Name: Tomografia seriale a due fotoni dellintero cervello delluistitì per analisi neuroanatomiche (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-17T14:20:00.000+00:00
Duration: 4 min 2 s
Description: Scopri la tomografia seriale a due fotoni per l'imaging 3D ad alta risoluzione del cervello dell'uistitì comune. Questo metodo rivela le proiezioni neuronali e la connettività strutturale nei primati.

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<meta charset="utf8"></head><body>Imaging volumetrico e mappatura della proiezione assonale nel cervello dell'uistitì

<ol><li>Oh, S. W., Harris, J. A., Ng, L., Winslow, B., Cain, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+mesoscale+connectome+of+the+mouse+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A mesoscale connectome of the mouse brain.</a> Nature. 508 (7495), 207-214 (2014).</li>
<li>Ragan, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Serial+two-photon+tomography+for+automated+ex+vivo+mouse+brain+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Serial two-photon tomography for automated ex vivo mouse brain imaging.</a> Nat Methods. 9 (3), 255-258 (2012).</li>
<li>Liang, Z., Arefin, T. M., Lee, C. H., Zhang, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+mesoscopic+tract-tracing+data+to+guide+the+estimation+of+fiber+orientation+distributions+in+the+mouse+brain+from+diffusion+MRI%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroimage%22%5BJournal%5D)">Using mesoscopic tract-tracing data to guide the estimation of fiber orientation distributions in the mouse brain from diffusion MRI.</a> Neuroimage. 270, 119999(2023).</li>
<li>Watakabe, A., Hirokawa, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cortical+networks+of+the+mouse+brain+elaborate+within+the+gray+matter%5BTitle%5D)+AND+%22Brain+Struct+Funct%22%5BJournal%5D)">Cortical networks of the mouse brain elaborate within the gray matter.</a> Brain Struct Funct. 223 (8), 3633-3652 (2018).</li>
<li>Ypma, R. J. F., Bullmore, E. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Statistical+analysis+of+tract-tracing+experiments+demonstrates+a+dense%2C+complex+cortical+network+in+the+mouse%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">Statistical analysis of tract-tracing experiments demonstrates a dense, complex cortical network in the mouse.</a> PLoS Comput Biol. 12 (9), e1005104(2016).</li>
<li>Wang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Allen+mouse+brain+common+coordinate+framework%3A+A+3D+reference+atlas%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The Allen mouse brain common coordinate framework: A 3D reference atlas.</a> Cell. 181 (4), 936-953.e20 (2020).</li>
<li>Köbbert, C., Apps, R., Bechmann, I., Lanciego, J. L., Mey, J., Thanos, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+concepts+in+neuroanatomical+tracing%5BTitle%5D)+AND+%22Prog+Neurobiol%22%5BJournal%5D)">Current concepts in neuroanatomical tracing.</a> Prog Neurobiol. 62 (4), 327-351 (2000).</li>
<li>Lanciego, J. L., Wouterlood, F. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neuroanatomical+tract-tracing+techniques+that+did+go+viral%5BTitle%5D)+AND+%22Brain+Struct+Funct%22%5BJournal%5D)">Neuroanatomical tract-tracing techniques that did go viral.</a> Brain Struct Funct. 225 (4), 1193-1224 (2020).</li>
<li>Bakker, R., Wachtler, T., Diesmann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CoCoMac+2.0+and+the+future+of+tract-tracing+databases%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Neuroinform%22%5BJournal%5D)">CoCoMac 2.0 and the future of tract-tracing databases.</a> Front Neuroinform. 6, (2012).</li>
<li>Watakabe, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Local+and+long-distance+organization+of+prefrontal+cortex+circuits+in+the+marmoset+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">Local and long-distance organization of prefrontal cortex circuits in the marmoset brain.</a> Neuron. 111 (14), 2258-2273.e10 (2023).</li>
<li>Skibbe, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Brain%2FMINDS+marmoset+connectivity+resource%3A+An+open-access+platform+for+cellular-level+tracing+and+tractography+in+the+primate+brain%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">The Brain/MINDS marmoset connectivity resource: An open-access platform for cellular-level tracing and tractography in the primate brain.</a> PLoS Biol. 21 (6), e3002158(2023).</li>
<li>Mitchell, J. F., Leopold, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+marmoset+monkey+as+a+model+for+visual+neuroscience%5BTitle%5D)+AND+%22Neurosci+Res%22%5BJournal%5D)">The marmoset monkey as a model for visual neuroscience.</a> Neurosci Res. 93, 20-46 (2015).</li>
<li>Okano, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+status+of+and+perspectives+on+the+application+of+marmosets+in+neurobiology%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Current status of and perspectives on the application of marmosets in neurobiology.</a> Annu Rev Neurosci. 44, 27-48 (2021).</li>
<li>Watakabe, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analyses+of+adeno-associated+viral+vector+serotypes+1%2C+2%2C+5%2C+8+and+9+in+marmoset%2C+mouse+and+macaque+cerebral+cortex%5BTitle%5D)+AND+%22Neurosci+Res%22%5BJournal%5D)">Comparative analyses of adeno-associated viral vector serotypes 1, 2, 5, 8 and 9 in marmoset, mouse and macaque cerebral cortex.</a> Neurosci Res. 93, 144-157 (2015).</li>
<li>Hata, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multi-modal+brain+magnetic+resonance+imaging+database+covering+marmosets+with+a+wide+age+range%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Data%22%5BJournal%5D)">Multi-modal brain magnetic resonance imaging database covering marmosets with a wide age range.</a> Sci Data. 10, 221(2023).</li>
<li>Liwang, J. K., Bennett, H. C., Pi, H. -J., Kim, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+using+serial+two-photon+tomography+to+map+cell+types+and+cerebrovasculature+at+single-cell+resolution+in+the+whole+adult+mouse+brain%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for using serial two-photon tomography to map cell types and cerebrovasculature at single-cell resolution in the whole adult mouse brain.</a> STAR Protoc. 4 (1), 102048(2023).</li>
<li>Okamoto, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exclusive+labeling+of+direct+and+indirect+pathway+neurons+in+the+mouse+neostriatum+by+an+adeno-associated+virus+vector+with+Cre%2Flox+system%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Exclusive labeling of direct and indirect pathway neurons in the mouse neostriatum by an adeno-associated virus vector with Cre/lox system.</a> STAR Protoc. 2 (1), 100230(2021).</li>
<li>Viswanathan, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-performance+probes+for+light+and+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">High-performance probes for light and electron microscopy.</a> Nat Methods. 12 (6), 568-576 (2015).</li>
<li>Kuan, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neuroinformatics+of+the+Allen+mouse+brain+connectivity+atlas%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Neuroinformatics of the Allen mouse brain connectivity atlas.</a> Methods. 73, 4-17 (2015).</li>
<li>Paxinos, G., Watson, C., Petrides, M., Rosa, M., Tokuno, H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aPaxinos%2C+G+%22The+Marmoset+Brain+in+Stereotaxic+Coordinates%22">The Marmoset Brain in Stereotaxic Coordinates</a>. , Academic Press. London, Waltham, MA. (2012).</li>
<li>Abe, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D+reconstruction+of+brain+section+images+for+creating+axonal+projection+maps+in+marmosets%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci+Methods%22%5BJournal%5D)">3D reconstruction of brain section images for creating axonal projection maps in marmosets.</a> J Neurosci Methods. 286, 102-113 (2017).</li>
<li>Wan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((FluoRender%3A+Joint+freehand+segmentation+and+visualization+for+many-channel+fluorescence+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">FluoRender: Joint freehand segmentation and visualization for many-channel fluorescence data analysis.</a> BMC Bioinformatics. 18 (1), 280(2017).</li>
<li>Majka, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+a+comprehensive+atlas+of+cortical+connections+in+a+primate+brain%3A+Mapping+tracer+injection+studies+of+the+common+marmoset+into+a+reference+digital+template%5BTitle%5D)+AND+%22J+Comp+Neurol%22%5BJournal%5D)">Towards a comprehensive atlas of cortical connections in a primate brain: Mapping tracer injection studies of the common marmoset into a reference digital template.</a> J Comp Neurol. 524 (11), 2161-2181 (2016).</li>
<li>Liu, C., Yen, C. C. -C., Szczupak, D., Tian, X., Glen, D., Silva, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Marmoset+brain+mapping+V3%3A+Population+multi-modal+standard+volumetric+and+surface-based+templates%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroimage%22%5BJournal%5D)">Marmoset brain mapping V3: Population multi-modal standard volumetric and surface-based templates.</a> Neuroimage. 226, 117620(2021).</li>
<li>Liu, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+digital+3D+atlas+of+the+marmoset+brain+based+on+multi-modal+MRI%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroimage%22%5BJournal%5D)">A digital 3D atlas of the marmoset brain based on multi-modal MRI.</a> Neuroimage. 169, 106-116 (2018).</li>
<li>Liu, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+resource+for+the+detailed+3D+mapping+of+white+matter+pathways+in+the+marmoset+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Neurosci%22%5BJournal%5D)">A resource for the detailed 3D mapping of white matter pathways in the marmoset brain.</a> Nat Neurosci. 23 (2), 271-280 (2020).</li>
<li>Woodward, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Brain%2FMINDS+3D+digital+marmoset+brain+atlas%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Data%22%5BJournal%5D)">The Brain/MINDS 3D digital marmoset brain atlas.</a> Sci Data. 5, 180009(2018).</li>
<li>Saleem, K. S., Avram, A. V., Glen, D., Schram, V., Basser, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+subcortical+atlas+of+the+marmoset+%28%26%2334%3BSAM%26%2334%3B%29+monkey+based+on+high-resolution+MRI+and+histology%5BTitle%5D)+AND+%22Cereb+Cortex%22%5BJournal%5D)">The subcortical atlas of the marmoset (&#34;SAM&#34;) monkey based on high-resolution MRI and histology.</a> Cereb Cortex. 34 (4), bhae120(2024).</li>
<li>Watakabe, A., Hirokawa, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cortical+networks+of+the+mouse+brain+elaborate+within+the+gray+matter%5BTitle%5D)+AND+%22Brain+Struct+Funct%22%5BJournal%5D)">Cortical networks of the mouse brain elaborate within the gray matter.</a> Brain Struct Funct. 223 (8), 3633-3652 (2018).</li>
<li>Lin, M. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high-throughput+neurohistological+pipeline+for+brain-wide+mesoscale+connectivity+mapping+of+the+common+marmoset%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">A high-throughput neurohistological pipeline for brain-wide mesoscale connectivity mapping of the common marmoset.</a> eLife. 8, e40042(2019).</li>
<li>Skibbe, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PAT-probabilistic+axon+tracking+for+densely+labeled+neurons+in+large+3-D+micrographs%5BTitle%5D)+AND+%22IEEE+Trans+Med+Imaging%22%5BJournal%5D)">PAT-probabilistic axon tracking for densely labeled neurons in large 3-D micrographs.</a> IEEE Trans Med Imaging. 38 (1), 69-78 (2019).</li>
<li>Economo, M. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+platform+for+brain-wide+imaging+and+reconstruction+of+individual+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">A platform for brain-wide imaging and reconstruction of individual neurons.</a> eLife. 5, e10566(2016).</li>
<li>Winnubst, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reconstruction+of+1%2C000+projection+neurons+reveals+new+cell+types+and+organization+of+long-range+connectivity+in+the+mouse+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Reconstruction of 1,000 projection neurons reveals new cell types and organization of long-range connectivity in the mouse brain.</a> Cell. 179 (1), 268-281.e13 (2019).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Agarosio tipo I</td><td>&nbsp; Sigma</td><td>A6013</td><td></td></tr><tr><td>Microscopio a fluorescenza all-in-one</td><td>Keyence</td><td>serie BZ-X</td><td>Questo studio ha utilizzato BZ-X710</td></tr><tr><td>anti-topo Cy3</td><td>Jackson Immuno Research Laboratories, Inc.</td><td>115-165-003</td><td></td></tr><tr><td>anticorpo anti-myc</td><td>MBL</td><td>M192</td><td>monoclonale di topo</td></tr><tr><td>Butorphanolo&nbsp;</td><td>Meiji Animal Health</td><td>Vetorphale</td><td></td></tr><tr><td>lama in ceramica</td><td>TissueVision&nbsp;</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Collagenasi di tipo I</td><td>Wako Chemical</td><td>#031-17601</td><td>Aliquot in 100 &micro; L x 10 di 100 mg/mL in PBS&nbsp;</td></tr><tr><td>Batuffolo di cotone (HUBY-340)</td><td>HUBY</td><td>BB-013SP</td><td>micro tamponi di cotone</td></tr><tr><td>Camera su misura</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>La camera è composta da quattro piastre laterali e una inferiore, tutte costituite da lastre acriliche di 1 cm di spessore, che possono essere fissate saldamente insieme mediante bulloni a vite. All'interno della camera è posta un'ulteriore lastra acrilica, con tre pali metallici. inserito attraverso di esso per mantenere il cervello dell'uistitì in posizione invertita.</td></tr><tr><td>Cy3-streptavidina&nbsp;</td><td>Jackson Laboratori di ricerca immunologica, Inc.</td><td>016-160-084</td><td></td></tr><tr><td>Dumont #5 pinze, Inox</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Miscela istantanea epossidica</td><td>Locktite</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>FIJI</td><td>NIH</td><td></td><td></td></tr> https://imagej.net/software/fiji/downloads <tr><td>kn_pipeline_check_mosaic.py</td><td>N/A</td><td>N/A</td> github.com/watkarbey/STPT_depo<td>; Questo è uno script di controllo per i dati di TissueCyte.</td></tr><tr><td>Medetomidina&nbsp;</td><td>Zenoaq</td><td>Domitor</td><td></td></tr><tr><td>Midazolam</td><td>Sandoz</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>NaBH4</td><td>&nbsp; Sigma</td><td>#452882</td><td></td></tr><tr><td>NaIO4</td><td>&nbsp; Sigma</td><td>S1878</td><td></td></tr><tr><td>Ago per perfusione&nbsp;</td><td>Natsume Seisakusho Co., Ltd</td><td>&nbsp; KN-348, 20G-50</td><td></td></tr><tr><td>Slideglass (76 mm x 52 mm)</td><td>Matsunami</td><td>S9111</td><td></td></tr><tr><td>StAvHRP&nbsp;</td><td>Jackson Laboratori di ricerca immunologica, Inc.</td><td>016-030-084</td><td>HRP-streptavidina (la titolazione deve essere attentamente determinata)</td></tr><tr><td>TissueCyte1000</td><td>TissueVision&nbsp;</td><td></td><td></td>https://www.tissuevision.com/tissuecyte</tr><tr><td>Reagente bloccante TSA</td><td>Kiko Tech</td><td>FP1012</td><td>Fare riferimento a Kit TSA-biotina (Akoya Biosciences)</td></tr><tr><td>TSA-biotina</td><td>House-made</td><td>N/A</td><td>Vedi Okamoto et al (rif. 16)</td></tr><tr><td>VECTASHIELD HardSet Mounting Medium Vector</td><td>laboratories Inc</td><td>N/A</td><td>Mezzo di montaggio antisbiadimento</td></tr></tbody></table>

tomografia seriale a due fotoni dell'intero cervello dell'uistitì per analisi neuroanatomiche

Serial Two-Photon Tomography of the Whole Marmoset Brain for Neuroanatomical Analyses

Tomografia seriale a due fotoni dell'intero cervello dell'uistitì per analisi neuroanatomiche

Serial Two-photon tomography (STPT) is a technique to image a mass of tissue in its three-dimensional shape by combining two-photon imaging with automatic ...

serial-two-photon-tomography-whole-marmoset-brain-for-neuroanatomical

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