Name: Sul posto Isolamento e coltura di batteri del suolo recalcitranti utilizzando un chip di isolamento (iChip) (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-06T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 7 s
Description: Scopri l'isolamento e la coltura di batteri del suolo recalcitranti utilizzando la tecnologia iChip. Questo metodo consente di recuperare microrganismi antimicrobici direttamente dal loro ambiente naturale per studi biotecnologici avanzati.

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<ol><li>Ekkers, D. M., Cretoiu, M. S., Kielak, A. M., Van Elsas, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+great+screen+anomaly-a+new+frontier+in+product+discovery+through+functional+metagenomics%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">The great screen anomaly-a new frontier in product discovery through functional metagenomics.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 93 (3), 1005-1020 (2012).</li>
<li>da Cunha, B. R., Fonseca, L. P., Calado, C. R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+discovery%3A+Where+have+we+come+from%2C+where+do+we+go%5BTitle%5D)+AND+%22Antibiotics%22%5BJournal%5D)">Antibiotic discovery: Where have we come from, where do we go.</a> Antibiotics. 8 (2), 8020045(2019).</li>
<li>Rafiq, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Challenges+and+approaches+of+culturing+the+unculturable+archaea%5BTitle%5D)+AND+%22Biology%22%5BJournal%5D)">Challenges and approaches of culturing the unculturable archaea.</a> Biology. 12 (12), 1499(2023).</li>
<li>Miethke, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+the+sustainable+discovery+and+development+of+new+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Chem%22%5BJournal%5D)">Towards the sustainable discovery and development of new antibiotics.</a> Nat Rev Chem. 5 (10), 726-749 (2021).</li>
<li>Liu, X., Wang, M., Nie, Y., Wu, X. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+chip+increases+culturable+bacterial+diversity+and+reduces+cultivation+bias%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation chip increases culturable bacterial diversity and reduces cultivation bias.</a> Curr Microbiol. 78 (5), 2025-2032 (2021).</li>
<li>Bollmann, A., Lewis, K., Epstein, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Incubation+of+environmental+samples+in+a+diffusion+chamber+increases+the+diversity+of+recovered+isolates%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Incubation of environmental samples in a diffusion chamber increases the diversity of recovered isolates.</a> Appl Environ Microbiol. 73 (20), 6386-6390 (2007).</li>
<li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+iChip+for+high-throughput+in+situ+cultivation+of+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microbial+species%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of iChip for high-throughput in situ cultivation of &#34;uncultivable&#34; microbial species.</a> Appl Environ Microbiol. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li>
<li>Polrot, A., Kirby, J. R., Olorunniji, F. J., Birkett, J. W., Sharples, G. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((iChip+increases+the+success+of+cultivation+of+TBT-resistant+and+TBT-degrading+bacteria+from+estuarine+sediment%5BTitle%5D)+AND+%22World+J+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">iChip increases the success of cultivation of TBT-resistant and TBT-degrading bacteria from estuarine sediment.</a> World J Microbiol Biotechnol. 38 (10), (2022).</li>
<li>Jung, D., Liu, L., He, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+in+situ+cultivation+in+marine+microbial+resource+mining%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Life+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Application of in situ cultivation in marine microbial resource mining.</a> Mar Life Sci Technol. 3 (2), 148-161 (2021).</li>
<li>Zhao, J., Shakir, Y., Deng, Y., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+modified+iChip+for+the+cultivation+of+thermo-tolerant+microorganisms+from+the+hot+spring%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of modified iChip for the cultivation of thermo-tolerant microorganisms from the hot spring.</a> BMC Microbiol. 23 (1), (2023).</li>
<li>Piddock, L. J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%2C+the+first+of+a+new+class+of+antibiotics+discovered+by+ichip+technology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Antimicrob+Chemother%22%5BJournal%5D)">Teixobactin, the first of a new class of antibiotics discovered by ichip technology.</a> J Antimicrob Chemother. 70 (10), 2679-2680 (2015).</li>
<li>Lodhi, A. F., Zhang, Y., Adil, M., Deng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+discovery%3A+combining+isolation+chip+%28iChip%29+technology+and+co-culture+technique%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Antibiotic discovery: combining isolation chip (iChip) technology and co-culture technique.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 102 (17), 7333-7341 (2018).</li>
<li>Sessitsch, A., Gyamfi, S., Stralis-Pavese, N., Weilharter, A., Pfeifer, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+isolation+from+soil+for+bacterial+community+and+functional+analysis%3A+evaluation+of+different+extraction+and+soil+conservation+protocols%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">RNA isolation from soil for bacterial community and functional analysis: evaluation of different extraction and soil conservation protocols.</a> J Microbiol Methods. 51 (2), 171-179 (2002).</li>
<li>Enright, D. J., Quaal, R., Verabeehu, A., Nguyen, A., Maddox, J., Glassman, S. I. Evaluating Best Practices for Isolating Pyrophilous Bacteria and Fungi from Burned Soil. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aEnright%2C+DJ+%22bioRxiv%22">bioRxiv</a>. , (2024).</li>
<li>Nkanga, E. J., Hagedorn, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+antibiotic-producing+Streptomyces+inhabiting+forest+soils%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrob+Agents+Chemother%22%5BJournal%5D)">Detection of antibiotic-producing Streptomyces inhabiting forest soils.</a> Antimicrob Agents Chemother. 14, 51-59 (1978).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Stampante 3D</td><td>Protolabs, USA</td><td>1631-833</td><td>Fornitore di servizi di stampa 3D</td></tr><tr><td>Agarose&nbsp;</td><td>Himedia, India</td><td>MB002</td><td>Componente multimediale</td></tr><tr><td>Casamino Acidi</td><td>Sisco, India</td><td>68806</td><td>Componente multimediale</td></tr><tr><td>Caseina Digest</td><td>ASES, India</td><td>C5890</td><td>Componente multimediale</td></tr><tr><td>Membrana in policarbonato</td><td>Sterlitech, USA</td><td>PCT00347100</td><td>Consumabile</td></tr><tr><td>Fecola di patate</td><td>Himedia, India</td><td>GM403</td><td>Componente multimediale</td></tr><tr><td>PowerPoint</td><td>Microsoft, USA</td><td>N/A</td><td>Utilizzato per la creazione di componenti iChip progettazione preliminare</td></tr><tr><td>PTC</td><td>Creo PTC, USA</td><td>N/A</td><td>Utilizzato per computer 3D assistiti da computer modellazione di componenti iChip</td></tr><tr><td>Tryptic Soy Brodo</td><td>Himedia, India</td><td>M011</td><td>Mezzo di laboratorio</td></tr><tr><td>What3Words</td><td>What3Words, UK</td><td>N/A</td><td>Utilizzato per la registrazione delle coordinate del luogo di campionamento</td></tr></tbody></table>

sul posto isolamento e coltura di batteri del suolo recalcitranti utilizzando un chip di isolamento (ichip)

In Situ Isolation and Culturing of Recalcitrant Soil Bacteria using an Isolation Chip (iChip)

L'iChip utilizzato in questo protocollo è stato progettato, stampato in 3D e assemblato come mostrato nella Figura 1. La panoramica del protocollo descritto è mostrata nella Figura 2. Il campione di terreno utilizzato per l'esperimento è stato raccolto dal campus IIT Jodhpur nel Rajasthan, in India. L'indirizzo univoco di tre parole della posizione era "comunicare.supervisionare.ricorrenza". Il luogo scelto è stata una zona semi-arida con una temperatura di 40 °...

Sul posto Isolamento e coltura di batteri del suolo recalcitranti utilizzando un chip di isolamento (iChip)

Ecosystems harbor millions of environmental microbes, some of them capable of producing biotechnologically relevant products such as enzymes, vitamins, ...

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Biologia

Fonte: Petersen, C. et al., Isolamento e caratterizzazione del microbiota naturale del nematode modello Caenorhabditis elegans. J. Vis. Esp. (2022)Questo video dimostra l'isolamento e la coltivazione di specie batteriche associate a Caenorhabditis elegans. Una lisi a perla di C. elegans, seguita da una coltura selettiva, consente l'isolamento di diversi ceppi microbici per ulteriori analisi.

Isolamento e coltivazione di Caenorhabditis elegans-Batteri associati

Pellicole in plastica etichettati "biodegradabili" sono disponibili in commercio per uso agricolo come pacciamatura. Lavorazione del terreno rappresenta un metodo di smaltimento attraente, ma la degradazione in condizioni di campo è poco conosciuta. Lo scopo di questo studio è stato quello di sviluppare metodi per isolare funghi del suolo nativo e batteri che colonizzano i film di pacciamatura plastica dopo il campo di inumazione.

Isolamento dei nativi microrganismi del suolo con un potenziale di Breaking Down biodegradabili di pacciamatura film plastici utilizzati in agricoltura

I batteri producono composti secreti che hanno il potenziale per influenzare la fisiologia dei loro vicini microbiche. Qui si descrive una schermata co-coltura che permette la rilevazione di tali interspecie interazioni mediate chimicamente mescolando microbi del suolo con fluorescenti ceppi giornalista trascrizionali di Bacillus subtilis su supporti solidi.

Utilizzo di co-coltura per rilevare chimicamente mediata interspecie Interazioni

Tecniche di coltivazione microbiche in loco di arricchimento o in situ possono facilitare l'isolamento dei taxa microbici difficile-a-cultura, soprattutto da ambienti basso-biomassa o geochimico estremi. Qui, descriviamo un assetto elettrochimico senza l'utilizzo di un alimentatore esterno per arricchire i ceppi microbici che sono capaci di trasporto dell'elettrone extracellulare (EET).

Set-up elettrochimico autoportanti per arricchire i batteri respiring anodo in loco

Le colonie fungine entomopatogene sono isolate da campioni di terreno tropicale utilizzando l'esca Tenebrio , l'esca Galleria e il mezzo artificiale selettivo, cioè l'agar destrosio di patate arricchito con estratto di lievito integrato con cloramfenicolo, tiabendazolo e cicloeximide (mezzo CTC).

Confronto dei metodi per isolare i funghi entomopatogeni da campioni di suolo

Questo protocollo è un metodo efficace e veloce per coltivare lieviti e la muffa Aspergillus fumigatus da grandi serie di campioni di terreno in appena 7 giorni. I metodi possono essere facilmente modificati per adattarsi a una gamma di mezzi di incubazione e temperature necessarie per gli esperimenti.

Isolamento di lieviti e muffe coltivabili dai terreni per studiare la struttura della popolazione fungina

Qui, presentiamo un protocollo per lo screening della biodiversità del suolo per cercare ceppi fungini coinvolti nella degradazione di materiali recalcitranti. In primo luogo, i ceppi fungini in grado di crescere su acidi umici o lignocellulosa sono isolati. La loro attività viene poi testata sia in saggi enzimatici che su inquinanti come idrocarburi e plastiche.

Isolamento e screening dalla biodiversità del suolo per i funghi coinvolti nella degradazione dei materiali recalcitranti

Questo protocollo presenta un riepilogo dettagliato delle strategie per inoculare le radici delle piante con microbi trasmessi dal suolo. Esemplificato per i funghi Verticillium longisporum e Verticillium dahliae, vengono descritti tre diversi sistemi di infezione delle radici. Vengono evidenziate le potenziali applicazioni e le possibili analisi a valle e vengono discussi vantaggi o svantaggi per ciascun sistema.

Strategie di inoculazione per infettare le radici delle piante con microrganismi trasmessi dal suolo

L'obiettivo di questo documento è quello di descrivere in dettaglio le migliori pratiche per la produzione di terreni per microrganismi anaerobici fastidiosi acquisiti da un ambiente. Questi metodi aiutano a gestire le colture anaerobiche e possono essere applicati per supportare la crescita di microrganismi non coltivati elusivi, la "materia oscura microbica".

Un insieme di mezzi di comunicazione simulati informati in situ per la coltura di microrganismi anaerobici acquisiti nell'ambiente

La tecnica iChip si avvale di un dispositivo di isolamento in situ semplice ed economico che aumenta i tassi di scoperta di nuovi microrganismi dal suolo. Nuovi microrganismi possono essere utilizzati per ulteriori studi relativi al microbioma del suolo o alla scoperta di prodotti naturali, tra le altre applicazioni.

Isolamento dei microrganismi del suolo con la tecnologia iChip

Scopri l'isolamento e la coltura di batteri del suolo recalcitranti utilizzando la tecnologia iChip. Questo metodo consente di recuperare microrganismi antimicrobici direttamente dal loro ambiente naturale per studi biotecnologici avanzati.

Sul posto Isolamento e coltura di batteri del suolo recalcitranti utilizzando un chip di isolamento (iChip)

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