0,898. I valori di AUC per IL6, CCNA2, JAK2, IL1B, ASPM, CCNB2, NUSAP1 e CEP55 erano &gt;0,7, suggerendo che tutti e otto hanno un significato diagnostico.
Nei tessuti polmonari dei topi BALB/c e dei topi NOD/Ltj, è stata rilevata solo una piccola quantità di espressione dei fattori pro-infiammatori IL-6 e IL-1β. Dopo la stimolazione con PM2.5, l'espressione di IL-6 e IL-1β è aumentata significativamente, con un aumento notevolmente più elevato osservato nei topi NOD/Ltj rispetto ai topi BALB/c (Figura 6).
Dopo la stimolazione con PM2.5, i livelli di espressione di JAK2/STAT3 non sono cambiati significativamente nei tessuti polmonari dei topi BALB/c e dei topi NOD/Ltj. Tuttavia, i livelli di p-JAK2 e p-STAT3 sono aumentati in modo significativo. I topi NOD/Ltj hanno mostrato un'espressione significativamente più elevata di p-JAK2 e p-STAT3 rispetto ai topi BALB/c dopo stimolazione con PM2.5 (Figura 7).
Dopo la stimolazione con PM2.5, l'espressione dell'mRNA di ASPM e NUSAP1 non è cambiata significativamente sia nei topi BALB/c che nei topi NOD/Ltj, ma l'espressione dell'mRNA di CCNA2, CCNB2 e CEP55 è aumentata (Figura 8). In particolare, l'espressione dell'mRNA di CCNA2, CCNB2 e CEP55 era significativamente più alta nei topi NOD/Ltj rispetto ai topi BALB/c dopo stimolazione con PM2.5.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67421/67421fig01.jpg"> 
Figura 1: La mappa del vulcano e il diagramma di Venn dei DEG. (A) La mappa del vulcano di GSE84844. (B) La mappa del vulcano di GSE51092. (C) La mappa del vulcano di GSE32863. (D) La mappa del vulcano di GSE75037. (E) Diagramma di Venn di pSS-DEG e LUAD-DEG. I geni sovraregolati sono colorati in rosso; I geni sottoregolati sono colorati in verde. Abbreviazioni: pSS = sindrome di Sjögren primaria; LUAD = adenocarcinoma polmonare; DEG = geni differenzialmente espressi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67421/67421fig01large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67421/67421fig02.jpg"> 
Figura 2: Arricchimento del percorso KEGG dei pSS-LUAD-DEG. (A) Mappa di arricchimento KEGG TOP10 dei pSS-LUAD-DEG. (B) L'associazione tra le vie di segnalazione TOP10 KEGG con pSS-LUAD-DEG. Abbreviazioni: KEGG = Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes; pSS = Sindrome di Sjögren primaria; LUAD = adenocarcinoma polmonare; DEG = geni differenzialmente espressi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67421/67421fig02large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67421/67421fig03.jpg"> 
Figura 3: Analisi dell'arricchimento GO di pSS-LUAD-DEG. Abbreviazioni: GO = Gene Ontology; pSS = Sindrome di Sjögren primaria; LUAD = Adenocarcinoma polmonare; DEG = geni differenzialmente espressi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67421/67421fig03large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67421/67421fig04.jpg"> 
Figura 4: Rete PPI di pSS-LUAD-DEG. (A) Visualizzazione della rete PPI. Le tonalità più rosse indicano una maggiore connettività del nodo. (B) I primi 20 geni con gradi più alti nella rete PPI. Abbreviazioni: PPI = interazione proteina-proteina; pSS = Sindrome di Sjögren primaria; LUAD = adenocarcinoma polmonare; DEG = geni differenzialmente espressi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67421/67421fig04large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67421/67421fig05.jpg"> 
Figura 5: Analisi della curva ROC dei geni hub. (A-F) Analisi della curva ROC dei geni hub in GSE32863, GSE75037 e GSE31210. Abbreviazioni: ROC = Caratteristica operativa del ricevitore. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67421/67421fig05large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67421/67421fig06.jpg"> 
Figura 6: L'impatto del PM2.5 sui fattori pro-infiammatori nei tessuti polmonari di topo. (A) Espressione di IL-6 nei tessuti polmonari di topo di ciascun gruppo. (B) Espressione di IL-1β nei tessuti polmonari di topo di ciascun gruppo. a. gruppo di controllo in bianco; b. gruppo pSS; c. gruppo PM2,5; d. Gruppo pSS-PM2.5. * p &lt; 0,05 rispetto al gruppo di controllo in bianco; # p &lt; 0,05 rispetto al gruppo pSS; Δ p &lt; 0,05 rispetto al gruppo PM2,5. Abbreviazioni: PM2.5 = particolato 2.5. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67421/67421fig06large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67421/67421fig07.jpg"> 
Figura 7: L'impatto del PM2.5 sulla via di segnalazione JAK2/STAT3 nei tessuti polmonari di topo. (A) Espressione di p-JAK2, JAK2, p-STAT3, STAT3 e β-actina nei tessuti polmonari di topo di ciascun gruppo. (B) Il rapporto tra p-JAK2/JAK2 nei tessuti polmonari di topo di ciascun gruppo. (C) Il rapporto di p-STAT3/STAT3 nei tessuti polmonari di topo di ciascun gruppo. a. gruppo di controllo in bianco; b. gruppo pSS; c. gruppo PM2,5; d. Gruppo pSS-PM2.5. * p &lt; 0,05 rispetto al gruppo di controllo in bianco; # p &lt; 0,05 rispetto al gruppo pSS; Δ p &lt; 0,05 rispetto al gruppo PM2,5. Abbreviazioni: PM2.5 = particolato 2.5. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67421/67421fig07large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67421/67421fig08.jpg"> 
Figura 8: L'impatto di PM2.5 sui geni correlati a LUAD nei tessuti polmonari di topo. (A) Espressione dell'mRNA di CCNB2 nei tessuti polmonari di topo di ciascun gruppo. (B) Espressione dell'mRNA di CCNA2 nei tessuti polmonari di topo di ciascun gruppo. (C) Espressione dell'mRNA di ASPM nei tessuti polmonari di topo di ciascun gruppo. (D) Espressione dell'mRNA di NUSAP1 nei tessuti polmonari di topo di ciascun gruppo. (E) Espressione dell'mRNA di CEP55 nei tessuti polmonari di topo di ciascun gruppo. a. gruppo di controllo in bianco; b. gruppo pSS; c. gruppo PM2,5; d. Gruppo pSS-PM2.5. * p &lt; 0,05 rispetto al gruppo di controllo in bianco; # p &lt; 0,05 rispetto al gruppo pSS; Δ p &lt; 0,05 rispetto al gruppo PM2,5. Abbreviazioni: PM2.5 = particolato 2.5. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67421/67421fig08large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
Tabella supplementare 1: Elenco dei DEG condivisi (pSS-LUAD-DEGs) selezionati tra pSS-DEG e LUAD-DEGs. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67421/Supplementary%20Table%201.zip" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
File di codifica supplementare 1: Codice R per filtrare i DEG. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67421/DEGs_R_code.zip" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>

Sindrome di Sjogren primaria associata ad adenocarcinoma polmonare: sondare i potenziali meccanismi patogenetici comuni e verifica sperimentale

This study aimed to probe the potential common pathogenic mechanisms linking primary Sjogren's syndrome (pSS) and lung adenocarcinoma (LUAD) through ...

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