Name: Relazione quantitativa struttura-attività, previsione dellattività e dinamica molecolare degli inibitori della trascrittasi inversa non nucleotidica (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-05-09T12:40:00.000+00:00
Duration: 10 min 29 s
Description: Scopri il design farmaceutico computerizzato per identificare inibitori non nucleotidici della trascrittasi inversa contro HIV. Utilizza dinamica molecolare e docking per accelerare la scoperta di nuovi farmaci terapeutici.

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<table><tbody><tr><td>GaussView</td><td>GaussView</td><td></td><td>V6.1.1</td></tr><tr><td>KNIME&nbsp;</td><td>KNIME</td><td></td><td>V4.7.1</td></tr><tr><td>Schrödinger Maestro V13.6</td><td>SCHRÖDINGER INC.</td><td></td><td>Anno di rilascio della licenza 2023-2</td></tr></tbody></table>

relazione quantitativa struttura-attività, previsione dell'attività e dinamica molecolare degli inibitori della trascrittasi inversa non nucleotidica

Quantitative Structure-Activity Relationship, Activity Prediction, and Molecular Dynamics of Non-nucleotide Reverse Transcriptase Inhibitors

Relazione quantitativa struttura-attività, previsione dell'attività e dinamica molecolare degli inibitori della trascrittasi inversa non nucleotidica

The increasing incidence of HIV-1 drug resistance presents a challenge to the effectiveness of combination antiretroviral therapy, particularly in ...

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Chemistry

Chimica

Source: Scarborough, R. J., et al. Evaluation of the Efficacy And Toxicity of RNAs Targeting HIV-1 Production for Use in Gene or Drug Therapy. J. Vis. Exp. (2016).This video demonstrates a reverse transcriptase (RT) assay to assess the effect of a test RNA on virus-like particle (VLP) production. Cells are co-transfected with plasmids, and RT activity is measured as a quantitative indicator of VLP output. A decrease in RT activity reflects suppression of viral gene expression by the test RNA.

Reverse Transcriptase Activity as a Marker for Virus-Like Particle Production

High-throughput selettivo 2 'acilazione idrossile analizzato da primer extension (SHAPE) utilizza un romanzo chemical probing tecnologia, la trascrizione inversa, elettroforesi capillare e software di predizione della struttura secondaria per determinare le strutture di RNA da diverse centinaia a diverse migliaia di nucleotidi a singolo nucleotide risoluzione.

RNA Secondaria previsione della struttura utilizzando la forma di alta velocità

Tre saggi, tra cui l'effetto citopatico (CPE) a base di test, analisi dose-risposta e Time-of-Addition (ToA) test sono stati sviluppati, ottimizzati, validati ed utilizzati per identificare nuovi farmaci antivirali contro il virus della Bluetongue (BTV), nonché per determinare il meccanismo d'azione possibile (MOA) per i farmaci antivirali di nuova identificazione.

Saggi per l&#39;individuazione di nuovi antivirali contro virus della Bluetongue

Saggi in vitro per misurare la replicazione del virus sono state notevolmente migliorate dallo sviluppo di virus a RNA ricombinanti esprimenti luciferasi o altri enzimi in grado di bioluminescenza. Qui i dettagli di una pipeline screening ad alto rendimento che unisce tali ceppi ricombinanti di morbillo e virus chikungunya per isolare antivirali ad ampio spettro di librerie chimiche.

High-throughput screening per largo spettro chimico inibitori di RNA virus

Qui si descrive la citotossicità cellulare e singoli saggi di infettività rotonde che consentono lo screening rapido e preciso dei composti di determinare la loro citotossicità cellulare (CC 50) e valori di IC 50 contro WT e resistente di HIV-1 farmaco.

Screening rapido di HIV trascrittasi inversa e inibitori dell&#39;integrasi

Questo protocollo descrive NAME, un test che permette la rapida identificazione di molecole in grado di inibire in vitro le attività chaperoniche della proteina nucleocapside HIV-1.

Nucleocapside Ricottura-Mediated elettroforesi (NAME) Assay permette la rapida identificazione del virus HIV-1 nucleocapside Inibitori

Qui presentiamo un metodo di sequenziamento profondo che fornisce una determinazione obiettiva della nascente 3'-termini nonché profili mutational di molecole di DNA single-stranded. L'applicazione principale è la caratterizzazione del nascente retrovirali DNAs complementare (cDNA), gli intermedi generati durante il processo di trascrizione inversa retrovirale.

Sequenze di molecole nascente Single-Stranded DNA virale durante HIV-1 e 3'-Termini determinante retrotrascrizione in cellule infettate

L'obiettivo del protocollo è quello di illustrare i diversi saggi relativi all'ingresso virale che possono essere utilizzati per identificare gli inibitori di ingresso virale candidati.

Uso di saggi di ingresso virale e analisi di docking molecolare per l'identificazione di candidati antivirali contro il coxsackievirus A16

Sono stati sviluppati saggi sull'attività NMR per identificare e caratterizzare gli inibitori di due enzimi riboidroelettrici nucleoside. I protocolli sono forniti per i saggi composti iniziali a 500 M e 250 M, i saggi di risposta alla dose per determinare i valori IC50, i saggi del controschermo del detergente, i saggi del controschermo jump-diluizione e i saggi in E. coli intere cellule.

Assaggi di attività basati su NMR per determinare l'inibizione composta, i valori IC50, l'attività Artifactual e l'attività intera delle cellule

In questo lavoro, descriviamo i protocolli utilizzati nei saggi basati su enzimi replicon e virali per lo screening degli inibitori della replicazione del virus Zika in un formato di screening ad alto rendimento.

Saggi antivirali ad alto rendimento per lo screening degli inibitori della replicazione del virus Zika

Il protocollo fornisce istruzioni per modificare l'RNA con dimetilsolfato per esperimenti di profilazione mutazionale. Include il sondaggio in vitro e in vivo con due metodi alternativi di preparazione della libreria.

Sondare la struttura dell'RNA con profilo mutazionale del dimetilsolfato con sequenziamento in vitro e nelle cellule

Scopri il design farmaceutico computerizzato per identificare inibitori non nucleotidici della trascrittasi inversa contro HIV. Utilizza dinamica molecolare e docking per accelerare la scoperta di nuovi farmaci terapeutici.

Relazione quantitativa struttura-attività, previsione dellattività e dinamica molecolare degli inibitori della trascrittasi inversa non nucleotidica (Video) | JoVE Journal

Relazione quantitativa struttura-attività, previsione dell'attività e dinamica molecolare degli inibitori della trascrittasi inversa non nucleotidica

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