Name: Isolamento dei microrganismi del suolo con la tecnologia iChip (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-10T13:20:00.000+00:00
Duration: 5 min 33 s
Description: Scopri l'isolamento di microrganismi del suolo con la tecnologia iChip per la scoperta di nuovi biopesticidi. Questo metodo permette di coltivare batteri precedentemente non coltivabili, offrendo alternative sostenibili ai fungicidi sintetici.

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<meta charset="utf8"></head><body>Avanzamento del metodo iChip per la coltura di nuovi microrganismi

<ol><li>Newman, D. J., Cragg, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+products+as+sources+of+new+drugs+over+the+nearly+four+decades+from+01%2F1981+to+09%2F2019%5BTitle%5D)+AND+%22J+Nat+Prod%22%5BJournal%5D)">Natural products as sources of new drugs over the nearly four decades from 01/1981 to 09/2019.</a> J Nat Prod. 83 (3), 770-803 (2020).</li>
<li>Fouillaud, M., Dufosse, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+secondary+metabolism+and+biotechnology%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Microbial secondary metabolism and biotechnology.</a> Microorganisms. 10 (1), 123(2022).</li>
<li>Rizzetto, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+daptomycin+in+cutaneous+wound+healing%3A+A+narrative+review%5BTitle%5D)+AND+%22Antibiotics%22%5BJournal%5D)">Role of daptomycin in cutaneous wound healing: A narrative review.</a> Antibiotics. 11 (7), 944(2022).</li>
<li>Miethke, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+the+sustainable+discovery+and+development+of+new+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Chem%22%5BJournal%5D)">Towards the sustainable discovery and development of new antibiotics.</a> Nat Rev Chem. 5 (10), 726-749 (2021).</li>
<li>Gunjal, V., Thakare, R., Chopra, S., Reddy, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%3A+A+paving+stone+toward+a+new+class+of+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22J+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">Teixobactin: A paving stone toward a new class of antibiotics.</a> J Med Chem. 63, 12171-12195 (2020).</li>
<li>Atanasov, A. G., Zotchev, S. B., Dirsch, V. M., Supuran, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+products+in+drug+discovery%3A+Advances+and+opportunities%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Natural products in drug discovery: Advances and opportunities.</a> Nat Rev Drug Discov. 20 (3), 200-216 (2021).</li>
<li>Epstein, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phenomenon+of+microbial+uncultivability%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The phenomenon of microbial uncultivability.</a> Curr Opin Microbiol. 16 (5), 636-642 (2013).</li>
<li>Wright, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+irresistible+newcomer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An irresistible newcomer.</a> Nature. 517, 422-444 (2015).</li>
<li>Berdy, B., Spoering, A., Ling, L., Epstein, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+cultivation+of+previously+uncultivable+microorganisms+using+the+ichip%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">In situ cultivation of previously uncultivable microorganisms using the ichip.</a> Nat Protoc. 12 (10), 2232-2242 (2017).</li>
<li>Jung, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triggering+growth+via+growth+initiation+factors+in+nature%3A+A+putative+mechanism+for+in+situ+cultivation+of+previously+uncultivated+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Triggering growth via growth initiation factors in nature: A putative mechanism for in situ cultivation of previously uncultivated microorganisms.</a> Front Microbiol. 12, 537194(2021).</li>
<li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+ichip+for+high-throughput+in+situ+cultivation+of+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microbial+species%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of ichip for high-throughput in situ cultivation of &#34;uncultivable&#34; microbial species.</a> Appl Environ Microbiol. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li>
<li>Megaw, J., Kelly, S. A., Thompson, T. P., Skvortsov, T., Gilmore, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+the+microbial+community+of+a+triassic+halite+deposit+in+Northern+Ireland%3A+An+environment+with+significant+potential+for+biodiscovery%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Lett%22%5BJournal%5D)">Profiling the microbial community of a triassic halite deposit in Northern Ireland: An environment with significant potential for biodiscovery.</a> FEMS Microbiol Lett. 366 (22), fnz242(2019).</li>
<li>Vitorino, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+and+conventional+isolation+techniques+to+obtain+planctomycetes+from+marine+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Novel and conventional isolation techniques to obtain planctomycetes from marine environments.</a> Microorganisms. 9 (10), 2078(2021).</li>
<li>Moote, P., Polo, R. O., Uwiera, R. R. E., Inglis, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+strategies+for+isolation+anaerobic+bacteria+from+the+porcine+intestine%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of strategies for isolation anaerobic bacteria from the porcine intestine.</a> Appl Environ Microbiol. 87 (9), e00088-e00121 (2021).</li>
<li>Vitorino, I. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhodopirellula+aestuarii+sp.+Nov.%2C+a+novel+member+of+the+genus+rhodopirellula+isolated+from+brackish+sediments+collected+in+the+tagus+river+estuary%2C+Portugal%5BTitle%5D)+AND+%22Syst+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Rhodopirellula aestuarii sp. Nov., a novel member of the genus rhodopirellula isolated from brackish sediments collected in the tagus river estuary, Portugal.</a> Syst Appl Microbiol. 45 (6), 126360(2022).</li>
<li>Ding, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hanstruepera+marina+sp.+Nov.+and+Hanstruepera+flava+sp.+Nov.%2C+two+novel+species+in+the+family+flavobacteriaceae+isolated+by+a+modified+in+situ+cultivation+technique+from+marine+sediment%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Hanstruepera marina sp. Nov. and Hanstruepera flava sp. Nov., two novel species in the family flavobacteriaceae isolated by a modified in situ cultivation technique from marine sediment.</a> Front Microbiol. 13, 957397(2022).</li>
<li>Ling, L. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+antibiotic+kills+pathogens+without+detectable+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A new antibiotic kills pathogens without detectable resistance.</a> Nature. 517 (7535), 455-459 (2015).</li>
<li>Qi, Y. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery%2C+synthesis%2C+and+optimization+of+teixobactin%2C+a+novel+antibiotic+without+detectable+bacterial+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pept+Sci%22%5BJournal%5D)">Discovery, synthesis, and optimization of teixobactin, a novel antibiotic without detectable bacterial resistance.</a> J Pept Sci. 28 (11), e3428(2022).</li>
<li>Piddock, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%2C+the+first+of+a+new+class+of+antibiotics+discovered+by+ichip+technology%5BTitle%5D)+AND+%22J+of+Antimicrob+Chemother%22%5BJournal%5D)">Teixobactin, the first of a new class of antibiotics discovered by ichip technology.</a> J of Antimicrob Chemother. 70 (10), 2679-2680 (2015).</li>
<li>Gong, L., Wong, C. H., Idol, J., Ngan, C. Y., Wei, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultra-long+read+sequencing+for+whole+genomic+DNA+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Ultra-long read sequencing for whole genomic DNA analysis.</a> J Vis Exp. (145), e58954(2019).</li>
<li>Covington, B. C., Xu, F., Seyedsayamdost, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+natural+product+chemist%27s+guide+to+unlocking+silent+biosynthetic+gene+clusters%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biochem%22%5BJournal%5D)">A natural product chemist's guide to unlocking silent biosynthetic gene clusters.</a> Annu Rev Biochem. 90, 763-788 (2021).</li>
<li>Lee, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mini+review%3A+Genome+mining+approaches+for+the+identification+of+secondary+metabolite+biosynthetic+gene+clusters+in+Streptomyces%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Mini review: Genome mining approaches for the identification of secondary metabolite biosynthetic gene clusters in Streptomyces.</a> Comput Mol Biol. 18, 1548-1556 (2020).</li>
<li>Kaeverlein, T., Lewis, K., Epstein, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolating+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microorganisms+in+pure+culture+in+a+simulated+natural+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Isolating &#34;uncultivable&#34; microorganisms in pure culture in a simulated natural environment.</a> Science. 296 (5570), 1127-1129 (2002).</li>
<li>Trcek, J., Mira, N. P., Jarboe, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adaptation+and+tolerance+of+bacteria+against+acetic+acid%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Adaptation and tolerance of bacteria against acetic acid.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 99 (15), 6215-6229 (2015).</li>
<li>Kurm, V., Van Der Putten, W. H., Hol, W. H. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cultivation-success+of+rare+soil+bacteria+is+not+influenced+by+incubation+time+and+growth+medium%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+One%22%5BJournal%5D)">Cultivation-success of rare soil bacteria is not influenced by incubation time and growth medium.</a> PLOS One. 14 (1), e0210073(2019).</li>
<li>Buerger, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+scout+hypothesis+and+microbial+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial scout hypothesis and microbial discovery.</a> Appl Environ Microbiol. 78 (9), 3229-3233 (2012).</li>
<li>Lodhi, A. F., Zhang, Y., Adil, M., Deng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+discovery%3A+Combining+isolation+chip+%28ichip%29+technology+and+co-culture+technique%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Antibiotic discovery: Combining isolation chip (ichip) technology and co-culture technique.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 102 (17), 7333-7341 (2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,1-20 & micro; Puntali per pipette L</td><td>VWR</td><td>76322-158</td><td>Confezione da 768</td></tr><tr><td>provette PCR da 0,2 mL</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0337</td><td>Confezione da 1000</td></tr><tr><td>pipette monocanale da 0,5-5 mL</td><td>VWR</td><td>CA11020-004</td><td></td></tr><tr><td>Flacone in vetro da 1 L</td><td>Millipore Sigma</td><td>CLS13951L</td><td>Deve essere autoclavabile.&nbsp;</td></tr><tr><td>Piastre Petri 100 x 15 mm</td><td>VWR</td><td>25384-342</td><td>Confezione da 500</td></tr><tr><td>Sigillante siliconico al 100%</td><td>Marineland</td><td>31003</td><td></td></tr><tr><td>1000 &; L puntali per pipette multicanale</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>9401113</td><td>Confezione da 960</td></tr><tr><td>100-1000 &micro; L puntali per pipette</td><td>VWR</td><td>76322-164</td><td>Confezione da 768</td></tr><tr><td>100-1000 &micro; Pipetta monocanale L</td><td>VWR</td><td>76169-240</td><td></td></tr><tr><td>100-1200 &micro; L pippette multicanale</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>46300800</td><td>Must have 360 &micro; Capacità del volume L.&nbsp;</td></tr><tr><td>1-10 & micro; Pipetta monocanale L</td><td>VWR</td><td>76169-232</td><td></td></tr><tr><td>Puntali per pipette da 1-5 mL</td><td>VWR</td><td>CA11020-008</td><td>Confezione da 500</td></tr><tr><td>provette da centrifuga sterili da 15 mL</td><td>VWR</td><td>CA21008-918</td><td>Confezione da 500</td></tr><tr><td>primer rRNA-F 16s (AGAGTTTGATCCTGGCTCAG) &ndash; 10mM</td><td>Integrated DNA Technologies</td><td>51-01-19-06</td><td>10 &; g</td></tr><tr><td>16s Primer rRNA-R (ACGGCTACCTTGTTACGACTT) &ndash; 10mM</td><td>Integrated DNA Technologies</td><td>51-01-19-07</td><td>10 &micro; g</td></tr><tr><td>4 mm trivella</td><td>VWR</td><td>470121-860</td><td></td></tr><tr><td>Provette da centrifuga sterili da 50 mL</td><td>VWR</td><td>CA21008-940</td><td>Confezione da 500</td></tr><tr><td>etanolo al 95%</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A412-500</td><td>Piastra da 500 mL</td></tr><tr><td>a 96 pozzetti</td><td>VWR</td><td>10062-900</td><td>Confezione da 100</td></tr><tr><td>Autoclave</td><td>Cole-Parmer</td><td>UZ-01850-34</td><td>8 L, 115 VAC</td></tr><tr><td>Agario batteriologico</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>443570010</td> 1 <td>kg</td></tr><tr><td>bidone</td><td>Thomas</td><td>Scientific 1216H91</td><td>5 bidoni per confezione Casamino</td></tr><tr><td>acidi</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>223120</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Caseina digestato</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>211610</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Agarosio di grado elettrofluoresi</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>J66501.30</td><td>250 g</td></tr><tr><td>iBright FL1500 Sistema di imaging</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>A44115</td><td></td></tr><tr><td>Cappa a flusso laminare</td><td>CleanTech</td><td>1000-6-A</td><td></td></tr><tr><td>Minion Nanopore Sequencer&nbsp;</td><td>Oxford Nanopore Technologies MinIon</td><td>Mk1C</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop One/One Microvolume UV-Vis Spectrofotometro</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>ND-ONE-W</td><td></td></tr><tr><td>Acqua priva di nucleasi</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM9937</td><td>10 x 50 mL</td></tr><tr><td>Nucleobond HMW Kit DNA</td><td>Takara</td><td>740160.2</td><td></td></tr><tr><td>Asciugamano di carta</td><td>VWR</td><td>89402-824</td><td></td></tr><tr><td>Phusion Green Hot Start II PCR Master Mix ad alta fedeltà</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>F566L</td><td>500 Reazioni</td></tr><tr><td>Fecola di patate</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>419690025</td><td>2,5 kg</td></tr><tr><td>QIAGEN CLC Genomics Workbench Software o simile</td><td>Qiagen</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Rapid Barcoding 24 Kit</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>SQK-RBK114.24</td><td></td></tr><tr><td>SimpliAmp termociclatore</td><td>Applied Biosystems</td><td>A24811</td><td></td></tr><tr><td>Anse di inoculazione sterili con ago</td><td>VVWR</td><td>76534-512</td><td>Confezione da 1000</td></tr><tr><td>Lama chirurgica sterile</td><td>VWR</td><td>76457-444</td><td></td></tr><tr><td>SYBR Sicuro, o simile&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>S33101</td><td></td></tr><tr><td>Agarosio ultrapuro&nbsp;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>16500-500</td><td></td></tr><tr><td>Vortex</td><td>VWR</td><td>76549-928</td><td>Deve accogliere provette da centrifuga da 15 e 50 mL</td></tr><tr><td>VWR Stereo Zoom Microscopio trinoculare</td><td>VWR</td><td>89404-476</td><td></td></tr><tr><td>Whatman&nbsp; Nucleporo&nbsp; Membrane Track-Etched</td><td>Millipore Sigma</td><td>WHA113502</td><td>L x P 8&nbsp; in. x 10&nbsp; pollici, dimensione dei pori 0,03&nbsp; &mu; m</td></tr></tbody></table>

isolamento dei microrganismi del suolo con la tecnologia ichip

Isolation of Soil Microorganisms Using iChip Technology

Una panoramica visiva del protocollo è mostrata nella Figura 1. Un esperimento di iChip modificato di successo ha come risultato che almeno una piastra contiene una crescita in meno del 25% dei pozzetti, senza che si verifichi alcuna crescita nei pozzetti di controllo. Questo numero di pozzi in crescita garantisce generalmente che le singole colonie siano isolate nei pozzi. Inoltre, il numero di colonie, o il numero di pozzetti contenenti colonie, dovrebbe diminuire di dieci volte con ogni successiva piastra preparata dalla serie di diluizioni. I risultati rappresentativi sono mostrati nella Figura 2. dove le piastre 7 e 8 hanno successo iChip in quanto contengono crescita in meno del 25% dei pozzetti e la percentuale di pozzetti contenenti colonie diminuisce con ciascuna piastra, come mostrato nella Tabella 1. Se tutte le piastre in una prova contengono più di una colonia per pozzetto o nessuna colonia in nessun pozzetto, ciò costituisce un risultato negativo.
<img alt="Flusso di lavoro per l'isolamento microbico; piastre rivestite in silicone, provette da centrifuga, pipettaggio, coltura." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig01.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 1"> 
Figura 1: Panoramica schematica per l'utilizzo di un iChip modificato per la coltura di microbi del suolo. (A,B) Costruzione della piastra (Passaggio 2). (C) Preparazione dell'inoculo (Fase 3). (D,E) Configurazione dell'iChip (Passaggio 4). (F) Incubazione dell'iChip (Fase 5). (G-I) Trasferimento degli isolati in terreni convenzionali (Fase 6). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig01large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Ichip</td>
			<td>Concentrazione del suolo in sospensione di agar</td>
			<td>Pozzi con colonie</td>
			<td>Unità formanti colonie</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E</td>
			<td>5,0 x 10-6 g/mL</td>
			<td>Tutto</td>
			<td>Troppi per essere contati</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>F</td>
			<td>5,0 x 10-7 g/mL</td>
			<td>Tutto</td>
			<td>Troppi per essere contati</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>G</td>
			<td>5,0 x 10-8 g/mL</td>
			<td>22</td>
			<td>22</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>H</td>
			<td>5,0 x 10-9 g/mL</td>
			<td>6</td>
			<td>6</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tabella 1: Dati rappresentativi di un esperimento iChip di successo in cui il numero di pozzetti contenenti colonie diminuisce ad ogni diluizione in serie.
<img alt="Diagrammi di analisi su micropiastra; Layout sperimentale per analisi biochimiche mediante piastre multipozzetto." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig02.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 2"> 
Figura 2: Risultati esemplificativi di due iChip modificati riusciti. Gli iChip provenivano dallo stesso esperimento in cui (A) la piastra preparata dalla miscela di cellule-agar G contiene 22 colonie e (B) la piastra preparata dalla miscela cellule-agar H contiene sei colonie, coerenti con la differenza di diluizione di 10 volte tra le miscele. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig02large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
Si possono visualizzare le colonie ad occhio nudo o al microscopio, come mostrato nella Figura 3A-G. Le colonie possono crescere sulla superficie dell'agar, come si vede nella Figura 3B o incorporate nell'agar, come la colonia nella Figura 3F. Ci possono essere casi in cui ci sono due colonie nello stesso pozzetto in un iChip modificato riuscito, come nella Figura 3G. In alcuni casi, le colonie sono abbastanza distanti tra loro da poter essere forate con un ago separatamente e sottocoltivate; tuttavia, è improbabile che quelli nella Figura 3G possano essere facilmente coltivati come microrganismi axenici. Esempi di colonie trasferite dall'iChip su supporti SMS convenzionali sono mostrati nella Figura 4.
<img alt="Esperimento in piastra di Petri che analizza la crescita batterica in coltura; Immagine al microscopio che evidenzia le colonie." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig03.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 3"> 
Figura 3: Vista microscopica rappresentativa delle colonie che crescono in un iChip dopo 6 settimane di incubazione. (A-F) Si osservano singole colonie, che dovrebbero essere sottocoltivate, e in (G) si osservano due colonie in stretta vicinanza, che sono difficili da ottenere come colture axeniche. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig03large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Crescita di colonie batteriche su piastra di agar, esperimento di microbiologia, analisi con piastra di Petri." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig04.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 4"> 
Figura 4: Risultato rappresentativo di un batterio isolato dall'iChip modificato una volta cresciuto su una piastra di agar SMS. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig04large.jpg" target="_blank">Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
Anche la capacità di isolare le colonie dall'iChip modificato su piastre di agar convenzionali determina il successo dell'esperimento. Non tutte le colonie che crescono nell'iChip modificato sopravviveranno al trasferimento su piastre convenzionali. In un iChip, le colonie sono esposte a fattori di crescita e nutrienti del suolo, aumentando la loro coltivabilità. Per alcuni microrganismi, un periodo di addomesticamento non è sufficiente per renderli coltivabili in condizioni convenzionali. Il tasso di recupero delle colonie da un iChip a piastre varia da esperimento a esperimento, ma alcune dovrebbero crescere in piastre poiché questo metodo coltiverà anche microrganismi facilmente coltivabili. Ad esempio, gli iChip modificati nella Figura 2 contenevano 28 colonie in totale e il numero di colonie che sono cresciute su piastre di agar dopo la sottocoltura è stato di 16, mentre 12 non sono sopravvissute al trasferimento. Gli isolati possono essere identificati e utilizzati per ulteriori studi una volta coltivati su piastre di agar di dimensioni standard, come mostrato nella Figura 4.
Un esperimento iChip modificato di successo dovrebbe portare all'isolamento di microrganismi che differiscono dai microrganismi noti a livello di specie. Il grado di somiglianza di ciascun isolato con microrganismi noti si trova confrontando il DNA isolato con i genomi di microrganismi noti. I punteggi tetra Z dei microrganismi imparentati più vicini a ciascun isolato descrivono la percentuale di somiglianza. La Figura 5 mostra che dei dodici batteri isolati, quattro erano specie nuove o superiori, due erano probabilmente nuovi ceppi e sei erano microrganismi noti. Il recupero di diverse nuove specie o ceppi è coerente con gli esperimenti iChip precedentemente pubblicati, indicando che questa costruzione iChip modificata non impedisce l'aumento del recupero di nuove specie11.
<img alt="Grafico a torta per l'analisi delle novità tassonomiche; 6 specie conosciute, 2 possibili, 4 nuove da isolati ICap." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig05.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 5"> 
Figura 5: Il livello di classificazione tassonomica degli isolati recuperati da un esperimento iChip. La percentuale di somiglianza è stata determinata in base ai punteggi tetra Z, che descrivono la somiglianza degli isolati con i batteri noti, dove la somiglianza del &gt;99,9% indica una corrispondenza di specie, la somiglianza del 98,9%-99,9% indica una possibile nuova specie e la somiglianza del &lt;98,9% indica una nuova specie o superiore. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig05large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>

Isolamento dei microrganismi del suolo con la tecnologia iChip

The iChip isolation technique uses an in-situ isolation device that increases the cultivability of previously unculturable microorganisms. Microorganisms ...

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Isotachophoresis (ITP) è una separazione solido elettrocinetico e tecnica preconcentrazione con applicazioni che vanno dal rilevamento della tossina alla preparazione del campione. Esaminiamo i principi fisici di ITP e la metodologia di applicazione di questa tecnica per due applicazioni specifiche esempio: separazione e la rilevazione di piccole molecole e di purificazione degli acidi nucleici da lisato di coltura cellulare.

On-Chip Isotachophoresis per separazione degli ioni e purificazione di acidi nucleici

Pellicole in plastica etichettati "biodegradabili" sono disponibili in commercio per uso agricolo come pacciamatura. Lavorazione del terreno rappresenta un metodo di smaltimento attraente, ma la degradazione in condizioni di campo è poco conosciuta. Lo scopo di questo studio è stato quello di sviluppare metodi per isolare funghi del suolo nativo e batteri che colonizzano i film di pacciamatura plastica dopo il campo di inumazione.

Isolamento dei nativi microrganismi del suolo con un potenziale di Breaking Down biodegradabili di pacciamatura film plastici utilizzati in agricoltura

I batteri producono composti secreti che hanno il potenziale per influenzare la fisiologia dei loro vicini microbiche. Qui si descrive una schermata co-coltura che permette la rilevazione di tali interspecie interazioni mediate chimicamente mescolando microbi del suolo con fluorescenti ceppi giornalista trascrizionali di Bacillus subtilis su supporti solidi.

Utilizzo di co-coltura per rilevare chimicamente mediata interspecie Interazioni

Le colonie fungine entomopatogene sono isolate da campioni di terreno tropicale utilizzando l'esca Tenebrio , l'esca Galleria e il mezzo artificiale selettivo, cioè l'agar destrosio di patate arricchito con estratto di lievito integrato con cloramfenicolo, tiabendazolo e cicloeximide (mezzo CTC).

Confronto dei metodi per isolare i funghi entomopatogeni da campioni di suolo

Questo protocollo è un metodo efficace e veloce per coltivare lieviti e la muffa Aspergillus fumigatus da grandi serie di campioni di terreno in appena 7 giorni. I metodi possono essere facilmente modificati per adattarsi a una gamma di mezzi di incubazione e temperature necessarie per gli esperimenti.

Isolamento di lieviti e muffe coltivabili dai terreni per studiare la struttura della popolazione fungina

Qui, presentiamo un protocollo per lo screening della biodiversità del suolo per cercare ceppi fungini coinvolti nella degradazione di materiali recalcitranti. In primo luogo, i ceppi fungini in grado di crescere su acidi umici o lignocellulosa sono isolati. La loro attività viene poi testata sia in saggi enzimatici che su inquinanti come idrocarburi e plastiche.

Isolamento e screening dalla biodiversità del suolo per i funghi coinvolti nella degradazione dei materiali recalcitranti

Questo protocollo descrive la progettazione e l'uso di un chip di isolamento (iChip) per la coltivazione in situ di microbi del suolo recalcitranti nel loro ambiente naturale. Descrive anche la coltivazione in situ di batteri del suolo che producono antimicrobici. Il protocollo può essere adattato per recuperare batteri da diverse nicchie con altre proprietà desiderabili.

Sul posto Isolamento e coltura di batteri del suolo recalcitranti utilizzando un chip di isolamento (iChip)

Questo manoscritto descrive un approccio per isolare RNP affini selezionati formati in cellule eucariotiche tramite uno specifico arricchimento diretto da oligonucleotidi. Dimostriamo l'applicabilità di questo approccio isolando un RNP affine legato alla regione retrovirale 5' non tradotta che è composta da DHX9/RNA elicasi A.

Isolamento di cognate Complessi RNA-proteina da Cellule con eluizione oligonucleotidi-diretto

Come i mitocondri sono solo una piccola percentuale della cellula vegetale, hanno bisogno di essere purificato per una serie di studi. I mitocondri possono essere isolati da una varietà di organi vegetali di omogeneizzazione, seguita da centrifugazione in gradiente di differenziale e densità per ottenere una frazione altamente purificata mitocondriale.

Isolamento e misure respiratoria dei mitocondri da Arabidopsis thaliana

Qui, presentiamo un protocollo per ottenere dati di tre colori smFRET e la sua analisi con un ensemble 3D modello di Markov nascosto. Con questo approccio, gli scienziati possono estrarre informazioni cinetiche da sistemi proteici complessi, tra cui il cooperativity o interazioni correlate.

Usando tre colori singola molecola FRET per studiare la correlazione delle interazioni della proteina

Scopri l'isolamento di microrganismi del suolo con la tecnologia iChip per la scoperta di nuovi biopesticidi. Questo metodo permette di coltivare batteri precedentemente non coltivabili, offrendo alternative sostenibili ai fungicidi sintetici.

Isolamento dei microrganismi del suolo con la tecnologia iChip

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