Name: Un flusso di lavoro di metaproteomica clinica implementato allinterno della piattaforma Galaxy Bioinformatics per analizzare le interazioni ospite-microbioma alla base della malattia umana (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-10T14:45:00.000+00:00
Duration: 9 min 52 s
Description: Esplora un flusso di lavoro di metaproteomica clinica basato su Galaxy per analizzare le interazioni ospite-microbioma nelle malattie umane. Questo metodo bioinformatico consente di identificare peptidi microbici e comprendere il ruolo dell'attività batterica nella progressione delle patologie.

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<meta charset="utf8"></head><body>Metaproteomica abilitata per la galassia: approfondimenti sull'interazione ospite-microbioma

<table><tbody><tr><td>GalaxyP</td><td></td><td>Galaxy versione 5.1.1</td><td>Combina una raccolta di elenchi di set di dati in un unico file (nell'ordine dell'elenco)</td></tr><tr><td>Concatena set di dati</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versione 0.1.1</td><td>Concatena file coda a testa</td></tr><tr><td>Taglia</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versione 1.0.2</td><td>Taglia (seleziona) le colonne specificate da un file</td></tr><tr><td>FASTA Unisci file e filtra sequenze</td> <td>univocheGalaxyP</td><td>Galaxy Versione 1.2.0</td><td>Concatena insieme i file del database FASTA</td></tr><tr><td>FastaCLI FastaCLI</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 4.0.41+galaxy1</td><td>Aggiunge sequenze esca ai file</td></tr><tr><td>FASTA FASTA-to-Tablular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 1.1.0</td><td>Converti sequenze formattate FASTA in formato delimitato da TAB</td></tr><tr><td>Filtro</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 1.1.1</td><td>Filtra le colonne utilizzando semplici espressioni</td></tr><tr><td>Filtra</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versione 3.3.0</td><td>Filtra un file tabulare tramite filtri di linea</td></tr><tr><td>Server Galaxy Europa (UE)</td><td>GalaxyP</td><td></td><td>https://usegalaxy.eu/</td></tr> <tr><td>Group</td><td>GalaxyP Galaxy</td><td>Versione 2.1.4</td><td>Raggruppa un file in base a una particolare colonna ed esegui funzioni aggregate</td></tr><tr><td>Parametri di identificazione</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 4.0.41+galaxy1</td><td>Impostazione dei parametri di identificazione per il percorso di apprendimento SearchGUI/PeptideShaker</td></tr><tr><td>: flussi di lavoro di metaproteomica clinica all'interno di Galaxy</td><td>GalaxyP</td><td></td><td>https://training.galaxyproject.org/training-material/learning-pathways/clinical-metaproteomics.html</td></tr><tr><td>MaxQuant</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versione 2.0.3.0+galaxy0 (modulo Discovery); Galaxy Versione 1.6.17.0+galaxy4 (Modulo di quantificazione)</td><td>Pacchetto software di proteomica quantitativa per l'analisi di grandi file di dati di spettrometria di massa</td></tr><tr><td>MetaNovo</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 1.9.4+galaxy4</td><td>Cerca i dati MS/MS in un database FASTA (di proteine note) per produrre un database mirato (di proteine corrispondenti) per l'analisi della spettrometria di massa</td></tr><tr><td>msconvert</td><td>Galaxy</td><td>Versione 3.0.20287.2</td><td>Converti e/o filtra i file di spettrometria di massa</td></tr><tr><td>MSstatsTMT</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 2.0.0+galaxy1</td><td>Pacchetto basato su R per la rilevazione di proteine differenzialmente abbondanti in esperimenti proteomici basati sulla spettrometria di massa shotgun utilizzando l'etichettatura TMT (Tandem Mass Tag)</td></tr><tr><td>PepQuery2</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 2.0.2+galaxy0</td><td>Motore di ricerca incentrato sui peptidi per l'identificazione e/o la convalida di peptidi noti e nuovi di interesse</td></tr><tr><td>PeptideShaker</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 2.0.33+galaxy1</td><td>Interpreta i risultati da SearchGUI per l'identificazione delle proteine</td></tr><tr><td>Protein Database Downloader</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 0.3.4</td><td>Scarica le sequenze proteiche specificate come file FASTA</td></tr><tr><td>Query Tabular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 3.3.0</td><td>Carica i file tabulari in... Database SQLite</td></tr><tr><td>Rimuovi l'inizio</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 1.0.0</td><td>Rimuovi il numero specificato di righe (intestazione) da un file</td></tr><tr><td>SearchGUI</td><td>GalaxyP Galaxy</td><td>Versione 4.0.41+galaxy1</td><td>Esegui i motori di ricerca sulle liste di picco MGF e prepara i risultati per l'input a Peptide Shaker</td></tr><tr><td>Seleziona</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 1.0.4</td><td>Seleziona le righe che corrispondono a un'espressione</td></tr><tr><td>Unipept</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 4.5.1</td><td>Recupera le voci UniProt e le informazioni tassonomiche per i peptidi triptici</td></tr><tr><td>UniProt</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versione 2.3.0</td><td>Scarica il proteoma come file XML (UniProtXML) o FASTA da UniProtKB</td></tr></tbody></table>

un flusso di lavoro di metaproteomica clinica implementato all'interno della piattaforma galaxy bioinformatics per analizzare le interazioni ospite-microbioma alla base della malattia umana

A Clinical Metaproteomics Workflow Implemented within Galaxy Bioinformatics Platform to Analyze Host-Microbiome Interactions Underlying Human Disease

Il protocollo generale qui descritto è stato dimostrato su file MS/MS ottenuti da un sottoinsieme di campioni di PTF21. Do et al.21 hanno analizzato quattro file MS/MS da campioni di PTF che sono stati raccolti seguendo le procedure descritte da Boylan et al.29e Afiuni-Zadel et al.30. Questo flusso di lavoro dà priorità alle proteine microbiche, ma offre la flessibilità per la caratterizzazione delle proteine umane in parallel...

Un flusso di lavoro di metaproteomica clinica implementato all'interno della piattaforma Galaxy Bioinformatics per analizzare le interazioni ospite-microbioma alla base della malattia umana

Clinical metaproteomics reveals host-microbiome interactions underlying diseases. However, challenges to this approach exist. In particular, the ...

a-clinical-metaproteomics-workflow-implemented-within-galaxy

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Immunology and Infection

Immunologia e Infezioni

Questo protocollo è per l'estrazione e la concentrazione di proteine e DNA da biomassa microbica raccolta dall'acqua di mare, seguita dalla generazione di peptidi triptici adatti per l'analisi proteomica basata sulla spettrometria di massa tandem.

Un flusso di lavoro metaproteomica Aquatic microbica: dalle celle ai Trittico Peptidi per l&#39;analisi basata su spettrometria di massa tandem

Questo protocollo descrive un singolo throughput per complementari tecniche analitiche e omiche che culmina in una caratterizzazione completamente accoppiato di sostanza organica naturale e proteomica microbica in ecosistemi differenti. Questo approccio permette confronti robusti per identificare vie metaboliche e trasformazioni importanti per descrivere la produzione di gas serra e predire le risposte al cambiamento ambientale.

Singolo-velocità effettiva complementari ad alta risoluzione tecniche analitiche per la caratterizzazione di miscele complesse di sostanza organica naturale

OpenProt è un database liberamente accessibile che applica un modello di polycistronic dei genomi eucariotici. Qui, presentiamo un protocollo per l'utilizzo di database OpenProt quando interrogare i set di dati di spettrometria di massa. Utilizzo di OpenProt database per l'analisi di esperimenti di proteomica consente per la scoperta del romanzo e proteine precedentemente non rilevabili.

Basati sulla spettrometria di massa proteomica analisi utilizzando il Database di OpenProt a svelare nuove proteine tradotte da Non-Canonical Open Reading Frames

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Analisi microbiota utilizzando PCR in due fasi e sequenziamento genico rRNA 16S di nuova generazione

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Analisi del trascrittoma ad alto rendimento per indagare le interazioni ospite-patogeno

Un<em&gt; In vitro</em&gt; Co-infezione da modello per lo studio<em&gt; Plasmodium falciparum</em&gt;-HIV-1 in Interazioni umane Le cellule immunitarie primarie derivate da monociti

I virus o le vescicole extracellulari sono stati immunocatturati con nanoparticelle magnetiche da 15 nm accoppiate ad anticorpi che riconoscono gli antigeni di superficie. I virioni o le vescicole catturati sono stati marcati con anticorpi fluorescenti contro altri antigeni di superficie. I complessi risultanti sono stati separati in un campo magnetico elevato e analizzati con citometri a flusso convenzionali attivati a fluorescenza.

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Intracellulare colorazione e citometria a flusso per l&#39;identificazione dei linfociti sottoinsiemi all&#39;interno murino Aorta, rene e linfonodi in un modello di ipertensione

Infezione dei tessuti umani con il virus di immunodeficenza umana (HIV) ex vivo fornisce un prezioso modello 3D della patogenesi del virus. Qui, descriviamo un protocollo per elaborare e infettare i campioni di tessuto da tonsille umane e delle mucose genitali femminile con HIV-1 e mantenerli nella cultura presso l'interfaccia liquido-aria.

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