Name: Disposizione spazialmente compatta delle sezioni larvali di zebrafish per lanalisi trascrittomica spaziale (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-05-16T12:50:00.000+00:00
Duration: 7 min 40 s
Description: Scopri un metodo economico per l'analisi trascrittomica spaziale utilizzando larve di zebrafish. Questa tecnica consente di ridurre i costi e minimizzare gli effetti batch nello studio dello sviluppo della vescica.

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<ol><li>Rao, A., Barkley, D., França, G. S., Yanai, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+tissue+architecture+using+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics.</a> Nature. 596 (7871), 211-220 (2021).</li>
<li>Longo, S. K., Guo, M. G., Ji, A. L., Khavari, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+single-cell+and+spatial+transcriptomics+to+elucidate+intercellular+tissue+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Integrating single-cell and spatial transcriptomics to elucidate intercellular tissue dynamics.</a> Nat Rev Genet. 22, 627-644 (2021).</li>
<li>Duhan, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomics%3A+background%2C+technologies%2C+applications%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Rep%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomics: background, technologies, applications, and challenges.</a> Mol Biol Rep. 51, 600(2024).</li>
<li>Ståhl, P. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualization+and+analysis+of+gene+expression+in+tissue+sections+by+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics.</a> Science. 353 (6294), 78-82 (2016).</li>
<li>Colman, R. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-genome+and+targeted+sequencing+of+drug-resistant+Mycobacterium+tuberculosis+on+the+iSeq100+and+MiSeq%3A+A+performance%2C+ease-of-use%2C+and+cost+evaluation%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Med%22%5BJournal%5D)">Whole-genome and targeted sequencing of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis on the iSeq100 and MiSeq: A performance, ease-of-use, and cost evaluation.</a> PLOS Med. 16 (4), e1002194(2019).</li>
<li>Marques, I. J., Lupi, E., Mercader, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model+systems+for+regeneration%3A+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Model systems for regeneration: zebrafish.</a> Development. 146 (18), dev167692(2019).</li>
<li>Mohideen, M. P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histology-based+screen+for+zebrafish+mutants+with+abnormal+cell+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">Histology-based screen for zebrafish mutants with abnormal cell differentiation.</a> Dev Dyn. 228 (3), 414-423 (2003).</li>
<li>Copper, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+fixation+and+embedding+techniques+for+optimized+histological+preparation+of+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Comp+Biochem+Physiol+C+Toxicol+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of fixation and embedding techniques for optimized histological preparation of zebrafish.</a> Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol. 208, 38-46 (2018).</li>
<li>Stock, R. J., Labudovich, M., Ducatman, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Asymptomatic+first-trimester+liver+cell+adenoma%3A+diagnosis+by+fine-needle+aspiration+cytology+with+cytochemical+and+ultrastructural+study%5BTitle%5D)+AND+%22Obstet+Gynecol%22%5BJournal%5D)">Asymptomatic first-trimester liver cell adenoma: diagnosis by fine-needle aspiration cytology with cytochemical and ultrastructural study.</a> Obstet Gynecol. 66 (2), 287-290 (1985).</li>
<li>Petukhov, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+segmentation+in+imaging-based+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Cell segmentation in imaging-based spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 40 (3), 345-354 (2022).</li>
<li>Meyer, T., Tiburcy, M., Zimmermann, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cardiac+macrotissues-on-a-plate+models+for+phenotypic+drug+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Drug+Deliv+Rev%22%5BJournal%5D)">Cardiac macrotissues-on-a-plate models for phenotypic drug screens.</a> Adv Drug Deliv Rev. 140, 93-100 (2019).</li>
<li>Kimmel, C. B., Ballard, W. W., Kimmel, S. R., Ullmann, B., Schilling, T. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stages+of+embryonic+development+of+the+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">Stages of embryonic development of the zebrafish.</a> Dev Dyn. 203 (3), 253-310 (1995).</li>
<li>Yu, K., Xing, J., Zhang, J., Zhao, R., Zhang, Y., Zhao, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+multiple+cycles+of+freeze-thawing+on+the+RNA+quality+of+lung+cancer+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Tissue+Bank%22%5BJournal%5D)">Effect of multiple cycles of freeze-thawing on the RNA quality of lung cancer tissues.</a> Cell Tissue Bank. 18 (3), 433-440 (2017).</li>
<li>Yang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decontamination+of+ambient+RNA+in+single-cell+RNA-seq+with+DecontX%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Decontamination of ambient RNA in single-cell RNA-seq with DecontX.</a> Genome Biol. 21 (1), 57(2020).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1 L Beaker</td><td>Pyrex</td><td>1003</td><td></td></tr><tr><td>200 proof etanolo puro</td><td>Koptec</td><td>V1001</td><td></td></tr><tr><td>Acido acetico, glaciale</td><td>VWR</td><td>0714</td><td>alcool acidificato</td></tr><tr><td>Foglio di</td><td></td><td></td><td></td>alluminio</tr><tr><td>Vetrini coprioggetto</td><td>Epredia</td><td>24X50-1.5-001G</td><td></td></tr><tr><td>Stampo base monouso</td><td>Fisher HealthCare</td><td>22-363-556</td><td></td></tr><tr><td>Acqua</td><td></td><td></td><td></td>distillata</tr><tr><td>DPX mountant</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>06522</td><td>mountant per istologia</td></tr><tr><td>Pellet</td><td></td><td></td><td></td>di ghiaccio secco</tr><tr><td>Dumont #5SF Forceps</td><td>Fine Science Tools</td><td>11252-00</td><td></td></tr><tr><td>Eosin-Y Epredia alcolico</td><td></td><td>71204</td><td>Eosina Y 1%</td></tr><tr><td>Gill 1 Ematossilina</td><td>Epredia</td><td>72411</td><td>ematossilina</td></tr><tr><td>Kimwipe</td><td>Kimberly-Clark Professional</td><td>34120</td><td>salvietta assorbente e priva di lanugine</td></tr><tr><td>Nastro per etichettatura da laboratorio</td><td>VWR</td><td>89097-934</td><td></td></tr><tr><td>Lama per microtomo MX35 Ultra</td><td>Epredia</td><td>3053835</td><td></td></tr><tr><td>Microtome Cryostat</td><td>Thermo Scientific</td><td>Microme HM 525</td><td></td></tr><tr><td>O.C.T. Composto</td><td>Fisher HealthCare</td><td>23-730-571</td><td>mezzo di congelamento</td></tr><tr><td>Paraformaldeide</td><td>Sigma-Aldrich 158127</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pennarello indelebile</td> PFA <td>VWR</td><td>52877-886</td><td></td></tr><tr><td>Goniometro</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SafeClear Sostituto dello xilene</td><td>Fisherbrand</td><td>68551-16-6</td><td>Sostituto dello xilene</td></tr><tr><td>Lame a filo singolo</td><td>American Line</td><td>66-0407</td><td></td></tr><tr><td>Steriomicroscopio</td><td>Zeiss</td><td>4350639000</td><td>Stemi 305 con doppio spot LED (4355259020) e supporto K lab (4354259010)</td></tr><tr><td>Vetrini Superfrost Plus VWR</td><td></td><td>48311-703</td><td></td></tr><tr><td>Pipetta</td><td></td><td></td><td></td>di trasferimento</tr><tr><td>Vetrino per immagini</td><td>spaziali</td> <td>10X/Xenium</td><td>3000941</td></tr></tbody></table>

disposizione spazialmente compatta delle sezioni larvali di zebrafish per l'analisi trascrittomica spaziale

Spatially Compact Arrangement of Larval Zebrafish Sections for Spatial Transcriptomic Analysis

In questo metodo (Figura 1), il pesce zebra viene utilizzato come modello animale per sondare i modelli di espressione genica spazialmente risolti. La criosezione efficiente delle larve di pesce zebra per l'imaging spaziale è impegnativa. Le sezioni devono essere di alta qualità per mantenere la struttura tissutale e i geni rilevabili (Figura 4). Le sezioni contenenti più campioni per un imaging spazialmente efficiente devono essere allineate con precisione per ...

Disposizione spazialmente compatta delle sezioni larvali di zebrafish per l'analisi trascrittomica spaziale

Spatial transcriptomic techniques are a sophisticated tool in biomedical research to visualize spatially registered gene expression patterns. Imaging and ...

spatially-compact-arrangement-larval-zebrafish-sections-for-spatial

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Developmental Biology

Biologia dello sviluppo

Montare tutto ibridazione in situ è ​​una delle tecniche più utilizzate in biologia dello sviluppo. Qui, presentiamo una ad alta risoluzione doppio fluorescente in protocollo ibridazione in situ per analizzare il modello preciso espressione di un singolo gene e per determinare la sovrapposizione dei domini di espressione di due geni. Includiamo un propidio ioduro nucleare contro-macchia per evidenziare l'organizzazione dei tessuti.

Zebrafish intero monte ad alta risoluzione doppia fluorescente In Situ Ibridazione

Somitogenesis è un processo di sviluppo ritmico che spazialmente modelli l'asse del corpo di embrioni dei vertebrati. In precedenza, abbiamo sviluppato linee di zebrafish transgenico che usano i giornalisti fluorescenti ad osservare i geni ciclici che guidano questo processo. Qui, la cultura dispersi cellule da queste linee e l'immagine dei loro oscillazioni nel corso del tempo in vitro.

Generazione di Dispersi Presomitic mesoderma colture cellulari, per Immagini del Zebrafish segmentazione Orologio in celle singole

Il nostro laboratorio ha sviluppato un sistema di imaging automatizzato romanzo ad alta produttività che è utile per il rilevamento di diversi comportamenti differenti in 7 giorni di età zebrafish larve. Il sistema può essere usato per rilevare sottili cambiamenti nel comportamento dopo le larve sono stati esposti agli agenti tossici ambientali o farmaceutici.

Automatizzati high-throughput analisi comportamentali nelle larve Zebrafish

Viene descritto l'uso di un sistema video automatico 3D in grado di tracciare singoli e gruppi di pesci zebra. Come esempio applicativo esploriamo gli effetti dell'antagonista del recettore NMDA MK-801 sui banchi di zebrafish.

Utilizzo di un sistema di tracciamento 3D automatizzato per registrare singoli e banchi di pesci zebra adulti

Processi di sviluppo quali la proliferazione, il modello, la differenziazione, e la guida degli assoni possono essere facilmente modellati nel midollo spinale zebrafish. In questo articolo, si descrive una procedura di montaggio per gli embrioni di zebrafish, che ottimizza la visualizzazione di questi eventi.

Dissezione e laterale Montaggio di embrioni di zebrafish: analisi dello sviluppo del midollo spinale

Per analizzare i profili di espressione genica cardiaco durante lo sviluppo del cuore zebrafish, RNA totale deve essere estratto dai cuori isolati. Qui, vi presentiamo un protocollo per la raccolta funzionali / cuori che battono per una rapida dissezione manuale da embrioni di zebrafish per ottenere mRNA specifici cardiaco.

Su larga scala Zebrafish embrionali Cuore dissezione per l&#39;analisi trascrizionale

Qui descriviamo un metodo per ridurre le dimensioni degli embrioni di pesce zebra senza interrompere i normali processi di sviluppo. Questa tecnica consente lo studio del ridimensionamento del modello e della robustezza dello sviluppo contro il cambiamento delle dimensioni.

Riduzione delle dimensioni chirurgiche di zebrafish per lo studio della scala del modello embrionale

Questo protocollo descrive come ottenere immagini combinando l'ibridazione in situ e l'immunoistochimica delle sezioni embrionali di zebrafish. L'ibridazione in situ è stata eseguita prima della criosezione, seguita dalla colorazione anticorpale. È utile rilevare i modelli di espressione di due geni nel pesce zebra se c'è una scarsità di anticorpi.

Sul posto Ibridazione combinata con immunoistochimica in embrioni di zebrafish criosezionati

Presentato qui è un protocollo per l'imaging in vivo dell'intero cervello del pesce zebra larvale utilizzando la microscopia a fluorescenza tridimensionale. La procedura sperimentale include la preparazione del campione, l'acquisizione di immagini e la visualizzazione.

In vivo Imaging dell'intero cervello delle larve di zebrafish mediante microscopia a fluorescenza tridimensionale

Qui, descriviamo un metodo per l'isolamento intestinale da larve di pesce zebra a 5 giorni dopo la fecondazione, per l'analisi del sequenziamento dell'RNA a singola cellula.

Isolamento intestinale da larve di pesce zebra per il sequenziamento dell'RNA a singola cellula

Viene descritta una strategia di preparazione del campione per l'imaging di embrioni precoci di zebrafish all'interno di un corion intatto utilizzando un microscopio a foglio luminoso. Analizza i diversi orientamenti che gli embrioni acquisiscono all'interno del corion al 70% degli stadi di epibolia e gemma e descrive in dettaglio le strategie di imaging per ottenere una risoluzione su scala cellulare in tutto l'embrione utilizzando il sistema light-sheet.

Imaging al microscopio a foglio leggero e strategie di montaggio per embrioni precoci di zebrafish

Scopri un metodo economico per l'analisi trascrittomica spaziale utilizzando larve di zebrafish. Questa tecnica consente di ridurre i costi e minimizzare gli effetti batch nello studio dello sviluppo della vescica.

Disposizione spazialmente compatta delle sezioni larvali di zebrafish per l'analisi trascrittomica spaziale

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